Infeksi: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
Tidak ada ringkasan suntingan Tag: Suntingan perangkat seluler Suntingan peramban seluler |
k Mengembalikan suntingan oleh 180.244.161.81 (bicara) ke revisi terakhir oleh Bebasnama Tag: Pengembalian |
||
| (102 revisi perantara oleh 19 pengguna tidak ditampilkan) | |||
Baris 1:
{{Infobox medical condition (new)
|name = Infeksi
|synonym =
|image = Malaria.jpg
|image_size =
|alt =
|caption = Gambar [[mikroskop elektron]] yang diwarnai menunjukkan [[sporozoit]] [[malaria]] yang berpindah melalui [[epitelium]] usus [[tikus]].
|pronounce =
|penderita = <!--jika penyakit tidak hanya diderita oleh manusia (multispesies)-->
|specialty = Penyakit infeksi
|symptoms =
|complications =
|onset =
|duration =
|types =
|causes = Agen infeksi ([[patogen]])
|risks =
|diagnosis =
|differential =
|prevention =
|treatment =
|medication = [[Antibiotik]], [[obat antivirus|antivirus]], [[antijamur]], [[antiprotozoa]], dan [[antelmintik]]
|prognosis =
|frequency =
|deaths =
}}
'''Infeksi''', '''jangkitan''', atau '''tularan''' adalah serangan dan perbanyakan diri yang dilakukan oleh [[patogen]] pada tubuh [[makhluk hidup]].<ref>[http://medical-dictionary.thefreedictionary.com/infection Definition of "infection" from several medical dictionaries] – Retrieved on 2012-04-03</ref> Patogen penyebab infeksi di antaranya [[mikroorganisme]] seperti [[virus]], [[prion]], [[bakteri]], dan [[fungi]]. Sementara itu, [[parasit]] seperti [[cacing]] dan [[organisme uniseluler]] juga dapat menyebabkan infeksi, meskipun terkadang istilah infeksi dan [[infestasi]] dipakai bergantian untuk menyebut serangan agen parasitik. Serangan patogen-patogen tersebut, maupun racun yang mereka hasilkan, dapat menimbulkan [[penyakit]] pada organisme inang. '''Penyakit infeksi''' merupakan penyakit yang dihasilkan oleh infeksi.
Individu terinfeksi dapat melawan infeksi menggunakan [[sistem imun]] mereka. Mamalia yang terinfeksi bereaksi dengan [[sistem imun bawaan]], yang sering kali melibatkan [[peradangan]], dan kemudian diikuti oleh [[sistem imun adaptif]].<ref>{{cite journal |author=Alberto Signore|title=About inflammation and infection |journal=EJNMMI Research |volume=8 |issue=3 |year=2013 |url=http://www.ejnmmires.com/content/pdf/2191-219X-3-8.pdf}}</ref>
Obat-obatan khusus yang digunakan untuk mengobati infeksi termasuk [[antibiotik]], [[obat antivirus|antivirus]], [[antijamur]], [[antiprotozoa]], dan [[antelmintik]]. Penyakit infeksi mengakibatkan 9,2 juta kematian pada tahun 2013 (sekitar 17% dari semua kematian).<ref name=GDB2013>{{cite journal|last1=GBD 2013 Mortality and Causes of Death|first1=Collaborators|title=Global, regional, and national age-sex specific all-cause and cause-specific mortality for 240 causes of death, 1990-2013: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2013|journal=Lancet|date=17 December 2014|pmid=25530442|doi=10.1016/S0140-6736(14)61682-2|volume=385|issue=9963|pages=117–71|pmc=4340604}}</ref> Cabang [[kedokteran]] yang berfokus pada infeksi juga disebut penyakit infeksi.<ref>{{cite web |url=https://www.aamc.org/cim/specialty/list/us/339608/infectious_disease_-internal_medicine.html |title=Infectious Disease, Internal Medicine |publisher=Association of American Medical Colleges |access-date=2015-08-20 |quote=Infectious disease is the subspecialty of internal medicine dealing with the diagnosis and treatment of communicable diseases of all types, in all organs, and in all ages of patients. |url-status=dead |archiveurl=https://web.archive.org/web/20150206201010/https://www.aamc.org/cim/specialty/list/us/339608/infectious_disease_-internal_medicine.html |archivedate=2015-02-06 |df= }}</ref>
==
Infeksi dapat disebabkan oleh berbagai [[entitas]] biologi yang dikenal dengan sebutan ''agen infeksi''. Kata sifat ''patogenik'' disematkan kepada entitas biologi yang mampu menimbulkan penyakit, misalnya bakteri patogenik dan cacing patogenik. Hal ini juga menunjukkan bahwa tidak semua bakteri dan cacing bersifat patogenik; banyak di antara mereka yang mampu hidup dan berkembang biak tanpa menyerang dan menimbulkan penyakit pada organisme lain. Entitas biologi yang mengakibatkan penyakit disebut sebagai ''[[patogen]]'', dan sering disinonimkan dengan ''agen infeksi''.
