Virus: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
→Klasifikasi: Klasifikasi ICTV |
k Membatalkan 1 suntingan oleh 182.3.196.235 (bicara) ke revisi terakhir oleh 103.148.233.83 Tag: Pembatalan |
||
(74 revisi perantara oleh 29 pengguna tidak ditampilkan) | |||
Baris 1:
{{disambig info|Virus (disambiguasi)}}
{{dab|Untuk artikel yang bersifat nonteknis dan lebih mudah dimengerti, silakan lihat [[pengantar tentang virus]]}}
{{Virusbox
|taxon = Virus
|color = rgb(250,250,190)
|name = Virus
|image = Rotavirus Reconstruction.jpg
|image_caption = Rekonstruksi partikel [[
|subdivision_ranks = [[Dunia (virologi)|Dunia]]<ref name=ictv2019>{{Cite web|url=https://talk.ictvonline.org/taxonomy/|title=Virus Taxonomy: 2019 Release|date=Juli 2019|access-date=7 Oktober 2020|website=ICTV Online}}</ref>
|subdivision =
* ''[[Duplodnaviria]]''
* ''[[Monodnaviria]]''
* ''[[Riboviria]]''
* ''[[Varidnaviria]]''
}}
'''Virus''' atau '''badi'''<ref>{{Kamus|badi}}</ref> adalah [[mikroorganisme]] [[patogen]] yang
Saat terinfeksi, sel inang dipaksa untuk menghasilkan ribuan salinan identik dari virus asli dengan cepat. Ketika tidak berada di dalam sel atau tidak dalam proses menginfeksi sel, virus berada dalam bentuk partikel independen yang disebut [[virion]]. Virion terdiri atas dua atau tiga bagian: (1) [[materi genetik]],
Virus menyebar dengan berbagai cara. Salah satu jalur penularan adalah melalui organisme pembawa penyakit yang dikenal sebagai [[Vektor (biologi)|vektor]]: misalnya, virus sering ditularkan dari tumbuhan satu ke tumbuhan oleh serangga yang memakan [[getah]] tumbuhan, seperti [[kutu daun]]; dan virus pada hewan dapat dibawa oleh serangga [[hematofagi|pengisap darah]]. [[Virus influenza]] menyebar melalui batuk dan bersin. ''[[Norovirus]]'' dan ''[[Rotavirus]]'', penyebab umum [[gastroenteritis]] viral, ditularkan melalui [[Transmisi fekal–oral|jalur fekal–oral]], melalui kontak dari-tangan-ke-mulut atau terbawa dalam makanan atau air. [[Dosis infektif minimal|Dosis infeksius]] ''Norovirus'' yang diperlukan untuk menghasilkan infeksi pada manusia kurang dari 100 partikel.<ref name="robilotti15">{{Cite journal|last=Robilotti|first=Elizabeth|last2=Deresinski|first2=Stan|last3=Pinsky|first3=Benjamin A.|date=Januari 2015|title=Norovirus|url=https://cmr.asm.org/content/28/1/134|journal=Clinical Microbiology Reviews|volume=28|issue=1|pages=134–164|doi=10.1128/CMR.00075-14|issn=0893-8512|pmc=PMC4284304|pmid=25567225|access-date=2020-10-28|archive-date=2020-11-01|archive-url=https://web.archive.org/web/20201101190717/https://cmr.asm.org/content/28/1/134|dead-url=yes}}</ref> [[HIV]] merupakan salah satu dari beberapa virus yang ditularkan melalui hubungan seksual dan terpapar darah yang mengandung virus. Beragam variasi sel inang yang dapat diinfeksi oleh suatu virus disebut "kisaran inang". Kisaran ini bisa saja sempit, artinya virus tersebut hanya mampu menginfeksi beberapa spesies, atau luas, artinya ia mampu menginfeksi banyak spesies.{{sfn|Shors|2017|p=123–124}}
Infeksi virus pada hewan memicu [[respons kekebalan]] yang biasanya menghilangkan virus yang sedang menginfeksi. Respons kekebalan juga dapat dihasilkan oleh [[vaksin]], yang memberikan kekebalan buatan terhadap infeksi virus tertentu. Beberapa virus, termasuk yang menyebabkan [[AIDS]], [[infeksi papilomavirus manusia]], dan [[virus hepatitis]], menghindari respons kekebalan ini dan menyebabkan infeksi [[kronis]]. Beberapa [[obat antivirus]] telah dikembangkan untuk mengobati penyakit akibat virus.
== Etimologi ==
Kata ''virus'' berasal dari [[bahasa Latin]] ''vīrus'' yang berarti [[racun]] dan cairan berbahaya lainnya
== Sejarah penemuan ==
Baris 36 ⟶ 37:
*# Ketika kultur agen muri diinokulasikan ke dalam sel inang sehat yang rentan maka dapat menimbulkan penyakit
*# Agen yang sama dapat diambil dan diisolasi kembali dari inang yang terinfeksi tersebut
* Penelitian mengenai virus dimulai dengan penelitian mengenai [[penyakit mosaik]] yang menghambat pertumbuhan tanaman [[tembakau]] dan membuat daun tanaman tersebut memiliki bercak-bercak. Pada tahun [[1883]], [[Adolf Mayer]], seorang ilmuwan Jerman, menemukan bahwa penyakit tersebut dapat menular ketika tanaman yang ia teliti menjadi sakit setelah disemprot dengan getah tanaman yang sakit. Karena tidak berhasil menemukan
* Pada tahun [[1892]], [[Dmitri Ivanovsky]] dari [[Rusia]] menemukan bahwa getah daun tembakau yang sudah disaring dengan penyaring bakteri masih dapat menimbulkan penyakit mosaik.
