[[Berkas:Southern-Blot-Autoradiogramm.jpg| thumbjmpl| rightka|150px|Hasil visualisasi southern blot southern pada film X-ray melalui autoradiografi]] ▼'''Southern Blot Southern''' merupakan proses perpindahan fragmen [[DNA]] yang terpisah secara [[elektroforesis]] dari gel ke membran.<ref name=wat>{{en}} Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M, Losick R. 2004. Molecular Biology of The Gene 5th ed. San Fransisco : Benjamin Cummings. Hal. 77-85.</ref> [[Metode]] ini diambil dari nama penemunya yaitu [[Edward M. Southern]].<ref name=wat/>
Prinsipnya adalah [[kapilaritas]], dimana bufer yang merupakan fase gerak diasumsikan akan membawa fragmen DNA dari [[gel]] ke membran.<ref name=wat/> Karena muatan DNA negatif sedangkan muatan membran positif maka fragmen DNA akan menempel (blot) pada membran.<ref name=wat/> Membran yang digunakan pada proses Southernblot Blottingsouthern adalah membran [[nitroselulosa]].<ref name=zup>{{en}} Zuppaedo AB, Siebeling RJ. 1998. An Epimerase Gene Essential for Capsule Synthesis in Vibrio vulnificus. ''Infect Immun'' 66(6): 2601–2606.</ref>
== Sejarah ==
'''Blot Southern Blot''' merupakan sebuah [[metode]] yang sering digunakan dalam bidang [[biologi molekuler]] untuk menguji keberadaan dari suatu sekuen DNA dalam suatu sampel DNA.<ref name=wat/> Metode ini ditemukan oleh seorang ahli biologi dari Inggris yang bernama [[Edward M. Southern]], yang mengembangkan prosedur ini pada tahun 1975 di [[Universitas Edinburgh]].<ref name=sou>{{en}}Southern EM. 1975. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. ''J Mol Biol'' 98:503-517.</ref>
Metode ini mengkombinasikan [[elektroforesis]] gel agarosa untuk memisahkan DNA berdasarkan ukurannya dan kemudian ditransfer ke [[membran]] filter untuk selanjutnya dilakukan [[hibridisasi]] dengan [[probe]].<ref name=sou/> Untuk mengidentifikasi ataupun melacak suatu fragmen DNA spesifik, diperlukan suatu pelacak (probe).<ref name=sou/> DNA dipisahkan terlebih dahulu dengan elektroforesis.<ref name=sou/> Probe yang dilabel akan [[terhibridisasi|hibridisasi]] pada pita-pita DNA untuk mengetahui apakah DNA tersebut mengandung gen yang diinginkan.<ref Southernname=sou/> blotBlot Southern mendeteksi ssDNADNA rantai tunggal dengan menggunakan DNA sebagai pelacak.<ref name=sou/> Selain Southern Blot Southern, metode lain yang mirip dan dikembangkan dari Southern Blot Southern adalah [[Western Blot Western]], [[Northern Blot Northern]], dan [[Southwestern Blot Southwestern]] yang memiliki prinsip yang sama, namun molekul yang akan dideteksi dan pelacak yang digunakan berbeda.<ref name=wat/> Kegunaan dari Southern Blot Southern adalah untuk menganalisis keberadaan [[mutan]] yang ada pada suatu organisme dan dapat diketahui ukuran dari gen yang menjadi mutan pada [[organisme]] tersebut.<ref name=sou/>
==Aplikasi Tahapan ==
Tahap awal dari [[metode Southern]] Blot Southern adalah pendigestian [[DNA ]] dengan [[enzim restriksi ]] endonuklease sehingga terbentuk fragmen-fragmen DNA yang lebih kecil. <ref name=mol/> Kemudian DNA dipisahkan sesuai ukuran dengan [[elektroforesis ]] agarosa. Setelah DNA terpisah, dilakukan pemindahan DNA ke membran nitroselulosa, tahap ini disebut dengan tahap blotting. <ref name=mol/> Membran nitroselulosa diletakkan pada bagian atas dari gel agarosa. <ref name=mol/> Pada teknik blotting dengan menggunakan [[vakum ]], membran diletakkan pada bagian bawah gel. <ref name=mol/> Tekanan diberikan secara merata pada gel untuk memastikan terjadi [[kontak ]] antara gel dengan membran. <ref name=mol/> Proses transfer berlangsung dengan memanfaatkan daya [[kapilaritas ]]. <ref name=mol/> setalah DNA ditransfer ke gel, membran nitroselulosa dipanaskan dengan suhu tinggi ( 60oC60<sup>o</sup>C- 100oC100<sup>o</sup>C) kemudian membran diberi radiasi UV agar terbentuk ikatan [[kovalen ]] dan permanen antara pita-pita DNA dengan membran. <ref name=mol/> Lalu, membran dicampur dengan probe (pelacak) yang telah dilabel [[radioaktif]], tetapi dapat juga digunakan label nonradioaktif yang dapat berpendar. <ref name=mol/> Probe yang digunakan adalah DNA utas tunggal yang memiliki sekuen yang akan dideteksi. <ref name=mol/> Probe diinkubasi dengan membran agar dapat berhibridisasi dengan DNA yang ada pada membran. <ref name=mol/> Setelah proses hibridisasi, probe yang tidak terikat dicuci dari membran sehingga yang tinggal hanya probe yang hibrid dengan DNA di membran. <ref name=mol/> Pola hibridisasi kemudian dideteksi dengan [[visualisasi ]] pada film [[X-ray ]] melalui autoradiografi.