Pengguna:BP58Erika/bak pasir: Perbedaan antara revisi

Konten dihapus Konten ditambahkan
BP58Erika (bicara | kontrib)
Kakei Yukata (bicara | kontrib)
 
(18 revisi perantara oleh 5 pengguna tidak ditampilkan)
Baris 1:
'''Bioinformatika''' secara luas diartikan sebagai penggunaan komputer untuk mengolah, menganalisi, dan menggunakan informasi biologis. <ref name="Ramsden"> {{en}} {{cite book|author=Ramsden JJ| title = Bioinformatics: An Introduction| publisher = Springer, London| year=2009|}} </ref> Istilah bioinformatika pertama kali dikenalkan pada pertengahan tahun 1980an. <ref name="Ramsden"/> Pada waktu itu, bionformatika dideskripsikan sebagai aplikasi ilmu informasi dan teknologi pada ilmu sains. <ref name="Ramsden"/> Dalam arti yang lebih sempit, bioinformatika didefinisikan sebagai aplikasi teknologi informasi untuk mengelola data biologis. <ref name="Ramsden"/> Bioinformatika pada perkembangannya dianggap sebagai ilmu yang sangat berkembang. <ref name="Ramsden"/> Banyak penelitian dilakukan pada bidang bioinformatika. <ref name="Ramsden"/> Informasi-informasi biologis yang telah ditemukan dapat diolah dengan ilmu bioinformatika secara praktis. <ref name="Ramsden"/> Bioinformatika, singkatnya, dapat menjadi alat yang membantu meningkatkan kualitas penelitian ke tahap yang lebih tinggi.
 
Sering berjalannya waktu, bioinformatika digunakan dalam berbagai area multi-disiplin ilmu. <ref name="Sadek"> {{en}} {{cite book|author=Sadek HA| title = Bioinformatics: Principles and Basic Internet Applications| publisher = Trafford, Victoria| year=2004|}} </ref> Komponen-komponen tersebut adalah genomik fungsional, struktur biomolekuler, analisis proteomik, metabolisme sel, biodiversitas, proses hulu teknik kimia, serta desain obat-obatan dan vaksin. <ref name="Sadek"/> Bioinformatika mencakup pembuatan basis data, manajemen data, penyimpanan data, pencarian data, dan meletakkannya pada jaringan komunikasi secara global. <ref name="Sadek"/> Dengan basis data yang dimiliki, bioinformatika dapat digunakan untuk persejajaran sekuens, melihat proses evolusi, melihat karakteristik genom, memprediksi struktur sekunder dan tersier dari sekuens yang dimiliki, ataupun menganalisis hasil ekspresi proteom dan gen. <ref name="Zvelebil & Baum"> {{en}} {{cite book|author=Zvelebil M, Baum JO| title = Understanding Bioinformatics| publisher = Garland, New York| year=2008|}} </ref>
 
==UGENE==
Baris 21:
==Aplikasi Penggunaan Persejajaran==
===Kasus Jack the Ripper===
====Sejarah====
Jack The Ripper adalah sebutan bagi tersangka pembunuhan berantai yang terkenal pada akhir abad ke-19 di Inggris. Pembunuhan ini terjadi secara terpisah pada kurun waktu 3 April 1888 hingga 13 Februari 1891. Sebanyak 11 korban teridentifikasi, namun hanya 5 korban saja yang dinyatakan oleh kepolisian sebagai korban dari Jack The Ripper.<br />
Kasus Jack The Ripper terjadi di distrik Whitechapel sebelah timur kota London. Pada tahun itu, distrik Whitechapel adalah kawasan kumuh yang dihuni berbagai imigran. Para imigran tersebut kebanyakan dari Irlandia. Akan tetapi terdapat pula berbagai imigran Yahudi. Keterbatasan ekonomi mendorong pertumbuhan rumah-rumah bordil di sekitar kawasan tersebut. Banyaknya rumah bordil dan kawasan kumuh membuat kasus kriminal sering terjadi di kawasan tersebut. Kasus Jack The Ripper awalnya disebut sebagai Kasus Pembunuhan Whitechapel. Kasus pembunuhan yang pertama terjadi pada Emma Elizabeth Smith pada 3 April 1888. Pada kasus ini, Smith dirampok dan disiksa secara seksual sebelum akhirnya dibunuh. Akan tetapi, banyak orang tidak mengkategorikan Smith sebagai korban Jack The Ripper.
Lima orang korban Jack The Ripper adalah Mary Ann Nichols, Annie Chapman, Elizabeth Stride, Catherine Eddowes, dan Mary Jane Kelly. Jasad mereka ditemukan berturut-turut pada tanggal 31 Agustus 1888, 8 September 1888, 30 September 1888, dan 9 November 1888. Jasad Stride dan Eddowes ditemukan pada hari yang sama pada 30 September 1888.
Jasad para korban ditemukan dalam keadaan tercabik. Sebagian besar bahkan telah kehilangan berbagai organ dalam tubuhnya. Hingga sekarang, tersangka dalam kasus pembunuhan ini masih menjadi misteri. Kepolisian London memeriksa para tukang daging, dokter bedah, dan ahli fisiologi untuk mencari para pelaku. Para pelaku diduga dari golongan yang terpelajar karena dapat melakukan pencabikan dengan sangat rapi pada tubuh korban. Selama ini, Aaron Kosminski dianggap sebagai pelaku pembunuhan tersebut meskipun tanpa bukti yang jelas. Aaron Kosminski yang saat itu berumur 23 tahun adalah seorang imigran yang bekerja sebagai tukang cukur bagi para penghuni distrik Whitechapel.
 