* Setelah itu, pada tahun [[1898]], Loeffler dan Frosch melaporkan bahwa penyebab [[penyakit mulut dan kaki]] sapi dapat melewati saringan yang tidak dapat dilewati bakteri. Namun, mereka menyimpulkan bahwa patogennya adalah bakteri yang sangat kecil.<ref name=Akin/>
* Pendapat Beijerinck baru terbukti pada tahun [[1935]], setelah [[Wendell Meredith Stanley]] dari [[Amerika Serikat]] berhasil meng[[kristal]]kan partikel penyebab penyakit mosaik yang kini dikenal sebagai [[virus mosaik tembakau]].<ref name=Campbell341>Campbell ''et al.'' (2002), hlm. 341. Diakses pada 26 Maret 2009.</ref> Stanley mengemukakan bahwa virus tetap akan dapat tetap aktif meskipun setelah kristalisasi.<ref name="Stanley">{{cite journal|author=Stanley WM|year=1933|title=Isolation of a crystalline protein possessing the properties of tobacco mosaic virus|url=http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=1&ved=0CBoQFjAA&url=http%3A%2F%2Fwww.asm.org%2FccLibraryFiles%2FFILENAME%2F0000000268%2F1935p160.pdf&rct=j&q=Isolation%20of%20a%20crystalline%20protein%20possessing%20the%20properties%20of%20tobacco%20mosaic%20virus&ei=Nr0CTsOMHsjjrAfnldjPCg&usg=AFQjCNHM2LkI3O2zUWWr47ldOtJRtLV1cA&sig2=6c89N-Zkp35Y5SfLdLx0CQ|format=pdf|journal=Science|volume=81|issue=|pages=644-645|doi=|id=|accessdate=|month=}}</ref> Virus ini juga merupakan virus yang pertama kali divisualisasikan dengan [[mikroskop elektron]] pada tahun [[1939]] oleh ilmuwan Jerman G.A. Kausche, E. Pfankuch, dan H. Ruska.<ref name=Creager>{{cite book|last=Creager|first=A.N.H.|title=The life of a virus: tobacco mosaic virus as an experimental model, 1930-1965|url=http://books.google.co.id/books?id=-gAglsDBasAC&pg=PA119&vq=first+electron+micrographs+of+TMV|edition= Edisi ke-2|format=Didigitalisasi oleh Google Penelusuran Buku|year=2002|accessdate=2009-03-26|location=Chicago|publisher=University of Chicago Press|pages=hlm. 119|isbn=0226120260, 9780226120263}}</ref>
* Pada tahun 1911, [[Peyton Rous]] menemukan jika ayam yang sehat diinduksi dengan sel tumor dari ayam yang sakit, maka pada ayam yang sehat tersebut juga akan terkena kanker.<ref name="Rous"/> Selain itu, Rous juga mencoba melisis sel [[tumor]] dari ayam yang sakit lalu menyaring sari-sarinya dengan pori-pori yang tidak dapat dilalui oleh [[bakteri]], lalu sari-sari tersebut di suntikkan dalam sel ayam yang sehat dan ternyata hal tersebut juga dapat menyebabkan kanker.<ref name="Rous"/> Rous menyimpulkan kanker disebabkan karena sel virus pada sel tumor ayam yang sakit yang menginfeksi sel ayam yang sehat.<ref name="Rous"/> Penemuan tersebut merupakan penemuan pertama [[virus onkogenik]], yaitu virus yang dapat menyebabkan tumor. Virus yang ditemukan oleh Rous dinamakan [[Rous Sarcoma Virus]] (RSV).<ref name="Rous">{{cite journal|author = Rous P|year = 1911|month =|title = A sarcoma of the fowl transmissible by an agent separable from the tumor cells|journal= J Exp Med|volume = 13|issue =|pages = 397-399|doi=|id =|url =http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=1&ved=0CBUQFjAA&url=http%3A%2F%2F159.149.74.38%2Fwebpage%2FBiologia%25202011%2FRous.pdf&ei=7a8CTq_8NszprQf_xsi_Cg&usg=AFQjCNFB8TZdjJ_-ZVlzbWZAsZn8WWnHzA&sig2=YSv1XT1Hd85vyOupp1mIlg|format = pdf|accessdate = }}</ref>
* Pada tahun 1933, ''Shope papilloma virus'' atau ''cottontail rabbit papilloma virus'' (CRPV) yang ditemukan oleh [[Richard E Shope|Dr. Richard E Shope]] merupakan model [[kanker]] pertama pada manusia yang disebabkan oleh virus.<ref name=Shope/> Dr. Shope melakukan percobaan dengan mengambil filtrat dari tumor pada hewan lalu disuntikkan pada kelinci domestik yang sehat, dan ternyata timbul tumor pada kelinci tersebut.<ref name=Shope>{{cite journal|author = Shope RE|year = 1933|month =|title = Infectious papillomatosis of rabbits; with a note on the histopathology|journal= J Exp Med|volume = 58|issue =|pages = 607|doi =|id =|url =http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=1&sqi=2&ved=0CBUQFjAA&url=http%3A%2F%2Fjem.rupress.org%2Fcontent%2F58%2F5%2F607.full.pdf&rct=j&q=filetype%3Apdf%20Infectious%20papillomatosis%20of%20rabbits%3B%20with%20a%20note%20on%20the%20histopathology&ei=broCTorTJ8jwrQe4wri0Cg&usg=AFQjCNHe578NdnUayaNLA4B5Dqo6EtYPIw&sig2=ipOK2zdFAwBE7xqxQtbX-g|format = pdf|accessdate = }}</ref>
* [[Martha Chase]] dan [[Alfred Hershey]] pada tahun 1952 berhasil menemukan [[bakteriofag]].<ref name=Hershey/> [[Bakteriofag]] merupakan virus yang memiliki inang bakteri sehingga hanya dapat bereplikasi di dalam sel bakteri.<ref name=Hershey>{{cite journal|author = Hershey AD, Chase M|year = 1952|month =|title = Independent Function of Viral Protein and Nucleic Acid in Growth of Bacteriophage|journal= Journal of General Physiology|volume = 36|issue =|pages = 39-56|doi =|id =|url = http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=1&ved=0CBoQFjAA&url=http%3A%2F%2Fjgp.rupress.org%2Fcontent%2F36%2F1%2F39.full.pdf&rct=j&q=filetype%3Apdf%20Independent%20Function%20of%20Viral%20Protein%20and%20Nucleic%20Acid%20in%20Growth%20of%20Bacteriophage&ei=ZL8CTtbqDMjjrAfnldjPCg&usg=AFQjCNFgbTTRlqhXeCCTJMUGwjhH4zUS_w&sig2=TuIywuDzg7IjluOQoDLWqg&cad=rja|format = pdf|accessdate = }}</ref>
