Pada 1 Januari 1986, Danarto menikah dengan seorang psikolog bernama Siti Zainab Luxfiati. Setelah hidup dalam rumah tangga selama 15 tahun, Danarto dan Zainab bercerai.<ref>{{ButuhCite rujukanbook|last=Baihaqi|date=2020|url=https://www.researchgate.net/profile/Baihaqi-Baihaqi/publication/344602617_SASTRA_SEBAGAI_ENLIGHTENMENT_DALAM_ANTOLOGI_CERPEN-_CERPEN_SUFISME_DANARTO/links/5f83adb9299bf1b53e20c1b8/SASTRA-SEBAGAI-ENLIGHTENMENT-DALAM-ANTOLOGI-CERPEN-CERPEN-SUFISME-DANARTO.pdf|title=Sastra Sebagai Enlightment Dalam Antologi Cerpen-Cerpen Sufisme Danarto|location=Pasuruan|publisher=CV. Penerbit Qiara Media|isbn=978-623-7925-16-3|pages=28|url-status=live}}</ref>
