Makhluk hidup: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
Ariandi Lie (bicara | kontrib) Tag: Pembatalan |
|||
| (83 revisi perantara oleh 31 pengguna tidak ditampilkan) | |||
Baris 1:
{{klasifikasi biologi}}
Dalam [[biologi]], suatu '''makhluk hidup''' atau '''organisme''' (dari [[bahasa Yunani]]: ὀργανισμός, ''organismos'') adalah setiap entitas individual yang mampu menjalankan fungsi-fungsi [[kehidupan]].<ref>{{Cite book|year=2017|title=Mosby's Dictionary of Medicine, Nursing and Health Professions|url=https://archive.org/details/mosbysdictionary0000unse_c7k9|location=St. Louis, Missouri|publisher=Elsevier|isbn=9780323222051|edition=10|pages=[https://archive.org/details/mosbysdictionary0000unse_c7k9/page/1281 1281]|url-status=live}}</ref> Semua organisme memiliki sel. Organisme diklasifikasikan berdasarkan [[taksonomi (biologi)|taksonomi]] dan dibentuk kelompok seperti [[hewan]], [[tumbuhan]], dan [[fungi]] yang [[organisme multiseluler|multiseluler]]; atau [[mikroorganisme]] [[uniseluler]] seperti [[protista]], [[bakteri]], dan [[arkea]].<ref>{{cite book|last1=Hine|first1=RS.|title=A dictionary of biology|url=https://archive.org/details/dictionaryofbiol0000unse_t7m3|date=2008|publisher=Oxford University Press|location=Oxford|isbn=978-0-19-920462-5|page=[https://archive.org/details/dictionaryofbiol0000unse_t7m3/page/461 461]|edition=6th}}</ref> Semua jenis organisme mampu melakukan [[reproduksi]], [[Biologi perkembangan|pertumbuhan dan perkembangan]], [[Homeostasis|pemeliharaan diri]], dan beberapa bentuk respons terhadap [[Stimulus (fisiologi)|rangsangan]]. [[Manusia]], [[cumi-cumi]], [[jamur]], dan [[tumbuhan berpembuluh]] merupakan adalah contoh organisme multiseluler yang [[Diferensiasi sel|berdiferensiasi]] untuk membentuk [[jaringan]] dan [[Organ (anatomi)|organ]] khusus selama perkembangannya.
Organisme dapat digolongkan menjadi [[prokariota]] atau [[eukariota]]. Prokariota meliputi dua [[domain]] terpisah, yaitu bakteri dan arkea. Eukariota ditandai oleh adanya [[inti sel]] yang dilapisi membran dan memiliki [[organel]], yang juga dilapisi membran (contoh organel yaitu [[mitokondria]] pada hewan dan tumbuhan, serta [[plastida]] pada tumbuhan dan [[alga]], umumnya semua organel dianggap berasal dari bakteri [[Simbiogenesis|endosimbiotik]]).<ref name=cavaliersmith1987>{{cite journal| author = Cavalier-Smith T.| year = 1987| title = The origin of eukaryotic and archaebacterial cells| journal = Annals of the New York Academy of Sciences| volume = 503| issue =1| pages = 17–54| pmid = 3113314| doi=10.1111/j.1749-6632.1987.tb40596.x| bibcode = 1987NYASA.503...17C}}</ref> Fungi, hewan, dan tumbuhan merupakan contoh [[Kerajaan (biologi)|kerajaan]] di dalam [[eukariota]].
Perkiraan jumlah [[spesies]] di Bumi saat ini berkisar dari dua juta hingga satu triliun<ref name="Larsen2017">{{cite journal|author1=Brendan B. Larsen|author2=Elizabeth C. Miller|author3=Matthew K. Rhodes|author4=John J. Wiens|title=Inordinate Fondness Multiplied and Distributed:The Number of Species on Earth and the New Pie of Life|url=http://www.wienslab.com/Publications_files/Larsen_et_al_QRB_2017.pdf|date=September 2017|journal=The Quarterly Review of Biology|page=230|access-date=11 November 2019|volume=92|issue=3|archive-date=2020-08-05|archive-url=https://web.archive.org/web/20200805225333/http://www.wienslab.com/Publications_files/Larsen_et_al_QRB_2017.pdf|dead-url=no}}</ref> dan lebih dari 1,7 juta di antaranya telah didokumentasikan.<ref>{{cite journal|journal=Chironomus: Journal of Chironomidae Research|issue=31|pages=2–3|year=2018|title=Describing the Undiscovered|url=https://scholar.google.com/scholar?hl=en&as_sdt=0%2C24&as_ylo=2018&as_yhi=2018&q=Anderson+%22Describing+the+undiscovered%22&btnG=|last=Anderson|first=Alyssa M.|doi=10.5324/cjcr.v0i31.2887|doi-access=free|access-date=2020-04-29|archive-date=2020-04-03|archive-url=https://web.archive.org/web/20200403040653/https://scholar.google.com/scholar?hl=en&as_sdt=0%2C24&as_ylo=2018&as_yhi=2018&q=Anderson%2B%22Describing%2Bthe%2Bundiscovered%22&btnG=|dead-url=no}}</ref> Lebih dari 99% dari semua spesies yang jumlah perspesiesnya lebih dari lima miliar <ref name="Book-Biology">{{cite book |editor1=Kunin, W.E. |editor2=Gaston, Kevin |title=The Biology of Rarity: Causes and consequences of rare – common differences |url=https://books.google.com/books?id=4LHnCAAAQBAJ&pg=PA110&lpg=PA110&dq#v=onepage&q&f=false |year=1996 |isbn=978-0-412-63380-5 |accessdate=26 May 2015}}</ref> yang pernah hidup kini diperkirakan telah [[punah]].<ref name="StearnsStearns2000">{{cite book |last=Stearns |first=Beverly Peterson |last2=Stearns |first2=S.C. |last3=Stearns |first3=Stephen C. |title=Watching, from the Edge of Extinction |url=https://books.google.com/books?id=0BHeC-tXIB4C&q=99%20percent#v=onepage&q=99%20percent&f=false |year=2000 |publisher=Yale University Press |isbn=978-0-300-08469-6 |page=preface x |accessdate=30 May 2017 |archive-date=2020-05-21 |archive-url=https://web.archive.org/web/20200521234248/https://books.google.com/books?id=0BHeC-tXIB4C&q=99#v=onepage&q=99%20percent&f=false |dead-url=no }}</ref><ref name="NYT-20141108-MJN">{{cite news |last=Novacek |first=Michael J. |title=Prehistory's Brilliant Future |url=https://www.nytimes.com/2014/11/09/opinion/sunday/prehistorys-brilliant-future.html |date=8 November 2014 |work=[[New York Times]] |accessdate=25 December 2014 |archive-date=2014-12-29 |archive-url=https://web.archive.org/web/20141229225657/http://www.nytimes.com/2014/11/09/opinion/sunday/prehistorys-brilliant-future.html |dead-url=no }}</ref> Pada 2016, sebanyak 355 [[gen]] yang berasal dari [[leluhur universal terakhir]] (LUCA) dari semua organisme berhasil diidentifikasi.