== Asal-usul ==
{{lihat pula|Evolusi virus|Paleovirologi}}
Virus selalu berdampingan dengan organisme
;Hipotesis regresi:Virus bisa jadi dulunya adalah sel-sel kecil yang menjadi [[parasit]] dalam sel yang lebih besar. Kemudian, parasit-parasit ini kehilangan gen-gen yang tidak lagi dibutuhkan setelah hidup sebagai parasit. Dengan demikian, sel-sel tersebut mengalami ''regresi'' menjadi virus. Teori ini didukung oleh keberadaan bakteri seperti ''[[Rickettsia]]'' dan ''[[Chlamydia (bakteri)|Chlamydia]]'' yang hanya mampu bereproduksi di dalam sel inang (seperti halnya virus). Menurut hipotesis ini, jika sel-sel kecil seperti ini bisa terus mengandalkan parasitisme untuk tetap hidup, gen-gen lain yang hanya diperlukan untuk hidup mandiri (hidup di luar sel inang) dapat hilang. Hipotesis ini juga disebut 'hipotesis degenerasi',{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=16}}{{sfn|Collier dkk.|1998|p=11}} atau 'hipotesis reduksi'.{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}}
; Hipotesis keluar dari sel:Virus mungkin berevolusi dari potongan DNA atau RNA yang keluar dari gen organisme yang lebih besar. DNA yang keluar ini dapat berasal dari [[plasmid]] (potongan-potongan DNA yang dapat berpindah dari satu sel ke sel lain) atau [[transposon]] (molekul DNA yang bereplikasi dan bergerak ke berbagai posisi dalam gen sel).{{sfn|Shors|2017|p=810}} Transposons pernah disebut sebagai "gen pelompat" dan merupakan contoh unsur genetik yang dapat berpindah dengan mudah dan bisa jadi merupakan asal mula beberapa virus. Mereka ditemukan pada jagung oleh [[Barbara McClintock]] pada tahun 1950.<ref>{{Cite journal|last=McClintock|first=B.|date=1 Juni 1950|title=The origin and behavior of mutable loci in maize|url=http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.36.6.344|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|volume=36|issue=6|pages=344–355|doi=10.1073/pnas.36.6.344|issn=0027-8424|pmc=PMC1063197|pmid=15430309}}</ref> Hipotesis ini kadang-kadang disebut 'hipotesis gelandangan',{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=16}}{{sfn|Collier dkk.|1998|p=11–12}} atau 'hipotesis melarikan diri'.{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}}
; Hipotesis koevolusi: Hipotesis ini juga disebut 'hipotesis virus-pertama'{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}} yang mengusulkan bahwa virus mungkin telah berevolusi dari molekul kompleks berupa protein dan asam nukleat pada saat yang sama ketika sel pertama kali muncul di Bumi dan akan bergantung pada kehidupan seluler selama miliaran tahun. [[Viroid]] merupakan molekul RNA yang tidak diklasifikasikan sebagai virus karena tidak memiliki mantel protein. Mereka memiliki karakteristik yang sama dengan beberapa virus dan sering disebut agen subviral.{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=55}} Viroid merupakan patogen tumbuhan yang penting.{{sfn|Shors|2017|p=791}} Mereka tidak menyandi protein tetapi berinteraksi dengan sel inang dan menggunakan perangkat yang dimiliki inang untuk bereplikasi.<ref>{{Cite journal|last=Tsagris|first=Efthimia Mina|last2=Martínez de Alba|first2=Ángel Emilio|last3=Gozmanova|first3=Mariyana|last4=Kalantidis|first4=Kriton|date=November 2008|title=Viroids|url=http://doi.wiley.com/10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x|journal=Cellular Microbiology|volume=10|issue=11|pages=2168–2179|doi=10.1111/j.1462-5822.2008.01231.x}}</ref> [[Hepatitis D|Virus hepatitis delta]] pada manusia memiliki genom RNA yang mirip dengan viroid tetapi mereka memiliki lapisan protein yang berasal dari virus hepatitis B dan tidak dapat menghasilkannya sendiri. Oleh karena itu, virus ini cacat. Meskipun genom virus hepatitis delta dapat bereplikasi secara independen setelah berada di dalam sel inang, ia membutuhkan bantuan virus hepatitis B untuk menyediakan mantel protein sehingga ia dapat ditularkan ke sel baru.{{sfn|Shors|2017|p=460}} Dengan cara yang sama, [[Virofag Sputnik]] bergantung pada ''[[Mimivirus]]'', yang menginfeksi protozoa ''[[Acanthamoeba castellanii]]''.<ref>{{Cite journal|last=La Scola|first=Bernard|last2=Desnues|first2=Christelle|last3=Pagnier|first3=Isabelle|last4=Robert|first4=Catherine|last5=Barrassi|first5=Lina|last6=Fournous|first6=Ghislain|last7=Merchat|first7=Michèle|last8=Suzan-Monti|first8=Marie|last9=Forterre|first9=Patrick|date=September 2008|title=The virophage as a unique parasite of the giant mimivirus|url=http://www.nature.com/articles/nature07218|journal=Nature|volume=455|issue=7209|pages=100–104|doi=10.1038/nature07218|issn=0028-0836}}</ref> Jenis virus ini, yang bergantung pada keberadaan spesies virus lain di dalam sel inang, disebut 'satelit' dan mungkin merupakan contoh perantara evolusi antara viroid dan virus.{{sfn|Collier dkk.|1998|p=777}}{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=15–16}}
