Kompleks eksosom: Perbedaan antara revisi

'''Kompleks eksosom''' adalah kompleks intraseluler multi-[[protein]] yang mampu mendegradasi berbagai jenis molekul asam ribonukleat ([[Asam ribonukleat|RNA]]). Kompleks eksosom ditemukan pada sel [[Eukariota|eukariotik]] dan [[arkea]]. Pada [[bakteri]], terdapat kompekskompleks serupa yang lebih sederhana disebut sebagai degradosom.

Inti eksosom mengandung struktur cincin beranggota enam tempat protein lain melekat. Dalam sel eukariotik, kompleks eksosom terdapat dalam [[sitoplasma]], [[Inti sel|nukleus]], dan terutama [[nukleolus]]. Protein yang berbeda berinteraksi dengan kompleks eksosom di kompartemen tersebut mengatur aktivitas degradasi RNA dari kompleks kepada [[Substrat (kimia)|substrat]] khusus. Substrat dari eksosom termasuk [[RNA duta|messenger RNA]], [[RNA ribosomal|RNA ribosom]], dan RNA kecil. Eksosom memiliki fungsi eksoribonukleolitik, yaitu mendegradasi RNA mulai dari ujung 3′, sedangkan pada eukariota juga memiliki fungsi endoribonukleolitik artinya memotong RNA pada situs-situsitus yang terdapat dalam molekul.

Eksosom pertama kali ditemukan sebagai [[Ribonuklease|RNase]] pada 1997 pada ragi ''[[Saccharomyces cerevisiae]]'', [[organisme model]] yang sering digunakan.<ref name =" Mitchell">{{Cite journal|last=Mitchell|first=P.|last2=Petfalski|first2=E.|last3=Shevchenko|first3=A.|last4=Mann|first4=M.|last5=Tollervey|first5=D.|yeardate=1997-11-14|title=The Exosomeexosome: Aa Conservedconserved Eukaryoticeukaryotic RNA Processingprocessing Complexcomplex Containingcontaining Multiplemultiple 3′→5′3'-->5' Exoribonucleasesexoribonucleases|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9390555|journal=Cell|volume=91|issue=4|pages=457–466|doi=10.1016/S0092s0092-8674(00)80432-8|issn=0092-8674|pmid=9390555}}</ref> Tidak lama kemudian, pada 1999, disadari bahwa eksosom sebenarnya merupakan ekuivalen ragi dari kompleks yang sudah dikarakterisasi dalam sel manusia yaitu kompleks ''PM/Scl'', suatu autoantigen pada pasien dengan [[penyakit autoimun]].<ref>{{Cite journal|last=Allmang|first=C|last2=Petfalski|first2=E|last3=Podtelejnikov|first3=A|last4=Mann|first4=M|last5=Tollervey|first5=D|last6=Mitchell|first6=P|year=1999|title=The yeast exosome and human PM-Scl are related complexes of 3' --> 5' exonucleases|journal=Genes & Development|volume=13|issue=16|pages=2148–58|doi=10.1101/gad.13.16.2148|pmc=316947|pmid=10465791}}</ref> Pemurnian dari "kompleks PM/Scl" ini memungkinkan adanya identifikasi lebih banyak protein eksosom manusia, dan pada akhirnya karakterisasi semua komponen dalam kompleks berhasil ditentukan.<ref>{{Cite journal|last=Brouwer|first=R.|last2=Allmang|first2=C.|last3=Raijmakers|first3=R.|last4=Vanvan Aarssen|first4=Y.|last5=Egberts|first5=WVW. V.|last6=Petfalski|first6=E.|last7=Vanvan Venrooij|first7=WJW. J.|last8=Tollervey|first8=D.|last9=Pruijn|first9=GJG. J.|yeardate=2001-03-02|title=Three novel components of the human exosome|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/11110791|journal=The Journal of Biological Chemistry|volume=276|issue=9|pages=6177–846177–6184|doi=10.1074/jbc.M007603200|issn=0021-9258|pmid=11110791}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Chen|first=CY|last2=Gherzi|first2=R|last3=Ong|first3=SE|last4=Chan|first4=EL|last5=Raijmakers|first5=R|last6=Pruijn|first6=GJ|last7=Stoecklin|first7=G|last8=Moroni|first8=C|last9=Mann|first9=M|displayauthors=8|year=2001|title=AU binding proteins recruit the exosome to degrade ARE-containing mRNAs|journal=Cell|volume=107|issue=4|pages=451–64|doi=10.1016/S0092-8674(01)00578-5|pmid=11719186}}</ref> Pada 2001, peningkatan jumlah data genom yang telah tersedia memungkinkan prediksi protein eksosom di arkea. Pada 2003, kompleks eksosom pertama dari organisme arkea berhasil dimurnikan.<ref>{{Cite journal|last=Koonin|first=EV|last2=Wolf|first2=YI|last3=Aravind|first3=L|year=2001|title=Prediction of the archaeal exosome and its connections with the proteasome and the translation and transcription machineries by a comparative-genomic approach|journal=Genome Research|volume=11|issue=2|pages=240–52|doi=10.1101/gr.162001|pmc=311015|pmid=11157787}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Evguenieva-Hackenberg|first=E|last2=Walter|first2=P|last3=Hochleitner|first3=E|last4=Lottspeich|first4=F|last5=Klug|first5=G|year=2003|title=An exosome-like complex in Sulfolobus solfataricus|journal=EMBO Reports|volume=4|issue=9|pages=889–93|doi=10.1038/sj.embor.embor929|pmc=1326366|pmid=12947419}}</ref>

