HIVToolbox: Perbedaan antara revisi

Kajian tentang HIV dapat membahas mengenai protein-protein virus HIV yang sering disebut sebagai [[Domain protein|domain]]. Daerah yang lebih kecil dari protein, yang disebut [[minimotif]], juga terdapat dalam protein HIV. Minimotif atau motif linear pendek ini mengkode beberapa fungsi molekul yang berbeda dalam protein-protein HIV.<ref>{{Cite journal|last=Kadaveru|first=Krishna|last2=Vyas|first2=Jay|last3=Schiller|first3=Martin R.|year=2008|title=Viral infection and human disease - insights from minimotifs|journal=Frontiers in Bioscience|volume=13|issue=13|pages=6455–71|doi=10.2741/3166|pmc=2628544|pmid=18508672}}</ref> HIVtoolbox adalah aplikasi internet yang menggunakan database [[MySQL]] yang dirancang untuk mengintegrasikan data sekuens protein HIV yang berasal dari berbagai isolat, [[struktur protein]], domain protein, interaksi protein-protein, elemen fungsional dalam protein, dan minimotif yang telah diketahui dan diprediksi dari database [[Minimotif Miner]].<ref>{{Cite journal|last=Rajasekaran|first=Sanguthevar|last2=Balla|first2=Sudha|last3=Gradie|first3=Patrick|last4=Gryk|first4=Michael R.|last5=Kadaveru|first5=Krishna|last6=Kundeti|first6=Vamsi|last7=MacIejewski|first7=Mark W.|last8=Mi|first8=Tian|last9=Rubino|first9=Nicholas|year=2009|title=Minimotif miner 2nd release: a database and web system for motif search|journal=Nucleic Acids Research|volume=37|issue=Database issue|pages=D185–90|doi=10.1093/nar/gkn865|pmc=2686579|pmid=18978024}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Balla|first=Sudha|last2=Thapar|first2=Vishal|last3=Verma|first3=Snigda|last4=Luong|first4=ThaiBinh|last5=Faghri|first5=Tanaz|last6=Huang|first6=Chun-Hsi|last7=Rajasekaran|first7=Sanguthevar|last8=del Campo|first8=Jacob J|last9=Shinn|first9=Jessica H|year=2006|title=Minimotif Miner, a tool for investigating protein function|journal=Nature Methods|volume=3|issue=3|pages=175–177|doi=10.1038/nmeth856|pmid=16489333}}</ref> [[Asam amino]] lain yang terlibat dalam fungsi molekuler seperti [[katalisis]], [[dimerisasi]], dan sebagainya juga disertakan. Database HIVtoolbox juga mengandung konservasi asam amino terhitung untuk seluruh protein HIV yang membantu identifikasi daerah virus yang tidak berubah, sehingga dapat menunjukkan daerah penting. Rilis HIVToolbox versi kedua yaitu HIVToolbox2 juga memiliki informasi lokasi protein HIV yang dapat terikat dengan obat serta mengenai hubungan spasial dengan mutasi yang dapat muncul dalam virus HIV.<ref>{{Cite journal|last=Sargeant|first=David P.|last2=Deverasetty|first2=Sandeep|last3=Strong|first3=Christy L.|last4=Alaniz|first4=Izua J.|last5=Bartlett|first5=Alexandria|last6=Brandon|first6=Nicholas R.|last7=Brooks|first7=Steven B.|last8=Brown|first8=Frederick A.|last9=Bufi|first9=Flaviona|date=2014|title=The HIVToolbox 2 Web System Integrates Sequence, Structure, Function and Mutation Analysis|url=https://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0098810|journal=PLoS ONE|volume=9|issue=6|pages=e98810|doi=10.1371/journal.pone.0098810|access-date=2019-07-08|archive-date=2023-08-12|archive-url=https://web.archive.org/web/20230812124401/https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0098810|dead-url=no}}</ref>

* [http://hivtoolbox2.bio-toolkit.com/ HIVToolbox] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190623003035/http://hivtoolbox2.bio-toolkit.com/ |date=2019-06-23 }}