Ketiga hipotesis ini memiliki kelemahan. Hipotesis regresi tidak dapat menjelaskan mengapa sel-sel parasit terkecil yang ditemukan pun tidak memiliki kemiripan sama sekali dengan virus. Hipotesis keluar dari sel tidak dapat menjelaskan struktur-struktur yang hanya ada pada virus dan tidak pada sel, seperti kapsid yang kompleks. Hipotesis koevolusi bertentangan dengan definisi virus—bahwa mereka membutuhkan sel inang—dan tidak dapat menjelaskan bagaimana virus yang terbentuk pertama kali dapat bertahan dan memperbanyak diri tanpa keberadaan sel.<ref>{{Cite journal|last=Nasir|first=Arshan|last2=Kim|first2=Kyung Mo|last3=Caetano-Anollés|first3=Gustavo|date=September 2012|title=Viral evolution: Primordial cellular origins and late adaptation to parasitism|url=http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.4161/mge.22797|journal=Mobile Genetic Elements|volume=2|issue=5|pages=247–252|doi=10.4161/mge.22797|issn=2159-256X|pmc=PMC3575434|pmid=23550145}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Wessner|first=D.R.|date=2010|title=The Origins of Viruses|url=https://www.nature.com/scitable/topicpage/the-origins-of-viruses-14398218/|journal=Nature Education|volume=3|issue=9|pages=37|doi=}}</ref>{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}} Saat ini virus dipandang sebagai entitas kuno dan memiliki asal-usul yang mendahului percabangan kehidupan ke dalam [[Sistem tiga domain|tiga domain]].{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=28}} Penemuan ini mengarahkan ahli virologi modern untuk mempertimbangkan kembali dan mengevaluasi kembali ketiga hipotesis klasik ini.{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=28}}
Bukti untuk [[hipotesis dunia RNA]]{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=26}} dan analisis komputer terhadap urutan DNA virus dan inangnya memberikan pemahaman yang lebih baik tentang hubungan evolusi di antara virus-virus dan dapat membantu mengidentifikasi nenek moyang virus modern. Sampai saat ini, analisis tersebut belum membuktikan hipotesis mana yang benar.{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}} Tampaknya tidak mungkin bahwa semua virus yang saat ini diketahui memiliki nenek moyang yang sama dan virus mungkin telah muncul berkali-kali pada masa lalu oleh satu atau beberapa mekanisme.{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=15–16}}
== Mikrobiologi ==
=== Status kehidupan ===
Ada perbedaan pendapat ilmiah tentang apakah virus digolongkan sebagai makhluk hidup atau sekadar [[Senyawa organik|struktur organik]] yang berinteraksi dengan makhluk hidup. Walaupun demikian, mereka lebih sering dianggap sebagai replikator (zat yang melakukan [[replikasi DNA]]) dan tidak termasuk bentuk kehidupan.<ref>{{cite journal |title=Are viruses alive? The replicator paradigm sheds decisive light on an old but misguided question |journal=Stud Hist Philos Biol Biomed Sci |volume=59 |pages=125–34 |date=7 Maret 2016 |last=Koonin |first=E.V. |last2=Starokadomskyy |first2=P. |doi=10.1016/j.shpsc.2016.02.016 |pmid=26965225 |pmc=5406846}}</ref> Virus digambarkan sebagai "organisme di ujung kehidupan",<ref name="ReferenceA"
=== Struktur ===
Baris 133 ⟶ 135:
|author = Schneider-Schaulies J
|year = 2000
|month =
|title = Cellular receptors for viruses: links to tropism and pathogenesis
|journal= Journal of General Virology
|volume = 81
|issue =
|pages = 1413-1429
|doi =
|id =
|url = http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=6&ved=0CEsQFjAF&url=http%3A%2F%2Fvir.sgmjournals.org%2Fcgi%2Freprint%2F81%2F6%2F1413.pdf&ei=7RwDTqrfBYXxrQen7NjfDQ&usg=AFQjCNHQKhiW__yd3y12_FA-3i06ms76Eg&sig2=SEUJaY8_IDMnlgg2-sMl3g
|format = pdf
Baris 164 ⟶ 166:
|author = Olson NH
|year = 1992
|month =
|title = Structure of a human rhinovirus complexed with its receptormolecule
|journal = Proc. Natl. Acad. Sci. USA
|volume = 90
|issue =
|pages = 507-511
|doi =
|id =
|url = http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=3&ved=0CDIQFjAC&url=http%3A%2F%2Fwww.pnas.org%2Fcontent%2F90%2F2%2F507.full.pdf&ei=IyEDTor7JcbWrQeRyIzxDQ&usg=AFQjCNGVM4dbDHf-DMn35Sn4Z4oyCR8XgQ&sig2=6bo_6CD7U0pHBspYy3n4Bw
|format = pdf
|accessdate =
}}</ref>
Baris 181 ⟶ 183:
|author = Yongning H.
