Virus: Perbedaan antara revisi

|image_caption = Rekonstruksi partikel [[:en:Rotavirus|Rotavirus]] menggunakan komputer.

'''Virus''' atau '''badi'''<ref>{{Kamus|badi}}</ref> adalah [[mikroorganisme]] [[patogen]] yang meng[[infeksi]] [[sel (biologi)|sel]] [[makhluk hidup]]. Virus hanya dapat [[replikasi diri|bereplikasi]] di dalam [[sel makhluk hidup(biologi)|sel]] karena virusmereka tidak memiliki perlengkapan seluler untuk bereproduksi sendiri. Semua bentuk kehidupan dapat diinfeksi oleh virus, mulai dari [[hewan]], [[tumbuhan]], hingga [[bakteri]] dan [[arkea]].<ref>{{Cite journal|last=Koonin|first=Eugene V.|last2=Senkevich|first2=Tatiana G.|last3=Dolja|first3=Valerian V.|date=2006-09-19|title=The ancient Virus World and evolution of cells|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16984643|journal=Biology Direct|volume=1|pages=29|doi=10.1186/1745-6150-1-29|issn=1745-6150|pmc=1594570|pmid=16984643}}</ref> Istilah ''virus'' biasanya digunakan padauntuk menyebut jenis virus yang menginfeksi sel-sel [[eukariota]], sementara virus yang menginfeksi sel [[prokariota]]—seperti (seperti bakteri dan arkea—dikenalarkea) dikenal sebagai [[bakteriofag]]. Keberadaan virus pertama kali diketahui melalui tulisan ilmiah [[Dmitri Ivanovsky]] pada 1892 yang menguraikan patogen non-bakteri yang menginfeksi tanaman tembakau dan penemuan [[virus mosaik tembakau]] oleh [[Martinus Beijerinck]] pada tahun 1898.{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=4}} Hingga tahun 2019, lebih dari 6.000 spesies virus telah [[deskripsi spesies|dideskripsikan]] secara rinci,<ref name=ictv2019/> dari total jutaan jenis virus di lingkungan.<ref name="Breitbart M, Rohwer F 2005 278–84">{{cite journal|vauthors=Breitbart M, Rohwer F|title=Here a virus, there a virus, everywhere the same virus?|journal=Trends in Microbiology|volume=13|issue=6|pages=278–284|date=Juni 2005|pmid=15936660|doi=10.1016/j.tim.2005.04.003 |issn=0966-842X}}</ref> Virus ditemukan di hampir setiap ekosistem di Bumi dan merupakan entitas biologis yang paling banyak jumlahnya.<ref name="Lawrence">{{cite journal | vauthors = Lawrence CM, Menon S, Eilers BJ, Bothner B, Khayat R, Douglas T, Young MJ | title = Structural and functional studies of archaeal viruses | journal = The Journal of Biological Chemistry | volume = 284 | issue = 19 | pages = 12599–603 | date = May 2009 | pmid = 19158076 | pmc = 2675988 | doi = 10.1074/jbc.R800078200 }}</ref><ref>{{cite journal | vauthors = Edwards RA, Rohwer F | s2cid = 8059643 | title = Viral metagenomics | journal = Nature Reviews. Microbiology | volume = 3 | issue = 6 | pages = 504–10 | date = June 2005 | pmid = 15886693 | doi = 10.1038/nrmicro1163 }}</ref> Ilmu yang mempelajari tentang virus dikenal sebagai [[virologi]], sebuah subspesialisasi [[mikrobiologi]].

Saat terinfeksi, sel inang dipaksa untuk menghasilkan ribuan salinan identik dari virus asli dengan cepat. Ketika tidak berada di dalam sel atau tidak dalam proses menginfeksi sel, virus berada dalam bentuk partikel independen yang disebut [[virion]]. Virion terdiri atas dua atau tiga bagian: (1) [[materi genetik]], berupayaitu molekul panjang [[asam nukleat]] (berupa [[DNA]] saja atau [[RNA]] saja, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang diselubungimenyandi struktur protein yang digunakan virus; (2) lapisanmantel [[protein]] yang disebut kapsid., berfungsi mengelilingi dan melindungi materi genetik; dan Padapada beberapasebagian virus terdapat (3) selubung atau amplop eksternalluar yang terbuat dari [[lipid]]. Bentuk partikel virus berkisar dari bentuk [[heliks]] (pilinan) sederhana, [[ikosahedron|ikosahedral]] (bangun ruang bersisi 20), hingga struktur yang lebih kompleks. Kebanyakan spesies virus memiliki virion yang terlalu kecil untuk dilihat dengan [[mikroskop cahaya]] karena ukurannya seperseratus dari bakteri pada umumnya.

