Virus: Perbedaan antara revisi

Konten dihapus Konten ditambahkan
RianHS (bicara | kontrib)
Klasifikasi: terjemahan dari en.wp
k Membatalkan 1 suntingan oleh 182.3.196.235 (bicara) ke revisi terakhir oleh 103.148.233.83
Tag: Pembatalan
 
(77 revisi perantara oleh 29 pengguna tidak ditampilkan)
Baris 1:
{{disambig info|Virus (disambiguasi)}}
{{dab|Untuk artikel yang bersifat nonteknis dan lebih mudah dimengerti, silakan lihat [[pengantar tentang virus]]}}
{{Virusbox
{{Infobox spesies
|taxon = Virus
|color = rgb(250,250,190)
|name = Virus
|image = Rotavirus Reconstruction.jpg
|image_caption = Rekonstruksi partikel [[:en:Rotavirus|Rotavirus]] menggunakan komputer.
|subdivision_ranks = [[Dunia (virologi)|Dunia]]<ref name=ictv2019>{{Cite web|url=https://talk.ictvonline.org/taxonomy/|title=Virus Taxonomy: 2019 Release|date=Juli 2019|access-date=7 Oktober 2020|website=ICTV Online}}</ref>
|virus_group = I–VII
|subdivision_ranks = Grup
|subdivision =
* ''[[Duplodnaviria]]''
* I: [[Virus DNA#Group I|Virus dsDNA]]
* ''[[Monodnaviria]]''
* II: [[Virus DNA#Grup II|Virus ssDNA]]
* ''[[Riboviria]]''
* III: [[Virus RNA untai ganda|Virus dsRNA]]
* ''[[Varidnaviria]]''
* IV: [[Virus RNA untai tunggal (+)|Virus ssRNA (+)]]
* V: [[Virus RNA untai tunggal (−)|Virus ssRNA (-)]]
* VI: [[Virus RNA untai tunggal (+) dengan DNA perantara|Virus ssRNA-RT]]
* VII: [[Virus DNA untai ganda dengan RNA perantara|Virus dsDNA-RT]]
}}
'''Virus''' atau '''badi'''<ref>{{Kamus|badi}}</ref> adalah [[mikroorganisme]] [[patogen]] yang meng[[infeksi]] [[sel (biologi)|sel]] [[makhluk hidup]]. Virus hanya dapat [[replikasi diri|bereplikasi]] di dalam [[sel makhluk hidup(biologi)|sel]] karena virusmereka tidak memiliki perlengkapan seluler untuk bereproduksi sendiri. Semua bentuk kehidupan dapat diinfeksi oleh virus, mulai dari [[hewan]], [[tumbuhan]], hingga [[bakteri]] dan [[arkea]].<ref>{{Cite journal|last=Koonin|first=Eugene V.|last2=Senkevich|first2=Tatiana G.|last3=Dolja|first3=Valerian V.|date=2006-09-19|title=The ancient Virus World and evolution of cells|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16984643|journal=Biology Direct|volume=1|pages=29|doi=10.1186/1745-6150-1-29|issn=1745-6150|pmc=1594570|pmid=16984643}}</ref> Istilah ''virus'' biasanya digunakan padauntuk menyebut jenis virus yang menginfeksi sel-sel [[eukariota]], sementara virus yang menginfeksi sel [[prokariota]]—seperti (seperti bakteri dan arkea—dikenalarkea) dikenal sebagai [[bakteriofag]]. Keberadaan virus pertama kali diketahui melalui tulisan ilmiah [[Dmitri Ivanovsky]] pada 1892 yang menguraikan patogen non-bakteri yang menginfeksi tanaman tembakau dan penemuan [[virus mosaik tembakau]] oleh [[Martinus Beijerinck]] pada tahun 1898.{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=4}} Hingga tahun 2019, lebih dari 6.000 spesies virus telah [[deskripsi spesies|dideskripsikan]] secara rinci,<ref name=ictv2019/> dari total jutaan jenis virus di lingkungan.<ref name="Breitbart M, Rohwer F 2005 278–84">{{cite journal|vauthors=Breitbart M, Rohwer F|title=Here a virus, there a virus, everywhere the same virus?|journal=Trends in Microbiology|volume=13|issue=6|pages=278–284|date=Juni 2005|pmid=15936660|doi=10.1016/j.tim.2005.04.003 |issn=0966-842X}}</ref> Virus ditemukan di hampir setiap ekosistem di Bumi dan merupakan entitas biologis yang paling banyak jumlahnya.<ref name="Lawrence">{{cite journal | vauthors = Lawrence CM, Menon S, Eilers BJ, Bothner B, Khayat R, Douglas T, Young MJ | title = Structural and functional studies of archaeal viruses | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 284 | issue = 19 | pages = 12599–603 | date = May 2009 | pmid = 19158076 | pmc = 2675988 | doi = 10.1074/jbc.R800078200 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Edwards RA, Rohwer F | s2cid = 8059643 | title = Viral metagenomics | journal = Nature Reviews. Microbiology | volume = 3 | issue = 6 | pages = 504–10 | date = June 2005 | pmid = 15886693 | doi = 10.1038/nrmicro1163 }}</ref> Ilmu yang mempelajari tentang virus dikenal sebagai [[virologi]], sebuah subspesialisasi [[mikrobiologi]].
 
Saat terinfeksi, sel inang dipaksa untuk menghasilkan ribuan salinan identik dari virus asli dengan cepat. Ketika tidak berada di dalam sel atau tidak dalam proses menginfeksi sel, virus berada dalam bentuk partikel independen yang disebut [[virion]]. Virion terdiri atas dua atau tiga bagian: (1) [[materi genetik]], berupayaitu molekul panjang [[asam nukleat]] (berupa [[DNA]] saja atau [[RNA]] saja, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang diselubungimenyandi struktur protein yang digunakan virus; (2) lapisanmantel [[protein]] yang disebut kapsid., berfungsi mengelilingi dan melindungi materi genetik; dan Padapada beberapasebagian virus terdapat (3) selubung atau amplop eksternalluar yang terbuat dari [[lipid]]. Bentuk partikel virus berkisar dari bentuk [[heliks]] (pilinan) sederhana, [[ikosahedron|ikosahedral]] (bangun ruang bersisi 20), hingga struktur yang lebih kompleks. Kebanyakan spesies virus memiliki virion yang terlalu kecil untuk dilihat dengan [[mikroskop cahaya]] karena ukurannya seperseratus dari bakteri pada umumnya.
 
TerdapatAsal-usul virus dalam [[sejarah evolusi kehidupan]] masih belum jelas: beberapa virus mungkin [[Evolusi|berevolusi]] dari [[plasmid]] (potongan DNA yang dapat berpindah antarsel), sementara yang lain mungkin berevolusi dari bakteri. Dalam evolusi, virus merupakan perantara penting dalam [[transfer gen horizontal]], yang meningkatkan [[keanekaragaman genetik]] dengan cara yang dianalogikan dengan [[reproduksi seksual]].<ref>{{Cite journal|last=Canchaya|first=Carlos|last2=Fournous|first2=Ghislain|last3=Chibani-Chennoufi|first3=Sandra|last4=Dillmann|first4=Marie-Lise|last5=Brüssow|first5=Harald|date=Agustus 2003|title=Phage as agents of lateral gene transfer|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1369527403000869|journal=Current Opinion in Microbiology|language=|volume=6|issue=4|pages=417–424|doi=10.1016/S1369-5274(03)00086-9|pmid=12941415}}</ref> Ada perbedaan pendapat ilmiah mengenai status virus sebagai makhluk hidup atau sebagai struktur organik yang berinteraksi dengan makhluk hidup.<ref name="pmid26965225">{{Cite journal|last=Koonin|first=Eugene V.|last2=Starokadomskyy|first2=Petro|date=Oktober 2016-10|title=Are viruses alive? The replicator paradigm sheds decisive light on an old but misguided question|url=https://wwwlinkinghub.ncbielsevier.nlm.nih.govcom/pubmedretrieve/26965225pii/S1369848616300103|journal=Studies in History and Philosophy of Science Part C: Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences|language=|volume=59|issue=|pages=125–134|doi=10.1016/j.shpsc.2016.02.016|issn=1879-2499|pmc=5406846PMC5406846|pmid=26965225}}</ref> KarenaSebagai karakteristik khasnyabentuk inikehidupan, virus selalumembawa terasosiasimateri dengangenetik, berkembang biak, dan berevolusi melalui [[penyakitseleksi menular|penyakitalam]] tertentu, baikmeskipun padamereka manusiatidak (misalnyamemiliki viruskarakteristik [[influenza]]utama danmakhluk [[HIV]])hidup, hewanseperti (misalnyastruktur virussel, [[fluyang burung]]),umumnya ataudianggap tumbuhansebagai (misalnyakriteria yang diperlukan untuk kehidupan. Karena mereka memiliki beberapa kriteria makhluk hidup tetapi tidak semuanya, [[virus mosaikdigambarkan tembakau]])sebagai "organisme di tepi kehidupan",<ref name="ReferenceA">{{cite journal|last=Rybicki|first=E.|date=|year=April Ilmu1990|title=The yangclassification mempelajariof organisms at the edge of life or problems with virus disebutsystematics|url=https://journals.co.za/docserver/fulltext/sajsci/86/4/7309.pdf?expires=1603856732&id=id&accname=guest&checksum=1366C4524106DE40C7B6E832592F9601|journal=South African Journal of Science|volume=86|issue=|pages=182–186|doi=}}{{Pranala mati|date=April 2021 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref> dan sebagai [[virologireplikasi diri|pengganda diri]].<ref name="pmid26965225"/>
 
Virus menyebar dengan berbagai cara. Salah satu jalur penularan adalah melalui organisme pembawa penyakit yang dikenal sebagai [[Vektor (biologi)|vektor]]: misalnya, virus sering ditularkan dari tumbuhan satu ke tumbuhan oleh serangga yang memakan [[getah]] tumbuhan, seperti [[kutu daun]]; dan virus pada hewan dapat dibawa oleh serangga [[hematofagi|pengisap darah]]. [[Virus influenza]] menyebar melalui batuk dan bersin. ''[[Norovirus]]'' dan ''[[Rotavirus]]'', penyebab umum [[gastroenteritis]] viral, ditularkan melalui [[Transmisi fekal–oral|jalur fekal–oral]], melalui kontak dari-tangan-ke-mulut atau terbawa dalam makanan atau air. [[Dosis infektif minimal|Dosis infeksius]] ''Norovirus'' yang diperlukan untuk menghasilkan infeksi pada manusia kurang dari 100 partikel.<ref name="robilotti15">{{Cite journal|last=Robilotti|first=Elizabeth|last2=Deresinski|first2=Stan|last3=Pinsky|first3=Benjamin A.|date=Januari 2015|title=Norovirus|url=https://cmr.asm.org/content/28/1/134|journal=Clinical Microbiology Reviews|volume=28|issue=1|pages=134–164|doi=10.1128/CMR.00075-14|issn=0893-8512|pmc=PMC4284304|pmid=25567225|access-date=2020-10-28|archive-date=2020-11-01|archive-url=https://web.archive.org/web/20201101190717/https://cmr.asm.org/content/28/1/134|dead-url=yes}}</ref> [[HIV]] merupakan salah satu dari beberapa virus yang ditularkan melalui hubungan seksual dan terpapar darah yang mengandung virus. Beragam variasi sel inang yang dapat diinfeksi oleh suatu virus disebut "kisaran inang". Kisaran ini bisa saja sempit, artinya virus tersebut hanya mampu menginfeksi beberapa spesies, atau luas, artinya ia mampu menginfeksi banyak spesies.{{sfn|Shors|2017|p=123–124}}
 
Infeksi virus pada hewan memicu [[respons kekebalan]] yang biasanya menghilangkan virus yang sedang menginfeksi. Respons kekebalan juga dapat dihasilkan oleh [[vaksin]], yang memberikan kekebalan buatan terhadap infeksi virus tertentu. Beberapa virus, termasuk yang menyebabkan [[AIDS]], [[infeksi papilomavirus manusia]], dan [[virus hepatitis]], menghindari respons kekebalan ini dan menyebabkan infeksi [[kronis]]. Beberapa [[obat antivirus]] telah dikembangkan untuk mengobati penyakit akibat virus.
 
