Reaksi berantai polimerase transkripsi-balik: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
k menambahkan referensi dan parafrasa |
k →Perlakuan: (QuickEdit) |
||
| (10 revisi perantara oleh 8 pengguna tidak ditampilkan) | |||
Baris 1:
'''Reaksi berantai polimerase transkripsi-balik''' (lebih dikenal dengan nama {{lang-en|reverse transcription polymerase chain reaction}} atau '''RT-PCR''') adalah teknik amplifikasi [[DNA komplemen]] dengan [[Asam ribonukleat|RNA]] [[virus]] melalui [[reaksi berantai polimerase]] yang menggunakan [[enzim]] [[transkriptase balik]]. Proses amplifikasi menggunakan sepasang [[Primer DNA|primer]] [[oligonukleotida]] pada [[Urutan asam nukleat|sekuen]] [[gen]] spesifik.{{Sfn|Susanti|2013|p=48}} Reaksi berantai polimerase transkripsi-balik umumnya digunakan pada berbagai macam agen penyakit. Salah satu deteksinya yang umum ialah pada virus [[flu burung]].<ref>{{Cite journal|last=Dharmayanti, N.L.P.I, Hartawan, R., Hewajuli, D.A.|date=2016|title=Pengembangan Sejumlah Primer untuk Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction Guna Melacak Virus Flu Burung di Indonesia|url=https://ojs.unud.ac.id/index.php/jvet/article/view/22117/14662|journal=Jurnal Veteriner|volume=17|issue=2|pages=184|doi=10.19087/jveteriner.2016.17.2.183|issn=2477-5665}}</ref> Selain itu, reaksi berantai polimerase transkripsi-balik dijadikan sebagai [[penanda molekuler]] untuk analisis [[asam nukleat]] pada uji [[koronavirus]]. Hasil pengujian dari reaksi berantai polimerase balik bersifat cepat dan dapat diandalkan. Keuntungan lain dalam penggunaannya adalah proses penargetan dan identifikasi [[patogen]] yang spesifik. Reaksi berantai polimerase transkripsi-balik mulai dikembangkan setelah diketahui mampu melakukan [[identifikasi]] [[Genomika|genomik]] dan [[Proteomika|proteomik]] dari [[Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2|SARS-CoV-2]].{{Sfn|Wardiana|2020|p=23}} Metode reaksi berantai polimerase transkripsi-balik menghasilkan analisis secara kualitatif.<ref>{{Cite journal|last=Rawpassa, I. E., Rafiah, S., dan S.A., I Wayan|date=2008|title=Deteksi Helicobacter pylori pada Plak Gigi dengan Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction|url=https://jdmfs.org/index.php/jdmfs/article/viewFile/192/193|journal=Dentofasial|volume=7|issue=1|pages=41}}</ref>▼
▲'''Reaksi berantai polimerase transkripsi-balik''' adalah teknik amplifikasi [[DNA komplemen]] dengan [[Asam ribonukleat|RNA]] [[virus]] melalui [[reaksi berantai polimerase]] yang menggunakan [[enzim]] [[transkriptase balik]]. Proses amplifikasi menggunakan sepasang [[Primer DNA|primer]] [[oligonukleotida]] pada [[Urutan asam nukleat|sekuen]] [[gen]] spesifik.{{Sfn|Susanti|2013|p=48}} Reaksi berantai polimerase transkripsi-balik umumnya digunakan pada berbagai macam agen penyakit. Salah satu deteksinya yang umum ialah pada virus [[flu burung]].<ref>{{Cite journal|last=Dharmayanti, N.L.P.I, Hartawan, R., Hewajuli, D.A.|date=2016|title=Pengembangan Sejumlah Primer untuk Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction Guna Melacak Virus Flu Burung di Indonesia|url=https://ojs.unud.ac.id/index.php/jvet/article/view/22117/14662|journal=Jurnal Veteriner|volume=17|issue=2|pages=184|doi=10.19087/jveteriner.2016.17.2.183|issn=2477-5665}}</ref> Selain itu, reaksi berantai polimerase transkripsi-balik dijadikan sebagai [[penanda molekuler]] untuk analisis [[asam nukleat]] pada uji [[koronavirus]]. Hasil pengujian dari reaksi berantai polimerase balik bersifat cepat dan dapat diandalkan. Keuntungan lain dalam penggunaannya adalah proses penargetan dan identifikasi [[patogen]] yang spesifik. Reaksi berantai polimerase transkripsi-balik mulai dikembangkan setelah diketahui mampu melakukan [[identifikasi]] [[Genomika|genomik]] dan [[Proteomika|proteomik]] dari [[Koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2|SARS-CoV-2]].