Pengurutan: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
Dinamik-bot (bicara | kontrib) k bot Menambah: cs:Sekvenování, hr:Sekvenciranje |
k Bebasnama memindahkan halaman Sekuensing ke Pengurutan: menyeragamkan |
||
| (19 revisi perantara oleh 13 pengguna tidak ditampilkan) | |||
Baris 3:
Dalam [[genetika]] dan [[biokimia]], '''sekuensing''' berarti penentuan [[struktur primer]] (atau sekuens primer) rantai [[biopolimer]] tak bercabang. Sekuensing menghasilkan penggambaran linear simbolik yang disebut '''sekuens''' yang meringkas sebagian besar struktur tingkat atom atas molekul yang di-sekuensing. Sebagai contoh, ''sekuensing [[DNA]]'' akan menghasilkan ''[[sekuens DNA]]'' yang digambarkan sebagai untaian [[abjad]] lambang [[nukleotida|nukleotida-nukleotida]] penyusun DNA, yaitu "A" (nukleotida berbasa [[adenin]]), "T" (nukleotida berbasa [[timin]]), "G" (nukleotida berbasa [[guanin]]), dan "C" (nukleotida berbasa [[sitosin]]).
== Sekuensing
=== Sekuensing DNA ===
{{main|Sekuensing DNA}}
Pada metode sekuensing terminasi rantai (metode Sanger), perpanjangan atau ekstensi rantai DNA dimulai pada situs spesifik pada DNA cetakan dengan menggunakan oligonukleotida pendek yang disebut ''primer'' yang komplementer terhadap DNA pada daerah situs tersebut. ''Primer'' tersebut diperpanjang menggunakan [[DNA polimerase]], enzim yang me[[replikasi]] DNA. Bersama dengan ''primer'' dan DNA polimerase, diikutsertakan pula empat jenis basa [[deoksinukleotida]] (satuan pembentuk DNA), juga nukleotida pemutus atau penghenti rantai (''terminator'' rantai) dalam konsentrasi rendah. Penggabungan nukleotida pemutus rantai tersebut secara terbatas kepada rantai DNA oleh polimerase DNA menghasilkan fragmen-fragmen DNA yang berhenti bertumbuh hanya pada posisi pada DNA tempat nukleotida tertentu tersebut tergabungkan. Fragmen-fragmen DNA tersebut lalu dipisahkan menurut ukurannya dengan [[elektroforesis]].
▲'''Sekuensing asam nukleat''' adalah proses penentuan urutan [[nukleotida]] pada suatu fragmen [[DNA]] atau [[RNA]]. Penentuan sekuens [[RNA]] biasanya dilakukan dengan melakukan sekuensing terhadap DNA cetakannya. Dewasa ini, hampir semua usaha '''sekuensing DNA''' dilakukan dengan menggunakan metode ''terminasi rantai'' yang dikembangkan oleh Frederick Sanger dan rekan-rekannya [http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?artid=431765]. Teknik tersebut melibatkan terminasi atau penghentian reaksi sintesis DNA ''in vitro'' yang spesifik untuk sekuens tertentu menggunakan substrat nukleotida yang telah dimodifikasi.
▲Pada metode sekuensing terminasi rantai (metode Sanger), perpanjangan atau ekstensi rantai DNA dimulai pada situs spesifik pada DNA cetakan dengan menggunakan oligonukleotida pendek yang disebut ''primer'' yang komplementer terhadap DNA pada daerah situs tersebut. ''Primer'' tersebut diperpanjang menggunakan [[DNA polimerase]], enzim yang me[[replikasi]] DNA. Bersama dengan ''primer'' dan DNA polimerase, diikutsertakan pula empat jenis basa [[deoksinukleotida]] (satuan pembentuk DNA), juga nukleotida pemutus atau penghenti rantai (''terminator'' rantai) dalam konsentrasi rendah. Penggabungan nukleotida pemutus rantai tersebut secara terbatas kepada rantai DNA oleh polimerase DNA menghasilkan fragmen-fragmen DNA yang berhenti bertumbuh hanya pada posisi pada DNA tempat nukleotida tertentu tersebut tergabungkan. Fragmen-fragmen DNA tersebut lalu dipisahkan menurut ukurannya dengan [[elektroforesis]].
