Pengguna:BP58Erika/bak pasir: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
(18 revisi perantara oleh 5 pengguna tidak ditampilkan) | |||
Baris 1:
'''Bioinformatika''' secara luas diartikan sebagai penggunaan komputer untuk mengolah, menganalisi, dan menggunakan informasi biologis. <ref name="Ramsden"> {{en}} {{cite book|author=Ramsden JJ|
Sering berjalannya waktu, bioinformatika digunakan dalam berbagai area multi-disiplin ilmu. <ref name="Sadek"> {{en}} {{cite book|author=Sadek HA|
==UGENE==
Baris 21:
==Aplikasi Penggunaan Persejajaran==
===Kasus Jack the Ripper===
====Sejarah====
Jack The Ripper adalah sebutan bagi tersangka pembunuhan berantai yang terkenal pada akhir abad ke-19 di Inggris. Pembunuhan ini terjadi secara terpisah pada kurun waktu 3 April 1888 hingga 13 Februari 1891. Sebanyak 11 korban teridentifikasi, namun hanya 5 korban saja yang dinyatakan oleh kepolisian sebagai korban dari Jack The Ripper.<br />
Kasus Jack The Ripper terjadi di distrik Whitechapel sebelah timur kota London. Pada tahun itu, distrik Whitechapel adalah kawasan kumuh yang dihuni berbagai imigran. Para imigran tersebut kebanyakan dari Irlandia. Akan tetapi terdapat pula berbagai imigran Yahudi. Keterbatasan ekonomi mendorong pertumbuhan rumah-rumah bordil di sekitar kawasan tersebut. Banyaknya rumah bordil dan kawasan kumuh membuat kasus kriminal sering terjadi di kawasan tersebut. Kasus Jack The Ripper awalnya disebut sebagai Kasus Pembunuhan Whitechapel. Kasus pembunuhan yang pertama terjadi pada Emma Elizabeth Smith pada 3 April 1888. Pada kasus ini, Smith dirampok dan disiksa secara seksual sebelum akhirnya dibunuh. Akan tetapi, banyak orang tidak mengkategorikan Smith sebagai korban Jack The Ripper.
Lima orang korban Jack The Ripper adalah Mary Ann Nichols, Annie Chapman, Elizabeth Stride, Catherine Eddowes, dan Mary Jane Kelly. Jasad mereka ditemukan berturut-turut pada tanggal 31 Agustus 1888, 8 September 1888, 30 September 1888, dan 9 November 1888. Jasad Stride dan Eddowes ditemukan pada hari yang sama pada 30 September 1888.
Jasad para korban ditemukan dalam keadaan tercabik. Sebagian besar bahkan telah kehilangan berbagai organ dalam tubuhnya. Hingga sekarang, tersangka dalam kasus pembunuhan ini masih menjadi misteri. Kepolisian London memeriksa para tukang daging, dokter bedah, dan ahli fisiologi untuk mencari para pelaku. Para pelaku diduga dari golongan yang terpelajar karena dapat melakukan pencabikan dengan sangat rapi pada tubuh korban. Selama ini, Aaron Kosminski dianggap sebagai pelaku pembunuhan tersebut meskipun tanpa bukti yang jelas. Aaron Kosminski yang saat itu berumur 23 tahun adalah seorang imigran yang bekerja sebagai tukang cukur bagi para penghuni distrik Whitechapel.
====Analisis DNA====
* Fragmen I
CTGTCCTCTAGAGAAAACCCTGTGAGCACAGCTCCTCACCATGGACTGGACCTGGAGGATCCTCTTCTTG
GTGGCAGCAGCTACAGGTGCCCACTCGCAGGTGCACCTGGTGCAGTCAGGGGCTGAGGTGAAGAGGCCTG
* Fragmen II
ACTTGACATCTGAGGACACGGGCATCTACTACTGTGCGAGAGGAGGCCTCTATGACGACTCTTGGAGTGG
* Fragmen III
ACCAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAGGAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGG
* Fragmen IV
AGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTG
GTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATA
ATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCT
* Fragmen V
AGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGT
GGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGC
* Fragmen VI
CCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAATGAGT
GCCAGGGCCGGCAAGCCCCCGCTCCCCGGGCTCTCGGGGTCGCGCGAGGATGCTTGGCACGTACCCCGTC
Sekuens DNA yang dimiliki keterunan Kosmiski adalah sebagai berikut.
CTGTCCTCTAGATGTGAGCAGAGGGGGGCAGCTCCTCACCATGGACTGGACCTGGAGGATCCTCTTCTTG
GTGGCCAGCCCACTCGAGCAGCTACAGGTGGTGCACCTGGTGCACGCAGAGGCGGGCTGAGGTGAAGCTG
GGGCCTCGGGGTCATAATCCTGTCAGGCTTCTGGATACATCTTCACCAGATATGACATCCAATGGGTGCG
AGAGGCCTCTGGACAAGGGCTTGAATATGCGGGGTGGATGACCCCAAGAAACGGTGAAACCGGCTATACT
GAGAATTTCCAGGGGAGAGTCACTATGACCAGCGACACGTTTTACACAAAAGCCTACTTAGAGTTGAGGC
ACTTGACATCTGAGGACACGGGCATCTACTACTGTGCGAGAGGAGGTTTCTATGACGACTCTTGGAGTGG
TCTTGACACCGACTATTACGGCATGGATGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCGCCCGCTTCC
ACCAAGCGATTATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTCAGGGCTCAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGG
GCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGG
CGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCC
TCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACTGGTTTATACAAGCCACCGAGCCAACCCAGCAACACCAAGGTGGACA
AGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTG
GTGGTGGACGTGAGCCGACCAGGAAGACCGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATA
ATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCT
GCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATC
GAGAAAACCATCTCCAAAGCCGGGGGGCAGAAAAGAGAGGCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCCGG
AGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGT
GGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGCCTGACAAGCCTCTACTCCACCCCGTGCTGGACTCCGACGGC
TCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCT
CCGTGATGCATGAGGCTACTCTAACGCCGGACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAATGAGT
GCCAGGGCCGGCAAGCCCCCGCTCCCCGGGCTCTCGGGGTCGCGCGAGGATGCTTGGCACGTACCCCGTC
Sekuens DNA yang dimiliki keterunan Eddowes adalah sebagai berikut.