<ref name=Weissetal>{{cite journal |first1=Madeline C. |last1=Weiss |first2=Filipa L. |last2=Sousa |first3=Natalia |last3=Mrnjavac |first4=Sinje |last4=Neukirchen |first5=Mayo |last5=Roettger |first6=Shijulal |last6=Nelson-Sathi |first7=William F. |last7=Martin |title=The physiology and habitat of the last universal common ancestor |journal=Nature Microbiology |volume=1 |issue=9 |pages=16116 |date=2016 |doi=10.1038/nmicrobiol.2016.116 |pmid=27562259 |url=https://zenodo.org/record/3451085 |access-date=4 December 2019 |archive-url=https://web.archive.org/web/20191018153355/https://zenodo.org/record/3451085 |archive-date=18 October 2019 |url-status=dead }}</ref><ref name="NYT-20160725">{{cite news |last=Wade |first=Nicholas |authorlink=Nicholas Wade |title=Meet Luca, the Ancestor of All Living Things |url=https://www.nytimes.com/2016/07/26/science/last-universal-ancestor.html |date=25 July 2016 |work=New York Times |accessdate=25 July 2016 |archive-date=2016-07-28 |archive-url=https://web.archive.org/web/20160728053822/http://www.nytimes.com/2016/07/26/science/last-universal-ancestor.html |dead-url=no }}</ref>
== Etimologi ==
Istilah "organisme" (dari [[bahasa Yunani]] ὀργανισμός, ''organismos'', dari ὄργανον, ''organon'', yaitu "instrumen, alat, organ indera, atau penangkap")<ref name=LSJ>{{LSJ|o)/rganon|ὄργανον|ref}}</ref><ref name=OnlineEtDict>{{cite web|title=organism|url=http://www.etymonline.com/index.php?term=organism&allowed_in_frame=0|publisher=[[Online Etymology Dictionary]]|access-date=2020-04-29|archive-date=2016-03-04|archive-url=https://web.archive.org/web/20160304061710/http://www.etymonline.com/index.php?term=organism&allowed_in_frame=0|dead-url=no}}</ref> yang pertama kali muncul dalam [[bahasa Inggris]] pada tahun 1703. Kata ini berhubungan langsung dengan istilah "organisasi". Ada tradisi panjang dalam mendefinisikan organisme sebagai makhluk yang mengatur diri sendiri, setidaknya pada ''[[Critique of Judgment|Kritik Penghakiman]]'' tahun 1790 karya [[Immanuel Kant]].<ref>Kant I., [[Critique of Judgment]]: §64.</ref>
==
Suatu organisme dapat didefinisikan sebagai kumpulan [[molekul]] yang berfungsi secara keseluruhan (yang kurang-lebih stabil) yang menunjukkan sifat-sifat [[kehidupan]]. Definisi dalam kamus bisa saja lebih luas, menggunakan frasa seperti "struktur hidup apa pun, seperti tumbuhan, hewan, fungi, atau bakteri, yang mampu tumbuh dan berkembang biak".<ref name=Chambers>{{cite encyclopedia |encyclopedia=Chambers 21st Century Dictionary |edition=online |date=1999 |title=organism}}</ref> Banyak definisi yang mengecualikan [[virus]] dan kemungkinan bentuk kehidupan nonorganik buatan manusia karena virus bergantung pada mesin biokimia sel inang untuk bereproduksi.<ref name=OED>{{Cite OED|organism|date = 2004}}</ref> [[Superorganisme]] adalah organisme yang terdiri dari banyak individu yang bekerja sama sebagai unit fungsional atau [[Tingkat analisis|sosial]] tunggal.<ref>{{cite book |author=Kelly, Kevin |title=Out of control: the new biology of machines, social systems and the economic world |publisher=Addison-Wesley |location=Boston |year=1994 |pages=[https://archive.org/details/outofcontrolnewb00kell/page/98 98] |isbn=978-0-201-48340-6 |oclc= |doi= |url-access=registration |url=https://archive.org/details/outofcontrolnewb00kell}}</ref>
Muncul kontroversi tentang cara terbaik untuk mendefinisikan organisme<ref>{{Cite journal | last1=Dupré | first1=J. | doi=10.1111/j.1467-954X.2010.01909.x | title=The polygenomic organism | url=https://archive.org/details/sim_sociological-review_2010-02_58_1/page/19 | journal=The Sociological Review | volume=58 | pages=19–99 | year=2010 | pmid=| pmc=}}</ref><ref>{{Cite journal| doi=10.1086/656905| last1=Folse Hj | first1=3.| last2=Roughgarden | first2=J.| title=What is an individual organism? A multilevel selection perspective| url=https://archive.org/details/sim_quarterly-review-of-biology_2010-12_85_4/page/447| journal=The Quarterly Review of Biology| volume=85| issue=4| pages=447–472| year=2010| pmid=21243964}}</ref><ref>{{Cite journal| last1=Pradeu | first1=T.| title=What is an organism? An immunological answer| journal=History and Philosophy of the Life Sciences| volume=32| issue=2–3| pages=247–267| year=2010| pmid=21162370}}</ref><ref>{{Cite journal | last1=Gardner | first1=A. | last2=Grafen | first2=A. | doi=10.1111/j.1420-9101.2008.01681.x | title=Capturing the superorganism: A formal theory of group adaptation | journal=Journal of Evolutionary Biology | volume=22 | issue=4 | pages=659–671 | year=2009 | pmid=19210588| pmc=}}</ref><ref>{{Cite book | publisher=Princeton University Press | isbn=978-0-691-05011-9 | last=Michod | first=R E | title=Darwinian dynamics: evolutionary transitions in fitness and individuality | url=https://archive.org/details/darwiniandynamic00mich | date=1999}}</ref><ref>{{Cite journal | volume=364 | issue=1533 | pages=3143–3155 | last=Queller | first=D.C. |author2=J.E. Strassmann | title=Beyond society: the evolution of organismality | journal=Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences | date=2009 | doi=10.1098/rstb.2009.0095 | pmid=19805423 | pmc=2781869}}</ref><ref>{{cite journal| author=Santelices B.| year=1999| title=How many kinds of individual are there?| url=https://archive.org/details/sim_trends-in-ecology-evolution_1999_14_4/page/152| journal=Trends in Ecology & Evolution| volume=14| issue=4| pages=152–155| pmid=10322523| doi=10.1016/s0169-5347(98)01519-5}}</ref><ref>{{Cite journal | last=Wilson | first=R | title=The biological notion of individual | journal=Stanford Encyclopedia of Philosophy | date=2007}}</ref><ref>{{Cite book|title=Perspectives on Organisms – Springer|last=Longo|first=Giuseppe|last2=Montévil|first2=Maël|doi=10.1007/978-3-642-35938-5|series = Lecture Notes in Morphogenesis|year = 2014|isbn = 978-3-642-35937-8}}</ref> dan tentang apakah definisi seperti itu diperlukan atau tidak.