Metode sekuensing DNA yang lain adalah metode Maxam dan Gilbert yang didasari oleh modifikasi kimiawi DNA yang dilanjutkan dengan pemotongan DNA [http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=265521].
Metode ini mulanya cukup populer, namun seiring dengan dikembangkannya metode terminasi rantai menjadi semakin mudah dan murah, metode sekuensing Maxam-Gilbert menjadi tidak populer.
=== Sekuensing RNA ===
Kadang kala sekuensing RNA diperlukan walaupun informasi yang dikandung [[RNA]] sudah terdapat di dalam [[DNA]], khususnya pada [[eukariota]]. [[RNA]] lebih tidak stabil daripada DNA di dalam sel dan lebih rentan terhadap penguraian oleh enzim [[nuklease]] secara laboratorium. Dalam sekuensing RNA, metode yang umum digunakan adalah mula-mula membentuk fragmen DNA dari RNA tersebut dengan enzim [[transkriptase balik]]. Misalnya, DNA dapat disintesis dari cetakan [[mRNA]] dan disebut sebagai [[DNA komplementer]] (cDNA). Fragmen DNA tersebut kemudian dapat disekuensing dengan cara seperti yang disebutkan di atas.
== Sekuensing protein ==
{{main|Sekuensing protein}}
[[Berkas:Edman.jpg|
'''Sekuensing protein''' atau '''sekuensing peptida''' adalah penentuan urutan [[asam amino]] pada suatu [[protein]] atau [[peptida]] ([[oligopeptida]] maupun [[polipeptida]]). Metode untuk sekuensing [[protein]] umumnya melibatkan pemutusan [[ikatan kimia|ikatan]] yang diikuti dengan identifikasi asam amino.
Pada metode [[:en:edman degradation|degradasi Edman]], residu pada ujung-N (ujung amino) [[protein]] dipotong satu per satu dengan reaksi kimia. Setelah setiap pemotongan, residu [[asam amino]] yang telah dipotong tersebut dapat diidentifikasi menggunakan [[kromatografi]]. Prosedur tersebut diulangi untuk setiap residu asam amino. Kelemahan metode ini adalah bahwa polipeptida yang di-sekuensing tidak dapat lebih panjang dari 50–60 residu (dapat disiasati dengan memotong-motong polipeptida berukuran besar menjadi peptida-peptida berukuran lebih kecil sebelum dilakukan reaksi).
Metode sekuensing protein yang lain memanfaatkan [[spektrometri massa]] yang mampu mengukur [[massa]] [[peptida]] dengan tepat. Protein yang hendak di-sekuensing dipotong-potong secara [[enzim]]atik maupun [[reaksi kimia|kimia]] menjadi peptida-peptida yang kemudian dianalisis menggunakan spektrometri massa. Dalam proses spektrometri massa, peptida-peptida tersebut dipecah secara [[ionisasi]], misalnya dengan bantuan [[laser]] pada metode ''matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight spectrometry'' (spektrometri "ionisasi desorpsi laser dengan bantuan matriks"-"waktu terbang"/[[:en:MALDI-TOF|MALDI-TOF]]), kemudian [[ion|ion-ion]] residu yang dihasilkan ditentukan massanya. Pada metode ''[[:en:Peptide mass fingerprinting|peptide mass fingerprinting]]'' ("penyidikjarian massa peptida"), data massa fragmen-fragmen peptida tersebut dianalisis secara [[bioinformatika]] dengan rujukan [[basis data]] besar asam nukleat untuk menentukan sekuens protein asalnya (secara [[statistika]] berdasarkan data asam nukleat pada basis data tersebut). Selain itu, sekuens protein juga dapat ditentukan langsung dengan spektrometri massa pada metode ''[[:en:tandem mass spectrometry|tandem mass spectrometry]]'' ("spektrometri massa tandem").
Baris 37 ⟶ 40:
* [[Sekuensing asam nukleat]]
[[Kategori:Biologi
[[Kategori:Metode laboratorium]]
| |||