===Protein pusatinti===

Inti dari kompleks memiliki struktur cincin yang terdiri dari enam protein yang semuanya termasuk dalam kelas RNase yang sama yaitu protein serupa RNase PH.<ref name = Falchi>{{Cite journal|last=Falchi|first=Federica A.|last2=Pizzoccheri|first2=Roberto|last3=Briani|first3=Federica|date=2022-01-31|title=Activity and Function in Human Cells of the Evolutionary Conserved Exonuclease Polynucleotide Phosphorylase|url=https://www.mdpi.com/1422-0067/23/3/1652|journal=International Journal of Molecular Sciences|language=en|volume=23|issue=3|pages=1652|doi=10.3390/ijms23031652|issn=1422-0067|}}</ref> Pada arkea, terdapat dua protein serupa PH yang berbeda (disebut Rrp41 dan Rrp42), masing-masing hadir tiga kali dalam urutan bergantian. Kompleks eksosom eukariotik memiliki enam protein berbeda yang membentuk struktur cincin.<ref>{{Cite journal|last=Lorentzen|first=EEsben|last2=Walter|first2=PPamela|last3=Fribourg|first3=SSebastien|last4=Evguenieva-Hackenberg|first4=EElena|last5=Klug|first5=GGabriele|last6=Conti|first6=EElena|yeardate=2005-07|title=The archaeal exosome core is a hexameric ring structure with three catalytic subunits|url=https://www.researchgate.net/publication/7790517_The_archaeal_exosome_core_is_a_hexameric_ring_structure_with_three_catalytic_subunits|journal=Nature Structural & Molecular Biology|language=en|volume=12|issue=7|pages=575–81575–581|doi=10.1038/nsmb952|pmidissn=159518171545-9993}}</ref><ref name="pmid171748862">{{Cite journal|last=Shen|first=V|last2=Kiledjian|first2=M|year=2006|title=A view to a kill: structure of the RNA exosome|journal=Cell|volume=127|issue=6|pages=1093–5|doi=10.1016/j.cell.2006.11.035|pmc=1986773|pmid=17174886}}</ref> Dari enam protein, tiga menyerupai protein Rrp41 arkea, dan tiga lainnya lebih menyerupai protein Rrp42 arkea.<ref>{{Cite journal|last=Raijmakers|first=R|last2=Egberts|first2=WV|last3=Vanname Venrooij|first3=WJ|last4=Pruijn|first4=GJ|year=2002|title=Protein-protein interactions between human exosome components support the assembly of RNase PH-type subunits into a six-membered PNPase-like ring|journal=Journal of Molecular Biology|volume=323|issue=4|pages=653–63|doi=10.1016Falchi/S0022-2836(02)00947-6|pmid=12419256}}</ref>