<ref>{{Cite journal | volume=83 | issue=4 | pages=621–627 | last=Pepper | first=J.W. |author2=M.D. Herron | title=Does biology need an organism concept? | url=https://archive.org/details/sim_biological-reviews_2008-11_83_4/page/621 | journal=Biological Reviews | date=2008 | pmid=18947335 | doi=10.1111/j.1469-185X.2008.00057.x}}</ref><ref>{{Cite journal | pages=301–311 | last=Wilson | first=J | title=Ontological butchery: organism concepts and biological generalizations | url=https://archive.org/details/sim_philosophy-of-science_2000-06_67_2/page/301 | journal=Philosophy of Science | date=2000 | jstor=188676 | volume=67 | doi=10.1086/392827}}</ref> Beberapa studi ditulis<ref>{{Cite journal| doi=10.1007/BF02705148| last1=Bateson | first1=P.| title=The return of the whole organism| journal=Journal of Biosciences| volume=30| issue=1| pages=31–39| year=2005| pmid=15824439}}</ref> untuk menanggapi saran bahwa kategori "organisme" mungkin tidak memadai dalam biologi.<ref>{{cite book |title= The Extended Phenotype |url= https://archive.org/details/extendedphenotyp0000dawk_o9u2 |last1=Dawkins |first1=Richard |authorlink1=Richard Dawkins |year=1982 |publisher=Oxford University Press |isbn=978-0-19-286088-0}}</ref>{{page needed|date=November 2016}}
=== Virus ===
{{see also|Kehidupan nonseluler}}
Virus biasanya tidak dianggap sebagai organisme karena mereka tidak mampu melakukan [[reproduksi]], pertumbuhan, atau [[metabolisme]] secara mandiri. Meskipun beberapa organisme juga tidak mampu bertahan hidup sendiri dan wajib hidup sebagai [[parasit]] intraseluler, mereka mampu melakukan metabolisme dan bereproduksi secara independen. Walaupun virus memiliki beberapa [[enzim]] dan molekul yang merupakan karakteristik organisme hidup, mereka tidak memiliki metabolisme sendiri; virus tidak dapat menyintesis dan mengatur senyawa organik yang menyusun mereka. Secara alami, hal ini tidak bisa disebut reproduksi otonom: mereka hanya dapat direplikasi secara pasif oleh sel inang. Dalam hal ini, mereka mirip dengan benda mati.
Meski virus tidak mempertahankan metabolisme secara independen sehingga tidak diklasifikasikan sebagai organisme, mereka memiliki [[gen]] sendiri dan ber[[evolusi]] dengan mekanisme yang mirip dengan mekanisme evolusi organisme. Dengan demikian, argumen bahwa virus harus digolongkan sebagai organisme hidup didasarkan pada kemampuan mereka untuk mengalami evolusi dan melakukan [[replikasi]] melalui perakitan diri. Namun, beberapa ilmuwan berpendapat bahwa virus tidak berevolusi atau bereproduksi sendiri; mereka dikembangkan oleh sel inang, yang berarti ada koevolusi antara virus dan sel inang. Jika sel inang tidak ada, evolusi virus tidak mungkin terjadi. Hal ini tidak berlaku untuk sel. Jika virus tidak ada, evolusi sel mungkin menjadi berbeda, tetapi sel-sel tetap mampu berevolusi. Untuk bisa bereproduksi, virus benar-benar bergantung pada komponen sel inang untuk bereplikasi.<ref name="10reasons" >{{Cite journal | last1 = Moreira | first1 = D. | last2 = López-García | first2 = P.N. | title = Ten reasons to exclude viruses from the tree of life | doi = 10.1038/nrmicro2108 | journal = Nature Reviews Microbiology | year = 2009 | pmid = 19270719| pmc = | volume=7 | issue = 4 | pages=306–311}}</ref> Penemuan virus yang memiliki gen untuk menyandi metabolisme energi dan sintesis protein memicu perdebatan tentang apakah virus tergolong organisme hidup. Adanya gen-gen ini menunjukkan bahwa suatu ketika virus pernah melakukan metabolisme. Namun, temuan selanjutnya menyatakan bahwa gen yang menyandi energi dan metabolisme protein berasal dari sel. Kemungkinan besar, gen-gen ini diperoleh melalui [[transfer gen horizontal]] dari inang virus.<ref name="10reasons" />
== Kimiawi ==
Organisme merupakan sistem kimiawi yang rumit, yang diatur dengan cara-cara yang mendukung reproduksi dan keberlanjutan atau kelangsungan hidup. Hukum yang mengatur proses kimiawi pada benda mati juga mengatur [[Biokimia|proses kimiawi kehidupan]]. Proses-proses ini umumnya mengatur seluruh fenomena organisme dan menentukan kemampuan organisme tersebut untuk menyesuaikan diri dengan lingkungan serta menentukan kelangsungan hidup gen mereka yang berbasis [[DNA]].
Asal-usul, metabolisme, dan banyak fungsi internal organisme lainnya diatur oleh fenomena kimiawi, terutama kimia molekul organik besar. Bisa dibilang, organisme merupakan [[senyawa kimia]] dalam sistem yang kompleks, yang memainkan berbagai peran melalui interaksi dengan lingkungannya.
Organisme merupakan sistem kimia semi-tertutup. Meskipun berupa unit kehidupan individual (sesuai dengan definisinya), organisme tidak tertutup bagi lingkungan di sekitar mereka. Untuk beroperasi, organisme secara konstan menerima dan melepaskan energi. Organisme [[autotrof]] menghasilkan energi (dalam bentuk senyawa organik) menggunakan cahaya dari matahari atau senyawa anorganik sementara [[heterotrof]] mengambil senyawa organik dari lingkungan.
[[Unsur kimia]] utama suatu organisme adalah [[karbon]]. [[Sifat kimia]] dari unsur ini seperti afinitasnya yang besar untuk berikatan dengan atom kecil lainnya, termasuk atom karbon lainnya, dan ukurannya yang kecil membuatnya mampu membentuk banyak ikatan. Hal-hal ini menjadikan karbon sebagai dasar kehidupan organik yang ideal. Karbon mampu membentuk senyawa yang terdiri atas tiga atom kecil (misalnya [[karbon dioksida]]), serta rantai besar dengan ribuan atom yang dapat menyimpan data (misalnya [[asam nukleat]]), menyatukan sel, dan mengirimkan informasi ([[protein]]).