== Etimologi ==
Kata ''virus'' berasal dari [[bahasa Latin]] ''vīrus'' yang berarti [[racun]] dan cairan berbahaya lainnya., yang lebih jauh berasal dari [[Rumpunrumpun bahasa Indo-Eropa]] lain seperti [[bahasa Sanskerta]] ''viṣa'', [[bahasa Avesta]] ''vīša'', dan [[bahasa Yunani Kuno]] ''ἰός'' yang semuanya berarti racun.<ref name="Etymology">{{cite web|last=|first=|date=|title=virus (n.)|url=https://www.etymonline.com/word/virus|titlewebsite=virusOnline (n.)|website=EtymonlineEtymology Dictionary|accessdate=8 April 2020}}</ref> Kata sifat ''virulen'' dari bahasa Latin ''virulentus'' yang artinya beracun muncul sekitar tahun 1400.<ref name="Etymology2">{{cite web|last=|first=|date=|title=virulent (adj.)|url=https://www.etymonline.com/word/virulent|titlewebsite=virulentOnline (adj.)|website=EtymonlineEtymology Dictionary|accessdate=8 April 2020}}</ref> Makna virus sebagai "agen yang menyebabkanmengakibatkan penyakit infeksi" pertama kali digunakan pada tahun 1728,<ref name=Etymology/> jauh sebelum ditemukannya virus itu sendiri oleh [[Dmitri Ivanovsky]] pada tahun 1892. Sementara itu, kata sifat viral yang berarti "dari sifat virus atau disebabkan oleh virus" baru muncul pada tahun 1944.<ref name="Etymology3">{{cite web|last=|first=|date=|title=viral (adj.)|url=https://www.etymonline.com/word/viral|titlewebsite=viralOnline (adjEtymology Dictionary|accessdate=8 April 2020}}</ref> Istilah ''virion'' yang tercatat sejak 1959 juga digunakan untuk merujuk pada partikel virus tunggal yang keluar dari sel dan mampu menginfeksi sel lainnya yang sejenis.)<ref>{{Cite web|last=|first=|date=|title=Virion|url=https://www.etymonline.com/word/virion|website=EtymonlineOnline Etymology Dictionary|accessdateaccess-date=81 AprilNovember 2020}}</ref><ref>{{Cite book|date=2010|url=https://www.worldcat.org/oclc/480587729|title=Desk encyclopedia of general virology|location=Oxford|publisher=Academic Press|isbn=0-12-375162-4|others=Mahy, B. W. J. (Brian W. J.), Van Regenmortel, M. H. V.|oclc=480587729}}</ref>
 
== Sejarah penemuan ==
Baris 36 ⟶ 37:
*# Ketika kultur agen muri diinokulasikan ke dalam sel inang sehat yang rentan maka dapat menimbulkan penyakit
*# Agen yang sama dapat diambil dan diisolasi kembali dari inang yang terinfeksi tersebut
* Penelitian mengenai virus dimulai dengan penelitian mengenai [[penyakit mosaik]] yang menghambat pertumbuhan tanaman [[tembakau]] dan membuat daun tanaman tersebut memiliki bercak-bercak. Pada tahun [[1883]], [[Adolf Mayer]], seorang ilmuwan Jerman, menemukan bahwa penyakit tersebut dapat menular ketika tanaman yang ia teliti menjadi sakit setelah disemprot dengan getah tanaman yang sakit. Karena tidak berhasil menemukan mikrobamikrob pada getah tanaman tersebut, Mayer menyimpulkan bahwa penyakit tersebut disebabkan oleh [[bakteri]] yang lebih kecil dari biasanya dan tidak dapat dilihat dengan [[Mikroskop cahaya|mikroskop]].
* Pada tahun [[1892]], [[Dmitri Ivanovsky]] dari [[Rusia]] menemukan bahwa getah daun tembakau yang sudah disaring dengan penyaring bakteri masih dapat menimbulkan penyakit mosaik. IvanowskyIvanovsky lalu menyimpulkan dua kemungkinan, yaitu bahwa bakteri penyebab penyakit tersebut berbentuk sangat kecil sehingga masih dapat melewati saringan, atau bakteri tersebut mengeluarkan toksin yang dapat menembus saringan.<ref name=Akin/> Kemungkinan kedua ini dibantah pada tahun [[1897]] setelah [[Martinus Beijerinck]] dari [[Belanda]] menemukan bahwa agen infeksi di dalam getah yang sudah disaring tersebut dapat bereproduksi karena kemampuannya menimbulkan penyakit tidak berkurang setelah beberapa kali ditransfer antartanaman.<ref name=Akin/> Patogen mosaik tembakau disimpulkan sebagai bukan bakteri, melainkan merupakan ''contagium vivum fluidum'', yaitu sejenis cairan hidup pembawa penyakit.<ref name=Akin>{{cite book|last=Akin|first=H.M.|title=Virologi Tumbuhan|url=http://books.google.co.id/books?id=UOhgOysHmuQC&pg=PA17|format=Didigitalisasi oleh Google Penelusuran Buku|year=2005|accessdate=2009-03-13|location=Yogyakarta|publisher= Kanisius|pages=hlm. 17|isbn=9792111808, 9789792111804|archive-date=2014-04-21|archive-url=https://web.archive.org/web/20140421081745/http://books.google.co.id/books?id=UOhgOysHmuQC&pg=PA17|dead-url=yes}}</ref>
* Setelah itu, pada tahun [[1898]], Loeffler dan Frosch melaporkan bahwa penyebab [[penyakit mulut dan kaki]] sapi dapat melewati saringan yang tidak dapat dilewati bakteri. Namun, mereka menyimpulkan bahwa patogennya adalah bakteri yang sangat kecil.<ref name=Akin/>
* Pendapat Beijerinck baru terbukti pada tahun [[1935]], setelah [[Wendell Meredith Stanley]] dari [[Amerika Serikat]] berhasil meng[[kristal]]kan partikel penyebab penyakit mosaik yang kini dikenal sebagai [[virus mosaik tembakau]].<ref name=Campbell341>Campbell ''et al.'' (2002), hlm. 341. Diakses pada 26 Maret 2009.</ref> Stanley mengemukakan bahwa virus tetap akan dapat tetap aktif meskipun setelah kristalisasi.<ref name="Stanley">{{cite journal|author=Stanley WM|year=1933|title=Isolation of a crystalline protein possessing the properties of tobacco mosaic virus|url=http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=1&ved=0CBoQFjAA&url=http%3A%2F%2Fwww.asm.org%2FccLibraryFiles%2FFILENAME%2F0000000268%2F1935p160.pdf&rct=j&q=Isolation%20of%20a%20crystalline%20protein%20possessing%20the%20properties%20of%20tobacco%20mosaic%20virus&ei=Nr0CTsOMHsjjrAfnldjPCg&usg=AFQjCNHM2LkI3O2zUWWr47ldOtJRtLV1cA&sig2=6c89N-Zkp35Y5SfLdLx0CQ|format=pdf|journal=Science|volume=81|issue=|pages=644-645|doi=|id=|accessdate=|month=}}</ref> Virus ini juga merupakan virus yang pertama kali divisualisasikan dengan [[mikroskop elektron]] pada tahun [[1939]] oleh ilmuwan Jerman G.A. Kausche, E. Pfankuch, dan H. Ruska.<ref name=Creager>{{cite book|last=Creager|first=A.N.H.|title=The life of a virus: tobacco mosaic virus as an experimental model, 1930-1965|url=http://books.google.co.id/books?id=-gAglsDBasAC&pg=PA119&vq=first+electron+micrographs+of+TMV|edition= Edisi ke-2|format=Didigitalisasi oleh Google Penelusuran Buku|year=2002|accessdate=2009-03-26|location=Chicago|publisher=University of Chicago Press|pages=hlm. 119|isbn=0226120260, 9780226120263}}</ref>
* Pada tahun 1911, [[Peyton Rous]] menemukan jika ayam yang sehat diinduksi dengan sel tumor dari ayam yang sakit, maka pada ayam yang sehat tersebut juga akan terkena kanker.<ref name="Rous"/> Selain itu, Rous juga mencoba melisis sel [[tumor]] dari ayam yang sakit lalu menyaring sari-sarinya dengan pori-pori yang tidak dapat dilalui oleh [[bakteri]], lalu sari-sari tersebut di suntikkan dalam sel ayam yang sehat dan ternyata hal tersebut juga dapat menyebabkan kanker.<ref name="Rous"/> Rous menyimpulkan kanker disebabkan karena sel virus pada sel tumor ayam yang sakit yang menginfeksi sel ayam yang sehat.<ref name="Rous"/> Penemuan tersebut merupakan penemuan pertama [[virus onkogenik]], yaitu virus yang dapat menyebabkan tumor. Virus yang ditemukan oleh Rous dinamakan [[Rous Sarcoma Virus]] (RSV).<ref name="Rous">{{cite journal|author = Rous P|year = 1911|month =|title = A sarcoma of the fowl transmissible by an agent separable from the tumor cells|journal= J Exp Med|volume = 13|issue =|pages = 397-399|doi=|id =|url =http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=1&ved=0CBUQFjAA&url=http%3A%2F%2F159.149.74.38%2Fwebpage%2FBiologia%25202011%2FRous.pdf&ei=7a8CTq_8NszprQf_xsi_Cg&usg=AFQjCNFB8TZdjJ_-ZVlzbWZAsZn8WWnHzA&sig2=YSv1XT1Hd85vyOupp1mIlg|format = pdf|accessdate = }}</ref>
* Pada tahun 1933, ''Shope papilloma virus'' atau ''cottontail rabbit papilloma virus'' (CRPV) yang ditemukan oleh [[Richard E Shope|Dr. Richard E Shope]] merupakan model [[kanker]] pertama pada manusia yang disebabkan oleh virus.<ref name=Shope/> Dr. Shope melakukan percobaan dengan mengambil filtrat dari tumor pada hewan lalu disuntikkan pada kelinci domestik yang sehat, dan ternyata timbul tumor pada kelinci tersebut.<ref name=Shope>{{cite journal|author = Shope RE|year = 1933|month =|title = Infectious papillomatosis of rabbits; with a note on the histopathology|journal= J Exp Med|volume = 58|issue =|pages = 607|doi =|id =|url =http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=1&sqi=2&ved=0CBUQFjAA&url=http%3A%2F%2Fjem.rupress.org%2Fcontent%2F58%2F5%2F607.full.pdf&rct=j&q=filetype%3Apdf%20Infectious%20papillomatosis%20of%20rabbits%3B%20with%20a%20note%20on%20the%20histopathology&ei=broCTorTJ8jwrQe4wri0Cg&usg=AFQjCNHe578NdnUayaNLA4B5Dqo6EtYPIw&sig2=ipOK2zdFAwBE7xqxQtbX-g|format = pdf|accessdate = }}</ref>
* [[Wendell Stanley]] merupakan orang pertama yang berhasil mengkristalkan virus pada tahun 1935.<ref name=Stanley/> Virus yang dikristalkan merupakan [[Tobacco Mozaic Virus]] (TMV).<ref name=Stanley/> Stanley mengemukakan bahwa virus akan dapat tetap aktif meskipun setelah kristalisasi.<ref name=Stanley>{{cite journal|author = Stanley WM|year = 1933|month =|title = Isolation of a crystalline protein possessing the properties of tobacco mosaic virus|journal= Science|volume = 81|issue =|pages = 644-645|doi =|id =|url = http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=1&ved=0CBoQFjAA&url=http%3A%2F%2Fwww.asm.org%2FccLibraryFiles%2FFILENAME%2F0000000268%2F1935p160.pdf&rct=j&q=Isolation%20of%20a%20crystalline%20protein%20possessing%20the%20properties%20of%20tobacco%20mosaic%20virus&ei=Nr0CTsOMHsjjrAfnldjPCg&usg=AFQjCNHM2LkI3O2zUWWr47ldOtJRtLV1cA&sig2=6c89N-Zkp35Y5SfLdLx0CQ|format = pdf|accessdate = }}</ref>
* [[Martha Chase]] dan [[Alfred Hershey]] pada tahun 1952 berhasil menemukan [[bakteriofag]].<ref name=Hershey/> [[Bakteriofag]] merupakan virus yang memiliki inang bakteri sehingga hanya dapat bereplikasi di dalam sel bakteri.<ref name=Hershey>{{cite journal|author = Hershey AD, Chase M|year = 1952|month =|title = Independent Function of Viral Protein and Nucleic Acid in Growth of Bacteriophage|journal= Journal of General Physiology|volume = 36|issue =|pages = 39-56|doi =|id =|url = http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=1&ved=0CBoQFjAA&url=http%3A%2F%2Fjgp.rupress.org%2Fcontent%2F36%2F1%2F39.full.pdf&rct=j&q=filetype%3Apdf%20Independent%20Function%20of%20Viral%20Protein%20and%20Nucleic%20Acid%20in%20Growth%20of%20Bacteriophage&ei=ZL8CTtbqDMjjrAfnldjPCg&usg=AFQjCNFgbTTRlqhXeCCTJMUGwjhH4zUS_w&sig2=TuIywuDzg7IjluOQoDLWqg&cad=rja|format = pdf|accessdate = }}</ref>
 