Selain sembilan protein eksosom inti, dua protein lain sering dihubungkan dengan kompleks pada organisme eukariotik. Salah satunya adalah Rrp44, suatu RNase hidrolitik yang termasuk dalam famili RNase R dari eksoribonuklease hidrolitik (nuklease yang menggunakan air untuk memutuskan ikatan nukleotida). Selain sebagai [[enzim]] eksoribonukleolitik, Rrp44 juga memiliki aktivitas endoribonukleolitik, yang berada dalam domain protein yang terpisah.<ref>{{Cite journal|last=Lebreton|first=A|last2=Tomecki|first2=R|last3=Dziembowski|first3=A|last4=Séraphin|first4=B|year=2008|title=Endonucleolytic RNA cleavage by a eukaryotic exosome|url=https://hal-ens.archives-ouvertes.fr/hal-01350769/file/Exosome_endo_post-print.pdf|journal=Nature|volume=456|issue=7224|pages=993–6|bibcode=2008Natur.456..993L|doi=10.1038/nature07480|pmid=19060886}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Schneider|first=C|last2=Leung|first2=E|last3=Brown|first3=J|last4=Tollervey|first4=D|year=2009|title=The N-terminal PIN domain of the exosome subunit Rrp44 harbors endonuclease activity and tethers Rrp44 to the yeast core exosome.|journal=Nucleic Acids Research|volume=37|issue=4|pages=1127–40|doi=10.1093/nar/gkn1020|pmc=2651783|pmid=19129231}}</ref> Pada ragi, Rrp44 dihubungkan dengan ''semua'' kompleks eksosom dan memiliki peran penting dalam aktivitas kompleks eksosom ragi.<ref>{{Cite journal|last=Schneider|first=C|last2=Anderson|first2=JT|last3=Tollervey|first3=D|year=2007|title=The exosome subunit Rrp44 plays a direct role in RNA substrate recognition|url=https://epublications.marquette.edu/cgi/viewcontent.cgi?article=1439&context=bio_fac|journal=Molecular Cell|volume=27|issue=2|pages=324–31|doi=10.1016/j.molcel.2007.06.006|pmc=7610968|pmid=17643380}}</ref> Diketahui manusia memiliki protein homolog Rrp44, tetapi tidak ditemukan bukti hingga waktu yang lama bahwa homolog ini dihubungkan dengan kompleks eksosom manusia.<ref name="IRC4">{{Cite book|last=Schilders|first=G|last2=Van Dijk|first2=E|last3=Raijmakers|first3=R|last4=Pruijn|first4=GJ|year=2006|title=Cell and molecular biology of the exosome: how to make or break an RNA|isbn=9780123646552|series=International Review of Cytology|volume=251|pages=159–208|doi=10.1016Falchi/S0074-7696(06)51005-8|pmid=16939780}}</ref> Hingga akhirnya pada 2010, ditemukan bahwa manusia memiliki tiga homolog Rrp44, dua di antaranya dapat dihubungkan dengan kompleks eksosom. Kedua protein ini kemungkinan besar mendegradasi substrat RNA yang berbeda karena terdapat pada lokasi yang berbeda, satu dilokalisasi di sitoplasma (Dis3L1) dan satunya lagi di nukleus (Dis3).<ref name="Staals2">{{Cite journal|last=Staals|first=RH|last2=Bronkhorst|first2=AW|last3=Schilders|first3=G|last4=Slomovic|first4=S|last5=Schuster|first5=G|last6=Heck|first6=AJ|last7=Raijmakers|first7=R|last8=Pruijn|first8=GJ|year=2010|title=Dis3-like 1: a novel exoribonuclease associated with the human exosome.|journal=The EMBO Journal|volume=29|issue=14|pages=2358–67|doi=10.1038/emboj.2010.122|pmc=2910272|pmid=20531389}}</ref><ref name="Tomecki2">{{Cite journal|last=Tomecki|first=R|last2=Kristiansen|first2=MS|last3=Lykke-Andersen|first3=S|last4=Chlebowski|first4=A|last5=Larsen|first5=KM|last6=Szczesny|first6=RJ|last7=Drazkowska|first7=K|last8=Pastula|first8=A|last9=Andersen|first9=JS|displayauthors=8|year=2010|title=The human core exosome interacts with differentially localized processive RNases: hDIS3 and hDIS3L|journal=The EMBO Journal|volume=29|issue=14|pages=2342–57|doi=10.1038/emboj.2010.121|pmc=2910271|pmid=20531386}}</ref>