|year = 2000
|month =
|title= Interaction of the poliovirus receptor with poliovirus
|journal= PNAS
|volume = 97
|issue =
|pages = 79-84
|doi =
|id =
|url = http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=1&ved=0CBkQFjAA&url=http%3A%2F%2Fcryoem.ucsd.edu%2Fpublication-pdfs%2F2000-He-etal-PNAS.pdf&ei=xz0DToLjKoXJrAf53PXvDQ&usg=AFQjCNHg8wMLeyWIQ024-TBJs39WhMi1IA&sig2=GELxLNlTFGZPPIYSGw6fUg
|format = pdf
|accessdate =
}}</ref>
Baris 227 ⟶ 229:
:Proses [[endositosis]] merupakan mekanisme yang sangat umum sebagai jalan masuk virus ke dalam sel.<ref name=Cheng/> Tidak diperlukan protein virus spesifik selain yang telah digunakan untuk pengikatan reseptor.<ref name=Cheng>{{citation
|title=Cellular Microbiology
|last1=Cheng
|first1=H.
|last2=Hammar
Baris 239 ⟶ 241:
* fusi dari sampul dengan membran sel (untuk virus yang bersampul)
:Proses fusi virus bersampul dengan membran sel baik secara langsung maupun dengan permukaan sel maupun mengikuti endositosis dalam sitoplasma.<ref name=Cheng/> Diperlukan adanya [[protein fusi]] spesifik dalam sampul virus, misalnya: HA influenza dan [[glikoprotein]] [[transmembran]] (TM) Rhinovirus.<ref name=Cheng/>
==== Pelepasan mantel ====
Baris 258 ⟶ 250:
[[File:Baltimore Classification table.png|250px|jmpl|kiri|7 Klasifikasi Baltimore.<ref name=Carter>{{citation
|title=Virology: Principles and Applications
|last1=Carter
|first1=JB.
|last2=Saunders
Baris 274 ⟶ 266:
:Kelompok ini dibagi menjadi dua kelompok.
:# Replikasi terjadi di inti dan relatif tergantung kepada faktor-faktor seluler (''Adenoviridae'', ''Polyomaviridae'', ''Herpesviridae'')<ref name=Wagner3/>
:# Replikasi terjadi di sitoplasma (''Poxviridae''). virus ini melibatkan semua faktor-faktor yang penting untuk transkripsi dan replikasi dari genomnya, dan kebanyakan tidak tergantung pada perangkat replikasi dari inangnya.<ref name=Wagner3/>
* Kelas II: DNA utas tunggal
Baris 319 ⟶ 311:
== Klasifikasi ==
{{utama|Klasifikasi virus}}
Klasifikasi bertujuan untuk menggambarkan keanekaragaman virus dengan memberi nama dan mengelompokkan virus berdasarkan kesamaan mereka. Secara sederhana, virus dapat dikelompokkan berdasarkan jenis asam nukleat yang mereka miliki ([[virus DNA]] atau [[virus RNA]]), untaian asam nukleat (untai tunggal atau untai ganda), ada tidaknya segmentasi pada genom, ukuran virion, jenis simetri kapsid (heliks atau ikosahedreal), serta ada tidaknya selubung.{{sfn|Carter & Saunders|2007|p=116}} Pada tahun 1962, André Lwoff, Robert Horne, dan Paul Tournier merupakan orang-orang pertama yang mengembangkan pengelompokan virus berdasarkan sistem hierarki [[taksonomi Linnaeus|Linnaeus]].<ref name="pmid14467544">{{cite journal | vauthors = Lwoff A, Horne RW, Tournier P | title = [A virus system] | language = French | journal = Comptes Rendus Hebdomadaires des Seances de l'Academie des Sciences | volume = 254 | pages = 4225–7 | date = June 1962 | pmid = 14467544 }}</ref> Sistem ini menggunakan klasifikasi [[filum]], [[Kelas (biologi)|kelas]], [[Ordo (biologi)|
=== Klasifikasi ICTV ===
[[Berkas:Comparison 1991 and 2019 virus taxonomy ICTV.webp|jmpl|Perbandingan antara taksonomi virus tahun 1991 dan 2019 oleh [[Komite Internasional Taksonomi Virus|ICTV]]|upright=1.4]]
Komite Internasional Taksonomi Virus (ICTV) mengembangkan sistem klasifikasi yang digunakan saat ini dan menulis pedoman yang memberi bobot lebih besar pada sifat-sifat virus tertentu untuk menjaga keseragaman keluarga virus. Taksonomi terpadu (sistem universal untuk mengklasifikasikan virus) telah ditetapkan. Peneliti baru mendeskripsikan sebagian kecil dari total keragaman virus yang ada di bumi.<ref>{{cite journal | vauthors = Delwart EL | title = Viral metagenomics | journal = Reviews in Medical Virology | volume = 17 | issue = 2 | pages = 115–31 | year = 2007 | pmid = 17295196 | doi = 10.1002/rmv.532 }}</ref> Pada tahun 2019, 4 dunia, 9 kerajaan, 16 filum, 2 subfilum, 36 kelas, 55 ordo, 8 subordo, 168 keluarga, 103 subkeluarga, 1.421 genus, 68 subgenus, dan 6.589 spesies virus telah ditetapkan oleh ICTV.<ref>{{Cite web|url=https://talk.ictvonline.org/taxonomy/|title=Virus Taxonomy: 2019 Release|date=Juli 2019|access-date=7 Oktober 2020|website=ICTV Online}}</ref>
Seperti [[Klasifikasi ilmiah|taksonomi]] makhluk hidup pada umumnya, klasifikasi virus juga dilakukan secara hierarkis atau bertingkat.
:
::
:::[[Kerajaan (biologi)|Kerajaan]] (''-viriae'')
::::Subkingdom (''-virites'')
Baris 335 ⟶ 328:
:::::::::[[Ordo (biologi)|Ordo]] (''-virales'')
::::::::::Subordo (''-virineae'')
:::::::::::[[
::::::::::::Subkeluarga (''-virinae'')
:::::::::::::[[Genus]] (''-virus'')
Baris 341 ⟶ 334:
:::::::::::::::[[Spesies]]
Dalam klasifikasi virus, terdapat
=== Klasifikasi Baltimore ===
[[Berkas:VirusBaltimoreClassification.svg|jmpl|upright=1.6|Klasifikasi Baltimore yang mengelompokkan virus berdasarkan metode sintesis mRNA mereka.]]