=== Makromolekul ===
Senyawa yang membentuk organisme dapat dibagi menjadi molekul besar ([[makromolekul]]) dan molekul lainnya yang lebih kecil. Makromolekul dibagi menjadi empat kelompok, yaitu [[asam nukleat]], [[protein]], [[karbohidrat]], dan [[lipid]]. Asam nukleat (khususnya DNA) menyimpan data genetik sebagai urutan [[nukleotida]]. Empat jenis nukleotida yang berbeda ([[adenina]], [[sitosina]], [[guanina]], dan [[timina]]) membentuk urutan khusus yang menentukan berbagai karakteristik suatu organisme. Urutan tersebut dibagi-bagi menjadi [[kodon]], yaitu kombinasi tiga nukleotida dengan urutan tertentu, yang menyandi [[asam amino]] tertentu. Dengan kata lain, urutan DNA menyandi protein tertentu yang [[pelipatan protein|melipat]] dengan cara tertentu (karena sifat kimia asam amino penyusunnya) dan melakukan fungsi tertentu.
Beberapa fungsi protein telah diketahui, yaitu sebagai:
# [[Enzim]], yang mengkatalisasi semua reaksi metabolisme;
# Protein struktural, seperti [[tubulin]] atau [[kolagen]];
# Protein regulator, seperti [[faktor transkripsi]] atau [[siklin]] yang mengatur siklus sel;
# Molekul pemberi sinyal atau reseptornya, seperti beberapa [[hormon]] dan reseptornya; serta
# Protein defensif, yang dapat mencakup segala sesuatu mulai dari [[antibodi]] pada [[sistem kekebalan tubuh]], hingga racun (misalnya [[dendrotoksin]] ular), hingga protein yang mengandung asam amino yang tidak biasa seperti [[canavanina]].
Lapisan [[fosfolipid]] ganda membentuk [[membran sel]] yang menjadi penghalang, menahan segala sesuatu di dalam sel, dan mencegah senyawa agar tidak secara bebas masuk ke dalam sel dan keluar dari sel. Karena sifat permeabilitas selektif ini, hanya senyawa spesifik yang dapat melewati lapisan fosfolipid ganda.
== Struktur ==
Semua organisme tersusun atas unit struktural yang disebut [[Sel (biologi)|sel]]; beberapa organisme hanya berupa sel tunggal (uniseluler) dan yang lain memiliki banyak unit (multiseluler). Organisme multiseluler dapat mengkhususkan sel-selnya untuk melakukan fungsi tertentu. Kumpulan sel-sel tersebut dinamakan [[jaringan]], dan pada hewan, jaringan ini dibagi menjadi empat kelompok dasar, yaitu [[epitelium]], [[jaringan saraf]], [[jaringan otot]], dan [[jaringan ikat]]. Beberapa jenis jaringan bekerja sama dalam bentuk [[Organ (anatomi)|organ]] untuk menghasilkan fungsi tertentu (seperti [[jantung]] yang memompa darah atau [[kulit]] sebagai penghalang bagi lingkungan). Pola ini berlanjut ke tingkat yang lebih tinggi, beberapa organ membentuk [[sistem organ]] seperti [[sistem reproduksi]] dan [[sistem pencernaan]]. Banyak organisme multiseluler memiliki beberapa sistem organ, yang berkoordinasi untuk memungkinkan kehidupan.
=== Sel ===
[[Teori sel]], yang pertama kali dikembangkan pada tahun 1839 oleh [[Matthias Jakob Schleiden|Schleiden]] dan [[Theodor Schwann|Schwann]], menyatakan bahwa semua organisme tersusun atas satu sel atau lebih; semua sel berasal dari sel yang sudah ada sebelumnya; dan sel berisi [[Genetika|informasi herediter]] yang diperlukan untuk mengatur fungsi sel dan untuk meneruskan informasi ke generasi sel berikutnya.
Ada dua jenis sel, yaitu eukariotik dan prokariotik. Sel prokariotik biasanya tunggal, sedangkan sel eukariotik biasanya ditemukan pada organisme multiseluler. Sel prokariotik tidak memiliki [[membran inti]] sehingga DNA-nya tidak memiliki pembatas; sel eukariotik memiliki membran inti.
Semua sel, baik prokariotik atau eukariotik, memiliki membran yang membungkus sel, memisahkan bagian dalamnya dari lingkungan luar, mengatur zat yang bergerak masuk dan keluar sel, serta mempertahankan [[potensial membran|potensi listrik sel]]. Di dalam membran, [[sitoplasma]] mengisi sebagian besar volume sel. Semua sel memiliki DNA, yaitu materi yang membawa gen, serta [[RNA]], yang mengandung informasi yang diperlukan untuk [[ekspresi gen|membangun]] berbagai [[protein]] seperti [[enzim]], yang merupakan mesin utama sel. Ada juga beragam jenis [[biomolekul]] lain di dalam sel.
Semua sel memiliki beberapa karakteristik serupa:<ref name="AlbertsCh1">[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Search&db=books&doptcmdl=GenBookHL&term=%22all+cells%22+AND+mboc4%5Bbook%5D+AND+372023%5Buid%5D&rid=mboc4.section.4#23 The Universal Features of Cells on Earth] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20200122055404/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books?cmd=Search&doptcmdl=GenBookHL&term=%22all%2Bcells%22%2BAND%2Bmboc4%5Bbook%5D%2BAND%2B372023%5Buid%5D&rid=mboc4.section.4#23 |date=2020-01-22 }} in Chapter 1 of ''[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Search&db=books&doptcmdl=GenBookHL&term=cell+biology+AND+mboc4%5Bbook%5D+AND+373693%5Buid%5D&rid=mboc4 Molecular Biology of the Cell] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20200508184515/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books?cmd=Search&doptcmdl=GenBookHL&term=Cell%20Movements%20and%20the%20Shaping%20of%20the%20Vertebrate%20Body%20AND%20mboc4& |date=2020-05-08 }}'' fourth edition, edited by Bruce Alberts (2002) published by Garland Science.</ref>
* Bereproduksi dengan cara [[pembelahan sel|membelah diri]] ([[fisi (biologi)|pembelahan biner]], [[mitosis]], atau [[meiosis]]).
* Menggunakan enzim dan protein lain yang [[Kode genetik|disandi]] oleh gen pada DNA dan dibuat melalui perantara [[RNA duta]] dan [[ribosom]].