<ref name=mol> {{en}} [MolecularStation]. 2008. Southern blot. [terhubung berkala] http://www.molecularstation.com/dna/southern-blot/ [22 Mei 2009].</ref> ▼Teknik Southern Blot telah digunakan dalam berbagai aplikasi di bidang kesehatan maupun pada rekayasa genetika. Salah satunya digunakan untuk menganalisis sistem major histokompatibilitas pada tikus dan menganalisis penyusunan klon dari gen T-cell receptor penyakit luka yang diakibatkan oleh mikosis dari fungoides.<ref>Gunther E, Wurst W, Wonigeit K, Epplen JT. Analysis of the rat major histocompatibility system by Southern blot hybridization. J Immunol 143(2);1257-1261.</ref><ref>Dosaka N, Tanaka T, Fujita M, Miyachi Y, Horio T, Imamura S. 1989. Southern blot analysis of clonal rearrangement of T-cell receptor gene in plaque lesion of mycosis fungoides. J Invest Dermatology 93;626-629.</ref> ▼
==Tahapan SouthernAplikasi Blot==
▲Teknik Southern Blot Southern telah digunakan dalam berbagai [[aplikasi ]] di bidang kesehatan maupun pada rekayasa [[genetika ]]. <ref name=gun/> Salah satunya digunakan untuk menganalisis sistem major histokompatibilitas pada tikus dan menganalisis penyusunan klon dari gen T-cell receptor penyakit luka yang diakibatkan oleh [[mikosis ]] dari [[fungoides ]].<ref name=gun> {{en}} Gunther E, Wurst W, Wonigeit K, Epplen JT. Analysis of the rat major histocompatibility system by Southern blot hybridization. ''J Immunol '' 143(2);1257-1261.</ref><ref name=dos> {{en}} Dosaka N, Tanaka T, Fujita M, Miyachi Y, Horio T, Imamura S. 1989. Southern blot analysis of clonal rearrangement of T-cell receptor gene in plaque lesion of mycosis fungoides. ''J Invest Dermatology '' 93;626-629.</ref>
▲[[Berkas:Southern-Blot-Autoradiogramm.jpg|thumb|right|150px|Hasil visualisasi southern blot pada film X-ray melalui autoradiografi]]
▲Tahap awal dari metode Southern Blot adalah pendigestian DNA dengan enzim restriksi endonuklease sehingga terbentuk fragmen-fragmen DNA yang lebih kecil. Kemudian DNA dipisahkan sesuai ukuran dengan elektroforesis agarosa. Setelah DNA terpisah, dilakukan pemindahan DNA ke membran nitroselulosa, tahap ini disebut dengan tahap blotting. Membran nitroselulosa diletakkan pada bagian atas dari gel agarosa. Pada teknik blotting dengan menggunakan vakum, membran diletakkan pada bagian bawah gel. Tekanan diberikan secara merata pada gel untuk memastikan terjadi kontak antara gel dengan membran. Proses transfer berlangsung dengan memanfaatkan daya kapilaritas. setalah DNA ditransfer ke gel, membran nitroselulosa dipanaskan dengan suhu tinggi (60oC-100oC) kemudian membran diberi radiasi UV agar terbentuk ikatan kovalen dan permanen antara pita-pita DNA dengan membran. Lalu, membran dicampur dengan probe (pelacak) yang telah dilabel [[radioaktif]], tetapi dapat juga digunakan label nonradioaktif yang dapat berpendar. Probe yang digunakan adalah DNA utas tunggal yang memiliki sekuen yang akan dideteksi. Probe diinkubasi dengan membran agar dapat berhibridisasi dengan DNA yang ada pada membran. Setelah proses hibridisasi, probe yang tidak terikat dicuci dari membran sehingga yang tinggal hanya probe yang hibrid dengan DNA di membran. Pola hibridisasi kemudian dideteksi dengan visualisasi pada film X-ray melalui autoradiografi.<ref>[MolecularStation]. 2008. Southern blot. [terhubung berkala] http://www.molecularstation.com/dna/southern-blot/ [22 Mei 2009].</ref>
==Referensi Lihat pula ==
* [[Blot Western]]—metode dengan prinsip serupa untuk mendeteksi [[protein]]
* [[Blot Northern]]
* [[Blot Eastern]]
== Referensi ==
{{reflist}}
{{Authority control}}
[[Kategori:Genetika]]
[[Kategori:Genetika molekular]]
[[Kategori:Metode laboratorium]]
[[ca:Marcador genètic]]
[[cs:Genetický marker]]
[[de:Marker (Genetik)]]
[[en:Genetic marker]]
[[es:Marcador genético]]
[[fr:Marqueur génétique]]
[[it:Marcatori genetici]]
[[ja:遺伝子マーカー]]
[[pl:Marker genetyczny]]
[[pt:Marcador genético]]
[[ru:ДНК-маркер]]
[[th:เครื่องหมายทางพันธุกรรม]]
| 