== Asal-usul ==
{{lihat pula|Evolusi virus|Paleovirologi}}
Virus selalu berdampingan dengan organisme, dan mungkin telah ada sejak sel hidup pertama kali berevolusi. Virus tidak meninggalkan fosil, sehingga asal muasal virus hanya bisa dihipotesiskan dengan cara-cara seperti teknik-teknik [[biologi molekuler]].<ref>{{Cite Teknik-teknikjournal|last=Sanjuán|first=Rafael|last2=Nebot|first2=Miguel ini mengandalkan keberadaan DNA atau RNA virus yang terdahuluR. Akan tetapi, sebagian besar virus yang diawetkan dan disimpan di laboratorium berusia kurang dari 90 tahun.{{sfn|Shorslast3=Chirico|2017first3=Nicola|plast4=16}}{{sfnMansky|Collierfirst4=Louis dkkM.|1998last5=Belshaw|pfirst5=18–19}} MetodeRobert|date=2010-metode10-01|title=Viral biologiMutation molekulerRates|url=https://jvi.asm.org/content/84/19/9733|journal=Journal hanyaof berhasil melacak nenek moyang virus yang berevolusi pada abad keVirology|volume=84|issue=19|pages=9733–9748|doi=10.1128/JVI.00694-2010|issn=0022-538X|pmc=PMC2937809|pmid=20660197|access-date=2020-11-01|archive-date=2021-02-25|archive-url=https://web.archive.org/web/20210225060627/https://jvi.asm.org/content/84/19/9733|dead-url=yes}}</ref name="pmid15476878">{{cite journalSelain | vauthors = Liu Yitu, Nicklemateri DC,genetik Shrinervirus D,kadang-kadang Jensenberintegrasi MA,ke Learndalam GH,[[garis Mittlerbenih]] JE,organisme Mullinsinangnya JIsehingga |mereka titledapat =diturunkan Molecularsecara clock-likevertikal evolutionke ofketurunan humaninang immunodeficiencyselama virusbeberapa typegenerasi. 1Hal |ini journalmemberikan =sumber Virologyinformasi |yang volumetak =ternilai 329bagi |ahli issue[[paleovirologi]] =untuk 1melacak |kembali pagesvirus =kuno 101–08yang |telah dateada =hingga Novemberjutaan 2004tahun |yang pmidlalu. =Ada 15476878tiga |hipotesis doiutama =tentang 10.1016/j.virol.2004.08.014}}</ref> Golonganasal-usul virus: baruregresi, berkali-kalikeluar munculdari dalamsel, berbagaidan tahap evolusi makhluk hidup.koevolusi:<ref name="NRM_Krupovic2019">{{cite journal |vauthorsdate= Krupovic M, Dooja W, Koonin EV 2019|title=Origin of viruses: primordial replicators recruiting capsids from hosts. |journal=Nature Reviews Microbiology |volume=17 |issue=7 |pages=449–58 |date=2019 |doi=10.1038/s41579-019-0205-6 |pmid=31142823}}</ref>|vauthors=Krupovic Ada tiga teori utama tentang asal-usul virus: teori regresiM, teoriDooja keluar dari selW, danKoonin teori koevolusiEV}}</ref name=NRM_Krupovic2019 />{{sfn|Collier dkk.|1998|p=11–21}}
 
;Hipotesis regresi:Virus bisa jadi dulunya adalah sel-sel kecil yang menjadi [[parasit]] dalam sel yang lebih besar. Kemudian, parasit-parasit ini kehilangan gen-gen yang tidak lagi dibutuhkan setelah hidup sebagai parasit. Dengan demikian, sel-sel tersebut mengalami ''regresi'' menjadi virus. Teori ini didukung oleh keberadaan bakteri seperti ''[[Rickettsia]]'' dan ''[[Chlamydia (bakteri)|Chlamydia]]'' yang hanya mampu bereproduksi di dalam sel inang (seperti halnya virus). Menurut hipotesis ini, jika sel-sel kecil seperti ini bisa terus mengandalkan parasitisme untuk tetap hidup, gen-gen lain yang hanya diperlukan untuk hidup mandiri (hidup di luar sel inang) dapat hilang. Hipotesis ini juga disebut 'hipotesis degenerasi',{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=16}}{{sfn|Collier dkk.|1998|p=11}} atau 'hipotesis reduksi'.{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}}
 
; Hipotesis keluar dari sel:Virus mungkin berevolusi dari potongan DNA atau RNA yang keluar dari gen organisme yang lebih besar. DNA yang keluar ini dapat berasal dari [[plasmid]] (potongan-potongan DNA yang dapat berpindah dari satu sel ke sel lain) atau [[transposon]] (molekul DNA yang bereplikasi dan bergerak ke berbagai posisi dalam gen sel).{{sfn|Shors|2017|p=810}} Transposons pernah disebut sebagai "gen pelompat" dan merupakan contoh unsur genetik yang dapat berpindah dengan mudah dan bisa jadi merupakan asal mula beberapa virus. Mereka ditemukan pada jagung oleh [[Barbara McClintock]] pada tahun 1950.<ref>{{Cite journal|last=McClintock|first=B.|date=1 Juni 1950|title=The origin and behavior of mutable loci in maize|url=http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.36.6.344|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|volume=36|issue=6|pages=344–355|doi=10.1073/pnas.36.6.344|issn=0027-8424|pmc=PMC1063197|pmid=15430309}}</ref> Hipotesis ini kadang-kadang disebut 'hipotesis gelandangan',{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=16}}{{sfn|Collier dkk.|1998|p=11–12}} atau 'hipotesis melarikan diri'.{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}}
;Teori regresi :Menurut teori ini, virus bisa jadi dulunya adalah sel-sel kecil yang menjadi [[parasit]] dalam sel yang lebih besar. Kemudian, parasit-parasit ini kehilangan gen-gen yang tidak lagi dibutuhkan setelah hidup sebagai parasit. Dengan demikian, sel-sel tersebut mengalami ''regresi'' menjadi virus. Teori ini didukung oleh keberadaan bakteri seperti ''[[Rickettsia]]'' dan ''[[Chlamydia (bakteri)|Chlamydia]]'' yang hanya mampu bereproduksi di dalam sel inang (seperti halnya virus). Menurut teori ini, jika sel-sel seperti ini bisa mengandalkan hidup sebagai parasit, gen-gen lain yang hanya diperlukan untuk hidup mandiri dapat hilang.
 
; Hipotesis koevolusi: Hipotesis ini juga disebut 'hipotesis virus-pertama'{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}} yang mengusulkan bahwa virus mungkin telah berevolusi dari molekul kompleks berupa protein dan asam nukleat pada saat yang sama ketika sel pertama kali muncul di Bumi dan akan bergantung pada kehidupan seluler selama miliaran tahun. [[Viroid]] merupakan molekul RNA yang tidak diklasifikasikan sebagai virus karena tidak memiliki mantel protein. Mereka memiliki karakteristik yang sama dengan beberapa virus dan sering disebut agen subviral.{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=55}} Viroid merupakan patogen tumbuhan yang penting.{{sfn|Shors|2017|p=791}} Mereka tidak menyandi protein tetapi berinteraksi dengan sel inang dan menggunakan perangkat yang dimiliki inang untuk bereplikasi.<ref>{{Cite journal|last=Tsagris|first=Efthimia Mina|last2=Martínez de Alba|first2=Ángel Emilio|last3=Gozmanova|first3=Mariyana|last4=Kalantidis|first4=Kriton|date=November 2008|title=Viroids|url=http://doi.wiley.com/10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x|journal=Cellular Microbiology|volume=10|issue=11|pages=2168–2179|doi=10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x}}</ref> [[Hepatitis D|Virus hepatitis delta]] pada manusia memiliki genom RNA yang mirip dengan viroid tetapi mereka memiliki lapisan protein yang berasal dari virus hepatitis B dan tidak dapat menghasilkannya sendiri. Oleh karena itu, virus ini cacat. Meskipun genom virus hepatitis delta dapat bereplikasi secara independen setelah berada di dalam sel inang, ia membutuhkan bantuan virus hepatitis B untuk menyediakan mantel protein sehingga ia dapat ditularkan ke sel baru.{{sfn|Shors|2017|p=460}} Dengan cara yang sama, [[Virofag Sputnik]] bergantung pada ''[[Mimivirus]]'', yang menginfeksi protozoa ''[[Acanthamoeba castellanii]]''.<ref>{{Cite journal|last=La Scola|first=Bernard|last2=Desnues|first2=Christelle|last3=Pagnier|first3=Isabelle|last4=Robert|first4=Catherine|last5=Barrassi|first5=Lina|last6=Fournous|first6=Ghislain|last7=Merchat|first7=Michèle|last8=Suzan-Monti|first8=Marie|last9=Forterre|first9=Patrick|date=September 2008|title=The virophage as a unique parasite of the giant mimivirus|url=http://www.nature.com/articles/nature07218|journal=Nature|volume=455|issue=7209|pages=100–104|doi=10.1038/nature07218|issn=0028-0836}}</ref> Jenis virus ini, yang bergantung pada keberadaan spesies virus lain di dalam sel inang, disebut 'satelit' dan mungkin merupakan contoh perantara evolusi antara viroid dan virus.{{sfn|Collier dkk.|1998|p=777}}{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=15–16}}
; Teori keluar dari sel :Menurut teori ini, virus berevolusi dari potongan DNA atau RNA yang keluar dari gen organisme yang lebih besar. DNA yang keluar ini dapat berasal dari [[plasmid]] (potongan-potongan DNA yang dapat berpindah dari satu sel ke sel lain) dan juga dari bakteri.{{sfn|Collier dkk.|1998|p=11–12}}
 