* Bermetabolisme, termasuk mengambil bahan baku, membangun komponen sel, mengubah energi, molekul, dan melepaskan produk sampingan. Fungsi sel tergantung pada kemampuannya untuk mengekstrak dan menggunakan energi kimia yang disimpan dalam molekul organik. Energi ini berasal dari [[lintasan metabolisme]].
* Menanggapi rangsangan eksternal dan internal seperti perubahan suhu, pH, atau tingkat nutrisi.
* Memiliki [[Membran sel|membran permukaan sel]] yang tersusun atas protein dan [[lipida dwilapis]], isi sel terkandung di dalam membran tersebut.
== Evolusi ==
{{see also|Asal-usul kehidupan|Bentuk kehidupan terawal|Nenek moyang bersama}}
=== Leluhur universal terakhir ===
[[Berkas:Stromatolites.jpg|jmpl|300px|[[Stromatolit]] [[prakambrium]] di dalam [[Taman Nasional Glacier]], [[Amerika Serikat]]. Pada tahun 2002, sebuah makalah dalam jurnal ilmiah ''[[Nature]]'' mengemukakan bahwa [[formasi geologi]]s berusia 3,5 miliar tahun ini mengandung fosil [[sianobakteri]]. Hal ini membuktikan bahwa mereka adalah salah satu bentuk kehidupan paling awal yang diketahui di Bumi.]]
{{main|Leluhur universal terakhir}}
{{further|Garis waktu sejarah evolusi kehidupan}}
[[Leluhur universal terakhir]] (''last universal common ancestor'', disingkat LUCA) adalah organisme terbaru yang menjadi leluhur dari semua organisme yang sekarang hidup di Bumi.<ref name="theobald">{{Citation | last=Theobald |first=D.L.I | date=2010 | title=A formal test of the theory of universal common ancestry | journal=[[Nature (journal)|Nature]] | volume=465 | issue=7295 | pages=219–222 | doi=10.1038/nature09014 | pmid=20463738|bibcode=2010Natur.465..219T}}</ref> Dengan demikian, ia juga merupakan [[nenek moyang bersama paling terkini]] dari semua kehidupan saat ini di Bumi. LUCA diperkirakan hidup sekitar 3,5 hingga 3,8 miliar tahun yang lalu (pada era [[Paleoarkean]]).<ref>{{Citation|last=Doolittle |first=W.F. |date=2000 |title=Uprooting the tree of life |url=http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2005_fall/docs/uprooting.pdf |journal=[[Scientific American]] |volume=282 |issue=6 |pages=90–95 |doi=10.1038/scientificamerican0200-90 |postscript=. |pmid=10710791 |url-status=dead |archiveurl=https://www.webcitation.org/5w9oPfm4a?url=http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2005_fall/docs/uprooting.pdf |archivedate=31 January 2011 |df= |bibcode=2000SciAm.282b..90D}}</ref><ref>{{Citation |last1=Glansdorff |first1=N. |last2=Xu |first2=Y |last3=Labedan |first3=B. |date=2008 |title=The Last Universal Common Ancestor: Emergence, constitution and genetic legacy of an elusive forerunner |journal=[[Biology Direct]] |volume=3 |issue= |pages=29 |doi=10.1186/1745-6150-3-29 |postscript=. |pmid=18613974 |pmc=2478661}}</ref> Bukti paling awal untuk kehidupan di Bumi adalah [[grafit]] yang ditemukan dalam kondisi [[Zat biogenik|biogenik]] pada [[batuan metasedimentari]] berumur 3,7 miliar tahun yang ditemukan di [[Greenland Barat]]<ref name="NG-20131208">{{cite journal |author= Yoko Ohtomo|author2= Takeshi Kakegawa|author3= Akizumi Ishida|author4= Toshiro Nagase|author5= Minik T. Rosing| title =Evidence for biogenic graphite in early Archaean Isua metasedimentary rocks |journal =[[Nature Geoscience]]|doi=10.1038/ngeo2025|date=8 December 2013|volume=7 |issue= 1|pages=25–28|bibcode= 2014NatGe...7...25O}}</ref> serta [[Fosil|fosil-fosil]] [[tikar mikrob]] yang ditemukan pada [[batu pasir]] berumur 3,48 miliar tahun yang ditemukan di [[Australia Barat]].<ref name="AP-20131113">{{cite news |last=Borenstein |first=Seth |title=Oldest fossil found: Meet your microbial mom |url=http://apnews.excite.com/article/20131113/DAA1VSC01.html |date=13 November 2013 |work=[[AP News]] |accessdate=15 November 2013 |archive-date=2015-06-29 |archive-url=https://web.archive.org/web/20150629230719/http://apnews.excite.com/article/20131113/DAA1VSC01.html |dead-url=no }}</ref><ref name="AST-20131108">{{cite journal |last1=Noffke |first1=Nora|last2=Christian |first2=Daniel |last3=Wacey |first3=David |last4=Hazen |first4=Robert M. |title=Microbially Induced Sedimentary Structures Recording an Ancient Ecosystem in the ca. 3.48 Billion-Year-Old Dresser Formation, Pilbara, Western Australia |date=8 November 2013 |journal=[[Astrobiology (journal)|Astrobiology]] |doi=10.1089/ast.2013.1030 |pmid=24205812 |pmc=3870916 |volume=13 |issue=12 |pages=1103–1124|bibcode=2013AsBio..13.1103N}}</ref> Meskipun lebih dari 99 persen dari semua spesies yang pernah hidup di planet ini diperkirakan telah punah,<ref name="StearnsStearns2000" /><ref name="NYT-20141108-MJN" /> saat ini ada dua juta hingga satu triliun spesies yang hidup di Bumi.<ref name="Larsen2017" />
Informasi tentang perkembangan awal kehidupan juga mendapatkan masukan dari berbagai bidang, termasuk [[geologi]] dan [[ilmu keplanetan]]. Ilmu-ilmu ini memberikan informasi tentang sejarah Bumi dan perubahan yang dihasilkan oleh kehidupan. Akan tetapi, banyak informasi tentang fase awal Bumi telah dihancurkan oleh proses geologis seiring berjalannya waktu.
Semua organisme diturunkan dari nenek moyang yang sama atau dari kumpulan gen leluhur. Bukti mengenai keturunan bersama dapat ditemukan dalam kesamaan sifat di antara semua organisme hidup. Pada zaman [[Charles Darwin|Darwin]], bukti dari kesamaan sifat hanya didasarkan pada pengamatan terhadap kesamaan morfologis, seperti fakta bahwa semua burung memiliki sayap, bahkan yang tidak terbang.