Penyakit infeksi disebabkan oleh organisme infeksius, seperti [[bakteri]], [[virus]], [[fungi]], [[prion]], dan [[cacing]].<ref>{{Cite book|url=https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/B9780080552323608499|title=xPharm: The Comprehensive Pharmacology Reference|last=Kotra|first=Lakshmi P.|date=2007|publisher=Elsevier|isbn=978-0-08-055232-3|location=|pages=1–2|language=en|chapter=Infectious Diseases|doi=10.1016/b978-008055232-3.60849-9|pmc=PMC7152327|url-status=live}}</ref> Dalam penggunaan medis, agen infeksi dibagi menjadi dua kelompok besar, yaitu [[mikroorganisme]] patogenik (bakteri, virus, prion, fungi) dan [[parasit]] (seperti cacing, [[protozoa]], dan [[artropoda]]).<ref>{{Cite web|url=https://www.merckmanuals.com/home/infections/biology-of-infectious-disease/overview-of-infectious-disease|title=Overview of Infectious Disease|last=Bush|first=Larry M.|date=Februari 2019|website=Merck Manuals Consumer Version|language=|access-date=23 April 2020}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://www.merckmanuals.com/home/infections/parasitic-infections-an-overview/overview-of-parasitic-infections|title=Overview of Parasitic Infections|last=Pearson|first=Richard D.|date=Mei 2019|website=Merck Manuals Consumer Version|language=|access-date=23 April 2020}}</ref> Meskipun secara konseptual serupa dengan infeksi, tetapi serangan parasit pada tubuh manusia atau hewan biasanya disebut ''[[infestasi]]'' alih-alih infeksi. Umumnya, istilah infestasi digunakan untuk menyebut serangan [[ektoparasit]], misalnya [[kutu]], [[tungau]], [[caplak]], dan [[pinjal]], yang menginvasi bagian luar tubuh inangnya dalam jumlah besar.<ref>{{Cite journal|last=da Silva|first=Luiz Jacintho|date=Desember 1997|year=|title=The Etymology of Infection and Infestation|url=https://journals.lww.com/pidj/fulltext/1997/12000/the_etymology_of_infection_and_infestation.23.aspx|journal=The Pediatric Infectious Disease Journal|language=|volume=16|issue=12|pages=1188|doi=|issn=0891-3668}}</ref>
== Klasifikasi ==
=== Klinis, subklinis, dan laten ===
Infeksi yang menimbulkan [[gejala]] dan [[tanda klinis|tanda]] yang terlihat jelas disebut infeksi ''klinis'', sedangkan infeksi yang aktif tetapi tidak menghasilkan gejala yang nyata dapat disebut infeksi ''diam'' atau ''subklinis''. Infeksi yang tidak aktif atau dorman disebut ''infeksi laten''.<ref>{{cite book |author1=Kayser, Fritz H |author2=Kurt A Bienz |author3=Johannes Eckert |author4=Rolf M Zinkernagel | title = Medical microbiology |url=https://archive.org/details/medicalmicrobiol00kays_926 | publisher = Georg Thieme Verlag | location = Stuttgart | year = 2005 | page = [https://archive.org/details/medicalmicrobiol00kays_926/page/n424 398] | isbn = 978-3-13-131991-3 | oclc = }}</ref> Contoh infeksi bakteri laten adalah [[tuberkulosis laten]]. Beberapa infeksi virus juga bisa bersifat laten, contoh [[latensi virus|virus laten]] berasal dari keluarga ''[[Herpesviridae]]''.<ref>{{Cite journal|last=Grinde|first=Bjørn|date=2013-10-25|title=Herpesviruses: latency and reactivation – viral strategies and host response|journal=Journal of Oral Microbiology|volume=5|pages=22766|doi=10.3402/jom.v5i0.22766|issn=0901-8328|pmc=3809354|pmid=24167660}}</ref>
Kata ''infeksi'' dapat menunjukkan adanya patogen tertentu (tidak peduli seberapa sedikit), tetapi juga sering digunakan untuk menyatakan infeksi yang ''tampak secara klinis'' (dengan kata lain, kasus penyakit infeksi).<ref name="Dorlands">{{Citation |author=Elsevier |authorlink=Elsevier |title=Dorland's Illustrated Medical Dictionary |publisher=Elsevier |url=http://dorlands.com/ |postscript=.}}</ref> Penggunaan ini kadang-kadang menciptakan beberapa [[ambiguitas]] atau mendorong diskusi penggunaan kata infeksi; untuk menyiasatinya, para tenaga kesehatan biasanya menyebut ''kolonisasi'' (bukan infeksi) ketika mereka menyatakan keberadaan patogen, tanpa adanya infeksi yang tampak secara klinis (tidak ada penyakit).
