Pengguna:BP58Erika/bak pasir: Perbedaan antara revisi

Jelajahi riwayat secara interaktif

← Revisi sebelumnya

Konten dihapus Konten ditambahkan

VisualTeks wiki

Revisi per 9 Desember 2014 07.58 sunting BP58Erika (bicara \| kontrib) 90 suntingan →Kasus Jack the Ripper ← Revisi sebelumnya		Revisi terkini sejak 18 Desember 2024 02.38 sunting balikkan Kakei Yukata (bicara \| kontrib) 7.492 suntingan →Mengelola Data dengan UGENE
(15 revisi perantara oleh 5 pengguna tidak ditampilkan)
Baris 1: '''Bioinformatika''' secara luas diartikan sebagai penggunaan komputer untuk mengolah, menganalisi, dan menggunakan informasi biologis. <ref name="Ramsden"> {{en}} {{cite book\|author=Ramsden JJ\| title = Bioinformatics: An Introduction\| publisher = Springer, London\| year=2009\|}} </ref> Istilah bioinformatika pertama kali dikenalkan pada pertengahan tahun 1980an. <ref name="Ramsden"/> Pada waktu itu, bionformatika dideskripsikan sebagai aplikasi ilmu informasi dan teknologi pada ilmu sains. <ref name="Ramsden"/> Dalam arti yang lebih sempit, bioinformatika didefinisikan sebagai aplikasi teknologi informasi untuk mengelola data biologis. <ref name="Ramsden"/> Bioinformatika pada perkembangannya dianggap sebagai ilmu yang sangat berkembang. <ref name="Ramsden"/> Banyak penelitian dilakukan pada bidang bioinformatika. <ref name="Ramsden"/> Informasi-informasi biologis yang telah ditemukan dapat diolah dengan ilmu bioinformatika secara praktis. <ref name="Ramsden"/> Bioinformatika, singkatnya, dapat menjadi alat yang membantu meningkatkan kualitas penelitian ke tahap yang lebih tinggi. Sering berjalannya waktu, bioinformatika digunakan dalam berbagai area multi-disiplin ilmu. <ref name="Sadek"> {{en}} {{cite book\|author=Sadek HA\| title = Bioinformatics: Principles and Basic Internet Applications\| publisher = Trafford, Victoria\| year=2004\|}} </ref> Komponen-komponen tersebut adalah genomik fungsional, struktur biomolekuler, analisis proteomik, metabolisme sel, biodiversitas, proses hulu teknik kimia, serta desain obat-obatan dan vaksin. <ref name="Sadek"/> Bioinformatika mencakup pembuatan basis data, manajemen data, penyimpanan data, pencarian data, dan meletakkannya pada jaringan komunikasi secara global. <ref name="Sadek"/> Dengan basis data yang dimiliki, bioinformatika dapat digunakan untuk persejajaran sekuens, melihat proses evolusi, melihat karakteristik genom, memprediksi struktur sekunder dan tersier dari sekuens yang dimiliki, ataupun menganalisis hasil ekspresi proteom dan gen. <ref name="Zvelebil & Baum"> {{en}} {{cite book\|author=Zvelebil M, Baum JO\| title = Understanding Bioinformatics\| publisher = Garland, New York\| year=2008\|}} </ref> ==UGENE== Baris 29: ====Analisis DNA==== * Fragmen I CTGTCCTCTAGAGAAAACCCTGTGAGCACAGCTCCTCACCATGGACTGGACCTGGAGGATCCTCTTCTTG GTGGCAGCAGCTACAGGTGCCCACTCGCAGGTGCACCTGGTGCAGTCAGGGGCTGAGGTGAAGAGGCCTG * Fragmen II ACTTGACATCTGAGGACACGGGCATCTACTACTGTGCGAGAGGAGGCCTCTATGACGACTCTTGGAGTGG * Fragmen III ACCAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAGGAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGG * Fragmen IV AGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTG GTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATA ATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCT * Fragmen V AGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGT GGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGC * Fragmen VI CCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAATGAGT GCCAGGGCCGGCAAGCCCCCGCTCCCCGGGCTCTCGGGGTCGCGCGAGGATGCTTGGCACGTACCCCGTC Sekuens DNA yang dimiliki keterunan Kosmiski adalah sebagai berikut. CTGTCCTCTAGATGTGAGCAGAGGGGGGCAGCTCCTCACCATGGACTGGACCTGGAGGATCCTCTTCTTG GTGGCCAGCCCACTCGAGCAGCTACAGGTGGTGCACCTGGTGCACGCAGAGGCGGGCTGAGGTGAAGCTG GGGCCTCGGGGTCATAATCCTGTCAGGCTTCTGGATACATCTTCACCAGATATGACATCCAATGGGTGCG AGAGGCCTCTGGACAAGGGCTTGAATATGCGGGGTGGATGACCCCAAGAAACGGTGAAACCGGCTATACT GAGAATTTCCAGGGGAGAGTCACTATGACCAGCGACACGTTTTACACAAAAGCCTACTTAGAGTTGAGGC ACTTGACATCTGAGGACACGGGCATCTACTACTGTGCGAGAGGAGGTTTCTATGACGACTCTTGGAGTGG TCTTGACACCGACTATTACGGCATGGATGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCGCCCGCTTCC ACCAAGCGATTATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTCAGGGCTCAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGG GCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGG CGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCC TCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACTGGTTTATACAAGCCACCGAGCCAACCCAGCAACACCAAGGTGGACA AGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTG GTGGTGGACGTGAGCCGACCAGGAAGACCGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATA ATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCT GCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATC GAGAAAACCATCTCCAAAGCCGGGGGGCAGAAAAGAGAGGCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCCGG AGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGT GGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGCCTGACAAGCCTCTACTCCACCCCGTGCTGGACTCCGACGGC TCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCT CCGTGATGCATGAGGCTACTCTAACGCCGGACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAATGAGT GCCAGGGCCGGCAAGCCCCCGCTCCCCGGGCTCTCGGGGTCGCGCGAGGATGCTTGGCACGTACCCCGTC Sekuens DNA yang dimiliki keterunan Eddowes adalah sebagai berikut.▼ CTGTCCTCTAGGCTCCAGAACCTGTAACGAGCACATCACCATGGACTGGACCTGGAGGATCCTCTTCTTG▼ GTGGCAGCAGCTACAGGTGCCCCCCCGCAGGTGCACCTGGTGCAGTCAAAAACTGAGGTGAAGAGGCCTG▼ GGGCCTCGGATAAGGTCTCCTGTCAGGCTTCTGGATACATCTTCACCAGATATGACATCCAATGGGTGCG▼ AGAGGCCTCTGGACAAGGGCTTGAATGGATGGGCTGGATGACCCCAAGAAACGGTGAAACCGGCTATACT▼ GAGAATTTCCAGGGGAGAGTCACTATGACCAGCGACACGTAAAAAAACACAGCCTACTTAGAGTTGAGGC▼ ACTTGACATCTGAGGACACGGGCATCTACTACTGTGCGAGAGGAGGCCTCTATGACGACTCTTGGAGTGG▼ TCTTGACACCGACTATTACGGCATGGATGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCGCCCGCTTCC▼ ACCAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAAAAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGG▼ GCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGG▼ CGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCC▼ TCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACTTACACCTGCAACGTGAGCTACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACA▼ AGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTG▼ GTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCGGGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATA▼ ATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCT▼ GCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATC▼ GAGAAAACCATCTCCAAAGCCGGGGGGCAGCCCCGAGAGCCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCCGG▼ AGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGT▼ GGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGC▼ TCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCT▼ CCGTGATGCATGAGGCTCTGGACGACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAATGAGT▼ GCCAGGGCCGGCAAGCCCCCGCTCCCCGGGCTCTCGGGGTCGCGCGAGGATGCTTGGCACGTACCCCGTC▼ ====Mengelola Data dengan UGENE==== ▲Sekuens DNA yang dimiliki keterunan Eddowes adalah sebagai berikut. # Buka perangkat lunak UGENE dan buat pekerjaan baru dengan cara buka File - New project... ▲CTGTCCTCTAGGCTCCAGAACCTGTAACGAGCACATCACCATGGACTGGACCTGGAGGATCCTCTTCTTG # Kemudian tuliskan nama pekerjaan dan tempat yang dituju untuk menyimpan pekerjaan ▲GTGGCAGCAGCTACAGGTGCCCCCCCGCAGGTGCACCTGGTGCAGTCAAAAACTGAGGTGAAGAGGCCTG # Pilih File - Open... untuk memasukkan data sekuens DNA yang dimiliki. Jika sekuens belum disimpan dalam format FASTA, dapat menggunakan File - New document from text... ▲GGGCCTCGGATAAGGTCTCCTGTCAGGCTTCTGGATACATCTTCACCAGATATGACATCCAATGGGTGCG # Ketiga data yang telah dimuat dipilih dan disatukan untuk persejajaran dengan cara klik kanan pada data, pilih Export/Import - Export sequence as alignment... ▲AGAGGCCTCTGGACAAGGGCTTGAATGGATGGGCTGGATGACCCCAAGAAACGGTGAAACCGGCTATACT # Data yang disatukan disimpan dengan format CLUSTALW ▲GAGAATTTCCAGGGGAGAGTCACTATGACCAGCGACACGTAAAAAAACACAGCCTACTTAGAGTTGAGGC # Pada kolom Project, pilih data dengan format CLUSTALW yang baru saja disimpan, lalu pilih Actions pada ''menu bar'', pilih Align - Align with MUSCLE... ▲ACTTGACATCTGAGGACACGGGCATCTACTACTGTGCGAGAGGAGGCCTCTATGACGACTCTTGGAGTGG # Data disejajarkan dengan mode MUSCLE default. Kemudian pilih Align ▲TCTTGACACCGACTATTACGGCATGGATGTCTGGGGCCAAGGGACCACGGTCACCGTCTCGCCCGCTTCC # Setelah disejajarkan, data akan termuat seperti gambar di bawah ini ▲ACCAAGGGCCCATCCGTCTTCCCCCTGGCGCCCTGCTCCAAAAGCACCTCCGAGAGCACAGCCGCCCTGG # Sekuens pada selendang merupakan kumpulan fragmen. Oleh karena itu, pada bagian kosong sekuens DNA selendang, sekuens DNA seluruh data dihapus dengan cara mem-''block'' data dan menekan tombol Delete pada ''keyboard'' ▲GCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGG # Jika seluruh data kosong pada selendang telah dihapus, persejajaran akan terlihat seperti ini ▲CGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCC # Untuk melihat kedekatan genetik ketiga sampel tersebut, dibuat pohon filogenetik dengan cara menekan ''icon'' Build Tree pada ''icon bar'' lalu memilih opsi model Jukes-Cantor, kemudian tekan Build ▲TCCAGCAGCTTGGGCACGAAGACTTACACCTGCAACGTGAGCTACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACA # Pohon filogenik akan terbentuk seperti pada gambar ▲AGTCTTCCTGTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACTCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACGTGCGTG # Untuk memudahkan melihat, pilihan bentuk pohon filogenetik diubah menjadi Unrooted ▲GTGGTGGACGTGAGCCAGGAAGACCGGGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGATGGCGTGGAGGTGCATA # Untuk memperindah hasil, ukuran tulisan dapat diubah menjadi lebih kecil dengan memilih icon ukuran tulisan ▲ATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTTCAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCT # Setelah semua