Protein partner kedua yang umum yaitu Rrp6 (dalam ragi) atau PM/Scl-100 (pada manusia). Seperti Rrp44, protein ini merupakan eksoribonuklease hidrolitik, tetapi protein masuk dalam famili protein [[RNase D|RNase D.]].<ref>{{Cite journal|last=Mian|first=IS|year=1997|title=Comparative sequence analysis of ribonucleases HII, III, II PH and D|journal=Nucleic Acids Research|volume=25|issue=16|pages=3187–3195|doi=10.1093/nar/25.16.3187|pmc=146874|pmid=9241229}}</ref> Protein PM/Scl-100 paling sering merupakan bagian dari kompleks eksosom dalam inti sel, tetapi juga dapat membentuk bagian dari kompleks eksosom sitoplasma.<ref>{{Cite journal|last=RaijmakersZinder|first=RJohn C.|last2=SchildersLima|first2=GChristopher D.|last3date=Pruijn|first3=GJ|year=20042017-01-15|title=TheTargeting exosome,RNA afor molecularprocessing machineor fordestruction controlledby the eukaryotic RNA degradationexosome inand bothits nucleuscofactors|url=http://genesdev.cshlp.org/lookup/doi/10.1101/gad.294769.116|journal=Genes and& cytoplasmDevelopment|language=en|volume=31|issue=2|pages=88–100|doi=10.1101/gad.294769.116|issn=0890-9369|pmc=PMC5322736|pmid=28202538}}</ref><ref name="Vanacova 651–657">{{Cite journal|last=EuropeanVanacova|first=Stepanka|last2=Stefl|first2=Richard|date=2007-07|title=The Journalexosome ofand CellRNA Biologyquality control in the nucleus|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17603538|journal=EMBO reports|volume=838|issue=57|pages=175–83651–657|doi=10.10781038/0171sj.embor.7401005|issn=1469-9335-00385221X|pmc=1905902|pmid=1534680717603538}}</ref>

Selain dari dua subunit protein yang terikat erat ini, banyak protein berinteraksi dengan kompleks eksosom baik di sitoplasma maupun nukleus. Protein yang terhubung secara longgar ini dapat mengatur aktivitas dan spesifisitas kompleks eksosom. Dalam sitoplasma, eksosom berinteraksi dengan protein pengikat ''AU rich element'' (ARE) (misal KRSP dan TTP), yang dapat mendorong atau mencegah degradasi mRNA. Eksosom inti berhubungan dengan protein pengikat RNA (misal MPP6/Mpp6 dan C1D/Rrp47 pada manusia/ragi) yang diperlukan untuk memproses substrat tertentu.<ref name="IRC5">{{Cite book|last=Schilders|first=G|last2=Van Dijk|first2=E|last3=Raijmakers|first3=R|last4=Pruijn|first4=GJ|year=2006|title=Cell and molecular biology of the exosome: how to make or break an RNA|isbn=9780123646552|series=International Review of Cytology|volume=251|pages=159–208|doi=10.1016/S0074-7696(06)51005-8|pmid=16939780}}<Falchi/ref>

Selain protein tunggal, kompleks protein lain juga berinteraksi dengan eksosom. Salah satunya adalah kompleks Ski sitoplasma, yang mencakup RNA [[helikase]] (Ski2) dan terlibat dalam degradasi mRNA.<ref>{{Cite journal|last=Wang|first=L|last2=Lewis|first2=MS|last3=Johnson|first3=AW|year=2005|title=Domain interactions within the Ski2/3/8 complex and between the Ski complex and Ski7p|journal=RNA|volume=11|issue=8|pages=1291–302|doi=10.1261/rna.2060405|pmc=1370812|pmid=16043509}}</ref> Dalam nukleus, pemrosesan rRNA dan snoRNA oleh eksosom diperantarai oleh kompleks TRAMP, yang mengandung aktivitas RNA helikase (Mtr4) dan [[poliadenilasi]] (Trf4).<ref>{{Cite journal|last=LaCava|first=JJohn|last2=Houseley|first2=JJonathan|last3=Saveanu|first3=CCosmin|last4=Petfalski|first4=EElisabeth|last5=Thompson|first5=EElizabeth|last6=Jacquier|first6=AAlain|last7=Tollervey|first7=DDavid|yeardate=2005-06-03|title=RNA degradation by the exosome is promoted by a nuclear polyadenylation complex|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15935758|journal=Cell|volume=121|issue=5|pages=713–24713–724|doi=10.1016/j.cell.2005.04.029|issn=0092-8674|pmid=15935758}}</ref>