TerdapatAsal-usul virus dalam [[sejarah evolusi kehidupan]] masih belum jelas: beberapa virus mungkin [[Evolusi|berevolusi]] dari [[plasmid]] (potongan DNA yang dapat berpindah antarsel), sementara yang lain mungkin berevolusi dari bakteri. Dalam evolusi, virus merupakan perantara penting dalam [[transfer gen horizontal]], yang meningkatkan [[keanekaragaman genetik]] dengan cara yang dianalogikan dengan [[reproduksi seksual]].<ref>{{Cite journal|last=Canchaya|first=Carlos|last2=Fournous|first2=Ghislain|last3=Chibani-Chennoufi|first3=Sandra|last4=Dillmann|first4=Marie-Lise|last5=Brüssow|first5=Harald|date=Agustus 2003|title=Phage as agents of lateral gene transfer|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1369527403000869|journal=Current Opinion in Microbiology|language=|volume=6|issue=4|pages=417–424|doi=10.1016/S1369-5274(03)00086-9|pmid=12941415}}</ref> Ada perbedaan pendapat ilmiah mengenai status virus sebagai makhluk hidup atau sebagai struktur organik yang berinteraksi dengan makhluk hidup.<ref name="pmid26965225">{{Cite journal|last=Koonin|first=Eugene V.|last2=Starokadomskyy|first2=Petro|date=Oktober 2016-10|title=Are viruses alive? The replicator paradigm sheds decisive light on an old but misguided question|url=https://wwwlinkinghub.ncbielsevier.nlm.nih.govcom/pubmedretrieve/26965225pii/S1369848616300103|journal=Studies in History and Philosophy of Science Part C: Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences|language=|volume=59|issue=|pages=125–134|doi=10.1016/j.shpsc.2016.02.016|issn=1879-2499|pmc=5406846PMC5406846|pmid=26965225}}</ref> KarenaSebagai karakteristik khasnyabentuk inikehidupan, virus selalumembawa terasosiasimateri dengangenetik, berkembang biak, dan berevolusi melalui [[penyakitseleksi menular|penyakitalam]] tertentu, baikmeskipun padamereka manusiatidak (misalnyamemiliki viruskarakteristik [[influenza]]utama danmakhluk [[HIV]])hidup, hewanseperti (misalnyastruktur virussel, [[fluyang burung]]),umumnya ataudianggap tumbuhansebagai (misalnyakriteria yang diperlukan untuk kehidupan. Karena mereka memiliki beberapa kriteria makhluk hidup tetapi tidak semuanya, [[virus mosaikdigambarkan tembakau]])sebagai "organisme di tepi kehidupan",<ref name="ReferenceA">{{cite journal|last=Rybicki|first=E.|date=|year=April Ilmu1990|title=The yangclassification mempelajariof organisms at the edge of life or problems with virus disebutsystematics|url=https://journals.co.za/docserver/fulltext/sajsci/86/4/7309.pdf?expires=1603856732&id=id&accname=guest&checksum=1366C4524106DE40C7B6E832592F9601|journal=South African Journal of Science|volume=86|issue=|pages=182–186|doi=}}{{Pranala mati|date=April 2021 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref> dan sebagai [[virologireplikasi diri|pengganda diri]].<ref name="pmid26965225"/>

Kata ''virus'' berasal dari [[bahasa Latin]] ''vīrus'' yang berarti [[racun]] dan cairan berbahaya lainnya., yang lebih jauh berasal dari [[Rumpunrumpun bahasa Indo-Eropa]] lain seperti [[bahasa Sanskerta]] ''viṣa'', [[bahasa Avesta]] ''vīša'', dan [[bahasa Yunani Kuno]] ''ἰός'' yang semuanya berarti racun.<ref name="Etymology">{{cite web|last=|first=|date=|title=virus (n.)|url=https://www.etymonline.com/word/virus|titlewebsite=virusOnline (n.)|website=EtymonlineEtymology Dictionary|accessdate=8 April 2020}}</ref> Kata sifat ''virulen'' dari bahasa Latin ''virulentus'' yang artinya beracun muncul sekitar tahun 1400.<ref name="Etymology2">{{cite web|last=|first=|date=|title=virulent (adj.)|url=https://www.etymonline.com/word/virulent|titlewebsite=virulentOnline (adj.)|website=EtymonlineEtymology Dictionary|accessdate=8 April 2020}}</ref> Makna virus sebagai "agen yang menyebabkanmengakibatkan penyakit infeksi" pertama kali digunakan pada tahun 1728,<ref name=Etymology/> jauh sebelum ditemukannya virus itu sendiri oleh [[Dmitri Ivanovsky]] pada tahun 1892. Sementara itu, kata sifat viral yang berarti "dari sifat virus atau disebabkan oleh virus" baru muncul pada tahun 1944.<ref name="Etymology3">{{cite web|last=|first=|date=|title=viral (adj.)|url=https://www.etymonline.com/word/viral|titlewebsite=viralOnline (adjEtymology Dictionary|accessdate=8 April 2020}}</ref> Istilah ''virion'' yang tercatat sejak 1959 juga digunakan untuk merujuk pada partikel virus tunggal yang keluar dari sel dan mampu menginfeksi sel lainnya yang sejenis.)<ref>{{Cite web|last=|first=|date=|title=Virion|url=https://www.etymonline.com/word/virion|website=EtymonlineOnline Etymology Dictionary|accessdateaccess-date=81 AprilNovember 2020}}</ref><ref>{{Cite book|date=2010|url=https://www.worldcat.org/oclc/480587729|title=Desk encyclopedia of general virology|location=Oxford|publisher=Academic Press|isbn=0-12-375162-4|others=Mahy, B. W. J. (Brian W. J.), Van Regenmortel, M. H. V.|oclc=480587729}}</ref>