{{Sfn|Wardiana|2020|p=23}} Metode reaksi berantai polimerase transkripsi-balik menghasilkan analisis secara kualitatif.<ref>{{Cite journal|last=Rawpassa, I. E., Rafiah, S., dan S.A., I Wayan|date=2008|title=Deteksi Helicobacter pylori pada Plak Gigi dengan Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction|url=https://jdmfs.org/index.php/jdmfs/article/viewFile/192/193|journal=Dentofasial|volume=7|issue=1|pages=41}}</ref>
== Prinsip kerja ==
Baris 10 ⟶ 8:
# Tahap pertama adalah isolasi RNA. Sampel klinis pada tahap ini berasal dari jaringan tubuh, seperti [[darah]], spesimen [[biopsi]] jaringan, dan [[kultur sel]] atau [[kultur jaringan]]. Tujuan isolasi RNA adalah untuk mendapatkan [[RNA duta|mRNA]] yang terkandung dalam [[Sel (biologi)|sel]]. Isolasi RNA dimulai dengan me[[lisis]]<nowiki/>kan sel dan [[inti sel]], lalu dilanjutkan dengan pemisahan DNA/RNA dan [[protein]] dengan metoda [[Reaksi pengendapan|presipitasi]] protein, pemisahan RNA dan DNA dengan enzim [[DNA rekombinan|DNase]] dan terakhir melakukan penyimpanan RNA dalam ddH<sub>2</sub>O bebas enzim [[nukleasi]]. Larutan RNA yang diperoleh langsung dianalisis dan dapat pula disimpan dalam jangka waktu lama pada suhu -80[[Celsius|°C]].
# Tahap kedua adalah sintesis DNA komplemen, yaitu mengubah RNA khususnya mRNA gen target menjadi DNA komplemen. Enzim yang digunakan ialah enzim transkriptase balik dan [[Oligonukleotida|Oligo]] (dT) 15 primer . Larutan DNA komplemen yang akan digunakan secepatnya harus disimpan pada suhu 2-8 °C bila selama 1-2 [[jam]]. Sedangkan suhu -15
# Tahap ketiga adalah amplifikasi daerah transkrip gen target. Proses amplifikasi menggunakan primer oligonukleotida yang spesifik. Amplikon DNA komplemen akan dihasilkan jika reaksi berantai polimerase dilakukan dengan metode dua langkah. Kegunaan amplikon ini sebagai ekspresi transkrip gen target yang dapat di[[visualisasi]] secara [[biokimia]] dengan [[Elektroforesis gel|elektroforesis]] pada gel [[Agar-agar|agarose]]. Penerapan klinis dari reaksi berantai polimerase transkripsi-balik ialah visualisasi ekspresi mRNA BRLF1 EBV pada penderita [[kanker nasofaring]].{{Sfn|Wahyono, dkk.|2017|p=32}}
== Perlakuan ==
Dalam [[prosedur]] reaksi berantai polimerase transkripsi-balik, perlu diperhatikan hal-hal berikut:{{Sfn|Wahyono, dkk.|
# Alat-alat yang bebas dari RNAseRNA sangat rentan terhadap RNAse yang menyebar di [[lingkungan]], sehingga sangat dianjurkan menggunakan alat-alat yang bebas dari RNAse, seperti tabung Eppendorf dan tip mikropipet.
# [[Aluminium]] dianjurkan sebagai pelapisan pada peralatan [[laboratorium]] berbahan [[Kaca|gelas]]. Degradasi RNAse melalui sterilisasi pada suhu >180 °C selama 2 jam.
# [[Pereaksi kimia|Reagen]] dan [[larutan]] yang digunakan sebaiknya bebas RNAse. Dapat pula diberi perlakuan dengan [[dietil pirokarbonat]] (DEPC) 0,1 % v/v yang telah di[[sterilisasi]].
# Tris Hidroklorida tidak boleh diperlakukan dengan Dietil pirokarbonat, karena bersifat sangat [[Deret reaktivitas|reaktif]].