Ada bukti genetika yang kuat bahwa semua organisme memiliki nenek moyang yang sama. Sebagai contoh, setiap sel hidup menggunakan [[asam nukleat]] sebagai [[materi genetik]]nya, dan menggunakan 20 [[asam amino]] yang sama sebagai bahan penyusun protein. Semua organisme menggunakan [[kode genetik]] yang sama (dengan beberapa penyimpangan yang sangat langka dan kecil) untuk [[Translasi (genetik)|menerjemahkan]] urutan asam nukleat menjadi protein. Keuniversalan sifat-sifat ini sangat mendukung gagasan nenek moyang bersama, karena pemilihan banyak sifat-sifat ini tampaknya sewenang-wenang. [[Transfer gen horizontal]] membuat studi tentang leluhur universal terakhir menjadi lebih sulit.<ref>{{cite journal|last1=Doolittle |first1=W. Ford |date=2000 |title=Uprooting the tree of life |url=http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2004_fall/docs/uprooting.pdf |journal=Scientific American |volume=282 |issue=6 |pages=90–95 |bibcode=2000SciAm.282b..90D |doi=10.1038/scientificamerican0200-90 |pmid=10710791 |url-status=dead |archiveurl=https://web.archive.org/web/20060907081933/http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2004_fall/docs/uprooting.pdf |archivedate=7 September 2006 |df=}}</ref> Namun, penggunaan kode genetik yang sama, nukleotida yang sama, dan asam amino yang sama secara universal membuat keberadaan nenek moyang bersama sangat mungkin.<ref name="theo">{{Citation | last=Theobald | first=Douglas L. | title=A formal test of the theory of universal common ancestry | journal=Nature | volume=465 | issue=7295 | pages=219–222 | date=13 May 2010 | url=http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7295/full/465168a.html | issn=0028-0836 | doi=10.1038/nature09014 | pmid=20463738 | postscript=. | bibcode=2010Natur.465..219T | accessdate=2020-04-29 | archive-date=2011-09-05 | archive-url=https://web.archive.org/web/20110905045516/http://www.nature.com/nature/journal/v465/n7295/full/465168a.html | dead-url=no }}</ref>
== Filogeni ==
{{Clade
| style= font-size:100%; line-height:100%
| label1=[[Leluhur universal terakhir|LUA]]
|1={{clade
|1=[[Chloroflexi|Chlorobacteria]] (nama yang diterima = Chloroflexi)
|2={{Clade
|1=[[Hadobacteria]] (= grup ''Deinococcus-Thermus'')
|label2=[[Glycobacteria]]
|2={{Clade
|1=[[Cyanobacteria]]
|2={{Clade
|label1=[[Gracilicutes]]
|1={{Clade
|1=[[Spirochaetae]]
|2={{Clade
|label1=[[Sphingobacteria]]
|1={{Clade
|1=[[Fibrobacteres]]
|2={{Clade
|1=[[Chlorobi]]
|2=[[Bacteroidetes]]
}}
}}
|2={{Clade
|label1=[[Planctobacteria]]
|1={{Clade
|1=[[Planctomycetes]]
|2={{Clade
|1=[[Chlamydiae]]
|2={{Clade
|1=[[Lentisphaerae]]
|2=[[Verrucomicrobia]]
}}
}}
}}
|label2=[[Proteobacteria]]
|2={{Clade
|label1=[[Geobacteria]]
|1={{Clade
|1=[[Deferribacteres]]
|2=[[Acidobacteria]]
}}
|label2=[[Thiobacteria]]
|2={{Clade
|1=[[Deltaproteobacteria]]
|2=[[Epsilonproteobacteria]]
}}
|label3=[[Rhodobacteria]]
|3={{Clade
|1=[[Alphaproteobacteria]]
|label2=[[Chromatibacteria]]
|2={{Clade
|1=[[Betaproteobacteria]]
|2=[[Gammaproteobacteria]]
}}
}}
}}
}}
}}
}}
|label2=[[Unibacteria]]
|2={{Clade
|label1=[[Eurybacteria]]
|1={{Clade
|1=[[Thermotogae]]
|2=[[Fusobacteria]]
|3=[[Negativicutes]]
}}
|2={{Clade
|1=[[Firmicutes|Endobacteria]] (= Firmicutes, Mollicutes)
|2={{Clade
|1=[[Actinobacteria]]
|label2=[[Neomura]]
|2={{Clade
|1=[[Archaea]]
|2=[[Eukaryote|Eukarya]]
}}
}}
}}
}}
}}}}}}}}}}
== Lokasi akar pohon kehidupan ==
[[Berkas:Reduktiver Acetyl-CoA-Weg.png|jmpl|upright=1.35|LUCA menggunakan [[Lintasan Wood–Ljungdahl|lintasan Wood–Ljungdahl atau asetil–KoA reduktif]] untuk mengikat karbon.]]
Berdasarkan beberapa studi molekuler, lokasi akar [[Pohon kehidupan (biologi)|pohon kehidupan]] yang paling umum diterima adalah antara [[Domain (biologi)|domain]] [[bakteri]] yang [[monofiletik]] dan sebuah [[klad]] yang dibentuk oleh [[Arkea]] dan [[Eukariota]] yang disebut sebagai "pohon kehidupan tradisional".<ref>{{cite journal | last1 = Brown | first1 = J.R. | last2 = Doolittle | first2 = W.F. | year = 1995 | title = Root of the Universal Tree of Life Based on Ancient Aminoacyl-tRNA Synthetase Gene Duplications | journal = Proc Natl Acad Sci U S A | volume = 92 | issue = 7| pages = 2441–2445 | pmid = 7708661 | pmc=42233 | doi=10.1073/pnas.92.7.2441}}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Gogarten | first1 = J.P. | last2 = Kibak | first2 = H. | last3 = Dittrich | first3 = P. | last4 = Taiz | first4 = L. | last5 = Bowman | first5 = E.J. | last6 = Bowman | first6 = B.J. | last7 = Manolson | first7 = M.F. |display-authors=etal | year = 1989 | title = Evolution of the Vacuolar H+-ATPase: Implications for the Origin of Eukaryotes | journal = Proc Natl Acad Sci U S A | volume = 86 | issue = 17| pages = 6661–6665 | pmid = 2528146 | pmc=297905 | doi=10.1073/pnas.86.17.6661}}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Gogarten | first1 = J.P. | last2 = Taiz | first2 = L. | year = 1992 | title = Evolution of Proton Pumping ATPases: Rooting the Tree of Life | journal = Photosynthesis Research | volume = 33 | issue = 2| pages = 137–146 | doi = 10.1007/BF00039176| pmid = 24408574 }}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Gribaldo | first1 = S | last2 = Cammarano | first2 = P | year = 1998 | title = The Root of the Universal Tree of Life Inferred from Anciently Duplicated Genes Encoding Components of the Protein-Targeting Machinery | url = | journal = Journal of Molecular Evolution | volume = 47 | issue = 5| pages = 508–516 | pmid = 9797401 | doi=10.1007/pl00006407}}</ref><ref>{{cite