====Analisis DNA====
* Fragmen I
CTGTCCTCTAGAGAAAACCCTGTGAGCACAGCTCCTCACCATGGACTGGACCTGGAGGATCCTCTTCTTG
GTGGCAGCAGCTACAGGTGCCCACTCGCAGGTGCACCTGGTGCAGTCAGGGGCTGAGGTGAAGAGGCCTG
* Fragmen II
ACTTGACATCTGAGGACACGGGCATCTACTACTGTGCGAGAGGAGGCCTCTATGACGACTCTTGGAGTGG
* Fragmen III
ACCAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAGGAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGG
* Fragmen IV
AGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTG
GTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATA
ATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCT
* Fragmen V
AGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGT
GGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGC
* Fragmen VI
CCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAATGAGT
GCCAGGGCCGGCAAGCCCCCGCTCCCCGGGCTCTCGGGGTCGCGCGAGGATGCTTGGCACGTACCCCGTC
Sekuens DNA yang dimiliki keterunan Kosmiski adalah sebagai berikut.
CTGTCCTCTAGATGTGAGCAGAGGGGGGCAGCTCCTCACCATGGACTGGACCTGGAGGATCCTCTTCTTG
GTGGCCAGCCCACTCGAGCAGCTACAGGTGGTGCACCTGGTGCACGCAGAGGCGGGCTGAGGTGAAGCTG
GGGCCTCGGGGTCATAATCCTGTCAGGCTTCTGGATACATCTTCACCAGATATGACATCCAATGGGTGCG
AGAGGCCTCTGGACAAGGGCTTGAATATGCGGGGTGGATGACCCCAAGAAACGGTGAAACCGGCTATACT
GAGAATTTCCAGGGGAGAGTCACTATGACCAGCGACACGTTTTACACAAAAGCCTACTTAGAGTTGAGGC
ACTTGACATCTGAGGACACGGGCATCTACTACTGTGCGAGAGGAGGTTTCTATGACGACTCTTGGAGTGG
TCTTGACACCGACTATTACGGCATGGATGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCGCCCGCTTCC
ACCAAGCGATTATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTCAGGGCTCAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGG
GCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGG
CGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCC
TCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACTGGTTTATACAAGCCACCGAGCCAACCCAGCAACACCAAGGTGGACA
AGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTG
GTGGTGGACGTGAGCCGACCAGGAAGACCGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATA
ATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCT
GCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATC
GAGAAAACCATCTCCAAAGCCGGGGGGCAGAAAAGAGAGGCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCCGG
AGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGT
GGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGCCTGACAAGCCTCTACTCCACCCCGTGCTGGACTCCGACGGC
TCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCT
CCGTGATGCATGAGGCTACTCTAACGCCGGACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAATGAGT
GCCAGGGCCGGCAAGCCCCCGCTCCCCGGGCTCTCGGGGTCGCGCGAGGATGCTTGGCACGTACCCCGTC
Sekuens DNA yang dimiliki keterunan Eddowes adalah sebagai berikut.
CTGTCCTCTAGGCTCCAGAACCTGTAACGAGCACATCACCATGGACTGGACCTGGAGGATCCTCTTCTTG
GTGGCAGCAGCTACAGGTGCCCCCCCGCAGGTGCACCTGGTGCAGTCAAAAACTGAGGTGAAGAGGCCTG
GGGCCTCGGATAAGGTCTCCTGTCAGGCTTCTGGATACATCTTCACCAGATATGACATCCAATGGGTGCG
AGAGGCCTCTGGACAAGGGCTTGAATGGATGGGCTGGATGACCCCAAGAAACGGTGAAACCGGCTATACT
GAGAATTTCCAGGGGAGAGTCACTATGACCAGCGACACGTAAAAAAACACAGCCTACTTAGAGTTGAGGC
ACTTGACATCTGAGGACACGGGCATCTACTACTGTGCGAGAGGAGGCCTCTATGACGACTCTTGGAGTGG
TCTTGACACCGACTATTACGGCATGGATGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCGCCCGCTTCC
ACCAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAAAAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGG
GCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGG
CGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCC
TCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACTTACACCTGCAACGTGAGCTACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACA
AGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTG
GTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCGGGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATA
ATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCT
GCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATC
GAGAAAACCATCTCCAAAGCCGGGGGGCAGCCCCGAGAGCCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCCGG
AGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGT
GGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGC
TCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCT
CCGTGATGCATGAGGCTCTGGACGACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAATGAGT
GCCAGGGCCGGCAAGCCCCCGCTCCCCGGGCTCTCGGGGTCGCGCGAGGATGCTTGGCACGTACCCCGTC
 