* Penelitian mengenai virus dimulai dengan penelitian mengenai [[penyakit mosaik]] yang menghambat pertumbuhan tanaman [[tembakau]] dan membuat daun tanaman tersebut memiliki bercak-bercak. Pada tahun [[1883]], [[Adolf Mayer]], seorang ilmuwan Jerman, menemukan bahwa penyakit tersebut dapat menular ketika tanaman yang ia teliti menjadi sakit setelah disemprot dengan getah tanaman yang sakit. Karena tidak berhasil menemukan mikrobamikrob pada getah tanaman tersebut, Mayer menyimpulkan bahwa penyakit tersebut disebabkan oleh [[bakteri]] yang lebih kecil dari biasanya dan tidak dapat dilihat dengan [[Mikroskop cahaya|mikroskop]].

* Pada tahun [[1892]], [[Dmitri Ivanovsky]] dari [[Rusia]] menemukan bahwa getah daun tembakau yang sudah disaring dengan penyaring bakteri masih dapat menimbulkan penyakit mosaik. IvanowskyIvanovsky lalu menyimpulkan dua kemungkinan, yaitu bahwa bakteri penyebab penyakit tersebut berbentuk sangat kecil sehingga masih dapat melewati saringan, atau bakteri tersebut mengeluarkan toksin yang dapat menembus saringan.<ref name=Akin/> Kemungkinan kedua ini dibantah pada tahun [[1897]] setelah [[Martinus Beijerinck]] dari [[Belanda]] menemukan bahwa agen infeksi di dalam getah yang sudah disaring tersebut dapat bereproduksi karena kemampuannya menimbulkan penyakit tidak berkurang setelah beberapa kali ditransfer antartanaman.<ref name=Akin/> Patogen mosaik tembakau disimpulkan sebagai bukan bakteri, melainkan merupakan ''contagium vivum fluidum'', yaitu sejenis cairan hidup pembawa penyakit.<ref name=Akin>{{cite book|last=Akin|first=H.M.|title=Virologi Tumbuhan|url=http://books.google.co.id/books?id=UOhgOysHmuQC&pg=PA17|format=Didigitalisasi oleh Google Penelusuran Buku|year=2005|accessdate=2009-03-13|location=Yogyakarta|publisher= Kanisius|pages=hlm. 17|isbn=9792111808, 9789792111804|archive-date=2014-04-21|archive-url=https://web.archive.org/web/20140421081745/http://books.google.co.id/books?id=UOhgOysHmuQC&pg=PA17|dead-url=yes}}</ref>

* Pendapat Beijerinck baru terbukti pada tahun [[1935]], setelah [[Wendell Meredith Stanley]] dari [[Amerika Serikat]] berhasil meng[[kristal]]kan partikel penyebab penyakit mosaik yang kini dikenal sebagai [[virus mosaik tembakau]].<ref name=Campbell341>Campbell ''et al.'' (2002), hlm. 341. Diakses pada 26 Maret 2009.</ref> Stanley mengemukakan bahwa virus tetap akan dapat tetap aktif meskipun setelah kristalisasi.<ref name="Stanley">{{cite journal|author=Stanley WM|year=1933|title=Isolation of a crystalline protein possessing the properties of tobacco mosaic virus|url=http://www.google.co.id/url?sa=t&source=web&cd=1&ved=0CBoQFjAA&url=http%3A%2F%2Fwww.asm.org%2FccLibraryFiles%2FFILENAME%2F0000000268%2F1935p160.pdf&rct=j&q=Isolation%20of%20a%20crystalline%20protein%20possessing%20the%20properties%20of%20tobacco%20mosaic%20virus&ei=Nr0CTsOMHsjjrAfnldjPCg&usg=AFQjCNHM2LkI3O2zUWWr47ldOtJRtLV1cA&sig2=6c89N-Zkp35Y5SfLdLx0CQ|format=pdf|journal=Science|volume=81|issue=|pages=644-645|doi=|id=|accessdate=|month=}}</ref> Virus ini juga merupakan virus yang pertama kali divisualisasikan dengan [[mikroskop elektron]] pada tahun [[1939]] oleh ilmuwan Jerman G.A. Kausche, E. Pfankuch, dan H. Ruska.<ref name=Creager>{{cite book|last=Creager|first=A.N.H.|title=The life of a virus: tobacco mosaic virus as an experimental model, 1930-1965|url=http://books.google.co.id/books?id=-gAglsDBasAC&pg=PA119&vq=first+electron+micrographs+of+TMV|edition= Edisi ke-2|format=Didigitalisasi oleh Google Penelusuran Buku|year=2002|accessdate=2009-03-26|location=Chicago|publisher=University of Chicago Press|pages=hlm. 119|isbn=0226120260, 9780226120263}}</ref>