Beberapa istilah berbeda digunakan untuk menggambarkan infeksi. Istilah pertama adalah infeksi [[akut]], yaitu infeksi dengan gejala yang berkembang dengan cepat; jalannya penyakit bisa cepat atau berlarut-larut.<ref>{{Cite web|url=https://mpkb.org/home/pathogenesis/microbiota/acute_infections|title=Acute infections (MPKB)|website=mpkb.org|access-date=2019-12-09}}</ref> Istilah selanjutnya adalah infeksi [[kronis]], ketika gejala penyakit berkembang secara bertahap, selama beberapa minggu atau bulan, dan lambat untuk disembuhkan.<ref>{{Citation|last=Boldogh|first=Istvan|title=Persistent Viral Infections|date=1996|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK8538/|work=Medical Microbiology|editor-last=Baron|editor-first=Samuel|edition=4th|publisher=University of Texas Medical Branch at Galveston|isbn=978-0-9631172-1-2|pmid=21413348|access-date=2020-01-23|last2=Albrecht|first2=Thomas|last3=Porter|first3=David D.}}</ref> Infeksi subakut adalah infeksi dengan gejala yang memakan waktu lebih lama dibandingkan infeksi akut tetapi timbul lebih cepat dibandingkan infeksi kronis. Infeksi laten adalah jenis infeksi yang dapat terjadi setelah fase akut; organisme patogennya ada tetapi gejalanya tidak; setelah beberapa waktu penyakit ini dapat muncul kembali. Infeksi fokal didefinisikan sebagai tempat infeksi awal suatu patogen sebelum mereka menyebar melalui aliran darah ke area lain tubuh.<ref name=":0">{{Cite book|title=Microbiology|last=Foster|first=John|publisher=Norton|year=2018|isbn=978-0-393-60257-9|location=New York|pages=39}}</ref>
===
Di antara berbagai [[mikroorganisme]], hanya relatif sedikit yang mengakibatkan penyakit pada orang yang sehat.<ref name=Baron>This section incorporates [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=mmed public domain] materials included in the text: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=mmed.TOC&depth=10 Medical Microbiology] Fourth Edition: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=mmed.chapter.594 Chapter 8] (1996). Baron, Samuel MD. The University of Texas Medical Branch at Galveston. {{cite book|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=mmed |title=Medical Microbiology |accessdate=2013-11-27 |url-status=bot: unknown |archiveurl=https://web.archive.org/web/20090629132331/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=mmed |archivedate=June 29, 2009 |isbn=9780963117212 |publisher=University of Texas Medical Branch at Galveston |year=1996 }}</ref> Penyakit infeksi dihasilkan dari interaksi antara sejumlah patogen dan sistem pertahanan inang yang mereka infeksi. Tampilan dan tingkat keparahan penyakit yang dihasilkan patogen tergantung pada kemampuan patogen tersebut untuk merusak inang dan juga kemampuan inang untuk melawan patogen. Akan tetapi, sistem kekebalan inang juga dapat mengakibatkan kerusakan pada inang itu sendiri dalam upaya untuk mengendalikan infeksi. Oleh karena itu, dokter mengklasifikasikan mikroorganisme atau mikrob infeksius berdasarkan status pertahanan inang, baik sebagai ''patogen primer'' atau sebagai ''[[infeksi oportunistik|patogen oportunistik]]'':
; Patogen primer
: Patogen primer menyebabkan penyakit sebagai akibat dari keberadaan atau aktivitas mereka di dalam inang yang normal dan sehat, dan [[virulensi]] intrinsiknya (keparahan penyakit yang disebabkannya), sebagian, merupakan konsekuensi dari kebutuhan patogen untuk bereproduksi dan menyebar. Banyak patogen primer manusia yang paling umum hanya menginfeksi manusia, tetapi, banyak penyakit serius diakibatkan oleh organisme yang berasal dari lingkungan atau yang menginfeksi inang nonmanusia.