Pada arkea, subunit Rrp41 dari kompleks merupakan eksoribonuklease fosforolitik. Tiga salinan protein ini terdapat di cincin dan bertanggung jawab atas aktivitas kompleks.<ref name="pmid17174886pmid171748862">{{Cite journal|last=Shen|first=V|last2=Kiledjian|first2=M|year=2006|title=A view to a kill: structure of the RNA exosome|journal=Cell|volume=127|issue=6|pages=1093–5|doi=10.1016/j.cell.2006.11.035|pmc=1986773|pmid=17174886}}</ref> Pada eukariota, tidak ada subunit RNase PH yang mempertahankan aktivitas katalitik, yang berarti struktur cincin inti dari eksosom manusia tidak memiliki protein yang aktif secara enzimatik.<ref>{{Cite journal|last=Liu|first=QQuansheng|last2=Greimann|first2=JCJaclyn C.|last3=Lima|first3=CDChristopher D.|yeardate=2007-10|title=Erratum: Reconstitution, activitiesActivities, and structureStructure of the eukaryoticEukaryotic RNA exosomeExosome|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S009286740701207X|journal=[[Cell (journal)|Cell]]language=en|volume=131|issue=1|pages=188–189|doi=10.1016/j.cell.2007.09.019}}</ref> Terlepas dari hilangnya aktivitas katalitik ini, struktur eksosom inti sangat dilestarikan dari arkea hingga manusia, menunjukkan bahwa kompleks tersebut melakukan fungsi seluler yang sangat penting. Pada eukariota, tidak adanya aktivitas fosforolitik dikompensasi dengan adanya enzim hidrolitik, yang bertanggung jawab terhadap aktivitas ribonuklease dari eksosom pada organisme tersebut.<ref name ="pmid17173052" Dziembowski>{{Cite journal|last=Dziembowski|first=AAndrzej|last2=Lorentzen|first2=EEsben|last3=Conti|first3=EElena|last4=Séraphin|first4=BBertrand|yeardate=2007-01|title=A single subunit, Dis3, is in essenceessentially responsible for yeast exosome core activity|url=https://www.researchgate.net/publication/6627145_A_single_subunit_Dis3_is_essentially_responsible_for_yeast_exosome_core_activity|journal=Nature Structural & Molecular Biology|language=en|volume=14|issue=1|pages=15–22|doi=10.1038/nsmb1184|pmidissn=171730521545-9993}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Liu|first=QQuansheng|last2=Greimann|first2=JCJaclyn C.|last3=Lima|first3=CDChristopher D.|yeardate=2006-12-15|title=Reconstitution, activities, and structure of the eukaryotic RNA exosome|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17174896|journal=[[Cell (journal)|Cell]]|volume=127|issue=6|pages=1223–371223–1237|doi=10.1016/j.cell.2006.10.037|issn=0092-8674|pmid=17174896}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Lorentzen|first=EEsben|last2=Conti|first2=EElena|yeardate=2005-11-11|title=Structural basis of 3' end RNA recognition and exoribonucleolytic cleavage by an exosome RNase PH core|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16285928|journal=Molecular Cell|volume=20|issue=3|pages=473–81473–481|doi=10.1016/j.molcel.2005.10.020|issn=1097-2765|pmid=16285928}}</ref>

Protein hidrolitik Rrp6 dan Rrp44 dihubungkan dengan eksosom pada ragi dan manusia. Selain Rrp6, dua protein berbeda yaitu Dis3 dan Dis3L1, dapat dihubungkan pada posisi protein Rrp44 ragi.<ref name="StaalsStaals2">{{Cite journal|last=Staals|first=RH|last2=Bronkhorst|first2=AW|last3=Schilders|first3=G|last4=Slomovic|first4=S|last5=Schuster|first5=G|last6=Heck|first6=AJ|last7=Raijmakers|first7=R|last8=Pruijn|first8=GJ|year=2010|title=Dis3-like 1: a novel exoribonuclease associated with the human exosome.|journal=The EMBO Journal|volume=29|issue=14|pages=2358–67|doi=10.1038/emboj.2010.122|pmc=2910272|pmid=20531389}}</ref><ref name="TomeckiTomecki2">{{Cite journal|last=Tomecki|first=R|last2=Kristiansen|first2=MS|last3=Lykke-Andersen|first3=S|last4=Chlebowski|first4=A|last5=Larsen|first5=KM|last6=Szczesny|first6=RJ|last7=Drazkowska|first7=K|last8=Pastula|first8=A|last9=Andersen|first9=JS|displayauthors=8|year=2010|title=The human core exosome interacts with differentially localized processive RNases: hDIS3 and hDIS3L|journal=The EMBO Journal|volume=29|issue=14|pages=2342–57|doi=10.1038/emboj.2010.121|pmc=2910271|pmid=20531386}}</ref> Meskipun awalnya protein domain S1 dianggap memiliki aktivitas hidrolitik eksoribonuklease 3'-5', keberadaan aktivitas ini baru-baru ini dipertanyakan dan protein ini mungkin hanya berperan dalam mengikat substrat sebelum didegradasi oleh kompleks.<ref name ="pmid171730522">{{Cite journal|last=Dziembowski|first=A|last2=Lorentzen|first2=E|last3=Conti|first3=E|last4=Séraphin|first4=B|year=2007|title=A single subunit, Dis3, is in essence responsible for yeast exosome core activity|journal=Nature Structural & Molecular Biology|volume=14|issue=1|pages=15–22|doi=10.1038/nsmb1184|pmid=17173052}}</ref>