CTGTCCTCTAGGCTCCAGAACCTGTAACGAGCACATCACCATGGACTGGACCTGGAGGATCCTCTTCTTG
GTGGCAGCAGCTACAGGTGCCCCCCCGCAGGTGCACCTGGTGCAGTCAAAAACTGAGGTGAAGAGGCCTG
GGGCCTCGGATAAGGTCTCCTGTCAGGCTTCTGGATACATCTTCACCAGATATGACATCCAATGGGTGCG
AGAGGCCTCTGGACAAGGGCTTGAATGGATGGGCTGGATGACCCCAAGAAACGGTGAAACCGGCTATACT
GAGAATTTCCAGGGGAGAGTCACTATGACCAGCGACACGTAAAAAAACACAGCCTACTTAGAGTTGAGGC
ACTTGACATCTGAGGACACGGGCATCTACTACTGTGCGAGAGGAGGCCTCTATGACGACTCTTGGAGTGG
TCTTGACACCGACTATTACGGCATGGATGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCGCCCGCTTCC
ACCAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAAAAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGG
GCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGG
CGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCC
TCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACTTACACCTGCAACGTGAGCTACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACA
AGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTG
GTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCGGGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATA
ATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCT
GCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATC
GAGAAAACCATCTCCAAAGCCGGGGGGCAGCCCCGAGAGCCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCCGG
AGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGT
GGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGC
TCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCT
CCGTGATGCATGAGGCTCTGGACGACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAATGAGT
GCCAGGGCCGGCAAGCCCCCGCTCCCCGGGCTCTCGGGGTCGCGCGAGGATGCTTGGCACGTACCCCGTC
====Mengelola Data dengan UGENE====
# Buka perangkat lunak UGENE dan buat pekerjaan baru dengan cara buka File - New project...
# Kemudian tuliskan nama pekerjaan dan tempat yang dituju untuk menyimpan pekerjaan
# Pilih File - Open... untuk memasukkan data sekuens DNA yang dimiliki. Jika sekuens belum disimpan dalam format FASTA, dapat menggunakan File - New document from text...
# Ketiga data yang telah dimuat dipilih dan disatukan untuk persejajaran dengan cara klik kanan pada data, pilih Export/Import - Export sequence as alignment...
# Data yang disatukan disimpan dengan format CLUSTALW
# Pada kolom Project, pilih data dengan format CLUSTALW yang baru saja disimpan, lalu pilih Actions pada ''menu bar'', pilih Align - Align with MUSCLE...
# Data disejajarkan dengan mode MUSCLE default. Kemudian pilih Align
# Setelah disejajarkan, data akan termuat seperti gambar di bawah ini
# Sekuens pada selendang merupakan kumpulan fragmen. Oleh karena itu, pada bagian kosong sekuens DNA selendang, sekuens DNA seluruh data dihapus dengan cara mem-''block'' data dan menekan tombol Delete pada ''keyboard''
# Jika seluruh data kosong pada selendang telah dihapus, persejajaran akan terlihat seperti ini
# Untuk melihat kedekatan genetik ketiga sampel tersebut, dibuat pohon filogenetik dengan cara menekan ''icon'' Build Tree pada ''icon bar'' lalu memilih opsi model Jukes-Cantor, kemudian tekan Build
# Pohon filogenik akan terbentuk seperti pada gambar
# Untuk memudahkan melihat, pilihan bentuk pohon filogenetik diubah menjadi Unrooted
# Untuk memperindah hasil, ukuran tulisan dapat diubah menjadi lebih kecil dengan memilih icon ukuran tulisan
# Setelah semua proses dilakukan, terlihat bahwa keturunan Kosminski memiliki kedekatan 0.034, sementara keturunan Eddowes memiliki kedekatan 0.017. Hal ini membuktikan bahwa darah pada selendang itu adalah darah Eddowes yang melekat saat pembunuhan
===Human Papiloma Virus===
''Human Papiloma Virus'' (HPV) merupakan virus DNA beruntai ganda yang menginfeksi epitel skuamosa termasuk kulit dan mukosa dari saluran pernapasan atas dan dan saluran anogenital. <ref name="Zuckerman"> {{en}} {{cite book|author=Zuckerman AJ, Banatvala JE, Pattison JR, Griffiths P, Schoub B|
====Penularan HPV====
HPV genital dapat ditularkan melalui kontak seksual dengan orang yang terinfeksi. <ref name = "Winer"> {{en}} {{cite journal | author= Winer RL et al.| title = Risk human papillomavirus women: The first related to the acquisition of the male sex partner| journal = J Infect Dis| volume=197|issue=2|page=279-282|year=2008}}</ref> Oleh karena itu,
====Cara mengatasi HPV====
Belum ada pengobatan langsung untuk infeksi HPV. <ref name="Zuckerman"/> Sistem imun tubuh dapat mengatasi infeksi HPV. <ref name="Rosenblatt"> {{en}} {{cite book|author=Rosenblatt A, Guidi HGC|
====Studi Kasus dengan Bioinformatika====
==Referensi==
{{reflist}}
|