proses dilakukan, terlihat bahwa keturunan Kosminski memiliki kedekatan 0.034, sementara keturunan Eddowes memiliki kedekatan 0.017. Hal ini membuktikan bahwa darah pada selendang itu adalah darah Eddowes yang melekat saat pembunuhan ▲GCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGGCCTCCCGTCCTCCATC ▲GAGAAAACCATCTCCAAAGCCGGGGGGCAGCCCCGAGAGCCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCCGG ▲AGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGT ▲GGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGC ▲TCCTTCTTCCTCTACAGCAGGCTAACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGGAGGGGAATGTCTTCTCATGCT ▲CCGTGATGCATGAGGCTCTGGACGACCACTACACACAGAAGAGCCTCTCCCTGTCTCTGGGTAAATGAGT ▲GCCAGGGCCGGCAAGCCCCCGCTCCCCGGGCTCTCGGGGTCGCGCGAGGATGCTTGGCACGTACCCCGTC ===Human Papiloma Virus=== ''Human Papiloma Virus'' (HPV) merupakan virus DNA beruntai ganda yang menginfeksi epitel skuamosa termasuk kulit dan mukosa dari saluran pernapasan atas dan dan saluran anogenital. <ref name="Zuckerman"> {{en}} {{cite book\|author=Zuckerman AJ, Banatvala JE, Pattison JR, Griffiths P, Schoub B\| title = Principles and Practice of Clinical Virology\| publisher = Wiley & Sons, London\| year=2004\|}}</ref> Virus ini terdapat sekitar 100 jenis dan yang menginfeksi saluran genital sekitar 40 jenis. <ref name="Zuckerman"/> Sekitar 60 jenis yang menginfeksi dapat sembuh sendiri, infeksi genital oleh HPV terkait dengan kutil kelamin dan kanker anogenital baik pada pria maupun wanita. <ref name="Zuckerman"/> Virus ini diklasifikasikan sebagai virus yang ~~beresiko~~berisiko tinggi atau ~~beresiko~~berisiko rendah tergantung pada hubungan mereka dengan perkembangan kanker. <ref name="Zuckerman"/> ====Penularan HPV==== HPV genital dapat ditularkan melalui kontak seksual dengan orang yang terinfeksi. <ref name = "Winer"> {{en}} {{cite journal \| author= Winer RL et al.\| title = Risk human papillomavirus women: The first related to the acquisition of the male sex partner\| journal = J Infect Dis\| volume=197\|issue=2\|page=279-282\|year=2008}}</ref> Oleh karena itu, ~~resikonya~~risikonya berhubungan dengan jumlah pasangan seksual, pengenalan pasangan seks baru, dan riwayat seksual pasangan. <ref name="Winer"/> Penggunaan kondom memang mengurangi tetapi tidak mencegah penularan 100%. <ref name="Winer"/> Penularan virus ini dapat terjadi pada bayi yang baru hamil dari ibunya. <ref name="Winer"/> ====Cara mengatasi HPV==== Belum ada pengobatan langsung untuk infeksi HPV. <ref name="Zuckerman"/> Sistem imun tubuh dapat mengatasi infeksi HPV. <ref name="Rosenblatt"> {{en}} {{cite book\|author=Rosenblatt A, Guidi HGC\| title = Human Papillomavirus: A Practical Guide for Urologists\| publisher = Springer, Berlin\| year=2009\|}} </ref> Namun, orang tersebut dapat tertular kembali. <ref name="Rosenblatt"/> Sedangkan, jika terdapat kutil dapat dicabut dengan beberapa cara, diantaranya membakar dengan jarum listrik atau laser, membekukan dengan nitrogen cair, memotong secara bedah, atau mengobati dengan zat kimia (seperti asam triklorasetik (TCA) yang efektif terhadap beberapa orang). <ref name="Rosenblatt"/> Penyakit ini sebaiknya diobati secepat mungkin untuk mencegah penyebaran atau kambuh. <ref name="Rosenblatt"/> ====Studi Kasus dengan Bioinformatika====