journal | last1 = Iwabe | first1 = Naoyuki | last2 = Kuma | first2 = Kei-Ichi | last3 = Hasegawa | first3 = Masami | last4 = Osawa | first4 = Syozo | last5 = Miyata Source | first5 = Takashi | last6 = Hasegawa | first6 = Masami | last7 = Osawa | first7 = Syozo | last8 = Miyata | first8 = Takashi | year = 1989 | title = Evolutionary Relationship of Archaebacteria, Eubacteria, and Eukaryotes Inferred from Phylogenetic Trees of Duplicated Genes | journal = Proc Natl Acad Sci U S A | volume = 86 | issue = 23| pages = 9355–9359 | pmid = 2531898 | pmc=298494 | doi=10.1073/pnas.86.23.9355}}</ref><ref>{{cite book |editor1-first=David R. |editor1-last=Boone |editor2-first=Richard W. |editor2-last=Castenholz |editor3-first=George M. |editor3-last=Garrity |title=The ''Archaea'' and the Deeply Branching and Phototrophic ''Bacteria'' |series=Bergey's Manual of Systematic Bacteriology |isbn=978-0-387-21609-6 |url=https://www.springer.com/life+sciences/microbiology/book/978-0-387-98771-2 |doi=10.1007/978-0-387-21609-6 |publisher=Springer |year=2001 |access-date=2020-04-29 |archive-date=2014-12-25 |archive-url=https://web.archive.org/web/20141225112809/http://www.springer.com/life+sciences/microbiology/book/978-0-387-98771-2 |dead-url=no }}{{page needed|date=June 2014}}</ref> Sejumlah kecil penelitian menyimpulkan secara berbeda, yaitu bahwa akar kehidupan berada dalam domain bakteri, baik dalam filum [[Firmicutes]]<ref>{{cite journal |author=Valas, R.E. |author2=Bourne, P.E. |title=The origin of a derived superkingdom: how a gram-positive bacterium crossed the desert to become an archaeon |journal=Biology Direct |volume=6 |issue= |page=16 |year=2011 |pmid=21356104 |pmc=3056875 |doi=10.1186/1745-6150-6-16}}</ref> maupun bahwa filum [[Chloroflexi]] merupakan dasar sebuah klad dengan Arkea dan Eukariota dan sisa bakteri lainnya, seperti yang diusulkan oleh [[Thomas Cavalier-Smith]].<ref name=CS2>{{cite journal |author=Cavalier-Smith T |title=Rooting the tree of life by transition analyses |journal=Biology Direct |volume=1 |page=19 |year=2006 |pmid=16834776 |pmc=1586193 |doi=10.1186/1745-6150-1-19}}</ref>
Penelitian yang diterbitkan pada tahun 2016, oleh [[William F. Martin]], dengan menganalisis secara genetik 6,1 juta gen penyandi protein dari urutan genom prokariotik dari berbagai pohon filogenetik, berhasil mengidentifikasi 355 kelompok protein di antara 286.514 kelompok protein yang mungkin umum untuk LUCA. Hasilnya "menggambarkan LUCA sebagai organisme anaerobik, mengikat CO<sub>2</sub>, bergantung pada H<sub>2</sub> dengan [[lintasan Wood-Ljungdahl]] (lintasan [[asetil-KoA|asetil-koenzim]] reduktif), mengikat N<sub>2</sub>, dan termofilik. Biokimia LUCA penuh dengan kluster FeS dan mekanisme reaksi radikal. [[Kofaktor]]nya mengungkapkan ketergantungan pada [[logam transisi]], [[mononukleotida flavin|flavin]], [[S-adenosil metionina]], [[koenzim A]], [[feredoksin]], [[molibdopterin]], [[korin]], dan [[selenium]]. Kode genetiknya memerlukan modifikasi [[nukleosida]] dan [[metilasi]] yang bergantung pada S-adenosil metionina." Hasilnya menggambarkan [[Clostridium|klostridia]] [[metanogen]]ik sebagai klad basal dalam 355 garis keturunan yang diperiksa dan menunjukkan bahwa LUCA menghuni [[ventilasi hidrotermal]] anaerobik di lingkungan yang secara geokimia aktif kaya akan H<sub>2</sub>, CO<sub>2</sub>, dan besi.<ref name="nature">{{cite journal | doi = 10.1038/NMICROBIOL.2016.116 | pmid = 27562259 | volume = 1 | issue = 9 | title = The physiology and habitat of the last universal common ancestor | year = 2016 | journal = Nat Microbiol | page = 16116 | last1 = Weiss | first1 = MC | last2 = Sousa | first2 = FL | last3 = Mrnjavac | first3 = N | last4 = Neukirchen | first4 = S | last5 = Roettger | first5 = M | last6 = Nelson-Sathi | first6 = S | last7 = Martin | first7 = WF | url = https://zenodo.org/record/3451085 | access-date = 4 December 2019 | archive-url = https://web.archive.org/web/20191018153355/https://zenodo.org/record/3451085 | archive-date = 18 October 2019 | url-status = dead }}</ref> Namun, identifikasi gen-gen yang ada pada LUCA ini dikritik, dengan argumen bahwa banyak protein yang diasumsikan ada pada LUCA merupakan hasil dari transfer gen horizontal yang terjadi belakangan antara arkea dan bakteri.<ref>{{cite journal | last1 = Gogarten | first1 = JP | last2 = Deamer | first2 = D | date = Nov 2016 | title = Is LUCA a thermophilic progenitor? | url = https://zenodo.org/record/895471 | journal = Nat Microbiol | volume = 1 | issue = 12 | page = 16229 | doi = 10.1038/nmicrobiol.2016.229 | pmid = 27886195 | access-date = 2020-04-29 | archive-date = 2020-04-03 | archive-url = https://web.archive.org/web/20200403040656/https://zenodo.org/record/895471 | dead-url = no }}</ref>
=== Reproduksi ===
{{main|Reproduksi}}