Virus selalu berdampingan dengan organisme, dan mungkin telah ada sejak sel hidup pertama kali berevolusi. Virus tidak meninggalkan fosil, sehingga asal muasal virus hanya bisa dihipotesiskan dengan cara-cara seperti teknik-teknik [[biologi molekuler]].<ref>{{Cite Teknik-teknikjournal|last=Sanjuán|first=Rafael|last2=Nebot|first2=Miguel ini mengandalkan keberadaan DNA atau RNA virus yang terdahuluR. Akan tetapi, sebagian besar virus yang diawetkan dan disimpan di laboratorium berusia kurang dari 90 tahun.{{sfn|Shorslast3=Chirico|2017first3=Nicola|plast4=16}}{{sfnMansky|Collierfirst4=Louis dkkM.|1998last5=Belshaw|pfirst5=18–19}} MetodeRobert|date=2010-metode10-01|title=Viral biologiMutation molekulerRates|url=https://jvi.asm.org/content/84/19/9733|journal=Journal hanyaof berhasil melacak nenek moyang virus yang berevolusi pada abad keVirology|volume=84|issue=19|pages=9733–9748|doi=10.1128/JVI.00694-2010|issn=0022-538X|pmc=PMC2937809|pmid=20660197|access-date=2020-11-01|archive-date=2021-02-25|archive-url=https://web.archive.org/web/20210225060627/https://jvi.asm.org/content/84/19/9733|dead-url=yes}}</ref name="pmid15476878">{{cite journalSelain | vauthors = Liu Yitu, Nicklemateri DC,genetik Shrinervirus D,kadang-kadang Jensenberintegrasi MA,ke Learndalam GH,[[garis Mittlerbenih]] JE,organisme Mullinsinangnya JIsehingga |mereka titledapat =diturunkan Molecularsecara clock-likevertikal evolutionke ofketurunan humaninang immunodeficiencyselama virusbeberapa typegenerasi. 1Hal |ini journalmemberikan =sumber Virologyinformasi |yang volumetak =ternilai 329bagi |ahli issue[[paleovirologi]] =untuk 1melacak |kembali pagesvirus =kuno 101–08yang |telah dateada =hingga Novemberjutaan 2004tahun |yang pmidlalu. =Ada 15476878tiga |hipotesis doiutama =tentang 10.1016/j.virol.2004.08.014}}</ref> Golonganasal-usul virus: baruregresi, berkali-kalikeluar munculdari dalamsel, berbagaidan tahap evolusi makhluk hidup.koevolusi:<ref name="NRM_Krupovic2019">{{cite journal |vauthorsdate= Krupovic M, Dooja W, Koonin EV 2019|title=Origin of viruses: primordial replicators recruiting capsids from hosts. |journal=Nature Reviews Microbiology |volume=17 |issue=7 |pages=449–58 |date=2019 |doi=10.1038/s41579-019-0205-6 |pmid=31142823}}</ref>|vauthors=Krupovic Ada tiga teori utama tentang asal-usul virus: teori regresiM, teoriDooja keluar dari selW, danKoonin teori koevolusiEV}}</ref name=NRM_Krupovic2019 />{{sfn|Collier dkk.|1998|p=11–21}}

;TeoriHipotesis regresi :Menurut teori ini, virusVirus bisa jadi dulunya adalah sel-sel kecil yang menjadi [[parasit]] dalam sel yang lebih besar. Kemudian, parasit-parasit ini kehilangan gen-gen yang tidak lagi dibutuhkan setelah hidup sebagai parasit. Dengan demikian, sel-sel tersebut mengalami ''regresi'' menjadi virus. Teori ini didukung oleh keberadaan bakteri seperti ''[[Rickettsia]]'' dan ''[[Chlamydia (bakteri)|Chlamydia]]'' yang hanya mampu bereproduksi di dalam sel inang (seperti halnya virus). Menurut teorihipotesis ini, jika sel-sel kecil seperti ini bisa terus mengandalkan hidupparasitisme sebagaiuntuk parasittetap hidup, gen-gen lain yang hanya diperlukan untuk hidup mandiri (hidup di luar sel inang) dapat hilang. Hipotesis ini juga disebut 'hipotesis degenerasi',{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=16}}{{sfn|Collier dkk.|1998|p=11}} atau 'hipotesis reduksi'.{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}}

