Pengurutan DNA: Perbedaan antara revisi

'''Sekuensing DNA''' atau '''pengurutanPengurutan DNA''' adalah proses atau teknik penentuan urutan [[basa nukleotida|basa]] [[nukleotida]] pada suatu molekul [[DNA]]. Urutan tersebut dikenal sebagai [[sekuens DNA]], yang merupakan informasi paling mendasar suatu [[gen]] atau [[genom]] karena mengandung instruksi yang dibutuhkan untuk pembentukan tubuh [[makhluk hidup]].<ref>{{en}} {{citation

Pada mulanya, sekuensing DNA dilakukan dengan men[[Transkripsi (genetik)|transkripsikannya]] ke dalam bentuk [[RNA]] terlebih dahulu karena metode sekuensing RNA telah ditemukan sebelumnya. Pada tahun 1965, [[Robert William Holley|Robert Holley]] dan timnya dari [[Universitas Cornell|Cornell University]] di [[New York]], [[Amerika Serikat]], mempublikasikan sekuens [[tRNA]] [[alanin]] dari [[khamir]] yang terdiri atas 77 [[nukleotida]].<ref>{{cite journal|doi=10.1126/science.147.3664.1462|journal=Science|title=Structure Of A Ribonucleic Acid|author=Holley, R.W.; Apgar, J.; Everett, G.A.; Madison, J.T.; Marquisee, M.; Merrill, S.H.; Penswick, J.R.; Zamir, A.|date=19 Maret 1965|volume=147|pages=1462–1465|issue=3664}}</ref> Sekuensing tRNA tersebut membutuhkan waktu 7 tahun dan hasilnya merupakan sekuens molekul [[asam nukleat]] yang pertama kali dipublikasikan.<ref>{{en}} {{cite book

</ref> Sekuens DNA yang pertama kali dipublikasikan adalah DNA sepanjang 12 nukleotida dari suatu [[virus]], yaitu [[bakteriofag]] lambda, pada tahun 1971, yang ditentukan dengan cara serupa oleh Ray Wu dan Ellen Taylor, keduanya juga dari Cornell University.<ref>{{cite journal|doi=10.1016/0022-2836(71)90105-7|journal=Journal of Molecular Biology|title=Nucleotide sequence analysis of DNA: II. Complete nucleotide sequence of the cohesive ends of bacteriophage λ DNA|author=Wu, R.; Taylor, E.|date=14 Mei 1971|volume=57|pages=491–511|issue=3}}</ref><ref>{{en}} {{cite book

Pada tahun 1975, [[Frederick Sanger]] dan Alan Coulson dari laboratorium biologi molekular Medical Research Council [[Inggris]] di [[Cambridge, Cambridgeshire|Cambridge]] mempublikasikan metode sekuensing DNA secara langsung yang disebut teknik plus–minus.<ref>{{citation | last1=Sanger | first1=F. | last2=Coulson | first2=A.R. | year=1975 | title= A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase | journal=Journal of Molecular Biology | volume=94 | issue=3 | pages=441–448 | doi=10.1016/0022-2836(75)90213-2 }}</ref> Dengan teknik tersebut, tim mereka berhasil melakukan sekuensing DNA sebagian besar [[genom]] bakteriofag ΦX174 sepanjang 5.375 nukleotida yang dipublikasikan pada Februari 1977.<ref>{{citation | last1=Sanger | first1=F. | last2=Air | first2=G.M. | last3=Barrell | first3=B.G. | last4=Brown | first4=N.L. | last5=Coulson | first5=A.R. | last6=Fiddes | first6=C.A. | last7=Hutchinson | first7=C.A. | last8=Slocombe | first8=P.M. | last9=Smith | first9=M. | year=1977 | title= Nucleotide sequence of bacteriophage φX174 DNA | journal=Nature | volume=265 | issue=5596 | pages=687–695 | doi=10.1038/265687a0 }}</ref> Pada bulan yang sama, metode sekuensing DNA yang dicetuskan Allan Maxam dan [[Walter Gilbert]] dari [[Universitas Harvard|Harvard University]] di [[Cambridge, Massachusetts]], [[Amerika Serikat]], dipublikasikan.<ref>{{Citation

Sejak pertengahan tahun 1980-an, metode Sanger menjadi lebih umum digunakan.<ref>{{en}} {{cite book

</ref> Pada tahun 1986, tim [[Leroy Hood]] di [[California Institute of Technology]] dan [[Applied Biosystems]] berhasil membuat mesin sekuensing DNA automatis berdasarkan metode Sanger.<ref>Allison (2007) [http://books.google.com/books?id=_l8B1LF14ScC&pg=PA226&dq=automated hlm. 226]</ref><ref>{{en}} {{cite book

[[Berkas:Sequencing.jpg|thumbjmpl|rightka|Gel sekuensing metode Sanger yang telah dilabel radioaktif.]]

Dewasa ini, hampir semua usaha sekuensing DNA dilakukan dengan menggunakan ''metode terminasi rantai'' yang dikembangkan oleh [[Frederick Sanger]] dan rekan-rekannya [http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?artid=431765]{{Pranala mati|date=April 2021 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}. Teknik tersebut melibatkan terminasi atau penghentian reaksi sintesis DNA ''in vitro'' yang spesifik untuk sekuens tertentu menggunakan substrat nukleotida yang telah dimodifikasi.

Seiring dengan perkembangannya, kini terdapat beberapa macam metode sekuensing terminasi rantai yang berbeda satu sama lain terutama dalam hal pendeteksian fragmen DNA hasil reaksi sekuensing.

[[Berkas:Sanger_sequencing_read_displaySanger sequencing read display.gifpng|thumbjmpl|400px|rightka|Contoh hasil bacaan suatu sekuensing metode ''dye terminator''.]]

Metode sekuensing ini ditemukan oleh perusahaan Illumina. Sekuensing Illumina menggunakan primer yang akan berkomplemen dengan adaptor yang telah disediakan oleh perusahaan pada sebuah plat. Proses sekuensing ini menggunakan teknik ''bridge PCR'', yaitu terbentuknya jembatan pada saat elongasi. Nukleotida penghenti akan diberikan dan pendaranan fluoresens akan direkam oleh kamera.<ref name="satu">{{en}} Nejad AM, Narimani Z, Hosseinkhan N. 2013. ''Next Generation Sequencing and Sequence Assembly''. New York: Springer </ref>

* {{en}} (2005) [http://www.plosbiology.org/plosonline/?request=get-document&doi=10.1371%2Fjournal.pbio.0030025 Genome Sequencing: Using Models to Predict Who's Next.]{{Pranala mati|date=Februari 2022 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }} PLoS Biol 3(1): e25.

[[Kategori:TeknikMetode laboratorium]]