; Patogen oportunistik
: Patogen oportunistik dapat mengakibatkan penyakit infeksi pada inang dengan sistem pertahanan yang tertekan ([[defisiensi imun]]) atau jika mereka memiliki akses yang tidak biasa ke bagian dalam tubuh (misalnya melalui [[trauma mayor|trauma]]). Infeksi oportunistik dapat diakibatkan oleh mikrob yang biasanya bersentuhan dengan inang, seperti bakteri atau fungi patogenik di [[usus]] atau [[saluran pernapasan]] bagian atas, dan mereka juga dapat berasal dari inang lain (seperti pada [[kolitis]] akibat ''[[Clostridium sulitile]]'') atau dari lingkungan sebagai akibat dari [[cedera]] (misalnya infeksi luka pem[[bedah]]an atau [[retak tulang|patah tulang]]). Penyakit oportunistik membutuhkan kerusakan pertahanan inang, yang dapat terjadi sebagai akibat dari [[penyakit genetik|cacat genetik]] (seperti [[penyakit granuloma kronik]]), paparan obat [[antimikrob]] atau bahan kimia [[imunosupresif]] (seperti yang mungkin terjadi setelah keracunan atau [[kemoterapi]]), paparan [[radiasi pengion]], atau sebagai akibat dari penyakit infeksi dengan aktivitas imunosupresif (seperti [[campak]], [[malaria]], atau [[AIDS]]). Patogen primer juga dapat mengakibatkan penyakit yang lebih parah pada inang dengan imunitas yang tertekan dibandingkan bila terjadi ipada inang yang imunitasnya memadai.<ref name=Sherris>{{cite book |veditors=Ryan KJ, Ray CG | title = Sherris Medical Microbiology |url=https://archive.org/details/sherrismedicalmi0000unse_q1i3 | edition = 4th | publisher = McGraw Hill | year = 2004 | isbn = 978-0-8385-8529-0 }}</ref>
; Infeksi primer versus infeksi sekunder
: Infeksi primer adalah infeksi yang (atau secara praktis dapat dipandang) menjadi akar penyebab masalah kesehatan saat ini. Sebaliknya, infeksi sekunder adalah [[sekuela]] (gejala sisa) atau [[komplikasi (medis)|komplikasi]] dari penyebab utama. Sebagai contoh, [[tuberkulosis]] paru sering merupakan infeksi primer, tetapi infeksi yang terjadi hanya akibat [[luka bakar]] atau [[trauma tajam]] (sebagai akar penyebab) yang memungkinkan akses patogen ke jaringan dalam, merupakan infeksi sekunder. Patogen primer sering menyebabkan infeksi primer dan juga sering menyebabkan infeksi sekunder. Biasanya, infeksi oportunistik dipandang sebagai infeksi sekunder (karena defisiensi imun atau cedera adalah faktor predisposisinya).
==== Jenis infeksi lain ====
Jenis infeksi lain terdiri dari infeksi campuran, [[iatrogenik]], [[nosokomial]], dan infeksi yang didapat dari masyarakat. Infeksi campuran adalah infeksi yang disebabkan oleh dua atau lebih patogen. Contohnya adalah [[apendisitis]], yang disebabkan oleh ''[[Bacteroides fragilis]]'' dan ''[[Escherichia coli]]''. Jenis kedua adalah infeksi iatrogenik, yaitu infeksi yang ditularkan dari petugas kesehatan ke pasien. Infeksi nosokomial, yaitu infeksi yang didapat saat dirawat di rumah sakit, juga terjadi pada faslitias layanan kesehatan. Terakhir, infeksi yang didapat dari masyarakat adalah infeksi yang didapat dari seluruh komunitas.<ref name=":0"/>
=== Infeksius atau tidak ===
Salah satu cara untuk membuktikan bahwa suatu penyakit bersifat infeksius adalah dengan mengujinya menggunakan [[postulat Koch]], yang mensyaratkan bahwa, pertama, agen infeksi hanya dapat diidentifikasi dari individu yang memiliki penyakit dan bukan dari kontrol yang sehat, dan kedua, bahwa individu dengan agen infeksi juga mengembangkan penyakit tersebut. Postulat ini pertama kali digunakan dalam penemuan bahwa spesies ''[[Mycobacterium]]'' mengakibatkan tuberkulosis.