Ketiga hipotesis ini memiliki kelemahan. Hipotesis regresi tidak dapat menjelaskan mengapa sel-sel parasit terkecil yang ditemukan pun tidak memiliki kemiripan sama sekali dengan virus. Hipotesis keluar dari sel tidak dapat menjelaskan struktur-struktur yang hanya ada pada virus dan tidak pada sel, seperti kapsid yang kompleks. Hipotesis koevolusi bertentangan dengan definisi virus—bahwa mereka membutuhkan sel inang—dan tidak dapat menjelaskan bagaimana virus yang terbentuk pertama kali dapat bertahan dan memperbanyak diri tanpa keberadaan sel.<ref>{{Cite journal|last=Nasir|first=Arshan|last2=Kim|first2=Kyung Mo|last3=Caetano-Anollés|first3=Gustavo|date=September 2012|title=Viral evolution: Primordial cellular origins and late adaptation to parasitism|url=http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.4161/mge.22797|journal=Mobile Genetic Elements|volume=2|issue=5|pages=247–252|doi=10.4161/mge.22797|issn=2159-256X|pmc=PMC3575434|pmid=23550145}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Wessner|first=D.R.|date=2010|title=The Origins of Viruses|url=https://www.nature.com/scitable/topicpage/the-origins-of-viruses-14398218/|journal=Nature Education|volume=3|issue=9|pages=37|doi=}}</ref>{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}} Saat ini virus dipandang sebagai entitas kuno dan memiliki asal-usul yang mendahului percabangan kehidupan ke dalam [[Sistem tiga domain|tiga domain]].{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=28}} Penemuan ini mengarahkan ahli virologi modern untuk mempertimbangkan kembali dan mengevaluasi kembali ketiga hipotesis klasik ini.{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=28}}
; Teori koevolusi : Menurut teori ini, virus tidak berasal dari sel dan berevolusi dari molekul-molekul kompleks protein dan DNA pada saat yang sama dengan munculnya sel di bumi, dan selama bertahun-tahun selalu bergantung kepada sel hidup.<ref name =Wessner>{{cite journal | author = Wessner DR | year = 2010 | title = The Origins of Viruses | url = | journal = Nature Education | volume = 3 | issue = 9| page = 37 }}</ref>
 
Bukti untuk [[hipotesis dunia RNA]]{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=26}} dan analisis komputer terhadap urutan DNA virus dan inangnya memberikan pemahaman yang lebih baik tentang hubungan evolusi di antara virus-virus dan dapat membantu mengidentifikasi nenek moyang virus modern. Sampai saat ini, analisis tersebut belum membuktikan hipotesis mana yang benar.{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}} Tampaknya tidak mungkin bahwa semua virus yang saat ini diketahui memiliki nenek moyang yang sama dan virus mungkin telah muncul berkali-kali pada masa lalu oleh satu atau beberapa mekanisme.{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=15–16}}
Ketiga teori ini memiliki kelemahan. Teori regresi tidak dapat menjelaskan mengapa sel-sel parasit terkecil yang ditemukan pun tidak memiliki kemiripan sama sekali dengan virus. Teori keluar dari sel tidak dapat menjelaskan struktur-strukur yang hanya ada pada virus dan tidak pada sel. Teori koevolusi tidak dapat menjelaskan bagaimana virus yang terbentuk pertama kali dapat bertahan dan memperbanyak diri tanpa keberadaan sel.<ref name =Wessner /><ref name=Nasir>{{cite journal|title=Viral evolution: Primordial cellular origins and late adaptation to parasitism | vauthors= Nasir A, Kim KM, Caetano-Anollés G | year = 2012 | pmid = 23550145 | doi=10.4161/mge.22797 | journal=Mobile Genetic Elements | volume = 2 | issue =5 | pages=247–52 }}</ref>
 
== Mikrobiologi ==
=== Status kehidupan ===
Ada perbedaan pendapat ilmiah tentang apakah virus digolongkan sebagai makhluk hidup atau sekadar [[Senyawa organik|struktur organik]] yang berinteraksi dengan makhluk hidup. Walaupun demikian, mereka lebih sering dianggap sebagai replikator (zat yang melakukan [[replikasi DNA]]) dan tidak termasuk bentuk kehidupan.<ref>{{cite journal |title=Are viruses alive? The replicator paradigm sheds decisive light on an old but misguided question |journal=Stud Hist Philos Biol Biomed Sci |volume=59 |pages=125–34 |date=7 Maret 2016 |last=Koonin |first=E.V. |last2=Starokadomskyy |first2=P. |doi=10.1016/j.shpsc.2016.02.016 |pmid=26965225 |pmc=5406846}}</ref> Virus digambarkan sebagai "organisme di ujung kehidupan",<ref name="ReferenceA">{{cite journal| vauthors = Rybicki EP |year = 1990|title = The classification of organisms at the edge of life, or problems with virus systematics|journal = South African Journal of Science |volume = 86|pages = 182–86}}</ref> karena mereka serupa dengan makhluk hidup dalam hal kepemilikan [[gen]], ber[[evolusi]] melalui [[seleksi alam]],<ref name="pmid17914905">{{cite journal | vauthors = Holmes EC | title = Viral evolution in the genomic age | journal = PLOS Biology | volume = 5 | issue = 10 | pages = e278 | date = October 2007 | pmid = 17914905 | pmc = 1994994 | doi = 10.1371/journal.pbio.0050278 }}</ref> dan bereproduksi dengan membuat banyak salinan dari diri mereka sendiri melalui perakitan diri. Meskipun virus memiliki gen, mereka tidak memiliki [[sel (biologi)|sel]], yang sering dipandang sebagai unit dasar kehidupan. Virus tidak memiliki [[metabolisme]] sendiri dan membutuhkan sel inang untuk membuat produk baru. Oleh karena itu, mereka tidak dapat bereproduksi secara alami di luar sel inang.<ref name="pmid20010599">{{cite journal | vauthors = Wimmer E, Mueller S, Tumpey TM, Taubenberger JK | title = Synthetic viruses: a new opportunity to understand and prevent viral disease | journal = Nature Biotechnology | volume = 27 | issue = 12 | pages = 1163–72 | date = December 2009 | pmid = 20010599 | pmc = 2819212 | doi = 10.1038/nbt.1593 }}</ref> Walaupun sejumlah [[bakteri]] seperti ''[[Rickettsia]]'' dan ''[[Chlamydia (bakteri)|Chlamydia]]'' memiliki keterbatasan yang sama, mereka dianggap sebagai organisme hidup karena memiliki sel sendiri.<ref name="pmid18473699">{{cite journal | vauthors = Horn M | title = Chlamydiae as symbionts in eukaryotes | journal = Annual Review of Microbiology | volume = 62 | pages = 113–31 | year = 2008 | pmid = 18473699 | doi = 10.1146/annurev.micro.62.081307.162818 }}</ref><ref name="pmid19016440">{{cite journal | vauthors = Ammerman NC, Beier-Sexton M, Azad AF | title = Laboratory maintenance of Rickettsia rickettsii | journal = Current Protocols in Microbiology | volume = Chapter 3 | issue = 1 | pages = Unit 3A.5 | date = November 2008 | pmid = 19016440 | pmc = 2725428 | doi = 10.1002/9780471729259.mc03a05s11 | isbn = 978-0471729259 }}</ref> Perakitan diri virus di dalam sel inang berimplikasi pada studi [[Abiogenesis|asal mula kehidupan]] karena mendukung [[hipotesis]] bahwa kehidupan dapat dimulai dari molekul organik yang dapat merakit diri.<ref name="pmid16984643">{{cite journal | vauthors = Koonin EV, Senkevich TG, Dolja VV | title = The ancient Virus World and evolution of cells | journal = Biology Direct | volume = 1 | issue = 1 | pages = 29 | date = September 2006 | pmid = 16984643 | pmc = 1594570 | doi = 10.1186/1745-6150-1-29 }}</ref>
 
=== Struktur ===
Baris 115 ⟶ 117:
|isbn=978-0-12-375145-1}} ({{google books with page|-y5BZk7LQ_4C|lihat|45|virion}})
</ref>
 
==== Virus raksasa ====
Ilmuwan menemukan virus raksasa yang dikenal dengan istilah ''[[Mimivirus]]'', ''[[Megavirus]]'', dan ''[[Pandoravirus]]''.
 
[[Pandoravirus]] merupakan jenis virus berukuran sangat besar dengan genom yang jauh lebih besar dibanding virus-virus lain yang sudah lebih dulu dikenal. Pandoravirus disebut sebagai virus super raksasa, karena ukurannya mengalahkan virus berukuran raksasa lain seperti Mimivirus atau Megavirus.
 
Meski berukuran raksasa, namun tetap tidak bisa dilihat dengan mata telanjang. Virus ini ditemukan peneliti dari Prancis [[Jean Michael Claverie]] dari Universitas Mediterranée.<ref>[http://www.portalkbr.com/teenvoice/sekitar-kita/2836824_6433.html Pandoravirus, Virus Super Raksasa] PortalKBR, 22 Juli 2013</ref>
 
Pandoravirus berukuran seribu kali lebih besar dibanding virus influenza yang berukuran 100 nanometer. Pandoravirus memiliki 2.556 gen (200 kali lebih banyak dari virus influenza). Ukuran Pandoravirus lebih besar dua kali lipat dari Megavirus yang hanya memiliki 1.120 gen.
 
