Archaeol: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
Dibuat dengan menerjemahkan halaman "Archaeol" |
Riyanto1122 (bicara | kontrib) Fitur saranan suntingan: 1 pranala ditambahkan. Tag: VisualEditor Suntingan perangkat seluler Suntingan peramban seluler Suntingan seluler lanjutan Tugas pengguna baru Disarankan: tambahkan pranala |
||
| (4 revisi perantara oleh 3 pengguna tidak ditampilkan) | |||
Baris 1:
{{orphan|Oktober 2022}}
'''Archaeol''' merupakan salah satu dari lipid membran utaman yang dimiliki [[archaea]]. Ditinjau dari lipid membrannya, keberadaan archaeol yang memainkan peranan penting ini merupakan salah satu karakter utama yang membedakan archaea dengan [[bakteri]] dan [[eukarya]]. Karenanya archaeol digunakan sebagai salah satu penanda biologis yang mengidentifikasi aktivitas archaea kuno, terutama untuk kelompok [[metanogen]].<ref>{{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/646855109|title=Archaea : molecular and cellular biology|location=Washington, DC|isbn=978-1-55581-551-6|others=Cavicchioli, Ricardo,|oclc=646855109}}</ref>
Baris 54 ⟶ 55:
=== Proses sintesis ===
Archaeol biasanya ditemukan sebagai [[fosfolipid]] dalam sel archaea. Jalur sintetik dari archaeol fosfolipid jenuh berlangsung sebagai berikut: sintesis rantai samping isoprenoid dengan hubungan head-to-tail dari isopren, hubungan eter ke tulang punggung gliserol-1-fosfat, pembentukan archaeol CDP, ikatan gugus kepala kutub dan saturasi ikatan ganda. Setelahnya, lipid tetraeter dapat disintesis dengan reaksi dimerisasi melalui hubungan head-to-head.<ref name=":2">{{Cite journal|last=Jain|first=Samta|date=2014|title=Biosynthesis of archaeal membrane ether lipids|url=http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2014.00641/abstract|journal=Frontiers in Microbiology|volume=5|doi=10.3389/fmicb.2014.00641|pmc=PMC4244643|pmid=25505460}}</ref>
Rantai isoprenoid archaea memiliki jalur biosintetik yang berbeda dibandingkan dengan bakteri dan eukarya. Unit C5 [[isopentenil pirofosfat]] (IPP) dan [[Dimetilalil Pirofosfat|dimetilalil pirofosfat]] (DMAPP) adalah prekursor untuk isoprenoid. Prekursor ini bersifat universal untuk ketiga domain kehidupan tersebut. Dua senyawa tersebut umumnya disintesis dalam bakteri melalui jalur 2-C-metil-D-eritritol 4-fosfat/1-deoksi-D-xilulosa 5-fosfat (jalur MEP / DOXP). Sementara itu keduanya disintesis melalui jalur mevalonat (MVA) pada kebanyakan eukarya. Sintesis IPP dan DMAPP pada archaea mengikuti jalur MVA alternatif yang berbeda dari jalur MVA klasik dalam tiga langkah terakhir.<ref name=":2" />
=== Lipid eter pada bakteri ===
Archaeol yang telah dianggap sebagai penanda biologis yang meyakinkan untuk archaea menunjukkan masalah ketika lipid membran eter juga telah ditemukan pada beberapa [[Organisme aerobik|bakteri aerob]] dan [[Bakteri anaerob|anaerob]], termasuk lipid dengan satu ikatan ester dan satu ikatan eter dengan rantai alkil. Banyak kelompok bakteri yang bersifat sangat anoksik dan beberapa spesies aerobik mengandung plasmalogens (Pla). Plasmogens tersebut memiliki rantai alkil yang terikat pada posisi sn-1 dari gliserol melalui ikatan vinil-eter. Kondisi ini mirip dengan archaea dan