[[Reproduksi seksual]] berlangsung secara luas di antara eukariota masa kini dan kemungkinan juga pada leluhur bersama terakhir.<ref>{{cite journal |author=Dacks J |author2=Roger AJ |title=The first sexual lineage and the relevance of facultative sex |journal=J. Mol. Evol. |volume=48 |issue=6 |pages=779–783 |date=June 1999 |pmid=10229582 |doi= 10.1007/PL00013156|url=https://archive.org/details/sim_journal-of-molecular-evolution_1999-06_48_6/page/779|bibcode=1999JMolE..48..779D}}</ref> Hal ini ditunjukkan oleh penemuan satu set gen untuk meiosis pada turunan dari garis keturunan yang bercabang lebih awal pada pohon evolusi eukariotik.<ref>{{cite journal |author=Ramesh MA |author2=Malik SB |author3=Logsdon JM |title=A phylogenomic inventory of meiotic genes; evidence for sex in Giardia and an early eukaryotic origin of meiosis |journal=Curr. Biol. |volume=15 |issue=2 |pages=185–191 |date=January 2005 |pmid=15668177 |doi=10.1016/j.cub.2005.01.003 |url=}}</ref><ref>{{cite journal |author=Malik SB |author2=Pightling AW |author3=Stefaniak LM|author4=Schurko AM |author5=Logsdon JM |title=An expanded inventory of conserved meiotic genes provides evidence for sex in Trichomonas vaginalis |journal=PLOS ONE |volume=3 |issue=8 |pages=e2879 |date=2008 |pmid=18663385 |pmc=2488364 |doi=10.1371/journal.pone.0002879 |url=|bibcode=2008PLoSO...3.2879M}}</ref> Temuan ini didukung oleh bukti bahwa eukariota yang sebelumnya dianggap sebagai "aseksual kuno", seperti [[ameba]], mungkin saja bereproduksi secara seksual di masa lalu, dan bahwa sebagian besar garis keturunan ameboid aseksual saat ini mungkin baru muncul belum lama ini secara mandiri.<ref>{{cite journal |author=Lahr DJ |author2=Parfrey LW |author3=Mitchell EA|author4= Katz LA |author5= Lara E |title=The chastity of amoebae: re-evaluating evidence for sex in amoeboid organisms |journal=Proc. Biol. Sci. |volume=278 |issue=1715 |pages=2081–2090 |date=July 2011 |pmid=21429931 |pmc=3107637 |doi=10.1098/rspb.2011.0289 |url=}}</ref>
Pada prokariota, [[Transformasi DNA|transformasi]] bakteri secara alami melibatkan transfer DNA dari satu bakteri ke bakteri lain dan integrasi DNA donor ke dalam kromosom penerima melalui rekombinasi. Transformasi bakteri alami dianggap sebagai proses seksual primitif dan terjadi pada bakteri dan arkea, meskipun telah dipelajari terutama pada bakteri. Transformasi merupakan cara bakteri beradaptasi dan tidak terjadi secara kebetulan, karena proses ini bergantung pada banyak produk gen yang saling berinteraksi secara spesifik satu sama lain untuk mencapai keadaan [[kompetensi alami]] untuk melakukan proses kompleks ini.<ref>{{cite journal |author=Chen I |author2=Dubnau D |title=DNA uptake during bacterial transformation |journal=Nat. Rev. Microbiol. |volume=2 |issue=3 |pages=241–249 |date=March 2004 |pmid=15083159 |doi=10.1038/nrmicro844 |url=}}</ref> Transformasi merupakan cara umum untuk memindahkan DNA di antara prokariota.<ref>{{cite journal |author=Johnsborg O |author2=Eldholm V |author3=Håvarstein LS |title=Natural genetic transformation: prevalence, mechanisms and function |journal=Res. Microbiol. |volume=158 |issue=10 |pages=767–778 |date=December 2007 |pmid=17997281 |doi=10.1016/j.resmic.2007.09.004 |url=}}</ref>
=== Transfer gen horizontal ===
{{main|Transfer gen horizontal}}
Secara tradisional, nenek moyang organisme hidup direkonstruksi dari morfologi, tetapi semakin dilengkapi dengan [[filogenetika]], yaitu rekonstruksi filogeni dengan membandingkan urutan genetik (DNA). Perbandingan urutan menunjukkan [[transfer gen horizontal]] (HGT) terkini berlangsung di antara beragam spesies, termasuk melintasi batas-batas "domain" filogenetika. Dengan demikian, penentuan sejarah filogenetika suatu spesies tidak dapat dilakukan secara meyakinkan dengan menentukan pohon evolusi untuk gen tunggal.<ref>Oklahoma State – [https://web.archive.org/web/19990220101406/http://opbs.okstate.edu/%7Emelcher/MG/MGW3/MG334.html Horizontal Gene Transfer]</ref>
Ahli biologi [[Peter Gogarten]] menyarankan "metafora asli untuk sebuah pohon tidak lagi sesuai dengan data dari penelitian genom terbaru," sehingga "ahli biologi (harus) menggunakan metafora [[mosaikisme]] untuk menjelaskan berbagai sejarah yang tergabung dalam genom suatu individu dan menggunakan metafora jejaring untuk menggambarkan kekayaan pertukaran dan efek kooperatif HGT di antara mikrob."<ref>{{cite web |author=Peter Gogarten |url=http://www.esalenctr.org/display/confpage.cfm?confid=10&pageid=105&pgtype=1 |title=Horizontal Gene Transfer – A New Paradigm for Biology |publisher=esalenctr.org |accessdate=20 August 2011 |archive-date=2012-07-21 |archive-url=https://web.archive.org/web/20120721232310/http://www.esalenctr.org/display/confpage.cfm?confid=10&pageid=105&pgtype=1 |dead-url=yes }}</ref>
=== Masa depan kehidupan (kloning dan organisme sintetis) ===
[[Bioteknologi]] modern menantang konsep tradisional organisme dan spesies. [[Kloning]] merupakan proses penciptaan organisme multiseluler baru, yang identik secara genetis dengan yang lain, yang berpotensi menciptakan spesies organisme yang sama sekali baru. Kloning pun menjadi subjek dari banyak perdebatan etis.
Pada tahun 2008, [[Institut J. Craig Venter]] menyusun genom bakteri sintetis, ''[[Mycoplasma genitalium]]'', dengan rekombinasi khamir menggunakan 25 fragmen DNA yang tumpang tindih dalam satu langkah. Penggunaan rekombinasi khamir sangat menyederhanakan perakitan molekul DNA besar, baik dari fragmen sintetik maupun alami.<ref name=Venter>{{cite journal |author=Gibsona, Daniel G. |author2=Benders, Gwynedd A. |author3=Axelroda, Kevin C. |display-authors=etal |date=2008 |title=One-step assembly in yeast of 25 overlapping DNA fragments to form a complete synthetic Mycoplasma genitalium genome |journal=PNAS |volume=105 |issue=51 |pages=20404–20409 |doi=10.1073/pnas.0811011106 |pmid=19073939 |pmc=2600582|bibcode=2008PNAS..10520404G}}</ref> Perusahaan lain, seperti [[Synthetic Genomics]], dibentuk untuk memanfaatkan penggunaan komersial dari genom yang dirancang secara khusus.
== Referensi ==
{{reflist|30em}}
{{Alam}}
{{Organisasi biologis}}
{{Ekologi}}
{{Authority control}}
[[Kategori:Organisme| ]]
| |||