; TeoriHipotesis keluar dari sel :MenurutVirus teori ini, virusmungkin berevolusi dari potongan DNA atau RNA yang keluar dari gen organisme yang lebih besar. DNA yang keluar ini dapat berasal dari [[plasmid]] (potongan-potongan DNA yang dapat berpindah dari satu sel ke sel lain) atau [[transposon]] (molekul DNA yang bereplikasi dan jugabergerak darike bakteriberbagai posisi dalam gen sel).{{sfn|Shors|2017|p=810}} Transposons pernah disebut sebagai "gen pelompat" dan merupakan contoh unsur genetik yang dapat berpindah dengan mudah dan bisa jadi merupakan asal mula beberapa virus. Mereka ditemukan pada jagung oleh [[Barbara McClintock]] pada tahun 1950.<ref>{{Cite journal|last=McClintock|first=B.|date=1 Juni 1950|title=The origin and behavior of mutable loci in maize|url=http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.36.6.344|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|volume=36|issue=6|pages=344–355|doi=10.1073/pnas.36.6.344|issn=0027-8424|pmc=PMC1063197|pmid=15430309}}</ref> Hipotesis ini kadang-kadang disebut 'hipotesis gelandangan',{{sfn|Dimmock dkk.|2007|p=16}}{{sfn|Collier dkk.|1998|p=11–12}} atau 'hipotesis melarikan diri'.{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}}

Ketiga teorihipotesis ini memiliki kelemahan. TeoriHipotesis regresi tidak dapat menjelaskan mengapa sel-sel parasit terkecil yang ditemukan pun tidak memiliki kemiripan sama sekali dengan virus. TeoriHipotesis keluar dari sel tidak dapat menjelaskan struktur-strukurstruktur yang hanya ada pada virus dan tidak pada sel, seperti kapsid yang kompleks. TeoriHipotesis koevolusi bertentangan dengan definisi virus—bahwa mereka membutuhkan sel inang—dan tidak dapat menjelaskan bagaimana virus yang terbentuk pertama kali dapat bertahan dan memperbanyak diri tanpa keberadaan sel.<ref name =Wessner /><ref name=Nasir>{{citeCite journal|last=Nasir|first=Arshan|last2=Kim|first2=Kyung Mo|last3=Caetano-Anollés|first3=Gustavo|date=September 2012|title=Viral evolution: Primordial cellular origins and late adaptation to parasitism | vauthorsurl= Nasir A, Kim KM, Caetano-Anollés G http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.4161/mge.22797| year journal=Mobile 2012Genetic Elements| pmid volume= 23550145 2|issue=5|pages=247–252| doi=10.4161/mge.22797 |issn=2159-256X|pmc=PMC3575434|pmid=23550145}}</ref><ref>{{Cite journal|last=MobileWessner|first=D.R.|date=2010|title=The GeneticOrigins Elementsof Viruses|url=https://www.nature.com/scitable/topicpage/the-origins-of-viruses-14398218/|journal=Nature Education|volume=3|issue=9|pages=37|doi=}}</ref>{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=24}} 2Saat ini virus dipandang sebagai entitas kuno dan memiliki asal-usul yang mendahului percabangan kehidupan ke dalam [[Sistem tiga domain|tiga issuedomain]].{{sfn|Mahy|Van Regenmortel|2010|p=528}} Penemuan ini mengarahkan ahli virologi modern untuk mempertimbangkan kembali dan mengevaluasi kembali ketiga hipotesis klasik ini.{{sfn|Mahy|Van pagesRegenmortel|2010|p=247–52 28}}</ref>

