Pepsin: Perbedaan antara revisi

Pepsin paling aktif berada di lingkungan asam dengan suhu antara 37&nbsp;°C hingga 42&nbsp;°C.<ref>{{cite web|url=http://www.worthington-biochem.com/introbiochem/effectspH.html|title=Effects of pH|accessdate=29 April 2010}}</ref><ref name="urlBRENDA - Information on EC 3.4.23.1 - pepsin A">{{cite web | url = http://www.brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=3.4.23.1#pH%20OPTIMUM | title =Information on EC 3.4.23.1 - pepsin A | format = | work = Brenda-enzymes | accessdate = 14 Desember 2008}}</ref> Dengan demikian, situs sintesis primer dan aktivitasnya berada di dalam lambung (pH 1,5 sampai 2). Pepsin akan mencerna hingga 20% ikatan amida yang tertelan dengan memotong secara istimewa di sisi N-terminal<ref name="Lehninger_5th_ed">{{cite book | last1 = Cox | first1 = Michael | last2 = Nelson | first2 = David R. | last3 = Lehninger | first3 = Albert L | title = Lehninger principles of biochemistry | url = https://archive.org/details/lehningerprincip00lehn_1 | edition = | publisher = W.H. Freeman | location = San Francisco | year = 2008 | origyear = | pages = | quote = | isbn = 0-7167-7108-X | name-list-format = vanc }}</ref>{{rp|96}} asam amino aromatik seperti [[fenilalanin]], [[triptofan]], dan [[tirosin]].<ref name="Lehninger_5th_ed"/>{{rp|675}} Pepsin menunjukkan pemotongan istimewa untuk residu hidrofobik, terlebih aromatik, pada posisi P1 dan P1'. Peningkatan kerentanan terhadap hidrolisis terjadi jika terdapat asam amino yang mengandung [[sulfur]] berdekatan dengan [[ikatan peptida]] yang dimiliki asam amino aromatik. Pepsin menunjukkan aktivitas maksimum pada pH 2,0 dan tidak aktif pada pH lebih dari 6,5, tetapi pepsin tidak sepenuhnya terdenaturasi atau diinaktivasi secara ireversibel hingga pH 8,0.<ref name="pmid17417109">{{cite journal | vauthors = Johnston N, Dettmar PW, Bishwokarma B, Lively MO, Koufman JA | title = Activity/stability of human pepsin: implications for reflux attributed laryngeal disease | journal = The Laryngoscope | volume = 117 | issue = 6 | pages = 1036–9 | date = Juni 2007 | pmid = 17417109 | doi = 10.1097/MLG.0b013e31804154c3 }}</ref> Oleh karena itu, pepsin dalam larutan berpH hingga 8,0 dapat diaktifkan kembali saat reasidifikasi. Stabilitas pepsin pada pH tinggi memiliki implikasi yang signifikan terhadap penyakit yang disebabkan oleh [[refluks laringofaring]]. Pepsin tetap berada di laring setelah kejadian refluks lambung.<ref name="pmid15564833">{{cite journal | vauthors = Johnston N, Knight J, Dettmar PW, Lively MO, Koufman J | title = Pepsin and carbonic anhydrase isoenzyme III as diagnostic markers for laryngopharyngeal reflux disease | journal = The Laryngoscope | volume = 114 | issue = 12 | pages = 2129–34 | date = Dec 2004 | pmid = 15564833 | doi = 10.1097/01.mlg.0000149445.07146.03 }}</ref><ref name="pmid16466100">{{cite journal | vauthors = Johnston N, Dettmar PW, Lively MO, Postma GN, Belafsky PC, Birchall M, Koufman JA | title = Effect of pepsin on laryngeal stress protein (Sep70, Sep53, and Hsp70) response: role in laryngopharyngeal reflux disease | journal = The Annals of Otology, Rhinology, and Laryngology | volume = 115 | issue = 1 | pages = 47–58 | date = Jan 2006 | pmid = 16466100 | doi = 10.1177/000348940611500108}}</ref> Pada pH rata-rata dari laringofaring (pH = 6,8) pepsin akan menjadi tidak aktif, tetapi dapat diaktifkan kembali pada kejadian refluks asam selanjutnya yang mengakibatkan kerusakan pada jaringan lokal.