====Mengelola Data dengan UGENE====
# Buka perangkat lunak UGENE dan buat pekerjaan baru dengan cara buka File - New project...
# Kemudian tuliskan nama pekerjaan dan tempat yang dituju untuk menyimpan pekerjaan
# Pilih File - Open... untuk memasukkan data sekuens DNA yang dimiliki. Jika sekuens belum disimpan dalam format FASTA, dapat menggunakan File - New document from text...
# Ketiga data yang telah dimuat dipilih dan disatukan untuk persejajaran dengan cara klik kanan pada data, pilih Export/Import - Export sequence as alignment...
# Data yang disatukan disimpan dengan format CLUSTALW
# Pada kolom Project, pilih data dengan format CLUSTALW yang baru saja disimpan, lalu pilih Actions pada ''menu bar'', pilih Align - Align with MUSCLE...
# Data disejajarkan dengan mode MUSCLE default. Kemudian pilih Align
# Setelah disejajarkan, data akan termuat seperti gambar di bawah ini
# Sekuens pada selendang merupakan kumpulan fragmen. Oleh karena itu, pada bagian kosong sekuens DNA selendang, sekuens DNA seluruh data dihapus dengan cara mem-''block'' data dan menekan tombol Delete pada ''keyboard''
# Jika seluruh data kosong pada selendang telah dihapus, persejajaran akan terlihat seperti ini
# Untuk melihat kedekatan genetik ketiga sampel tersebut, dibuat pohon filogenetik dengan cara menekan ''icon'' Build Tree pada ''icon bar'' lalu memilih opsi model Jukes-Cantor, kemudian tekan Build
# Pohon filogenik akan terbentuk seperti pada gambar
# Untuk memudahkan melihat, pilihan bentuk pohon filogenetik diubah menjadi Unrooted
# Untuk memperindah hasil, ukuran tulisan dapat diubah menjadi lebih kecil dengan memilih icon ukuran tulisan
# Setelah semua proses dilakukan, terlihat bahwa keturunan Kosminski memiliki kedekatan 0.034, sementara keturunan Eddowes memiliki kedekatan 0.017. Hal ini membuktikan bahwa darah pada selendang itu adalah darah Eddowes yang melekat saat pembunuhan
 
===Human Papiloma Virus===
''Human Papiloma Virus'' (HPV) merupakan virus DNA beruntai ganda yang menginfeksi epitel skuamosa termasuk kulit dan mukosa dari saluran pernapasan atas dan dan saluran anogenital. <ref name="Zuckerman"> {{en}} {{cite book|author=Zuckerman AJ, Banatvala JE, Pattison JR, Griffiths P, Schoub B| title = Principles and Practice of Clinical Virology| publisher = Wiley & Sons, London| year=2004|}}</ref> Virus ini terdapat sekitar 100 jenis dan yang menginfeksi saluran genital sekitar 40 jenis. <ref name="Zuckerman"/> Sekitar 60 jenis yang menginfeksi dapat sembuh sendiri, infeksi genital oleh HPV terkait dengan kutil kelamin dan kanker anogenital baik pada pria maupun wanita. <ref name="Zuckerman"/> Virus ini diklasifikasikan sebagai virus yang beresikoberisiko tinggi atau beresikoberisiko rendah tergantung pada hubungan mereka dengan perkembangan kanker. <ref name="Zuckerman"/>
 
====Penularan HPV====
HPV genital dapat ditularkan melalui kontak seksual dengan orang yang terinfeksi. <ref name = "Winer"> {{en}} {{cite journal | author= Winer RL et al.| title = Risk human papillomavirus women: The first related to the acquisition of the male sex partner| journal = J Infect Dis| volume=197|issue=2|page=279-282|year=2008}}</ref> Oleh karena itu, resikonyarisikonya berhubungan dengan jumlah pasangan seksual, pengenalan pasangan seks baru, dan riwayat seksual pasangan. <ref name="Winer"/> Penggunaan kondom memang mengurangi tetapi tidak mencegah penularan 100%. <ref name="Winer"/> Penularan virus ini dapat terjadi pada bayi yang baru hamil dari ibunya. <ref name="Winer"/>
 
