Amplifikasi Acak Polimorfisme DNA: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
Kembangraps (bicara | kontrib) |
Rescuing 0 sources and tagging 1 as dead.) #IABot (v2.0.8 |
||
| (41 revisi perantara oleh 16 pengguna tidak ditampilkan) | |||
Baris 1:
[[Berkas:RAPD.JPG|jmpl|ka|250px|Hasil Elektroforesis RAPD]]
'''
== Prinsip
RAPD (''Random Amplified Polymorphic DNA'') merupakan [[metode]] perbanyakan [[genom]] yang paling sering digunakan karena sangat mudah dan membutuhkan jumlah DNA genom yang tidak terlalu banyak.<ref name=wil/> Metode dasarnya hampir sama seperti [[PCR]], tetapi [[fragmen]] genom yang diperbanyak bersifat acak dengan satu atau banyak primer pada ''arbitrary sequence'' (sekuens tidak tentu).<ref name=mic/> Polimorfisme yang terjadi antara individual atau strain dikenali melalui perbedaan pada fragmen DNA yang diperbanyak oleh primer yang tersedia.<ref name=mic>{{en}} Micheli MR, Bova R, Pascale E, D’Ambrosio E. 1994. Reproducible DNA fingerprinting with the random and polymorphic DNA (RAPD) method. ''Nucleic Acid Research'' 22 (10): 1921-22.</ref>
RAPD memerlukan pasangan [[primer]], biasanya berukuran antara 8-mer hingga 12-mer (lihat [[oligo]]), karena menggunakan teknik PCR. Setiap pasangan primer akan menghasilkan sejumlah pita (''band'') yang akan tampak pada hasil elektroforesis gel. Pasangan [[primer (genetika)|primer]] yang dipilih (bisa sudah diketahui atau dipilih beberapa secara acak) diberikan pada sampel-sampel [[DNA]] (disebut '' DNA templat'') yang sudah dipersiapkan. Selanjutnya PCR dijalankan. Sewaktu proses PCR, primer akan menempel pada urutan-urutan basa yang komplemen pada DNA templat. Di akhir PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi. Apabila terdapat [[delesi]] untuk suatu lokasi templat, akan terjadi polimorfisme. Dengan elektroforesis gel, akan terlihat pita yang terputus-putus apabila terdapat polimorfisme (oleh karena itu bersifat dominan).▼
▲Dalam bekerja, RAPD memerlukan pasangan [[primer]], biasanya berukuran antara 8-mer hingga 12-mer (lihat [[oligo]]), karena menggunakan teknik PCR. Setiap [[pasangan]] primer akan menghasilkan sejumlah pita (''band'') yang akan tampak pada hasil elektroforesis gel.<ref name=mbw>{{en}} Mbwana J, ''et al''. 2006. Molecular characterization of Haemophilus ducreyi isolates from different geographical locations. ''J Clin Microbiol'' 44(1):132-7</ref> Pasangan [[primer (genetika)|primer]] yang dipilih (bisa sudah diketahui atau dipilih beberapa secara acak) diberikan pada sampel-sampel [[DNA]] (disebut '' DNA templat'') yang sudah dipersiapkan
==
Metode RAPD memberikan kemudahan mereplikasi DNA yang tidak diketahui sekuensnya dan dalam [[konsentrasi]] yang kecil (nanogram) dengan primer-primer yang bersifat tidak tentu (''arbitrary primers'').<ref name=bardakci/> Teknik RAPD yang umum dipakai memerlukan [[oligonukleotida]] [[sintesis]] pendek, berukuran sekitar 10 basa dari sekuens acak.<ref name=bardakci/> Primer ini biasanya telah disiapkan dalam bentuk kit untuk analisis RAPD.<ref name=bardakci/> Jika primer yang dipakai berukuran kurang dari 10 basa maka lebih cocok digunakan untuk menampilkan riwayat sidik jari [[DNA]] yang lebih kompleks (bidang forensik) dengan situs penempelan primer pada sekuens DNA yang lebih banyak.<ref name=bardakci/> Perlu diperhatikan bahwa panjang primer menjadi faktor penentu berhasil tidaknya [[replikasi]]. Primer spesifik yang [[ideal]] berukuran tidak lebih panjang dari 15 bp.<ref name=bardakci>{{en}} Bardakci V. 2001. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers. ''Turk J Biol'' 25:185-96.</ref>
*[[Penanda genetik]]▼
Primer yang panjang akan menyebabkan peluang [[komplemen]] dengan utas DNA semakin kecil, bahkan nihil.<ref name=cha>{{en}} Chantler P. 2004. Recombinant DNA. [terhubung berkala]. http://www.rvc.ac.uk/review/DNA_1/5_RAPD.cfm [4 Mei 2009]. </ref> Hal ini terjadi karena primer yang memiliki jangkauan primer ''reverse'' dan ''forward'' yang besar tidak dapat diamplifikasi karena fragmennya terlalu panjang.
*[[AFLP]]▼
Setelah dilakukan sintesis primer, tahapan selanjutnya adalah mereaksikan RAPD dalam DNA thermal cycler, yaitu suatu perangkat PCR untuk menaikkan dan menurunkan suhu dengan cepat.<ref name=nuc/> Reaksi ini bertujuan untuk mengamplifikasi (mereplikasi) fragmen-fragmen DNA (amplikon) dengan riwayat khusus. Amplifikasi ini meliputi 3 tahapan besar, yakni tahap denaturasi DNA 96<sup>o</sup>C selama 1 menit, tahap penempelan (annealing) 40<sup>o</sup>C selama 1 menit, dan tahap pemanjangan (ekstensi) 72<sup>o</sup>C selama 2 menit.<ref name=nuc/> Saat annealing, homologi sekuens antara primer dan utas DNA turut berperan menentukan keberhasilan reaksi.<ref name=nuc/> Tahapan-tahapan yang ada akan berulang sebanyak 40 siklus hingga diperoleh sejumlah [[produk]] amplikon yang memiliki sekuens acak.<ref name=nuc>{{en}} Nuchprayoon S, Junpee A, Poovorawan Y. 2007. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) for differentiation between Thai and Myanmar strains of Wuchereria bancrofti. ''Filaria J'' 6:6.</ref>
Adanya [[variasi]] urutan nukleotida yang diakibatkan insersi atau delesi pada beberapa lokus gen nantinya akan dianggap sebagai polimorfisme yang menjadi penanda diversitas genetik suatu galur (breed).<ref name=cha/> Hal ini dapat dilihat setelah divisualisasikan dengan [[elektroforesis]] gel agarosa.<ref name=cha/> Keberadaan profil DNA unik antar lokus gen akan terlihat berupa pita terang setelah pewarnaan gel dengan EtBr yang dilihat di bawah pendaran sinar UV.<ref name=bardakci/>
== Lihat pula ==
▲* [[Penanda genetik]]
▲* [[AFLP]]
== Referensi ==
{{reflist}}
[[Kategori:Biologi molekuler]]
[[Kategori:Genetika molekular]]
| |||