lipid ini dianggap meningkatkan resistivitas bakteri terhadap lingkungan yang merugikan. Yang lebih mengejutkan adalah penemuan lipid dialkil gliserol dieter nonisoprenoid (DGD) dan lipid dialkil gliserol tetraeter bercabang (brGDGT). Kedua lipid tersebut dibentuk dengan cara yang mirip archaeol dengan mengikat rantai alkil (tetapi bukan rantai isoprenoid) ke molekul gliserol melalui ikatan eter. Lipid ini berbeda dari lipid eter archaea hanya untuk rantai samping dan posisi pengikatan pada gliserol saja. Kemudian, DGD dilaporkan telah ditemui juga dalam bakteri termofilik, beberapa bakteri mesofilik, dan myxobacteria.<ref>{{Cite journal|last=Grossi|first=Vincent|last2=Mollex|first2=Damien|last3=Vinçon-Laugier|first3=Arnauld|last4=Hakil|first4=Florence|last5=Pacton|first5=Muriel|last6=Cravo-Laureau|first6=Cristiana|date=2015-05-01|editor-last=Parales|editor-first=R. E.|title=Mono- and Dialkyl Glycerol Ether Lipids in Anaerobic Bacteria: Biosynthetic Insights from the Mesophilic Sulfate Reducer Desulfatibacillum alkenivorans PF2803 T|url=http://aem.asm.org/lookup/doi/10.1128/AEM.03794-14|journal=Applied and Environmental Microbiology|language=en|volume=81|issue=9|pages=3157–3168|doi=10.1128/AEM.03794-14|issn=0099-2240|pmc=PMC4393425|pmid=25724965}}{{Pranala mati|date=Januari 2023 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref><ref>{{Cite journal|last=Lorenzen|first=Wolfram|last2=Ahrendt|first2=Tilman|last3=Bozhüyük|first3=Kenan A J|last4=Bode|first4=Helge B|date=2014-06|title=A multifunctional enzyme is involved in bacterial ether lipid biosynthesis|url=http://www.nature.com/articles/nchembio.1526|journal=Nature Chemical Biology|language=en|volume=10|issue=6|pages=425–427|doi=10.1038/nchembio.1526|issn=1552-4450}}</ref>
== Digunakan sebagai lipid biomarker ==
Archaeol yang terdapat dalam sedimen umumnya berasal dari hidrolisis fosfolipid membran archaea selama proses diagenesis. Karena potensi preservasinya yang tinggi, lipid ini sering dideteksi dan digunakan oleh ahli geokimia organik sebagai biomarker untuk mendeteksi aktivitas archaea, terutama untuk uji biomassa dan aktivitas metanogen. Sebagai proksi metanogen, di kesempatan lain lipid ini digunakan oleh Michinari Sunamura et al. untuk secara langsung mengukur metanogen dalam sedimen [[Teluk Tokyo|yang terdapat di Tokyo Bay]],<ref>{{Cite journal|last=Sunamura|first=Michinari|last2=Koga|first2=Yosuke|last3=Ohwada|first3=Kouichi|date=1999-11|title=Biomass Measurement of Methanogens in the Sediments of Tokyo Bay Using Archaeol Lipids|url=http://link.springer.com/10.1007/PL00011811|journal=Marine Biotechnology|language=en|volume=1|issue=6|pages=562–568|doi=10.1007/PL00011811|issn=1436-2228}}</ref> dan selanjutnya digunakan oleh Katie LH Lim et al. sebagai indikator [[metanogenesis]] pada sampel tanah yang jenuh air.<ref>{{Cite journal|last=Lim|first=Katie L. H.|last2=Pancost|first2=Richard D.|last3=Hornibrook|first3=Edward R. C.|last4=Maxfield|first4=Peter J.|last5=Evershed|first5=Richard P.|date=2012|title=Archaeol: An Indicator of Methanogenesis in Water-Saturated Soils|url=http://www.hindawi.com/journals/archaea/2012/896727/|journal=Archaea|language=en|volume=2012|pages=1–9|doi=10.1155/2012/896727|issn=1472-3646|pmc=PMC3512251|pmid=23226972}}</ref> Selain itu, CA McCartney dkk. menggunakannya sebagai proxy untuk produksi metana pada sapi.