=== Replikasi ===
Baris 124 ⟶ 135:
|author = Schneider-Schaulies J
|year = 2000
|month =
|title = Cellular receptors for viruses: links to tropism and pathogenesis
|journal= Journal of General Virology
|volume = 81
|issue =
|pages = 1413-1429
|doi =
|id =
|url = http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=6&ved=0CEsQFjAF&url=http%3A%2F%2Fvir.sgmjournals.org%2Fcgi%2Freprint%2F81%2F6%2F1413.pdf&ei=7RwDTqrfBYXxrQen7NjfDQ&usg=AFQjCNHQKhiW__yd3y12_FA-3i06ms76Eg&sig2=SEUJaY8_IDMnlgg2-sMl3g
|format = pdf
Baris 155 ⟶ 166:
|author = Olson NH
|year = 1992
|month =
|title = Structure of a human rhinovirus complexed with its receptormolecule
|journal = Proc. Natl. Acad. Sci. USA
|volume = 90
|issue =
|pages = 507-511
|doi =
|id =
|url = http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=3&ved=0CDIQFjAC&url=http%3A%2F%2Fwww.pnas.org%2Fcontent%2F90%2F2%2F507.full.pdf&ei=IyEDTor7JcbWrQeRyIzxDQ&usg=AFQjCNGVM4dbDHf-DMn35Sn4Z4oyCR8XgQ&sig2=6bo_6CD7U0pHBspYy3n4Bw
|format = pdf
|accessdate =
}}</ref>
 
Baris 172 ⟶ 183:
|author = Yongning H.
|year = 2000
|month =
|title= Interaction of the poliovirus receptor with poliovirus
|journal= PNAS
|volume = 97
|issue =
|pages = 79-84
|doi =
|id =
|url = http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=1&ved=0CBkQFjAA&url=http%3A%2F%2Fcryoem.ucsd.edu%2Fpublication-pdfs%2F2000-He-etal-PNAS.pdf&ei=xz0DToLjKoXJrAf53PXvDQ&usg=AFQjCNHg8wMLeyWIQ024-TBJs39WhMi1IA&sig2=GELxLNlTFGZPPIYSGw6fUg
|format = pdf
|accessdate =
}}</ref>
 
Baris 218 ⟶ 229:
:Proses [[endositosis]] merupakan mekanisme yang sangat umum sebagai jalan masuk virus ke dalam sel.<ref name=Cheng/> Tidak diperlukan protein virus spesifik selain yang telah digunakan untuk pengikatan reseptor.<ref name=Cheng>{{citation
|title=Cellular Microbiology
|last1=Cheng
|first1=H.
|last2=Hammar
Baris 230 ⟶ 241:
* fusi dari sampul dengan membran sel (untuk virus yang bersampul)
 
:Proses fusi virus bersampul dengan membran sel baik secara langsung maupun dengan permukaan sel maupun mengikuti endositosis dalam sitoplasma.<ref name=Cheng/> Diperlukan adanya [[protein fusi]] spesifik dalam sampul virus, misalnya: HA influenza dan [[glikoprotein]] [[transmembran]] (TM) Rhinovirus.<ref name=Cheng/>{{citation
|title=Conformational Preoteomics of Macromolecular Architecture: Approaching the Structure of Large Molecular Assemblies and Their Mechanisms of Action
|last1=Cheng
|first1=H.
|last2=Hammar
|first2=L.
|publisher=World Scientifis Publishing Co. Pte. Ltd.
|location=Singapore
|year=2004
|isbn=981-238-614-9}} ({{google books with page|lU2CswZAv7UC|lihat|78|virus+fusion}})
</ref>
 
==== Pelepasan mantel ====
Baris 249 ⟶ 250:
[[File:Baltimore Classification table.png|250px|jmpl|kiri|7 Klasifikasi Baltimore.<ref name=Carter>{{citation
|title=Virology: Principles and Applications
|last1=Carter
|first1=JB.
|last2=Saunders
Baris 265 ⟶ 266:
:Kelompok ini dibagi menjadi dua kelompok.
:# Replikasi terjadi di inti dan relatif tergantung kepada faktor-faktor seluler (''Adenoviridae'', ''Polyomaviridae'', ''Herpesviridae'')<ref name=Wagner3/>
:# Replikasi terjadi di sitoplasma (''Poxviridae''). virus ini melibatkan semua faktor-faktor yang penting untuk transkripsi dan replikasi dari genomnya, dan kebanyakan tidak tergantung pada perangkat replikasi dari inangnya.<ref name=Wagner3/>.
 
* Kelas II: DNA utas tunggal
Baris 310 ⟶ 311:
== Klasifikasi ==
{{utama|Klasifikasi virus}}
Klasifikasi bertujuan untuk menggambarkan keanekaragaman virus dengan memberi nama dan mengelompokkan virus berdasarkan kesamaan mereka. Secara sederhana, virus dapat dikelompokkan berdasarkan jenis asam nukleat yang mereka miliki ([[virus DNA]] atau [[virus RNA]]), untaian asam nukleat (untai tunggal atau untai ganda), ada tidaknya segmentasi pada genom, ukuran virion, jenis simetri kapsid (heliks atau ikosahedreal), serta ada tidaknya selubung.{{sfn|Carter & Saunders|2007|p=116}} Pada tahun 1962, André Lwoff, Robert Horne, dan Paul Tournier merupakan orang-orang pertama yang mengembangkan pengelompokan virus berdasarkan sistem hierarki [[taksonomi Linnaeus|Linnaeus]].<ref name="pmid14467544">{{cite journal | vauthors = Lwoff A, Horne RW, Tournier P | title = [A virus system] | language = French | journal = Comptes Rendus Hebdomadaires des Seances de l'Academie des Sciences | volume = 254 | pages = 4225–7 | date = June 1962 | pmid = 14467544 }}</ref> Sistem ini menggunakan klasifikasi [[filum]], [[Kelas (biologi)|kelas]], [[Ordo (biologi)|bangsaordo]], [[Famili (biologi)|keluargafamili]], [[genus|marga]], dan [[spesies]]. Virus dikelompokkan sesuai dengan kesamaan sifat mereka (bukan kesamaan inang mereka) dan jenis asam nukleat yang membentuk genom mereka.<ref name="pmid13931895">{{cite journal | vauthors = Lwoff A, Horne R, Tournier P | title = A system of viruses | journal = Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology | volume = 27 | pages = 51–5 | year = 1962 | pmid = 13931895 | doi = 10.1101/sqb.1962.027.001.008 }}</ref> Pada tahun 1966, [[Komite Internasional Taksonomi Virus]] (ICTV) dibentuk. Sistem yang diusulkan oleh Lwoff, Horne, dan Tournier tidak pernah sepenuhnya diterima oleh ICTV karena ukuran genom virus yang kecil dan tingkat mutasi mereka yang tinggi membuat sulit untuk menentukan takson virus di atas ordo (bangsa). Oleh sebab itu, [[klasifikasi Baltimore]] digunakan untuk melengkapi hierarki yang lebih tradisional.<ref name="pmid16105179">{{cite journal | vauthors = Fauquet CM, Fargette D | title = International Committee on Taxonomy of Viruses and the 3,142 unassigned species | journal = Virology Journal | volume = 2 | issue = | pages = 64 | date = August 2005 | pmid = 16105179 | pmc = 1208960 | doi = 10.1186/1743-422X-2-64 }}</ref> Mulai tahun 2018, ICTV mulai mengakui hubungan evolusi yang lebih dalam di antara virus yang telah ditemukan dan mengadopsi sistem klasifikasi dengan 15 tingkatan, mulai dari [[dunia (virologi)|dunia]] hingga spesies.<ref>{{cite journal|author=International Committee on Taxonomy of Viruses Executive Committee|date=Mei 2020|title=The New Scope of Virus Taxonomy: Partitioning the Virosphere Into 15 Hierarchical Ranks|journal=Nat Microbiol|volume=5|issue=5|pages=668–674|doi=10.1038/s41564-020-0709-x|pmc=7186216|pmid=32341570}}</ref>
 
=== Klasifikasi ICTV ===
Virus dapat diklasifikasi menurut morfologi, tropisme dan cara penyebaran, dan genomik fungsional.<ref name=Carter3>{{citation
[[Berkas:Comparison 1991 and 2019 virus taxonomy ICTV.webp|jmpl|Perbandingan antara taksonomi virus tahun 1991 dan 2019 oleh [[Komite Internasional Taksonomi Virus|ICTV]]|upright=1.4]]
|title= Virology: Principles and Application
Komite Internasional Taksonomi Virus (ICTV) mengembangkan sistem klasifikasi yang digunakan saat ini dan menulis pedoman yang memberi bobot lebih besar pada sifat-sifat virus tertentu untuk menjaga keseragaman keluarga virus. Taksonomi terpadu (sistem universal untuk mengklasifikasikan virus) telah ditetapkan. Peneliti baru mendeskripsikan sebagian kecil dari total keragaman virus yang ada di bumi.<ref>{{cite journal | vauthors = Delwart EL | title = Viral metagenomics | journal = Reviews in Medical Virology | volume = 17 | issue = 2 | pages = 115–31 | year = 2007 | pmid = 17295196 | doi = 10.1002/rmv.532 }}</ref> Pada tahun 2019, 4 dunia, 9 kerajaan, 16 filum, 2 subfilum, 36 kelas, 55 ordo, 8 subordo, 168 keluarga, 103 subkeluarga, 1.421 genus, 68 subgenus, dan 6.589 spesies virus telah ditetapkan oleh ICTV.<ref>{{Cite web|url=https://talk.ictvonline.org/taxonomy/|title=Virus Taxonomy: 2019 Release|date=Juli 2019|access-date=7 Oktober 2020|website=ICTV Online}}</ref>
|last1= Carter
|first1=JB.
|last2= Saunders
|first2=VA.
|publisher=John Wiley & Sons Ltd.
|location=England
|year=2007
|isbn=978-0-470-02386-0}} ({{google books with page|jQDb2TXWdTAC|lihat|16|viral+classification}})
</ref>
 
Seperti [[Klasifikasi ilmiah|taksonomi]] makhluk hidup pada umumnya, klasifikasi virus juga dilakukan secara hierarkis atau bertingkat. Pada 2019, tingkatan subdunia, subkerajaan, dan subkelas tidak digunakan, sedangkan semua tingkatan lainnya sedang digunakan.
* Klasifikasi virus berdasarkan morfologi
:[[Dunia (virologi)|Dunia]] (''-viria'')
:Berdasarkan [[morfologi]], virus dibagi berdasarkan jenis [[asam nukleat]] dan juga [[protein membran]] terluarnya (sampul) menjadi 4 kelompok, yaitu:<ref name=Carter3/>
::Subdunia (''-vira'')
# Virus [[DNA]]
:::[[Kerajaan (biologi)|Kerajaan]] (''-viriae'')
# Virus [[RNA]]
::::Subkingdom (''-virites'')
# Virus berselubung
:::::[[Filum]] (''-viricota'')
# Virus tidak berselubung
::::::Subfilum (''-viricotina'')
:Virus hanya mengandung satu jenis asam nukleat: DNA atau RNA.
:::::::[[Kelas (biologi)|Kelas]] (''-viricetes'')
::::::::Subkelas (''-viricetidae'')
:::::::::[[Ordo (biologi)|Ordo]] (''-virales'')
::::::::::Subordo (''-virineae'')
:::::::::::[[Famili (biologi)|Keluarga]] (''-viridae'')
::::::::::::Subkeluarga (''-virinae'')
:::::::::::::[[Genus]] (''-virus'')
::::::::::::::Subgenus (''-virus'')
:::::::::::::::[[Spesies]]
 
Dalam klasifikasi virus, terdapat pula takson yang dikategorikan sebagai ''[[incertae sedis]]'' atau penempatannya tidak pasti.
* Klasifikasi virus berdasarkan [[tropisme]] dan cara penyebaran
:Berdasarkan tropisme dan cara penyebaran, virus dibagi menjadi:<ref name=Carter3/>
# Virus [[Enterik]]
# Virus [[Respirasi]]
# Arbovirus
# Virus [[onkogenik]]
# [[Hepatitis]] virus
 