# Menggunakan [[sarung tangan]] berbahan [[karet]] pada saat melakukan isolasi RNA. Tutup tabung eppendorf hanya dilakukan dalam waktu yang singkat.
# [[Meja]] laboratorium dibersihkan sebelum bekerja, Bahan pembersihnya berupa larutan [[natrium hipoklorit]], [[etanol]] dengan kandungan 70 %, atau 0,1 % Sodium Dodesil Sulfat;
# Penyimpanan RNA dalam waktu yang lama dianjurkan pada suhu -80
# Isolasi RNA diperlakukan di atas [[es]] (suhu 4
# Penyimpanan stok [[Isopropil alkohol|isopropanol]] dalam waktu yang lama dilakukan pada suhu -80
# Reagen transkriptase balik disimpan pada suhu -20
# Penyimpanan DNA dan reagen dalam waktu yang lama dianjurkan pada suhu -80
# Preparasi untuk membuat campuran reaksi dilakukan di atas es dengan suhu 4
# Penyimpanan amplikon selama 1-2 hari menerapkan suhu 4
== Jenis ==
Baris 62 ⟶ 60:
5‟GCC ATT CCA CAA CATACA CCC‟3
H5-3:
5‟CTC CCC TGC TCA TTGCTA TG‟3
Baris 145 ⟶ 143:
== Referensi ==
===
{{Reflist}}
=== Daftar pustaka ===
[[Kategori:Metode laboratorium]]
▲# {{cite journal|last=Agustina, A.S., dan Fajrunni’mah, R.|first=|date=2020|title=Perbandingan Metode RT-PCR dan Tes Rapid Antibodi untuk Deteksi COVID-19|url=https://jurnal.poltekkesmamuju.ac.id/index.php/m/article/download/317/118/|journal=Jurnal Kesehatan Manarang|volume=6|issue=|pages=47–54|issn=2528-5602|ref={{sfnref|Agustina dan Fajrunni’mah|2020}}|url-status=live}}
[[Kategori:Biologi molekuler]]
▲#{{cite book|last=Mahfut|first=|year=2019|url=http://repository.lppm.unila.ac.id/19995/1/Cover%20%2B%20Mengenal%20Anggrek.pdf|title=Mengenal Anggrek Phalaenopsis dan Penyakit Virus Tanaman|location=Bandar Lampung|publisher=Aura|isbn=978-623-211-139-4|ref={{sfnref|Mahfut|2019}}|url-status=live}}
[[Kategori:Bioteknologi]]
▲#{{cite book|last=Susanti|first=R.|year=2013|title=Virus Avian Influenza dan Dinamika Molekulernya|location=Semarang|publisher=Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam|isbn=978-602-18553-5-5|ref={{sfnref|Susanti|2013}}|url-status=live|url=http://lib.unnes.ac.id/29504/1/monograf_lengkap.pdf}}
▲#{{cite book|last=Susilowati|first=Rani Priastini|year=2019|url=http://repository.ukrida.ac.id/bitstream/123456789/101/1/Buku%20Kajian%20Sel%20dan%20Molekuler.pdf|title=Kajian Sel dan Molekuler: Hubungannya Dengan Penyakit Pada Manusia|location=Banyumas|publisher=Penerbit CV. Pena Persada|isbn=978-979-3025-78-0|ref={{sfnref|Susilowati|2019}}|url-status=live}}
▲#{{cite book|last=Wahyono, dkk.|first=|year=2017|title=Diagnosa Molekuler Epstein-Barr virus: Penatalaksanaan Karsinoma Nasofaring|location=Banyumas|publisher=Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LPPM) Universitas Jenderal Soedirman|isbn=978-602-1643-47-1|ref={{sfnref|Wahyono, dkk.|2017}}|url-status=live}}
▲#{{cite journal|last=Wardiana|first=Andri|date=2020|title=Diagnosis SARS-CoV-2: Peran Sistem Deteksi dan Ragam Metode Uji Dalam Menanggulangi Pandemi COVID-19|url=https://terbitan.biotek.lipi.go.id/index.php/biotrends/article/download/277/237|journal=BioTrends|volume=11|issue=1|pages=21–29|issn=|ref={{sfnref|Wardiana|2020}}|url-status=live}}
| |||