{{main|Klasifikasi Baltimore}}
Ahli biologi dan pemenang Hadiah Nobel [[David Baltimore]] merancang sistem [[klasifikasi Baltimore]].<ref name="pmid4348509">{{cite journal | vauthors = Temin HM, Baltimore D | title = RNA-directed DNA synthesis and RNA tumor viruses | journal = Advances in Virus Research | volume = 17 | pages = 129–86 | year = 1972 | pmid = 4348509 | doi = 10.1016/S0065-3527(08)60749-6 | isbn = 9780120398171 }}</ref><ref name="pmid4377923">{{cite journal | vauthors = Baltimore D | title = The strategy of RNA viruses | journal = Harvey Lectures | volume = 70 Series | pages = 57–74 | year = 1974 | pmid = 4377923 }}</ref> Dalam klasifikasi virus modern, sistem klasifikasi ICTV digunakan bersama dengan sistem klasifikasi Baltimore.<ref name="pmid15078590">{{cite journal | vauthors = van Regenmortel MH, Mahy BW | title = Emerging issues in virus taxonomy | journal = Emerging Infectious Diseases | volume = 10 | issue = 1 | pages = 8–13 | date = January 2004 | pmid = 15078590 | pmc = 3322749 | doi = 10.3201/eid1001.030279 }}</ref><ref name="pmid10486120">{{cite journal | vauthors = Mayo MA | title = Developments in plant virus taxonomy since the publication of the 6th ICTV Report. International Committee on Taxonomy of Viruses | journal = Archives of Virology | volume = 144 | issue = 8 | pages = 1659–66 | year = 1999 | pmid = 10486120 | doi = 10.1007/s007050050620 }}</ref><ref name="pmid15183049">{{cite journal | vauthors = de Villiers EM, Fauquet C, Broker TR, Bernard HU, zur Hausen H | title = Classification of papillomaviruses | journal = Virology | volume = 324 | issue = 1 | pages = 17–27 | date = June 2004 | pmid = 15183049 | doi = 10.1016/j.virol.2004.03.033 }}</ref>
Klasifikasi virus Baltimore didasarkan pada mekanisme sintesis [[mRNA]]. Virus harus menghasilkan mRNA dari genomnya untuk menghasilkan protein dan mereplikasi diri mereka sendiri, tetapi mekanisme yang digunakan oleh virus untuk mencapai hal ini berbeda-beda. Genom virus mungkin beruntai tunggal (''single-stranded'', disingkat ss) atau beruntai ganda (''double-stranded'', disingkat ds), baik berupa RNA atau DNA, dan mungkin menggunakan atau tidak menggunakan [[transkriptase balik]] (''reverse transcriptase'', disingkat RT). Selain itu, virus RNA untai tunggal dapat bersifat positif (+) atau negatif (-). Klasifikasi ini menempatkan virus ke dalam tujuh kelompok:
* Virus DNA untai ganda (dsDNA)
* Virus RNA untai tunggal-positif (ssRNA(+))
* Virus RNA untai tunggal-negatif (ssRNA(-))
* Virus RNA untai tunggal-transkripsi balik (ssRNA-RT)
* Virus DNA untai ganda-transkripsi balik (dsDNA-RT)
Sebagai contoh penerapan klasifikasi virus, virus penyebab [[cacar air]], yaitu [[virus varicella-zoster]] (VZV), ditempatkan dalam ordo ''[[Herpesvirales]]'', keluarga ''[[Herpesviridae]]'', subkeluarga ''[[Alphaherpesvirinae]]'', dan genus ''[[Varicellovirus]]''. VZV berada di Grup I dari Klasifikasi Baltimore karena merupakan virus dsDNA yang tidak menggunakan enzim transkriptase balik.
Set lengkap virus dalam suatu organisme atau habitat disebut [[viroma]]; misalnya, semua virus manusia membentuk [[viroma manusia]].<ref name="pmid27698618">{{cite journal | vauthors = Parker MT | title = An Ecological Framework of the Human Virome Provides Classification of Current Knowledge and Identifies Areas of Forthcoming Discovery | journal = The Yale Journal of Biology and Medicine | volume = 89 | issue = 3 | pages = 339–351 | date = September 2016 | pmid = 27698618 | pmc = 5045143 | doi = }}</ref>
== Virus dan penyakit ==
Infeksi virus pada sel inang dapat menimbulkan penyakit yang dikategorikan sebagai [[penyakit infeksius]]. Penyebaran virus dari satu inang ke inang lain bisa dilakukan dengan banyak cara, tetapi setiap virus memiliki karakteristik tertentu dan mengandalkan cara tertentu untuk menyebar. Banyak virus yang menginfeksi tumbuhan berpindah dari satu tumbuhan ke tumbuhan lain melalui serangga dan organisme lain yang disebut [[vektor (biologi)|vektor]].<ref>{{Cite journal|last=Dietzgen|first=Ralf|last2=Mann|first2=Krin|last3=Johnson|first3=Karyn|date=9 November 2016|year=|title=Plant Virus–Insect Vector Interactions: Current and Potential Future Research Directions|url=http://www.mdpi.com/1999-4915/8/11/303|journal=Viruses|language=en|volume=8|issue=11|pages=303|doi=10.3390/v8110303|issn=1999-4915|pmc=5127017|pmid=27834855}}</ref> Virus yang menginfeksi hewan dan manusia menyebar dengan berbagai cara. Beberapa virus berpindah melalui kontak langsung antara individu terinfeksi dengan individu sehat, misalnya [[herpes simpleks]] yang menular melalui sentuhan fisik.<ref>{{Cite web|url=https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/herpes-simplex-virus|title=Herpes simplex virus|last=|first=|date=|website=WHO|language=en|access-date=8 April 2020}}</ref> Penularan virus melalui kontak langsung juga dapat terjadi melalui [[penyakit menular seksual|hubungan seks]], misalnya HIV.