*=== Klasifikasi virusBaltimore berdasarkan genomik fungsional===
[[Berkas:VirusBaltimoreClassification.svg|jmpl|upright=1.6|Klasifikasi Baltimore yang mengelompokkan virus berdasarkan metode sintesis mRNA mereka.]]
:Virus diklasifikan menjadi 7 kelompok berdasarkan alur fungsi [[genom]]nya. Klasifikasi ini disebut juga klasifikasi Baltimore yaitu:<ref name=Carter3/>
{{main|Klasifikasi Baltimore}}
# Virus tipe I: DNA utas ganda
Ahli biologi dan pemenang Hadiah Nobel [[David Baltimore]] merancang sistem [[klasifikasi Baltimore]].<ref name="pmid4348509">{{cite journal | vauthors = Temin HM, Baltimore D | title = RNA-directed DNA synthesis and RNA tumor viruses | journal = Advances in Virus Research | volume = 17 | pages = 129–86 | year = 1972 | pmid = 4348509 | doi = 10.1016/S0065-3527(08)60749-6 | isbn = 9780120398171 }}</ref><ref name="pmid4377923">{{cite journal | vauthors = Baltimore D | title = The strategy of RNA viruses | journal = Harvey Lectures | volume = 70 Series | pages = 57–74 | year = 1974 | pmid = 4377923 }}</ref> Dalam klasifikasi virus modern, sistem klasifikasi ICTV digunakan bersama dengan sistem klasifikasi Baltimore.<ref name="pmid15078590">{{cite journal | vauthors = van Regenmortel MH, Mahy BW | title = Emerging issues in virus taxonomy | journal = Emerging Infectious Diseases | volume = 10 | issue = 1 | pages = 8–13 | date = January 2004 | pmid = 15078590 | pmc = 3322749 | doi = 10.3201/eid1001.030279 }}</ref><ref name="pmid10486120">{{cite journal | vauthors = Mayo MA | title = Developments in plant virus taxonomy since the publication of the 6th ICTV Report. International Committee on Taxonomy of Viruses | journal = Archives of Virology | volume = 144 | issue = 8 | pages = 1659–66 | year = 1999 | pmid = 10486120 | doi = 10.1007/s007050050620 }}</ref><ref name="pmid15183049">{{cite journal | vauthors = de Villiers EM, Fauquet C, Broker TR, Bernard HU, zur Hausen H | title = Classification of papillomaviruses | journal = Virology | volume = 324 | issue = 1 | pages = 17–27 | date = June 2004 | pmid = 15183049 | doi = 10.1016/j.virol.2004.03.033 }}</ref>
# Virus tipe II = DNA utas tunggal
# Virus tipe III = RNA utas ganda
# Virus tipe IV = RNA utas tunggal (+)
# Virus tipe V = RNA utas tunggal (-)
# Virus tipe VI = RNA utas tunggal (+) dengan DNA perantara (intermediat)
# Virus tipe VII = DNA utas ganda dengan RNA perantara
 
Klasifikasi virus Baltimore didasarkan pada mekanisme sintesis [[mRNA]]. Virus harus menghasilkan mRNA dari genomnya untuk menghasilkan protein dan mereplikasi diri mereka sendiri, tetapi mekanisme yang digunakan oleh virus untuk mencapai hal ini berbeda-beda. Genom virus mungkin beruntai tunggal (''single-stranded'', disingkat ss) atau beruntai ganda (''double-stranded'', disingkat ds), baik berupa RNA atau DNA, dan mungkin menggunakan atau tidak menggunakan [[transkriptase balik]] (''reverse transcriptase'', disingkat RT). Selain itu, virus RNA untai tunggal dapat bersifat positif (+) atau negatif (-). Klasifikasi ini menempatkan virus ke dalam tujuh kelompok:
=== Jenis ===
====* Virus RNADNA ====untai ganda (dsDNA)
* Virus DNA untai tunggal (ssDNA)
Virus RNA merupakan virus yang memiliki [[materi genetik]] berupa [[RNA]], kelompok yang tergolong dalam kelompok ini adalah virus kelas III hingga VI. Beberapa contoh [[familia]] virus yang termasuk ke dalam kelompok ini adalah Retroviridae, Picornaviridae, Orthomixoviridae, dan Arbovirus.<ref name=Cheville/>
* Virus RNA untai ganda (dsRNA)
* Virus RNA untai tunggal-positif (ssRNA(+))
* Virus RNA untai tunggal-negatif (ssRNA(-))
* Virus RNA untai tunggal-transkripsi balik (ssRNA-RT)
* Virus DNA untai ganda-transkripsi balik (dsDNA-RT)
 
Sebagai contoh penerapan klasifikasi virus, virus penyebab [[cacar air]], yaitu [[virus varicella-zoster]] (VZV), ditempatkan dalam ordo ''[[Herpesvirales]]'', keluarga ''[[Herpesviridae]]'', subkeluarga ''[[Alphaherpesvirinae]]'', dan genus ''[[Varicellovirus]]''. VZV berada di Grup I dari Klasifikasi Baltimore karena merupakan virus dsDNA yang tidak menggunakan enzim transkriptase balik.
===== ''Retroviridae'' =====
Retroviridae merupakan virus berbentuk [[ikosahedral]]. Virus ini memiliki genom [[RNA]] berjumlah dua buah yang keduanya identik dan memiliki [[polaritas]] positif yang nantinya akan diekspresikan menjadi [[enzim polimerase]] yang unik yaitu [[reverse traskriptase]] yang berguna untuk mengubah RNA menjadi DNA.<ref name=Cheville/><ref name=Breeze>{{citation
|title=Microbial Forensics
|last1=Breeze
|first1=R.
|last2=Budowle
|first2=B.
|last3=Schutzer
|first3=SE.
|publisher=Elsevier Inc
|location=London
|year=2005
|isbn=0-12-088483-6}} ({{google books with page|73YNZjMJfWQC|lihat|51|retroviridae}})
</ref> DNA yang dihasilkan nantinya akan berintegrasi ke dalam DNA sel inang sebagai [[provirus]].<ref name=Cheville/>
Virus ini termasuk ke dalam virus yang ganas, dapat menyebabkan penekanan [[sistem kekebalan tubuh]] dan juga [[tumor]].<ref name=Cheville/> Sifatnya yang ganas tersebut disebabkan salah satunya karena virus ini mudah mengalami [[mutasi]].<ref name=Cheville>{{citation
|title=Ultrastructural Pathology : an Introduction to Interpretion
|last1=Cheville
|first1=NF.
|publisher=Iowa State University Press
|location=Iowa
|year=1994
|isbn=0-8138-2398-6}} ({{google books with page|goT81SrfK1MC|lihat|573|retroviridae}})
</ref>
 
Set lengkap virus dalam suatu organisme atau habitat disebut [[viroma]]; misalnya, semua virus manusia membentuk [[viroma manusia]].<ref name="pmid27698618">{{cite journal | vauthors = Parker MT | title = An Ecological Framework of the Human Virome Provides Classification of Current Knowledge and Identifies Areas of Forthcoming Discovery | journal = The Yale Journal of Biology and Medicine | volume = 89 | issue = 3 | pages = 339–351 | date = September 2016 | pmid = 27698618 | pmc = 5045143 | doi = }}</ref>
Salah satu genus dari [[familia]] ini yang paling terkenal adalah genus [[Lentivirus]], yang contoh spesiesnya adalah [[HIV]] 1 dan 2.<ref name=Cheville/>
 
===== ''Picornaviridae'' =====
Picornaviridae berukuran kecil. Virus ini memiliki genom RNA dengan polaritas positif sehingga termasuk virus kelas IV dalam klasifikasi Baltimore.<ref name=Rapley/> Virus dalam famili ini mampu menyebabkan banyak penyakit pada manusia, di antaranya adalah penyakit polio yang disebabkan oleh Poliovirus dan flu ringan yang disebabkan oleh Rhinovirus.<ref name=Rapley>{{citation
|title=Medical Biomedical Handbook
|last1=Rapley
|first1=R.
|publisher=Humana Press
|location=New Jersey
|year=2005
|isbn=978-1-58829-288-9}} ({{google books with page|9eFd5kS_dlEC|lihat|300|picornaviridae}})
</ref>
 
===== ''Orthomyxoviridae'' =====
Orthomoxoviridae merupakan virus yang memiliki selubung dengan materi genetik [[RNA]] bersegmen berpolaritas negatif sehingga virus ini termasuk dalam kelas V dalam klasifikasi Baltimore.<ref name=White/>
Ciri khas dari virus ini adalah virus ini memiliki [[protein]] permukaan yang merupakan [[antigen]] utama yaitu [[Hemmaglutinin]] (HA) dan [[Neuraminidase]] (NA).<ref name=White/> Hemmaglutinin merupakan bagian virus yang menempel pada sel target oleh sebab itu [[antibodi]] terhadap hemmaglutinin dapat melindung dari infeksi virus.<ref name=White/> Neuraminidase berperan untuk melepaskan [[virion]] dari sel oleh sebab itu antibodi terhadap NA dapat menekan tingkat keparahan infeksi virus.<ref name=White/>
 
Virus ini diklasifikasikan menjadi empat kelompok yaitu:
# Influenza tipe A merupakan virus yang menginfeksi berbagai spesies baik manusia, burung (burung liar, ternak, domestik), babi, kuda, anjing, dan mamalia air(anjing laut dan paus).<ref name=White/> Virus influenza tipe A dapat mengalami ''antigenic drift'' dan ''antigenic shift''.<ref name=White/> Antigenic drift adalah terjadinya mutasi pada gen yang menyandikan protein Hemmaglutinin. Hal tersebut menyebabkan antibodi yang ada tidak dapat mengenalinya lagi. Kejadian tersebut menyebabkan terjadinya [[endemik]] musiman.<ref name=White/> Antigenic shift adalah munculnya subtipe barus virus influenza yang disebabkan karena penggabunggan genetik antara manusia dengan virus hewan atau dengan transmisi langsung dari hewan unggas ke manusia. karena tidak ada atau sedikitnya imunitas terhada virus baru, maka pandemik dapat terjadi.<ref name=White/>
# Influenza tipe B
# Influenza tipe C
# Tick-Borne Influenza; virus ini merupakan virus yang berasal dari kutu.<ref name=White>{{citation
|title=Medical virology
|last1=White
|first1=DO.
|last2=Fenner
|first2=F.
|publisher=Academic Press
|location=California
|year=1994
|isbn=978-0-12-746642-2}} ({{google books with page|_EMHrP_jqC0C|lihat|489|orthomyxoviridae}})
</ref>
 
===== ''Arbovirus'' =====
Arbovirus merupakan singkatan dari ''Arthropoda-Borne virus'' yaitu virus yang berasal dari kelompok [[Arthropoda]].<ref name=Oxford/> Arbovirus dibagi menjadi empat famili yaitu:
# ''Togaviridae'', contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah [[Rubellavirus]].<ref name=Oxford/>
# ''Flaviviridae'', contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah [[Hepatitis C]] virus dan [[Denguevirus]] yang penyebabkan penyakit [[demam berdarah dengue]].<ref name=Oxford/>
# ''Bunyaviridae'', contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah California encephalitis virus (CE) yang menyebabkan penyakit [[encephalitis]] pada manusia.<ref name=Oxford/>
# ''Reoviridae'', contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah [[reovirus]] yang menyebabkan Colorado tick fever dan [[Rotavirus]] yang menyebabkan [[diare]] epidemik pada anak-anak.<ref name=Oxford>{{citation
|title=Conquest of viral diseases: a topical review of drugs and vaccines
|last1=Oxford
|first1=JS.
|last2=Oberg
|first2=B.
|publisher=Elsevier Science Publisher B.V
|location=Netherlands
|year=1985
|isbn=0-444-80566-4}} ({{google books with page|n24Pju7kHIYC|lihat|187|arbovirus}})
</ref>
 