Eksosom terlibat dalam degradasi dan [[modifikasi pascatranskripsi]] berbagai molekul RNA. Dalam [[sitoplasma]], eksosom terlibat dalam pergantian molekul [[RNA duta|messenger RNA]] (mRNA). Kompleks tersebut dapat mendegradasi molekul mRNA yang telah ditandai karena mengandung kesalahan, melalui interaksi dengan protein dari jalur peluruhan tanpa henti. Cara lainnya, mRNA terdegradasi sebagai bagian dari [[RNA duta|pergantian normal]]. Beberapa protein yang menstabilkan atau mendestabilisasi molekul mRNA melalui pengikatan pada elemen kaya AU pada ''3' untranslated region'' (UTR) berinteraksi dengan kompleks eksosom.<ref>{{Cite journal|last=LeJeuneLejeune|first=FFabrice|last2=Li|first2=XXiaojie|last3=Maquat|first3=LELynne E.|yeardate=2003-09|title=Nonsense-mediated mRNA decay in mammalian cells involves decapping, deadenylating, and exonucleolytic activities|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/14527413|journal=Molecular Cell|volume=12|issue=3|pages=675–87675–687|doi=10.1016/S1097s1097-2765(03)00349-6|issn=1097-2765|pmid=14527413}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Wilson|first=MA|last2=Meaux|first2=S|last3=Van Hoof|first3=A|year=2007|title=A genomic screen in yeast reveals novel aspects of nonstop mRNA metabolism|journal=Genetics|volume=177|issue=2|pages=773–84|doi=10.1534/genetics.107.073205|pmc=2034642|pmid=17660569}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Lin|first=WJWei-Jye|last2=Duffy|first2=AAaron|last3=Chen|first3=CYChing-Yi|yeardate=2007-07-06|title=Localization of AU-rich element-containing mRNA in cytoplasmic granules containing exosome subunits|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17470429|journal=The Journal of Biological Chemistry|volume=282|issue=27|pages=19958–6819958–19968|doi=10.1074/jbc.M702281200|issn=0021-9258|pmid=17470429}}</ref> Dalam [[Inti sel|nukleus]], eksosom diperlukan untuk pemrosesan beberapa molekul RNA nuklir kecil secara tepat.<ref name="sRNA">{{Cite journal|last=Allmang|first=C|last2=Kufel|first2=J|last3=Chanfreau|first3=G|last4=Mitchell|first4=P|last5=Petfalski|first5=E|last6=Tollervey|first6=D|year=1999|title=Functions of the exosome in rRNA, snoRNA and snRNA synthesis|journal=EMBO Journal|volume=18|issue=19|pages=5399–410|doi=10.1093/emboj/18.19.5399|pmc=1171609|pmid=10508172}}</ref> Sementara [[nukleolus]] merupakan kompartemen tempat sebagian besar kompleks eksosom ditemukan. Kompleks eksosom memainkan peran dalam pemrosesan [[RNA ribosomal|RNA ribosom]] 5.8S (fungsi eksosom yang pertama kali diketahui) dan beberapa RNA nukleolar kecil.<ref name="Mitchell2Mitchell">{{Cite journal|last=Mitchell|first=P|last2=Petfalski|first2=E|last3=Shevchenko|first3=A|last4=Mann|first4=M|last5=Tollervey|first5=D|year=1997|title=The Exosome: A Conserved Eukaryotic RNA Processing Complex Containing Multiple 3′→5′ Exoribonucleases|journal=[[Cell (journal)|Cell]]|volume=91|issue=4|pages=457–466|doi=10.1016/S0092-8674(00)80432-8|pmid=9390555}}</ref><ref name="sRNA" /><ref>{{Cite journal|last=Schilders|first=G|last2=Raijmakers|first2=R|last3=Raats|first3=JM|last4=Pruijn|first4=GJ|year=2005|title=MPP6 is an exosome-associated RNA-binding protein involved in 5.8S rRNA maturation|journal=Nucleic Acids Research|volume=33|issue=21|pages=6795–804|doi=10.1093/nar/gki982|pmc=1310903|pmid=16396833}}</ref>