<ref>{{Cite journal|last=Shaw|first=G. M.|last2=Hunter|first2=E.|date=1 November 2012|year=|title=HIV Transmission|url=http://perspectivesinmedicine.cshlp.org/lookup/doi/10.1101/cshperspect.a006965|journal=Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine|language=en|volume=2|issue=11|pages=a006965–a006965|doi=10.1101/cshperspect.a006965|issn=2157-1422|pmc=3543106|pmid=23043157}}</ref> Virus yang menginfeksi [[saluran pencernaan]], seperti ''[[Norovirus]]'' dan ''[[Rotavirus]]'', ditularkan melalui [[transmisi fekal–oral]], yang melibatkan tangan, makanan, dan minuman yang terkontaminasi.<ref>{{Cite journal|last=Gaythorpe|first=K. A. M.|last2=Trotter|first2=C. L.|last3=Lopman|first3=B.|last4=Steele|first4=M.|last5=Conlan|first5=A. J. K.|date=Januari 2018|year=|title=Norovirus transmission dynamics: a modelling review|url=https://www.cambridge.org/core/product/identifier/S0950268817002692/type/journal_article|journal=Epidemiology and Infection|language=en|volume=146|issue=2|pages=147–158|doi=10.1017/S0950268817002692|issn=0950-2688|pmc=5851036|pmid=29268812}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Crawford|first=Sue E.|last2=Ramani|first2=Sasirekha|last3=Tate|first3=Jacqueline E.|last4=Parashar|first4=Umesh D.|last5=Svensson|first5=Lennart|last6=Hagbom|first6=Marie|last7=Franco|first7=Manuel A.|last8=Greenberg|first8=Harry B.|last9=O'Ryan|first9=Miguel|date=Desember 2017|year=|title=Rotavirus infection|url=http://www.nature.com/articles/nrdp201783|journal=Nature Reviews Disease Primers|language=en|volume=3|issue=1|pages=17083|doi=10.1038/nrdp.2017.83|issn=2056-676X|pmc=5858916|pmid=29119972}}</ref> Virus-virus yang menyerang [[sistem pernapasan]], seperti virus influenza, [[virus parainfluenza]], dan [[virus korona]], dapat menyebar melalui [[percikan pernapasan|percikan dari saluran pernapasan]] saat seseorang berbicara, batuk, atau bersin.<ref>{{Cite journal|last=Neumann|first=Gabriele|last2=Kawaoka|first2=Yoshihiro|date=Mei 2015|year=|title=Transmission of influenza A viruses|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0042682215001452|journal=Virology|language=en|volume=479-480|issue=|pages=234–246|doi=10.1016/j.virol.2015.03.009|pmc=4424116|pmid=25812763}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Burke|first=Crystal W.|last2=Bridges|first2=Olga|last3=Brown|first3=Sherri|last4=Rahija|first4=Richard|last5=Russell|first5=Charles J.|date=21 November 2013|year=|editor-last=Subbarao|editor-first=Kanta|title=Mode of Parainfluenza Virus Transmission Determines the Dynamics of Primary Infection and Protection from Reinfection|url=http://dx.plos.org/10.1371/journal.ppat.1003786|journal=PLoS Pathogens|language=en|volume=9|issue=11|pages=e1003786|doi=10.1371/journal.ppat.1003786|issn=1553-7374|pmc=3836739|pmid=24278024}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Singhal|first=Tanu|date=April 2020|year=|title=A Review of Coronavirus Disease-2019 (COVID-19)|url=http://link.springer.com/10.1007/s12098-020-03263-6|journal=The Indian Journal of Pediatrics|language=en|volume=87|issue=4|pages=281–286|doi=10.1007/s12098-020-03263-6|issn=0019-5456|pmc=7090728|pmid=32166607}}</ref> Apabila partikel virus dalam percikan tersebut berhasil menyentuh [[membran mukosa]] orang lain (yang ada di hidung, mulut, dan beberapa organ lain), mereka dapat masuk ke dalam tubuh individu tersebut. Virus lainnya, seperti [[virus dengue]], disebarkan oleh serangga pengisap darah.<ref>{{Cite journal|last=Marques-Toledo|first=Cecilia A.|last2=Bendati|first2=Maria Mercedes|last3=Codeço|first3=Claudia T.|last4=Teixeira|first4=Mauro M.|date=Desember 2019|year=|title=Probability of dengue transmission and propagation in a non-endemic temperate area: conceptual model and decision risk levels for early alert, prevention and control|url=https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-018-3280-z|journal=Parasites & Vectors|language=en|volume=12|issue=1|pages=38|doi=10.1186/s13071-018-3280-z|issn=1756-3305|pmc=6335707|pmid=30651125}}</ref> Sementara itu, ''[[Cytomegalovirus]]'' bisa diturunkan secara vertikal dari ibu hamil ke janin yang sedang dikandungnya.<ref>{{Cite journal|last=Britt|first=William|date=3 Agustus 2018|year=|title=Maternal Immunity and the Natural History of Congenital Human Cytomegalovirus Infection|url=http://www.mdpi.com/1999-4915/10/8/405|journal=Viruses|language=en|volume=10|issue=8|pages=405|doi=10.3390/v10080405|issn=1999-4915|pmc=6116058|pmid=30081449}}</ref>
== Dampak ==