=== Virus DNA ===
Virus DNA merupakan virus yang memiliki [[materi genetik]] berupa [[DNA]], kelompok yang tergolong dalam kelompok ini adalah virus kelas I, II, VII. Beberapa contoh [[familia]] virus yang termasuk ke dalam kelompok ini adalah Herpesviridae, Parvoviridae, dan Poxviridae.<ref name=Cheville2/>
 
===== ''Herpesviridae'' =====
Herpesviridae merupakan kelompok virus berukuran besar dengan materi genetik DNA utas ganda sehingga dikelompokkan ke dalam kelas 1 dalam klasifikasi baltimore. Virus dalam kelompok ini dapat menyebabkan penyakit ganas dan juga dapat menyebabkan kelainan pasca kelahiaran pada bayi.<ref name=Cheville2/>
Herpesviridae terbagi ke dalam beberapa genus, yaitu:
# Alpha Herpesvirus, virus yang termasuk dalam kelompok Alpha herpesvirus biasanya menyebabkan penyakit yang akut dengan gejala yang muncul saat itu juga.<ref name=Cheville2/> infeksi virus ini bersifat [[laten persisten]] disebabkan karena kemampuan genom virus ini untuk berintergrasi dengan sel inang.<ref name=Cheville2/> jika kondisi inang sedang lemah, maka ada kemungkinan penyakit dapat muncul kembali pada tempat yang sama.<ref name=Cheville2/> Contoh dari virus ini adalah [[Herpes simplex]] tipe 1 dan 2 dan [[Varicella zoster]](VZ) virus.<ref name=Cheville2/>
# Beta Herpesvirus, virus yang termasuk dalam kelompok beta herpesvirus biasanya menyebabkan penyakit yang akut akan tetapi tidak ditemukan gejala pada [[carrier]].<ref name=Cheville2/> virus ini menyebabkan [[infeksi]] pada bayi dan perkembangan abnormal (penyakit kongenital).<ref name=Cheville2/> Contoh dari virus ini adalah [[Cytomegalovirus]].<ref name=Cheville2/>
# Gamma Herpesvirus, virus yang termasuk dalam kelompok ini mampu menyebabkan penyakit [[limphopoliperatif]] jinak dan ganas.<ref name=Cheville2/> Contoh dari virus ini adalah [[Epstein-Barr virus]].<ref name=Cheville2>{{citation
|title=Ultrastructural Pathology : an Introduction to Interpretion
|last1=Cheville
|first1=NF.
|publisher=Iowa State University Press
|location=Iowa
|year=1994
|isbn=0-8138-2398-6}} ({{google books with page|goT81SrfK1MC|lihat|502|retroviridae}})g
</ref>
 
===== ''Parvoviridae'' =====
Parvoviridae merupakan virus dengan [[DNA]] utas tunggal polaritas positif atau negatif sehingga termasuk dalam kelas II dalam klasifikasi Baltimore.<ref name=Nermut/> Virus ini tidak memiliki [[selubung virus]] dan merupakan virus manusia yang berukuran paling kecil.<ref name=Nermut/> Virus merupakan virus yang tidak sempurna sehingga perlu berasosiasi dengan [[adenovirus]] sehingga sering disebut ''Adeno-Associated Virus''(AAV).<ref name=Nermut/> Salah satu contoh kelompok ini adalah [[virus B-19]] yang dapat menyebabkan cacat atau keguguran pada [[janin]].<ref name=Nermut>{{citation
|title= Animal Virus Structure
|last1=Nermut
|first1=MV.
|last2=Steven
|first2=AC.
|publisher=Elsevier Science Publishing Company
|location=New York
|year=1987
|isbn=0-444-80879-5}} ({{google books with page|Hklf9QjHcvIC|lihat|325|parvoviridae}})
</ref>
 
===== ''Poxviridae'' =====
Poxviridae merupakan virus dengan materi genetik [[DNA]] untai ganda sehingga virus ini di termasuk dalam kelas I dalam [[klasifikasi Baltimore]].<ref name=White2/> Ciri khas dari virus ini adalah virus ini memiliki morfologi besar dan kompleks.<ref name=White2/> Virus yang terkenal dalam kelompok ini adalah [[Smallpox]].<ref name=White2/> Smallpox cukup terkenal karena menimbulkan [[pandemik]] yang sangat besar diseluruh dunia.<ref name=White2/> sekarang virus Smallpox sudah dimusnahkan.<ref name=White2>{{citation
|title=Medical virology
|last1=White
|first1=DO.
|last2=Fenner
|first2=F.
|publisher=Academic Press
|location=California
|year=1994
|isbn=978-0-12-746642-2}} ({{google books with page|_EMHrP_jqC0C|lihat|348|orthomyxoviridae}})
</ref>
 
=== Virus Raksasa ===
Ilmuwan menemukan virus raksasa yang dikenal dengan istilah ''[[Mimivirus]]'', ''[[Megavirus]]'', dan ''[[Pandoravirus]]''.
 
[[Pandoravirus]] merupakan jenis virus berukuran sangat besar dengan genom yang jauh lebih besar dibanding virus-virus lain yang sudah lebih dulu dikenal. Pandoravirus disebut sebagai virus super raksasa, karena ukurannya mengalahkan virus berukuran raksasa lain seperti Mimivirus atau Megavirus.
 
Meski berukuran raksasa, namun tetap tidak bisa dilihat dengan mata telanjang. Virus ini ditemukan peneliti dari Prancis [[Jean Michael Claverie]] dari Universitas Mediterranée.<ref>[http://www.portalkbr.com/teenvoice/sekitar-kita/2836824_6433.html Pandoravirus, Virus Super Raksasa] PortalKBR, 22 Juli 2013</ref>
 
Pandoravirus berukuran seribu kali lebih besar dibanding virus influenza yang berukuran 100 nanometer. Pandoravirus memiliki 2.556 gen (200 kali lebih banyak dari virus influenza). Ukuran Pandoravirus lebih besar dua kali lipat dari Megavirus yang hanya memiliki 1.120 gen.
 
== Virus dan penyakit ==
Infeksi virus pada sel inang dapat menimbulkan penyakit yang dikategorikan sebagai [[penyakit infeksius]]. Penyebaran virus dari satu inang ke inang lain bisa dilakukan dengan banyak cara, tetapi setiap virus memiliki karakteristik tertentu dan mengandalkan cara tertentu untuk menyebar. Banyak virus yang menginfeksi tumbuhan berpindah dari satu tumbuhan ke tumbuhan lain melalui serangga dan organisme lain yang disebut [[vektor (biologi)|vektor]].<ref>{{Cite journal|last=Dietzgen|first=Ralf|last2=Mann|first2=Krin|last3=Johnson|first3=Karyn|date=9 November 2016|year=|title=Plant Virus–Insect Vector Interactions: Current and Potential Future Research Directions|url=http://www.mdpi.com/1999-4915/8/11/303|journal=Viruses|language=en|volume=8|issue=11|pages=303|doi=10.3390/v8110303|issn=1999-4915|pmc=5127017|pmid=27834855}}</ref> Virus yang menginfeksi hewan dan manusia menyebar dengan berbagai cara. Beberapa virus berpindah melalui kontak langsung antara individu terinfeksi dengan individu sehat, misalnya [[herpes simpleks]] yang menular melalui sentuhan fisik.<ref>{{Cite web|url=https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/herpes-simplex-virus|title=Herpes simplex virus|last=|first=|date=|website=WHO|language=en|access-date=8 April 2020}}</ref> Penularan virus melalui kontak langsung juga dapat terjadi melalui [[penyakit menular seksual|hubungan seks]], misalnya HIV.<ref>{{Cite journal|last=Shaw|first=G. M.|last2=Hunter|first2=E.|date=1 November 2012|year=|title=HIV Transmission|url=http://perspectivesinmedicine.cshlp.org/lookup/doi/10.1101/cshperspect.a006965|journal=Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine|language=en|volume=2|issue=11|pages=a006965–a006965|doi=10.1101/cshperspect.a006965|issn=2157-1422|pmc=3543106|pmid=23043157}}</ref> Virus yang menginfeksi [[saluran pencernaan]], seperti ''[[Norovirus]]'' dan ''[[Rotavirus]]'', ditularkan melalui [[transmisi fekal–oral]], yang melibatkan tangan, makanan, dan minuman yang terkontaminasi.<ref>{{Cite journal|last=Gaythorpe|first=K. A. M.|last2=Trotter|first2=C. L.|last3=Lopman|first3=B.|last4=Steele|first4=M.|last5=Conlan|first5=A. J. K.|date=Januari 2018|year=|title=Norovirus transmission dynamics: a modelling review|url=https://www.cambridge.org/core/product/identifier/S0950268817002692/type/journal_article|journal=Epidemiology and Infection|language=en|volume=146|issue=2|pages=147–158|doi=10.1017/S0950268817002692|issn=0950-2688|pmc=5851036|pmid=29268812}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Crawford|first=Sue E.|last2=Ramani|first2=Sasirekha|last3=Tate|first3=Jacqueline E.|last4=Parashar|first4=Umesh D.|last5=Svensson|first5=Lennart|last6=Hagbom|first6=Marie|last7=Franco|first7=Manuel A.|last8=Greenberg|first8=Harry B.|last9=O'Ryan|first9=Miguel|date=Desember 2017|year=|title=Rotavirus infection|url=http://www.nature.com/articles/nrdp201783|journal=Nature Reviews Disease Primers|language=en|volume=3|issue=1|pages=17083|doi=10.1038/nrdp.2017.83|issn=2056-676X|pmc=5858916|pmid=29119972}}</ref> Virus-virus yang menyerang [[sistem pernapasan]], seperti virus influenza, [[virus parainfluenza]], dan [[virus korona]], dapat menyebar melalui [[percikan pernapasan|percikan dari saluran pernapasan]] saat seseorang berbicara, batuk, atau bersin.<ref>{{Cite journal|last=Neumann|first=Gabriele|last2=Kawaoka|first2=Yoshihiro|date=Mei 2015|year=|title=Transmission of influenza A viruses|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0042682215001452|journal=Virology|language=en|volume=479-480|issue=|pages=234–246|doi=10.1016/j.virol.2015.03.009|pmc=4424116|pmid=25812763}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Burke|first=Crystal W.|last2=Bridges|first2=Olga|last3=Brown|first3=Sherri|last4=Rahija|first4=Richard|last5=Russell|first5=Charles J.|date=21 November 2013|year=|editor-last=Subbarao|editor-first=Kanta|title=Mode of Parainfluenza Virus Transmission Determines the Dynamics of Primary Infection and Protection from Reinfection|url=http://dx.plos.org/10.1371/journal.ppat.1003786|journal=PLoS Pathogens|language=en|volume=9|issue=11|pages=e1003786|doi=10.1371/journal.ppat.1003786|issn=1553-7374|pmc=3836739|pmid=24278024}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Singhal|first=Tanu|date=April 2020|year=|title=A Review of Coronavirus Disease-2019 (COVID-19)|url=http://link.springer.com/10.1007/s12098-020-03263-6|journal=The Indian Journal of Pediatrics|language=en|volume=87|issue=4|pages=281–286|doi=10.1007/s12098-020-03263-6|issn=0019-5456|pmc=7090728|pmid=32166607}}</ref> Apabila partikel virus dalam percikan tersebut berhasil menyentuh [[membran mukosa]] orang lain (yang ada di hidung, mulut, dan beberapa organ lain), mereka dapat masuk ke dalam tubuh individu tersebut. Virus lainnya, seperti [[virus dengue]], disebarkan oleh serangga pengisap darah.<ref>{{Cite journal|last=Marques-Toledo|first=Cecilia A.|last2=Bendati|first2=Maria Mercedes|last3=Codeço|first3=Claudia T.|last4=Teixeira|first4=Mauro M.|date=Desember 2019|year=|title=Probability of dengue transmission and propagation in a non-endemic temperate area: conceptual model and decision risk levels for early alert, prevention and control|url=https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-018-3280-z|journal=Parasites & Vectors|language=en|volume=12|issue=1|pages=38|doi=10.1186/s13071-018-3280-z|issn=1756-3305|pmc=6335707|pmid=30651125}}</ref> Sementara itu, ''[[Cytomegalovirus]]'' bisa diturunkan secara vertikal dari ibu hamil ke janin yang sedang dikandungnya.<ref>{{Cite journal|last=Britt|first=William|date=3 Agustus 2018|year=|title=Maternal Immunity and the Natural History of Congenital Human Cytomegalovirus Infection|url=http://www.mdpi.com/1999-4915/10/8/405|journal=Viruses|language=en|volume=10|issue=8|pages=405|doi=10.3390/v10080405|issn=1999-4915|pmc=6116058|pmid=30081449}}</ref>
Virus dapat menginfeksi inangnya dan menyebabkan berbagai akibat bagi inangnya.<ref name=Evans/> ada yang berbahaya, namun juga ada yang dapat ditangani oleh [[sel imun]] dalam tubuh sehingga akibat yang dihasilkan tidak terlalu besar.<ref name=Evans/>
# Infeksi akut merupakan [[infeksi]] yang berlangsung dalam jangka waktu cepat namun dapat juga berakibat fatal.<ref name=Evans/> Akibat dari infeksi akut adalah:
#* sembuh tanpa kerusakan (sembuh total);<ref name=Evans/>
#* sembuh dengan kerusakan/[[cacat]], misalnya [[polio]];<ref name=Evans/>
#* berlanjut kepada infeksi kronis;<ref name=Evans/>
#* [[kematian]].<ref name=Evans/>
# Infeksi kronis merupakan infeksi virus yang berkepanjangan sehingga ada risiko gejala penyakit muncul kembali.<ref name=Evans/> Contoh dari infeksi kronis adalah:
#* ''silent subclinical infection'' seumur hidup, contoh: ''[[Cytomegalovirus]]'' (CMV);<ref name=Evans/>
#* periode diam yang cukup lama sebelum munculnya penyakit, contoh: [[HIV]] <ref name=Evans/>
#* reaktivasi yang menyebabkan infeksi akut, contoh: [[shingles]];<ref name=Evans/>
#* penyakit kronis yang berulang (kambuh), contoh: [[HBV]], [[HCV]];
#* kanker, contoh: [[HTLV-1]], [[HPV]], [[HBV]], [[HCV]], [[HHV]].<ref name=Evans>{{citation|title= Viral Infections of Humans:epidemiology and Control|last1=Evans|first1=AS.|last2=Kaslow|first2=RA.|publisher=Plenum Publishing Corporation|location=New York|year=1997|isbn=0-306-44856-4}} ({{google books with page|L9p6PtCDgJs|lihat|16|viral+infection}})</ref>
 