Ada perbedaan pendapat ilmiah tentang apakah virus digolongkan sebagai makhluk hidup atau sekadar [[Senyawa organik|struktur organik]] yang berinteraksi dengan makhluk hidup. Walaupun demikian, mereka lebih sering dianggap sebagai replikator (zat yang melakukan [[replikasi DNA]]) dan tidak termasuk bentuk kehidupan.<ref>{{cite journal |title=Are viruses alive? The replicator paradigm sheds decisive light on an old but misguided question |journal=Stud Hist Philos Biol Biomed Sci |volume=59 |pages=125–34 |date=7 Maret 2016 |last=Koonin |first=E.V. |last2=Starokadomskyy |first2=P. |doi=10.1016/j.shpsc.2016.02.016 |pmid=26965225 |pmc=5406846}}</ref> Virus digambarkan sebagai "organisme di ujung kehidupan",<ref name="ReferenceA">{{cite journal| vauthors = Rybicki EP |year = 1990|title = The classification of organisms at the edge of life, or problems with virus systematics|journal = South African Journal of Science |volume = 86|pages = 182–86}}</ref> karena mereka serupa dengan makhluk hidup dalam hal kepemilikan [[gen]], ber[[evolusi]] melalui [[seleksi alam]],<ref name="pmid17914905">{{cite journal | vauthors = Holmes EC | title = Viral evolution in the genomic age | journal = PLOS Biology | volume = 5 | issue = 10 | pages = e278 | date = October 2007 | pmid = 17914905 | pmc = 1994994 | doi = 10.1371/journal.pbio.0050278 }}</ref> dan bereproduksi dengan membuat banyak salinan dari diri mereka sendiri melalui perakitan diri. Meskipun virus memiliki gen, mereka tidak memiliki [[sel (biologi)|sel]], yang sering dipandang sebagai unit dasar kehidupan. Virus tidak memiliki [[metabolisme]] sendiri dan membutuhkan sel inang untuk membuat produk baru. Oleh karena itu, mereka tidak dapat bereproduksi secara alami di luar sel inang.<ref name="pmid20010599">{{cite journal | vauthors = Wimmer E, Mueller S, Tumpey TM, Taubenberger JK | title = Synthetic viruses: a new opportunity to understand and prevent viral disease | journal = Nature Biotechnology | volume = 27 | issue = 12 | pages = 1163–72 | date = December 2009 | pmid = 20010599 | pmc = 2819212 | doi = 10.1038/nbt.1593 }}</ref> Walaupun sejumlah [[bakteri]] seperti ''[[Rickettsia]]'' dan ''[[Chlamydia (bakteri)|Chlamydia]]'' memiliki keterbatasan yang sama, mereka dianggap sebagai organisme hidup karena memiliki sel sendiri.<ref name="pmid18473699">{{cite journal | vauthors = Horn M | title = Chlamydiae as symbionts in eukaryotes | journal = Annual Review of Microbiology | volume = 62 | pages = 113–31 | year = 2008 | pmid = 18473699 | doi = 10.1146/annurev.micro.62.081307.162818 }}</ref><ref name="pmid19016440">{{cite journal | vauthors = Ammerman NC, Beier-Sexton M, Azad AF | title = Laboratory maintenance of Rickettsia rickettsii | journal = Current Protocols in Microbiology | volume = Chapter 3 | issue = 1 | pages = Unit 3A.5 | date = November 2008 | pmid = 19016440 | pmc = 2725428 | doi = 10.1002/9780471729259.mc03a05s11 | isbn = 978-0471729259 }}</ref> Perakitan diri virus di dalam sel inang berimplikasi pada studi [[Abiogenesis|asal mula kehidupan]] karena mendukung [[hipotesis]] bahwa kehidupan dapat dimulai dari molekul organik yang dapat merakit diri.<ref name="pmid16984643">{{cite journal | vauthors = Koonin EV, Senkevich TG, Dolja VV | title = The ancient Virus World and evolution of cells | journal = Biology Direct | volume = 1 | issue = 1 | pages = 29 | date = September 2006 | pmid = 16984643 | pmc = 1594570 | doi = 10.1186/1745-6150-1-29 }}</ref>

|month =

|issue =

|id =

|month =

|issue =

|id =

|accessdate =

|month =

|issue =

|id =

|accessdate =

|last1=Cheng

:Proses fusi virus bersampul dengan membran sel baik secara langsung maupun dengan permukaan sel maupun mengikuti endositosis dalam sitoplasma.<ref name=Cheng/> Diperlukan adanya [[protein fusi]] spesifik dalam sampul virus, misalnya: HA influenza dan [[glikoprotein]] [[transmembran]] (TM) Rhinovirus.<ref name=Cheng/>{{citation

|last1=Carter

:# Replikasi terjadi di sitoplasma (''Poxviridae''). virus ini melibatkan semua faktor-faktor yang penting untuk transkripsi dan replikasi dari genomnya, dan kebanyakan tidak tergantung pada perangkat replikasi dari inangnya.<ref name=Wagner3/>.