Pepsin dapat dihambat oleh pH tinggi atau oleh senyawa inhibitor. [[Pepstatin]] adalah senyawa dengan berat molekul rendah dan inhibitor potensial yang spesifik untuk protease asam dengan Ki sekitar 10^-10−10 M untuk pepsin. Residu statil pada pepstatin dianggap bertanggung jawab atas inhibisi pepstatin pada pepsin; [[statin]] merupakan analog potensial dari keadaan transisi untuk katalisis oleh pepsin dan protease asam lainnya. Pepstatin tidak secara kovalen mengikat pepsin sehingga penghambatan pepsin oleh pepstatin reversibel.<ref name="pmid339690">{{cite journal | vauthors = Marciniszyn J, Hartsuck JA, Tang J | title = Pepstatin inhibition mechanism | journal = Advances in Experimental Medicine and Biology | volume = 95 | issue = | pages = 199–210 | year = 1977 | pmid = 339690 | doi = 10.1007/978-1-4757-0719-9_12 }}</ref> 1-bis(diazoasetil)-2-feniletana secara reversibel menginaktivasi pepsin pada pH 5, suatu reaksi yang dipercepat dengan adanya Cu(II).<ref name="pmid4941985">{{cite journal | vauthors = Husain SS, Ferguson JB, Fruton JS | title = Bifunctional inhibitors of pepsin | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 68 | issue = 11 | pages = 2765–8 | date = November 1971 | pmid = 4941985 | pmc = 389520 | doi = 10.1073/pnas.68.11.2765 | bibcode = 1971PNAS...68.2765H }}</ref> Sukralfat juga menginhibisi pepsin.

Pepsin biasa digunakan dalam pembuatan fragmen F(ab')₂ dari [[antibodi]]. Dalam beberapa pengujian, lebih baik hanya menggunakan bagian pengikatan antigen (Fab) dari antibodi. Untuk aplikasi ini, antibodi dapat dicerna secara enzimatik untuk menghasilkan fragmen antibodi baik Fab maupun F(ab')₂. Untuk menghasilkan fragmen F(ab')₂, [[Antibodi G|IgG]] dicerna dengan pepsin, yang memotong rantai berat di dekat daerah engsel.<ref name="pmid27864476">{{cite journal | vauthors = Falkenburg WJ, van Schaardenburg D, Ooijevaar-de Heer P, Tsang-A-Sjoe MW, Bultink IE, Voskuyl AE, Bentlage AE, Vidarsson G, Wolbink G, Rispens T | title = Anti-Hinge Antibodies Recognize IgG Subclass- and Protease-Restricted Neoepitopes | journal = Journal of Immunology | volume = | issue = | pages = | year = 2016 | pmid = 27864476 | doi = 10.4049/jimmunol.1601096 }}</ref> Satu atau lebih ikatan disulfida yang bergabung dengan rantai berat di daerah engsel dipertahankan, sehingga kedua daerah Fab dari antibodi tetap bergabung bersama, menghasilkan molekul divalen (mengandung dua tempat pengikatan antibodi), sebagai penandaan F(ab')₂. Rantai ringan tetap utuh dan melekat pada rantai berat. Fragmen Fc dicerna menjadi peptida kecil. Fragmen Fab dihasilkan oleh pemotongan IgG dengan [[papain]], bukan pepsin. Papain memotong IgG di atas daerah engsel yang mengandung ikatan [[disulfida]] yang bergabung dengan rantai berat, tetapi berada di bawah lokasi ikatan disulfida antara rantai ringan dengan rantai berat. Pemotongan ini menghasilkan dua fragmen Fab monovalen terpisah (mengandung satu tempat pengikatan antibodi tunggal) dan fragmen Fc utuh. Fragmen dapat dimurnikan dengan filtrasi gel, pertukaran ion, atau kromatografi afinitas.<ref name="isbn0-87969-314-2">{{cite book | last1 = Lane | first1 = David Stuart | last2 = Harlow | first2 = Edward | title = Antibodies: a laboratory manual | url = https://archive.org/details/antibodieslabora0000unse | edition = | publisher = Cold Spring Harbor Laboratory | location = Cold Spring Harbor, N.Y | year = 1988 | origyear = | pages = A2926 | quote = | isbn = 0-87969-314-2 | name-list-format = vanc }}</ref>

* [http://beemansgum.org Beemans Gum] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20150925225859/http://beemansgum.org/ |date=2015-09-25 }}

* [http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=12 Pepsin: Molecule of the Month] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20151130075654/http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=12 |date=2015-11-30 }}, oleh David Goodsell, RCSB Protein Data Bank