<ref>{{Cite journal|last=McCartney|first=C.A.|last2=Bull|first2=I.D.|last3=Yan|first3=T.|last4=Dewhurst|first4=R.J.|date=2013-02|title=Assessment of archaeol as a molecular proxy for methane production in cattle|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022030212009277|journal=Journal of Dairy Science|language=en|volume=96|issue=2|pages=1211–1217|doi=10.3168/jds.2012-6042}}</ref>
Sementara itu, archaeol juga digunakan untuk membantu memahami biogeokimia purba. Misalnya oleh Richard D. Pancost et al. yang menggunakannya sebagai biomarker untuk merekonstruksi biogeokimia [[Holosen]] di lahan gambut ombrotrofik.<ref>{{Cite journal|last=Pancost|first=Richard D.|last2=McClymont|first2=Erin L.|last3=Bingham|first3=Elizabeth M.|last4=Roberts|first4=Zoë|last5=Charman|first5=Dan J.|last6=Hornibrook|first6=Edward R.C.|last7=Blundell|first7=Anthony|last8=Chambers|first8=Frank M.|last9=Lim|first9=Katie L.H.|date=2011-11|title=Archaeol as a methanogen biomarker in ombrotrophic bogs|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0146638011001823|journal=Organic Geochemistry|language=en|volume=42|issue=10|pages=1279–1287|doi=10.1016/j.orggeochem.2011.07.003}}</ref> Sebuah studi pada kesempatan lain yang dipimpin oleh Ian D. Bull et al. juga menunjukkan penggunaan archaeol sebagai biomarker untuk mengungkap perbedaan antara sistem pencernaan fermentasi pada bagian foregut dan [[Usus belakang|hindgut]] mamalia [[
Selain itu, karena perbedaan kinetika degradasi dari archaeol dan caldarchaeol yang utuh, rasio archaeol dan caldarchaeol diusulkan sebagai proxy [[Keasinan|salinitas]] di danau untuk dataran tinggi. Rasio tersebut dimanfaatkan menjadi alat untuk studi paleosalinitas bagi beberapa peneliti.<ref>{{Cite journal|last=Wang|first=Huanye|last2=Liu|first2=Weiguo|last3=Zhang|first3=Chuanlun L.|last4=Jiang|first4=Hongchen|last5=Dong|first5=Hailiang|last6=Lu|first6=Hongxuan|last7=Wang|first7=Jinxiang|date=2013-01|title=Assessing the ratio of archaeol to caldarchaeol as a salinity proxy in highland lakes on the northeastern Qinghai–Tibetan Plateau|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0146638012002045|journal=Organic Geochemistry|language=en|volume=54|pages=69–77|doi=10.1016/j.orggeochem.2012.09.011}}</ref>
Baris 73 ⟶ 74:
Dalam rangka menganalisis kandungan archaeol, lipid biasanya harus diekstraksi melalui prosedur Bligh-Dyer tradisional.<ref>{{Cite journal|last=Bligh|first=E. G.|last2=Dyer|first2=W. J.|date=1959-08-01|title=A RAPID METHOD OF TOTAL LIPID EXTRACTION AND PURIFICATION|url=http://www.nrcresearchpress.com/doi/10.1139/o59-099|journal=Canadian Journal of Biochemistry and Physiology|language=en|volume=37|issue=8|pages=911–917|doi=10.1139/o59-099|issn=0576-5544}}</ref> Prosedur diikuti oleh fraksinasi (dengan kromatografi kolom atau lapisan tipis) dan derivatisasi. Proses serupa yang melibatkan acid Bligh dan ekstraksi Dyer, perlakuan asam dan derivatisasi, juga diusulkan oleh kelompok peneliti seperti Kazuhiro Demizu dkk.