Beberapa virus ada yang dapat dimanfaatkan dalam rekombinasi genetika.<ref name=Evans>{{citation|title= Viral Infections of Humans:epidemiology and Control|last1=Evans|first1=AS.|last2=Kaslow|first2=RA.|publisher=Plenum Publishing Corporation|location=New York|year=1997|isbn=0-306-44856-4}} ({{google books with page|L9p6PtCDgJs|lihat|16|viral+infection}})</ref> Melalui terapi gen, gen jahat (penyebab infeksi) yang terdapat dalam virus diubah menjadi gen baik (penyembuh).<ref name=Evans/> Baru-baru ini David Sanders, seorang profesor biologi pada Purdue's School of Science telah menemukan cara pemanfaatan virus dalam dunia kesehatan.<ref name=Evans/> Dalam temuannva yang dipublikasikan dalam Jurnal Virology, Edisi 15 Desember 2002, David Sanders berhasil menjinakkan cangkang luar virus Ebola sehingga dapat dimanfaatkan sebagai pembawa gen kepada sel yang sakit (paru-paru).<ref name=Evans/> Meskipun demikian, kebanyakan virus bersifat merugikan terhadap kehidupan manusia, hewan, dan tumbuhan.<ref name=Evans/>
Virus sangat dikenal sebagai penyebab penyakit infeksi pada manusia, hewan, dan tumbuhan.<ref name=Evans/> Sejauh ini tidak ada makhluk hidup yang tahan terhadap virus.<ref name=Evans/> Tiap virus secara khusus menyerang sel-sel tertentu dari inangnya. Virus yang menyebabkan selesma menyerang saluran pernapasan, virus campak menginfeksi kulit, virus hepatitis menginfeksi hati, dan virus rabies menyerang sel-sel saraf. Begitu juga yang terjadi pada penyakit AIDS (acquired immune deficiency syndrome), yaitu suatu penyakit yang mengakibatkan menurunnya daya tahan tubuh penderita penyakit tersebut disebabkan oleh virus HIV yang secara khusus menyerang sel darah putih.<ref name=Evans/> Tabel berikut ini memuat beberapa macam penyakit yang disebabkan oleh virus.<ref name=Evans/>
Baris 419 ⟶ 371:
=== Penyakit tumbuhan akibat virus ===
Penyakit mosaik, yakni jenis penyakit yang menyerang tanaman tembakau
Penyakit tungro, yakni jenis penyakit yang menyerang tanaman padi
Penyakit degenerasi pembuluh tapis pada jeruk
=== Penyakit manusia akibat virus ===
Baris 430 ⟶ 382:
Kekhawatiran juga terjadi terhadap penyebaran kembali virus sejenis cacar, yang telah menyebabkan wabah terbesar dalam sejarah manusia, dan mampu menyebabkan kepunahan suatu bangsa.<ref name=crowley/> Beberapa suku bangsa [[Indian]] telah punah akibat wabah, terutama penyakit cacar, yang dibawa oleh kolonis Eropa.<ref name=crowley/> Meskipun sebenarnya diragukan dalam jumlah pastinya, diyakini kematian telah terjadi dalam jumlah besar.<ref name=crowley/> Penyakit ini secara tidak langsung telah membantu dominasi bangsa Eropa di dunia baru Amerika.<ref name=crowley/>
Salah satu virus yang dianggap paling berbahaya adalah [[filoviridae|filovirus]].<ref name=crowley/> Grup Filovirus terdiri atas [[Virus Marburg|Marburg]], pertama kali ditemukan
|last1= Crowley|first1=LV.|publisher=Jones and Bartlett Publishers|location=Sudburry|year=2010|isbn=978-0-7637-6591-0}} ({{google books with page|gMxeK6sqsfwC|lihat|147|virus+human}})</ref>
Baris 449 ⟶ 401:
== Referensi ==
=== Catatan kaki ===
{{reflist|30em}}
===
{{Refbegin}}
* {{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/124160564|title=Virology: Principles and Applications|last1=Carter|first1=John B.|last2=Saunders|first2=Venetia A.|date=2007|publisher=John Wiley & Sons|isbn=978-0-470-02386-0|location=Chichester, Inggris|oclc=124160564|ref={{sfnref|Carter & Saunders|2007}}}}
* {{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/65207057|title=Introduction to modern virology|last=Dimmock|first=N. J.|last2=Easton|first2=A.J.|last3=Leppard|first3=K.N.|year=2007|publisher=Blackwell Publishing|isbn=1-4051-3645-6|edition=6|location=Malden, MA|oclc=65207057|ref={{sfnref|Dimmock dkk.|2007}}}}
* {{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/38290809|year=1998|title=Topley and Wilson's Microbiology and Microbial Infections|editor-last1=Collier|editor-first1=Leslie|editor-last2=Balows|editor-first2=Albert|editor-last3=Sussman|editor-first3=Max|edition=9|location=London|publisher=Arnold|isbn=0-340-61470-6|oclc=38290809|ref={{sfnref|Collier dkk.|1998}}}}
* {{Cite book|last=Mahy|first=B.W.J.|last2=Van Regenmortel|first2=M. H. V.|date=2010|url=https://www.worldcat.org/oclc/480587729|title=Desk encyclopedia of general virology|location=Oxford|publisher=Academic Press|isbn=0-12-375162-4|pages=|oclc=480587729|ref={{sfnref|Mahy|Van Regenmortel|2010}}}}
* {{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/948427269|year=2017|title=Understanding Viruses|last=Shors|first=Teri|edition=3|location=Burlington, Massachusetts|publisher=Jones and Bartlett Learning|isbn=978-1-284-02592-7|oclc=948427269|ref={{sfnref|Shors|2017}}}}
{{Refend}}
== Pranala luar ==
* {{en}} [http://media.med.sc.edu/microbiology2007/ Perpustakaan Online tentang virus] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20080509061914/http://media.med.sc.edu/microbiology2007/ |date=2008-05-09 }}
* {{en}} [http://virology-online.com Wong's Virology]
* {{en}} [http://www.news-medical.net/health/What-is-a-Virus.aspx Apa itu virus?]
{{topik virus}}
{{Taxonbar|from=Q808}}
{{Authority control}}
[[Kategori:Virus| ]]
[[Kategori:
|