Docking (molekuler): Perbedaan antara revisi

Dalam ilmu [[biologi molekuler]] dan [[bioinformatika]], '''''docking''''' merupakan salah satu metode dalamyang dapat memprediksi interaksi antar molekul, dapat berupa protein termasuk enzim, DNA, [[karbohidrat]], lemak terhadap [[substrat]], tetapi lebih banyak yang mengeksplorasi terhadap enzim.<ref name="Lengauer">{{en}} Lengauer T, Rarey M. 1996. Computational methods for biomolecular docking. ''Curr Opin Struct Biol 6(3): 402-406. </ref> Hasil yang diharapkan adalah dapat memprediksi interaksi yang stabil dan bersifat spontan, dapat dilihat melalui derajat [[energi bebas]] yang semakin negatif.<ref name="Feig">{{en}} Feig M, Onufriev A, Lee MS, Im W, Case DA, Brooks CL. 2004. Performance comparison of generalized born and Poisson methods in the calculation of electrostatic solvation energies for protein structures. ''J Computat Chem'' 25(2): 265–284.</ref>

Saat ini ''docking'' sudah digunakan dalam mendesain obat-obatan maupun [[antiviral]], dan digunakan sebagai eliminasitahap seleksi awal dari banyak substrat sehingga pada saat percobaan pada laboratorium basah akan semakin mudah karena jumlah sampel uji semakin sedikit, walaupun dapat terjadi ketidaksesuaian antara hasil bioinformatika dengan laboratorium basah (''false positive'' atau ''false negative'').<ref name="Kitchen">{{en}} Kitchen DB, Decornez H, Furr JR, Bajorath J 2004. Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications. ''Nat rev Drug disc'' 3(11): 935–949.</ref>

== Definisi ==

''Docking'' dapat diumpamakan sebagai proses [[gembok dan kunci]] pada interaksi [[enzim]] dan substrat.<ref name="Jorgensen">{{en}} Jorgensen WL. 1991. Rusting of the lock and key model for protein-ligand binding. ''Sci'' 254(5034): 954–955.</ref> Kunci akan menempelmasuk pada lubangnyalubang padadi gembok, dan membuatmengubah konformasi (bentuk) gembok bekerja(terbuka atau tertutup).<ref name="Jorgensen"/> Dalam pengertian ini, gembok merupakan enzim dan kunci merupakan substrat.<ref name="Jorgensen"/> ''Docking'' juga digunakan untuk proses optimasi yang mendeskripsikan kecocokan terbaik, sehingga definisi yang lebih cocok bukanlahbukan teori gembok dan kunci tetapi sarung tangan yang dapat dipakai di tangan kiri maupun kanan.<ref name="Jorgensen"/>

== Teknik ==

Terdapat dua pendekatan yang terkenal yaitu teknik mencocokan substrat dengan protein sebagai suatu komplemen, dan proses ''docking'' yang menghitung derajat energi bebas.<ref name="Goldman">{{en}} Goldman BB, Wipke WT. 2000. QSD quadratic shape descriptors. 2. Molecular docking using quadratic shape descriptors (QSDock). ''Proteins'' 38(1): 79–94.</ref><ref name="Feig"/> Kedua teknik ini memiliki keunggulan dan kelemahan masing-masing.<ref name="Goldman"/><ref name="Feig"/>

=== Mekanisme ===

Untuk melakukan skrining, harus memiliki bentuk protein yang diinginkan. Untuk mendapatkan bentuk protein yang diinginkan, terdapat tiga teknik yaitu [[kristalografi]] yaitu proses untuk mendapatkan kristal protein lalu ditembakkan menggunakan sinar X pada suatu film, [[spektroskopi NMR]] yaitu melihat resonansi inti magnet yang direasikan dengan protein, dan [[mikroskop elektron]].<ref name="Go">{{en}} Go J, Bourne J. 2009. ''Strutural Bioinformatics''. New York: Wiley & Sons. </ref> Teknik ini masing-masing memiliki kelemahan dan kelebihan seperti jumlah sampel, keakuratan, dan sebagainya.<ref name="Go"/> Saat ini telah ada pangkalan data protein yaitu RCSB yang lengkap, disimpan dalam ekstensi .pdb, beserta substrat protein tersebut.<ref name="Rcsb">{{en}}RCSB. http://www.rcsb.org/ [15 Mei 2014]. </ref> Dua hal yang menunjang keberhasilan ''docking'' adalah [[algoritmaalgoritme]] yang digunakan dan fungsi penilaian.<ref name="Go"/>