<ref name=":3">{{Cite journal|last=Demizu|first=Kazuhiro|last2=Ohtsubo|first2=Sadami|last3=Kohno|first3=Shuhei|last4=Miura|first4=Isao|last5=Nishihara|first5=Masateru|last6=Koga|first6=Yosuke|date=1992|title=Quantitative determination of methanogenic cells based on analysis of ether-linked glycerolipids by high-performance liquid chromatography|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0922338X92905537|journal=Journal of Fermentation and Bioengineering|language=en|volume=73|issue=2|pages=135–139|doi=10.1016/0922-338X(92)90553-7}}</ref> dan Sadami Ohtsubo et al.<ref name=":4">{{Cite journal|last=Ohtsubo|first=Sadami|last2=Mitsuyoshi Kanno|last3=Hiroyoshi Miyahara|last4=Shuhei Kohno|last5=Yosuke Koga|last6=Isao Miura|date=1993-05|title=A sensitive method for quantification of aceticlastic methanogens and estimation of total methanogenic cells in natural environments based on an analysis of ether-linked glycerolipids|url=https://academic.oup.com/femsec/article-lookup/doi/10.1111/j.1574-6941.1993.tb00015.x|journal=FEMS Microbiology Ecology|language=en|volume=12|issue=1|pages=39–50|doi=10.1111/j.1574-6941.1993.tb00015.x}}</ref>
Teknologi seperti kromatografi biasanya digunakan ntuk mampu menentukan konsentrasi archaeol dalam sebuah sampel. Salah satunya termasuk high-performance liquid chromatography (HPLC),<ref name=":3" /><ref name=":4" /><ref>{{Cite journal|last=Martz|first=Robert F.|last2=Sebacher|first2=Daniel I.|last3=White|first3=David C.|date=1983-02|title=Biomass measurement of methane forming bacteria in environmental samples|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0167701283900076|journal=Journal of Microbiological Methods|language=en|volume=1|issue=1|pages=53–61|doi=10.1016/0167-7012(83)90007-6}}</ref> Kromatografi gas (GC),<ref>{{Cite journal|last=Smith|first=G.C.|last2=Floodgate|first2=G.D.|date=1992-10|title=A chemical method for estimating methanogenic biomass|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/027843439290078X|journal=Continental Shelf Research|language=en|volume=12|issue=10|pages=1187–1196|doi=10.1016/0278-4343(92)90078-X}}</ref> dan supercritical fluid chromatography (SFC).<ref>{{Cite journal|last=Holzer|first=Gunther U.|last2=Kelly|first2=Patrick J.|last3=Jones|first3=William J.|date=1988-07|title=Analysis of lipids from a hydrothermal vent methanogen and associated vent sediment by supercritical fluid chromatography|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0167701288900176|journal=Journal of Microbiological Methods|language=en|volume=8|issue=3|pages=161–173|doi=10.1016/0167-7012(88)90017-6}}</ref><ref>{{Cite book|last=King|first=Jerry|date=2002-01-22|url=http://www.crcnetbase.com/doi/10.1201/9780203908198.ch34|title=Lipid Biotechnology|publisher=CRC Press|isbn=978-0-8247-0619-7|editor-last=Gardner|editor-first=Harold|language=en|doi=10.1201/9780203908198.ch34|editor-last2=Min Kuo|editor-first2=Tsung}}{{Pranala mati|date=Februari 2021 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref> [[Spektrometri massa]] (MS) sering digunakan untuk membantu identifikasi pada banyak kasus.
== Lihat juga ==
Baris 82 ⟶ 83:
== Referensi ==
{{Reflist}}
[[Kategori:Eter]]
[[Kategori:Lipid]]
| |||