Meskipun sebagian besar sel memiliki enzim lain yang dapat mendegradasi RNA, baik dari ujung 3' atau dari ujung 5', kompleks eksosom sangat penting untuk kelangsungan hidup sel. Ketika [[Ekspresi gen|ekspresi]] protein eksosom dikurangi atau dihentikan secara artifisial (misalnya dengan [[interferensi RNA]]), pertumbuhan sel berhenti dan akhirnya sel mati. Protein inti dari kompleks eksosom serta dua protein partner utama, merupakan protein esensial.<ref>{{Cite journal|last=van Dijk|first=EL|last2=Schilders|first2=G|last3=Pruijn|first3=GJ|year=2007|title=Human cell growth requires a functional cytoplasmic exosome, which is involved in various mRNA decay pathways|journal=RNA|volume=13|issue=7|pages=1027–35|doi=10.1261/rna.575107|pmc=1894934|pmid=17545563}}</ref> [[Bakteri]] tidak memiliki kompleks eksosom, tetapi fungsi serupa dilakukan oleh kompleks yang lebih sederhana yang mencakup protein PNPase yang disebut ''degradosomedegradosom''.<ref>{{Cite journal|last=Carpousis AJ|first=AJA. J.|yeardate=2002-04-01|title=The Escherichia coli RNA degradosome: structure, function and relationship into other ribonucleolytic multienzymemultienyzme complexes|journalurl=Biochemhttps://www. Socresearchgate.net/publication/11336396_The_Escherichia_coli_RNA_degradosome_structure_function_and_relationship_to_other_ribonucleolytic_multienyzme_complexes|journal=Biochemical Trans.Society Transactions|language=en|volume=30|issue=2|pages=150–5150–155|doi=10.1042/BST0300150bst0300150|pmidissn=120357600300-5127}}</ref>

Kompleks eksosom merupakan target dari autoantibodi pada pasien dengan [[penyakit autoimun]]. Autoantibodi ini terutama ditemukan pada pasien dengan sindrom tumpang tindih PM/Scl, suatu penyakit autoimun dengan gejala [[skleroderma]], polimiositis, atau dermatomiositis.<ref>{{Cite journal|last=J.E. PopeSharma|first=JESanchit|yearlast2=2002Kumar|first2=Uma|date=2016-09|title=Scleroderma overlap syndromes|url=https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1756-185X.13011|journal=CurrentInternational OpinionJournal inof Rheumatic RheumatologyDiseases|language=en|volume=1419|issue=69|pages=704–10831–833|doi=10.10971111/000022811756-200211000-00013|pmid=12410095185X.13011}}</ref> Autoantibodi dapat dideteksi dalam serum pasien menggunakan berbagai tesuji. Pada masa lalu, metode yang paling umum digunakan yaitu imunodifusi ganda menggunakan ekstrak [[timus]] anak sapi, [[Imunofluoresen|imunofluoresensiimunofluoresen]]si pada sel HEp-2, atau imunopresipitasi dari ekstrak sel manusia. DalamPada uji imunopresipitasi dengan serum dari serum positif anti-eksosom, satu set protein yang khas diendapkan. SudahPola bertahun-tahunini sebelum kompleks eksosom diidentifikasi, pola inidikenal disebutsebagai kompleks ''PM/Scl'' selama bertahun-tahun sebelum kompleks eksosom diidentifikasi.<ref>{{Cite journal|last=Gelpi|first=C|last2=Algueró|first2=A|last3=Angeles Martinez|first3=M|last4=Vidal|first4=S|last5=Juarez|first5=C|last6=Rodriguez-Sanchez|first6=JL|year=1991|title=Identification of protein components reactive with anti-PM/Scl autoantibodies|journal=Clinical and Experimental Immunology|volume=81|issue=1|pages=59–64|doi=10.1111/j.1365-2249.1990.tb05291.x|pmc=1535032|pmid=2199097}}</ref> Imunofluoresensi menggunakan serum dari pasien inidengan sindrom tumpang tindih PM/Scl biasanya menunjukkan pewarnaan khas [[nukleolus]], yang mengindikasikan [[antigen]] yang dikenali oleh autoantibodi penting dalam [[Biosintesis|sintesis]] ribosom.<ref>{{Cite journal|last=Targoff|first=INI. N.|last2=Reichlin|first2=M.|yeardate=1985-02|title=Nucleolar localization of the PM-Scl antigen|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/3918546|journal=Arthritis &and Rheumatism|volume=28|issue=2|pages=226–30226–230|doi=10.1002/art.1780280221|issn=0004-3591|pmid=3918546}}</ref> Baru-baru ini, protein eksosom [[DNA rekombinan|rekombinan]] telah tersediaberhasil dibuat dan telah digunakan untuk mengembangkan ''line immunoassaysimmunoassay'' (LIA) dan [[ELISA]] untuk mendeteksi antibodiautiantibodi initersebut.<ref name="IRC">{{Cite bookjournal|last=SchildersKhodashenas|first=GShabanali|last2=Van DijkKhalili|first2=ESaeed|last3=RaijmakersForouzandeh Moghadam|first3=RMehdi|last4date=Pruijn|first4=GJ|year=20062019-05|title=CellA andcell molecularELISA biologybased ofmethod thefor exosome: howdetection toin makediagnostic orand breaktherapeutic an RNAapplications|isbnurl=9780123646552https://www.researchgate.net/publication/332276279_A_cell_ELISA_based_method_for_exosome_detection_in_diagnostic_and_therapeutic_applications|seriesjournal=International ReviewBiotechnology of CytologyLetters|language=en|volume=25141|issue=4-5|pages=159–208523–531|doi=10.10161007/S0074s10529-7696(06)51005019-802667-5|pmidissn=169397800141-5492}}</ref>