Akan tetapi, postulat Koch biasanya tidak dapat diuji dalam praktik modern karena alasan etis. Membuktikan penyakit akan memerlukan infeksi eksperimental pada individu yang sehat menggunakan patogen yang diproduksi sebagai kultur murni. Sebaliknya, bahkan penyakit yang jelas-jelas infeksius tidak selalu memenuhi kriteria tersebut; misalnya, ''[[Treponema pallidum]]'', bakteri penyebab [[sifilis]], tidak dapat dikultur secara ''[[in vitro]]'', tetapi mikroorganisme ini dapat dikultur dalam testis kelinci. Belum diketahui dengan jelas mengapa kultur murni diperoleh dari hewan yang menjadi inang dibandingkan dengan perolehan dari kultur lempeng.
[[Epidemiologi]], atau studi dan analisis tentang siapa, mengapa, dan di mana penyakit terjadi, dan apa yang menentukan berbagai populasi memiliki penyakit, merupakan alat penting lain yang digunakan untuk memahami penyakit infeksi. Ahli epidemiologi dapat menentukan perbedaan di antara kelompok-kelompok dalam suatu populasi, seperti apakah kelompok usia tertentu memiliki tingkat infeksi yang lebih besar atau lebih kecil; apakah kelompok yang tinggal di lingkungan yang berbeda lebih mungkin terinfeksi; dan oleh faktor-faktor lain, seperti jenis kelamin dan ras. Para peneliti juga dapat menilai apakah wabah penyakit bersifat sporadik atau hanya terjadi sesekali; bersifat [[endemik]], dengan tingkat yang stabil dari kasus reguler yang terjadi di suatu daerah; [[epidemi]], dengan jumlah kasus yang muncul cepat, dan luar biasa tinggi di suatu wilayah; atau [[pandemi]], yang merupakan epidemi global. Jika penyebab penyakit infeksi tidak diketahui, epidemiologi dapat digunakan untuk membantu melacak sumber infeksi.
=== Kemampuan menular ===
Penyakit infeksi kadang-kadang disebut penyakit menular ketika mudah ditularkan melalui kontak dengan orang yang sakit atau sekresi mereka (misalnya influenza). Dengan demikian, penyakit menular adalah bagian dari penyakit infeksi, terutama penyakit yang mudah berpindah atau ditransmisikan. Jenis penyakit menular lain memiliki rute infeksi yang lebih khusus, seperti penularan melalui [[vektor]] atau hubungan seksual, biasanya tidak dianggap sebagai "menular", dan sering kali tidak memerlukan [[isolasi medis]] (kadang-kadang disebut [[karantina]]) bagi penderitanya. Namun, konotasi khusus dari kata "menular" dan "penyakit menular" (mudah ditransmisikan) tidak selalu dipertimbangkan dalam penggunaan populer. Penyakit infeksi biasanya ditularkan antarindividu melalui kontak langsung. Jenis kontak yang dimaksud yaitu dari orang ke orang dan penyebaran [[percikan pernapasan|percikan atau tetesan]]. Kontak tidak langsung seperti [[penyakit bawaan udara|penularan melalui udara]], benda yang terkontaminasi, makanan dan air minum, kontak orang dengan hewan (yang bertindak sebagai reservoir), gigitan serangga, dan lingkungan yang terkontaminasi, merupakan cara lain penularan penyakit infeksi.<ref>(Higurea & Pietrangelo 2016)</ref>
=== Lokasi anatomis ===
Infeksi dapat dikelompokkan berdasarkan lokasi anatomi atau [[sistem organ]] yang terinfeksi, misalnya [[infeksi saluran kemih]], [[infeksi kulit]], [[infeksi saluran pernapasan]], [[infeksi odontogenik]] (infeksi yang berasal dari gigi atau jaringan yang berdekatan), [[vaginitis|infeksi vagina]], dan [[korioamnionitis|infeksi intraamniotik]]. Selain itu, lokasi peradangan yang menjadi tempat infeksi dapat dijadikan penamaan radang tersebut, misalnya [[pneumonia]], [[meningitis]], dan [[salpingitis]].
[[Gejala]] dan [[tanda klinis]] infeksi tergantung pada masing-masing penyakit. Beberapa tanda infeksi mempengaruhi keseluruhan tubuh secara umum, seperti [[kelelahan]], kehilangan nafsu makan, penurunan berat badan, [[demam]], keringat malam, kedinginan, sakit, dan [[nyeri]]. Beberapa tanda lain bersifat khusus untuk bagian tubuh tertentu, seperti [[ruam]] kulit, [[batuk]], atau keluarnya cairan dari hidung.
