Irfan menikah dengan [[Luthfiralda Sjahfirdi]], seorang [[doktor|Guru Besar / Profesor di bidang ilmuIlmu konservasi hewan FMiPAFMIPA Universitas Indonesia]]<nowiki/> dan juga menjadi pengajar di [[Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia|FMIPA]] [[Universitas Indonesia]]. Pernikahan ini memiliki 2 anak dan 2 cucu.<ref>{{cite web|url=https://akurat.co/news/id-971349-read-kerap-habiskan-waktu-bersama-10-potret-dirut-baru-garuda-irfan-setiaputra-bareng-keluarga|title=Kerap Habiskan Waktu Bersama, 10 Potret Dirut Baru Garuda Irfan Setiaputra bareng Keluarga|first=Silvia Nur|last=Fajri|date=22 Januari 2020|publisher=|accessdate=19 April 2020|via=akurat.co}}</ref>