====Cara mengatasi HPV====
Belum ada pengobatan langsung untuk infeksi HPV. <ref name="Zuckerman"/> Sistem imun tubuh dapat mengatasi infeksi HPV. <ref name="Rosenblatt"> {{en}} {{cite book|author=Rosenblatt A, Guidi HGC| title = Human Papillomavirus: A Practical Guide for Urologists| publisher = Springer, Berlin| year=2009|}} </ref> Namun, orang tersebut dapat tertular kembali. <ref name="Rosenblatt"/> Sedangkan, jika terdapat kutil dapat dicabut dengan beberapa cara, diantaranya membakar dengan jarum listrik atau laser, membekukan dengan nitrogen cair, memotong secara bedah, atau mengobati dengan zat kimia (seperti asam triklorasetik (TCA) yang efektif terhadap beberapa orang). <ref name="Rosenblatt"/> Penyakit ini sebaiknya diobati secepat mungkin untuk mencegah penyebaran atau kambuh. <ref name="Rosenblatt"/>
 
====Studi Kasus dengan Bioinformatika====
Pada laman ini akan ditunjukkan cara analisis tipe HPV berdasarkan primer HPV di NCBI GenBank dan identifikasi kekerabatan HPV dengan pohon filogeni
Seorang dokter mengambil sampel acak dari 10 pasien perempuan yang teridentifikasi HPV. Namun hanya 15 dari 100 genotipe HPV, yang berpotensi menyebabkan penyakit HPV. Dari ke-15 genotype, terdapat 4 tipe HPV yang mematikan, yaitu tipe 16, 51, 52, dan 58. Identifikasilah kekerabatan HPV yang berbahaya dan tidak, jika diketahui desain primernya adalah sebagai berikut.
# GCG TGT TTT GCA GGA ATG CAC TGA C -11
# TGT TGG ACA TCA CAC CTA CCG TGG A -45
# CGC ACA AAA CGT GCA TCG GCT ACC -16
# AAC AGT CCA TTA GGG GAG CGG CTG GA -18
# GGT GTT GGT GCT GGT GCT TTT GCT A -52
# GCT AAA GGT CCT GTT TCG AGG CGG CTA -6
# CCG ACG GAG TGT CCC TGG ACC ATC TTA -39
# CAA CTA GCA ACG GCG ATG GAC TG -51
# GCG GGC GGC TCC TAC CTC TTC CTC TTC -66
# ACC ACC GAG GCC ACC AAC AAC GAA AGT -58
 
* Untuk mengetahui primer mana yang dimiliki oleh 4 HPV berbahaya maka perlu dilakukan sekuens analisis di NCBI. Langkahnya adalah sebagai berikut.
 
# Pertama, akses NCBI BLAST dari laman [[blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi]]
# Karena data yang dimiliki berupa sekuen nukleotida, maka pilih ''Nucleotide BLAST''
# Lalu masukan primer dari HPV tersebut, dan klik BLAST pada bagian paling bawah dari tampilan ini
# Setelah BLAST berhasil dilakukan, maka akan terbaca primer tersebut milik HPV tipe apa di table bagian ''description''
 
* Untuk analisis pohon filogeni
# Pertama yang harus dilakukan setelah masuk ke dalam perangkat lunak UGENE
# Pilih file-new document from text, lalu akan muncul tampilan
# Kemudian masukan satu sekuen ke dalam kotak tersebut lalu klik “create”
# Karena data yang digunakan berjumlah 10, maka lakukan sebanyak 10x
# Pilih semua data, lalu klik export-export sequence as allignment
* Kemudian akan muncul tampilan seperti ini
# Untuk menentukan kekerabatan maka digunakan pohon filogeni,
* Tekan''icon'' bergambar pohon filogeni pada ''icon bar''
* Setelah itu akan muncul tampilan baru, pada pilihan distance matrix model- pilih jukes cantor. ''Number of replicates'' diisi 200
* Tekan “display tree in new window” agar pohon terlihat jelas
* Tekan ''build''
* Edit bagian pohon filogenetik tersebut. Pada pilihan tree view, pilih “phylogram”
* Agar dapat dilihat kronologi terjadi mutasi.
* Dapat disimpulkan bahwa virus ini mengalami beberapa kali mutasi, sehingga menghasilkan varian yang unik dengan kemampuan mematikan walaupun berada dalam satu ''cluster'' dengan varian yang tidak mematikan.
 
==Referensi==
{{reflist}}