== Dampak ==
Beberapa virus ada yang dapat dimanfaatkan dalam rekombinasi genetika.<ref name=Evans>{{citation|title= Viral Infections of Humans:epidemiology and Control|last1=Evans|first1=AS.|last2=Kaslow|first2=RA.|publisher=Plenum Publishing Corporation|location=New York|year=1997|isbn=0-306-44856-4}} ({{google books with page|L9p6PtCDgJs|lihat|16|viral+infection}})</ref> Melalui terapi gen, gen jahat (penyebab infeksi) yang terdapat dalam virus diubah menjadi gen baik (penyembuh).<ref name=Evans/> Baru-baru ini David Sanders, seorang profesor ­biologi pada Purdue's School of Science telah menemukan cara pemanfaatan virus dalam dunia kesehatan.<ref name=Evans/> Dalam temuannva yang dipublikasikan dalam Jurnal Virology, Edisi 15 Desember ­2002, David Sanders berhasil menjinakkan cangkang luar virus Ebola sehingga dapat dimanfaatkan sebagai pembawa gen kepada sel yang sakit (paru-paru).<ref name=Evans/> Meskipun demikian, kebanyakan virus bersifat merugikan terhadap kehidupan manusia, hewan, dan tumbuhan.<ref name=Evans/>
 
Virus sangat dikenal sebagai penyebab penyakit infeksi pada manusia, hewan, dan tumbuhan.<ref name=Evans/> Sejauh ini tidak ada makhluk hidup yang tahan terhadap virus.<ref name=Evans/> Tiap virus secara khusus menyerang sel-sel tertentu dari inangnya. Virus yang menyebabkan selesma menyerang saluran pernapasan, virus campak menginfeksi kulit, virus hepatitis menginfeksi hati, dan virus rabies menyerang sel-sel saraf. Begitu juga yang terjadi pada penyakit AIDS (acquired immune deficiency syndrome), yaitu suatu penyakit yang mengakibatkan menurunnya daya tahan tubuh penderita penyakit tersebut disebabkan oleh virus HIV yang secara khusus menyerang sel darah putih.<ref name=Evans/> Tabel berikut ini memuat beberapa macam penyakit yang disebabkan oleh virus.<ref name=Evans/>
Baris 509 ⟶ 371:
 
=== Penyakit tumbuhan akibat virus ===
Penyakit mosaik, yakni jenis penyakit yang menyerang tanaman tembakau.,<ref name=Akin/> Penyebabnyapenyebabnya adalah tobacco mosaic virus (TMV)
Penyakit tungro, yakni jenis penyakit yang menyerang tanaman padi.,<ref name=Akin/> Penyebabnyapenyebabnya adalah virus Tungro.<ref name=Akin/>
Penyakit degenerasi pembuluh tapis pada jeruk., Penyebabnyapenyebabnya adalah virus citrus vein phloem degeneration (CVPD).<ref name=Akin/>
 
=== Penyakit manusia akibat virus ===
Baris 520 ⟶ 382:
Kekhawatiran juga terjadi terhadap penyebaran kembali virus sejenis cacar, yang telah menyebabkan wabah terbesar dalam sejarah manusia, dan mampu menyebabkan kepunahan suatu bangsa.<ref name=crowley/> Beberapa suku bangsa [[Indian]] telah punah akibat wabah, terutama penyakit cacar, yang dibawa oleh kolonis Eropa.<ref name=crowley/> Meskipun sebenarnya diragukan dalam jumlah pastinya, diyakini kematian telah terjadi dalam jumlah besar.<ref name=crowley/> Penyakit ini secara tidak langsung telah membantu dominasi bangsa Eropa di dunia baru Amerika.<ref name=crowley/>
 
Salah satu virus yang dianggap paling berbahaya adalah [[filoviridae|filovirus]].<ref name=crowley/> Grup Filovirus terdiri atas [[Virus Marburg|Marburg]], pertama kali ditemukan tahunpada 1967 di [[Marburg]], [[Jerman]], dan [[ebola]].<ref name=crowley/> Filovirus adalah virus berbentuk panjang seperti cacing, yang dalam jumlah besar tampak seperti sepiring mi.<ref name=crowley/> Pada [[April 2005]], virus Marburg menarik perhatian persmedia dengan terjadinya penyebaran di [[Angola]]. Sejak Oktober [[2004]] hingga [[2005]], kejadian ini menjadi epidemi terburuk di dalam kehidupan manusia.<ref name=crowley>{{citation|title= An Introduction to Human Disease: Pathology and Pathophysiology
|last1= Crowley|first1=LV.|publisher=Jones and Bartlett Publishers|location=Sudburry|year=2010|isbn=978-0-7637-6591-0}} ({{google books with page|gMxeK6sqsfwC|lihat|147|virus+human}})</ref>
 
Baris 539 ⟶ 401:
 
== Referensi ==
=== Catatan kaki ===
{{Reflist|colwidth=30em}}
{{reflist|30em}}
 
=== BacaanDaftar lanjutanpustaka ===
{{Refbegin}}
* {{cite book|last= Aryulina|first= Diah|authorlink=|coauthors= Choirul Muslim, Syalfinaf Manaf, Endang Widi Winarni|title=Biologi 1 SMA dan MA Untuk Kelas X|year= 2007|publisher= Esis/Erlangga|location= Jakarta|id= ISBN 974-734-549-1 }} {{id icon}}
* {{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/124160564|title=Virology: Principles and Applications|last1=Carter|first1=John B.|last2=Saunders|first2=Venetia A.|date=2007|publisher=John Wiley & Sons|isbn=978-0-470-02386-0|location=Chichester, Inggris|oclc=124160564|ref={{sfnref|Carter & Saunders|2007}}}}
* {{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/65207057|title=Introduction to modern virology|last=Dimmock|first=N. J.|last2=Easton|first2=A.J.|last3=Leppard|first3=K.N.|year=2007|publisher=Blackwell Publishing|isbn=1-4051-3645-6|edition=6|location=Malden, MA|oclc=65207057|ref={{sfnref|Dimmock dkk.|2007}}}}
* {{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/38290809|year=1998|title=Topley and Wilson's Microbiology and Microbial Infections|editor-last1=Collier|editor-first1=Leslie|editor-last2=Balows|editor-first2=Albert|editor-last3=Sussman|editor-first3=Max|edition=9|location=London|publisher=Arnold|isbn=0-340-61470-6|oclc=38290809|ref={{sfnref|Collier dkk.|1998}}}}
* {{Cite book|last=Mahy|first=B.W.J.|last2=Van Regenmortel|first2=M. H. V.|date=2010|url=https://www.worldcat.org/oclc/480587729|title=Desk encyclopedia of general virology|location=Oxford|publisher=Academic Press|isbn=0-12-375162-4|pages=|oclc=480587729|ref={{sfnref|Mahy|Van Regenmortel|2010}}}}
* {{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/948427269|year=2017|title=Understanding Viruses|last=Shors|first=Teri|edition=3|location=Burlington, Massachusetts|publisher=Jones and Bartlett Learning|isbn=978-1-284-02592-7|oclc=948427269|ref={{sfnref|Shors|2017}}}}
{{Refend}}
 
== Pranala luar ==
* {{en}} [http://media.med.sc.edu/microbiology2007/ Perpustakaan Online tentang virus] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20080509061914/http://media.med.sc.edu/microbiology2007/ |date=2008-05-09 }}
* {{en}} [http://virology-online.com Wong's Virology]
* {{en}} [http://www.news-medical.net/health/What-is-a-Virus.aspx Apa itu virus?]
 
{{topik virus}}
{{Taxonbar|from=Q808}}
{{normdaten}}
{{Authority control}}
{{taxonbar}}
 
[[Kategori:Virus| ]]
[[Kategori:PenyakitParasit]]