Klasifikasi bertujuan untuk menggambarkan keanekaragaman virus dengan memberi nama dan mengelompokkan virus berdasarkan kesamaan mereka. Secara sederhana, virus dapat dikelompokkan berdasarkan jenis asam nukleat yang mereka miliki ([[virus DNA]] atau [[virus RNA]]), untaian asam nukleat (untai tunggal atau untai ganda), ada tidaknya segmentasi pada genom, ukuran virion, jenis simetri kapsid (heliks atau ikosahedreal), serta ada tidaknya selubung.{{sfn|Carter & Saunders|2007|p=116}} Pada tahun 1962, André Lwoff, Robert Horne, dan Paul Tournier merupakan orang-orang pertama yang mengembangkan pengelompokan virus berdasarkan sistem hierarki [[taksonomi Linnaeus|Linnaeus]].<ref name="pmid14467544">{{cite journal | vauthors = Lwoff A, Horne RW, Tournier P | title = [A virus system] | language = French | journal = Comptes Rendus Hebdomadaires des Seances de l'Academie des Sciences | volume = 254 | pages = 4225–7 | date = June 1962 | pmid = 14467544 }}</ref> Sistem ini menggunakan klasifikasi [[filum]], [[Kelas (biologi)|kelas]], [[Ordo (biologi)|bangsaordo]], [[Famili (biologi)|keluargafamili]], [[genus|marga]], dan [[spesies]]. Virus dikelompokkan sesuai dengan kesamaan sifat mereka (bukan kesamaan inang mereka) dan jenis asam nukleat yang membentuk genom mereka.<ref name="pmid13931895">{{cite journal | vauthors = Lwoff A, Horne R, Tournier P | title = A system of viruses | journal = Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology | volume = 27 | pages = 51–5 | year = 1962 | pmid = 13931895 | doi = 10.1101/sqb.1962.027.001.008 }}</ref> Pada tahun 1966, [[Komite Internasional Taksonomi Virus]] (ICTV) dibentuk. Sistem yang diusulkan oleh Lwoff, Horne, dan Tournier tidak pernah sepenuhnya diterima oleh ICTV karena ukuran genom virus yang kecil dan tingkat mutasi mereka yang tinggi membuat sulit untuk menentukan takson virus di atas ordo (bangsa). Oleh sebab itu, [[klasifikasi Baltimore]] digunakan untuk melengkapi hierarki yang lebih tradisional.<ref name="pmid16105179">{{cite journal | vauthors = Fauquet CM, Fargette D | title = International Committee on Taxonomy of Viruses and the 3,142 unassigned species | journal = Virology Journal | volume = 2 | issue = | pages = 64 | date = August 2005 | pmid = 16105179 | pmc = 1208960 | doi = 10.1186/1743-422X-2-64 }}</ref> Mulai tahun 2018, ICTV mulai mengakui hubungan evolusi yang lebih dalam di antara virus yang telah ditemukan dan mengadopsi sistem klasifikasi dengan 15 tingkatan, mulai dari [[dunia (virologi)|dunia]] hingga spesies.<ref>{{cite journal|author=International Committee on Taxonomy of Viruses Executive Committee|date=Mei 2020|title=The New Scope of Virus Taxonomy: Partitioning the Virosphere Into 15 Hierarchical Ranks|journal=Nat Microbiol|volume=5|issue=5|pages=668–674|doi=10.1038/s41564-020-0709-x|pmc=7186216|pmid=32341570}}</ref>

Komite Internasional Taksonomi Virus (ICTV) mengembangkan sistem klasifikasi yang digunakan saat ini dan menulis pedoman yang memberi bobot lebih besar pada sifat-sifat virus tertentu untuk menjaga keseragaman keluarga virus. Taksonomi terpadu (sistem universal untuk mengklasifikasikan virus) telah ditetapkan. Peneliti baru mendeskripsikan sebagian kecil dari total keragaman virus yang ada di bumi. <ref>{{cite journal | vauthors = Delwart EL | title = Viral metagenomics | journal = Reviews in Medical Virology | volume = 17 | issue = 2 | pages = 115–31 | year = 2007 | pmid = 17295196 | doi = 10.1002/rmv.532 }}</ref> Pada tahun 2019, 4 dunia, 9 kerajaan, 16 filum, 2 subfilum, 36 kelas, 55 ordo, 8 subordo, 168 keluarga, 103 subkeluarga, 1.421 genus, 68 subgenus, dan 6.589 spesies virus telah ditetapkan oleh ICTV.<ref>{{Cite web|url=https://talk.ictvonline.org/taxonomy/|title=Virus Taxonomy: 2019 Release|date=Juli 2019|access-date=7 Oktober 2020|website=ICTV Online}}</ref>

Seperti [[Klasifikasi ilmiah|taksonomi]] makhluk hidup pada umumnya, klasifikasi virus juga dilakukan secara hierarkis atau bertingkat. SistemPada klasifikasi2019, virustingkatan yangsubdunia, diusulkansubkerajaan, olehdan ICTVsubkelas padatidak tahundigunakan, 2018sedangkan yaitu:<ref>{{citesemua web|last=ICTV|first=|year=2018a|title=ICTVtingkatan Code:lainnya Thesedang International Code of Virus Classification and Nomenclature October 2018|url=https://talkdigunakan.ictvonline.org/information/w/ictv-information/383/ictv-code|language=en|website=International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)|access-date=16 Agustus 2019}}</ref>

:''Realm''[[Dunia (virologi)|Dunia]] (''-viria'')

::''Subrealm''Subdunia (''-vira'')