Pada penyakit ini,sindrom antiboditumpang ditujukantindih terhadapPM/Scl, autoantibodi mengenali dua protein dari kompleks, yaitu ''PM/Scl-100'' (protein serupa RNase D) dan ''PM/Scl-75'' (salah satu protein serupa RNase PH dari cincin). AntibodiAutoantibodi yang mengenali protein-protein tersebut ditemukan pada sekitar 30% pasien dengan sindrom tumpang tindih PM/Scl.<ref>{{Cite journal|last=Raijmakers|first=RReinout|last2=Renz|first2=MManfred|last3=Wiemann|first3=CClaudia|last4=Egberts|first4=WVWilma Vree|last5=Seelig|first5=HPHans Peter|last6=Vanvan Venrooij|first6=WJWalther J.|last7=Pruijn|first7=GJGer J. M.|yeardate=2004-02|title=PM-Scl-75 is the main autoantigen in patients with the polymyositis/scleroderma overlap syndrome|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/14872500|journal=Arthritis &and Rheumatism|volume=50|issue=2|pages=565–9565–569|doi=10.1002/art.20056|issn=0004-3591|pmid=14872500}}</ref> Meskipun kedua protein ini merupakan target utama dari autoantibodi, subunit eksosom lainnya danseperti protein partnerC1D (sepertisuatu C1Dprotein partner) juga dapat menjadi sasaran [[antibodi]].<ref name = Brouwer>{{Cite journal|last=Brouwer|first=R|last2=Vree Egberts|first2=WT|last3=Hengstman|first3=GJ|last4=Raijmakers|first4=R|last5=Van Engelen|first5=BG|last6=Seelig|first6=HP|last7=Renz|first7=M|last8=Mierau|first8=R|last9=Genth|first9=E|displayauthors=8|year=2002|title=Autoantibodies directed to novel components of the PM/Scl complex, the human exosome|journal=[[Arthritis Research & Therapy]]|volume=4|issue=2|pages=134–8|doi=10.1186/ar389|pmc=83843|pmid=11879549}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Schilders|first=GGeurt|last2=Egberts|first2=WVWilma Vree|last3=Raijmakers|first3=RReinout|last4=Pruijn|first4=GJGer J. M.|yeardate=2007-07|title=C1D is a major autoantibody target in patients with the polymyositis-scleroderma overlap syndrome|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17599775|journal=Arthritis &and Rheumatism|volume=56|issue=7|pages=2449–542449–2454|doi=10.1002/art.22710|issn=0004-3591|pmid=17599775}}</ref> Saat ini, cara paling sensitif untuk mendeteksi antibodi initersebut yaitu menggunakan suatu [[peptida]], (bukan protein lengkap) yang diturunkandidapat dari protein PM/Scl-100, sebagai antigen dalam [[ELISA]], bukan protein lengkap. Dengan metode ini, autoantibodi ditemukan hingga 55% pasien dengan sindrom tumpang tindih PM/Scl, tetapidan autoantibodi juga dapat dideteksi pada pasien dengan skleroderma, polimiositis, atau dermatomiositis saja.<ref>{{Cite journal|last=Mahler|first=M|last2=Raijmakers|first2=R|last3=Dähnrich|first3=C|last4=Blüthner|first4=M|last5=Fritzler|first5=MJ|year=2005|title=Clinical evaluation of autoantibodies to a novel PM/Scl peptide antigen|journal=Arthritis Research & Therapy|volume=7|issue=3|pages=R704–13|doi=10.1186/ar1729|pmc=1174964|pmid=15899056}}</ref>