:::::::::::[[KeluargaFamili (ilmu biologi)|Keluarga]] (''-viridae'')

Dalam klasifikasi virus, terdapat banyakpula takson yang dikategorikan sebagai ''[[incertae sedis]]'' atau penempatannya tidak pasti. Pada tahun 2018, virus dikelompokkan dalam 1 ''realm'', 1 filum, 2 subfilum, 6 kelas, 14 ordo, 150 keluarga, 79 subkeluarga, 1.019 genus, 59 subgenus, dan 5.560 spesies.<ref>ICTV Virus Taxonomy [https://talk.ictvonline.org/taxonomy/p/taxonomy_releases ICTV Virus Taxonomy Release History]</ref>

* Virus RNA untai tunggal-negatif (ssRNA(-))

Sebagai contoh penerapan klasifikasi virus, virus penyebab [[cacar air]], yaitu [[virus varicella-zoster]] (VZV), ditempatkan dalam ordo ''[[Herpesvirales]]'', keluarga ''[[Herpesviridae]]'', subkeluarga ''[[Alphaherpesvirinae]]'', dan genus ''[[Varicellovirus]]''. VZV berada di Grup I dari Klasifikasi Baltimore karena merupakan virus dsDNA yang tidak menggunakan enzim transkriptase balik.

Beberapa virus ada yang dapat dimanfaatkan dalam rekombinasi genetika.<ref name=Evans>{{citation|title= Viral Infections of Humans:epidemiology and Control|last1=Evans|first1=AS.|last2=Kaslow|first2=RA.|publisher=Plenum Publishing Corporation|location=New York|year=1997|isbn=0-306-44856-4}} ({{google books with page|L9p6PtCDgJs|lihat|16|viral+infection}})</ref> Melalui terapi gen, gen jahat (penyebab infeksi) yang terdapat dalam virus diubah menjadi gen baik (penyembuh).<ref name=Evans/> Baru-baru ini David Sanders, seorang profesor ­biologi pada Purdue's School of Science telah menemukan cara pemanfaatan virus dalam dunia kesehatan.<ref name=Evans/> Dalam temuannva yang dipublikasikan dalam Jurnal Virology, Edisi 15 Desember ­2002, David Sanders berhasil menjinakkan cangkang luar virus Ebola sehingga dapat dimanfaatkan sebagai pembawa gen kepada sel yang sakit (paru-paru).<ref name=Evans/> Meskipun demikian, kebanyakan virus bersifat merugikan terhadap kehidupan manusia, hewan, dan tumbuhan.<ref name=Evans/>

Penyakit mosaik, yakni jenis penyakit yang menyerang tanaman tembakau.,<ref name=Akin/> Penyebabnyapenyebabnya adalah tobacco mosaic virus (TMV)

Penyakit tungro, yakni jenis penyakit yang menyerang tanaman padi.,<ref name=Akin/> Penyebabnyapenyebabnya adalah virus Tungro.<ref name=Akin/>

Penyakit degenerasi pembuluh tapis pada jeruk., Penyebabnyapenyebabnya adalah virus citrus vein phloem degeneration (CVPD).<ref name=Akin/>

Salah satu virus yang dianggap paling berbahaya adalah [[filoviridae|filovirus]].<ref name=crowley/> Grup Filovirus terdiri atas [[Virus Marburg|Marburg]], pertama kali ditemukan tahunpada 1967 di [[Marburg]], [[Jerman]], dan [[ebola]].<ref name=crowley/> Filovirus adalah virus berbentuk panjang seperti cacing, yang dalam jumlah besar tampak seperti sepiring mi.<ref name=crowley/> Pada [[April 2005]], virus Marburg menarik perhatian persmedia dengan terjadinya penyebaran di [[Angola]]. Sejak Oktober [[2004]] hingga [[2005]], kejadian ini menjadi epidemi terburuk di dalam kehidupan manusia.<ref name=crowley>{{citation|title= An Introduction to Human Disease: Pathology and Pathophysiology

* {{Cite book|last=Mahy|first=B.W.J.|last2=Van Regenmortel|first2=M. H. V.|date=2010|url=https://www.worldcat.org/oclc/712015585480587729|title=PrionsDesk inencyclopedia Humansof andgeneral Animalsvirology|last=Hörnlimann|firstlocation=Beat|date=2006Oxford|publisher=Walter deAcademic GruyterPress|isbn=9780-312-11375162-020017-14|locationpages=[[Berlin]]|oclc=712015585480587729|ref={{sfnref|HörnlimannMahy|Van Regenmortel|20062010}}}}

* {{en}} [http://media.med.sc.edu/microbiology2007/ Perpustakaan Online tentang virus] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20080509061914/http://media.med.sc.edu/microbiology2007/ |date=2008-05-09 }}

[[Kategori:PenyakitParasit]]