Dalam kasus-kasus tertentu, penyakit infeksi mungkin [[asimtomatik]] (tidak bergejala) untuk sebagian besar atau bahkan keseluruhan proses penyakit. Pada kasus ini, individu lain dapat menderita penyakit, sebagai penderita sekunder, setelah mengalami kontak dengan pembawa penyakit yang asimtomatik. Suatu infeksi tidak selalu identik dengan penyakit infeksi, karena beberapa infeksi tidak menimbulkan penyakit pada inang.<ref name=Sherris/>
== Patofisiologi ==
Ada serangkaian peristiwa yang terjadi selama infeksi.<ref>[http://www.infectioncycle.com/ Infection Cycle] – Retrieved on 2010-01-21 {{webarchive |url=https://web.archive.org/web/20140517095153/http://www.infectioncycle.com/ |date=May 17, 2014 }}</ref> Rantai peristiwa tersebut meliputi beberapa tahapan, yang melibatkan agen infeksi, reservoir, masuknya agen ke inang yang rentan, keluarnya agen dari inang tersebut, dan penularan ke inang baru. Masing-masing mata rantai harus terjadi secara berurutan agar infeksi dapat berkembang. Pemahaman terhadap langkah-langkah ini membantu petugas kesehatan mengendalikan infeksi dan mencegahnya agar tidak terjadi.<ref>[http://science.education.nih.gov/supplements/nih1/diseases/guide/understanding1.htm Understanding Infectious Diseases] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20090924155111/https://science.education.nih.gov/supplements/nih1/diseases/guide/understanding1.htm |date=2009-09-24 }} Science.Education.Nih.Gov article – Retrieved on 2010-01-21</ref>
===
[[Berkas:Dit del peu gros infectat.jpg|jmpl|250px|Infeksi kuku ([[cantengan]]) pada jari kaki, terlihat nanah [[nanah]] (kuning) dan [[peradangan]] (ditandai oleh kemerahan dan pembengkakan) yang terjadi di sekitar kuku.]]
Infeksi dimulai ketika suatu organisme berhasil memasuki tubuh, lalu tumbuh dan memperbanyak diri. Hal ini disebut kolonisasi. Sebagian besar manusia tidak mudah terinfeksi. Orang-orang dengan sistem imun yang lemah lebih rentan terhadap infeksi kronis atau persisten, sedangkan individu dengan sistem imun yang tertekan sangat rentan terhadap [[infeksi oportunistik]]. Umumnya, patogen masuk ke dalam tubuh inang melalui [[mukosa]] pada lubang tubuh, seperti rongga mulut, hidung, mata, genitalia, anus, dan bisa juga masuk melalui luka terbuka. Beberapa patogen dapat tumbuh di tempat awal masuk, tetapi banyak yang bermigrasi dan menyebabkan infeksi sistemik pada organ yang berbeda. Beberapa patogen tumbuh di dalam sel inang (intraseluler) sedangkan yang lain tumbuh bebas dalam [[cairan tubuh]].
Kolonisasi [[luka]] mengacu pada mikroorganisme yang tidak bereplikasi di dalam luka, sedangkan pada luka terinfeksi, mikroorganisme mengalami replikasi dan mengakibatkan kelukaan jaringan.<ref>{{Cite journal|last=Negut|first=Irina|last2=Grumezescu|first2=Valentina|last3=Grumezescu|first3=Alexandru Mihai|date=2018-09-18|title=Treatment Strategies for Infected Wounds|journal=Molecules : A Journal of Synthetic Chemistry and Natural Product Chemistry|volume=23|issue=9|doi=10.3390/molecules23092392|issn=1420-3049|pmc=6225154|pmid=30231567|page=2392}}</ref> Semua [[organisme multiseluler]] dikolonisasi sampai tingkat tertentu oleh organisme ekstrinsik, dan sebagian besar kolonisasi ini berada dalam hubungan [[mutualisme]] atau [[komensalisme]]. Contoh hubungan mutualisme adalah spesies [[bakteri anaerob]], yang melakukan kolonisasi pada usus mamalia, dan contoh komensalisme adalah berbagai spesies ''[[Staphylococcus]]'' yang ada pada kulit manusia. Tak satu pun dari kolonisasi ini dianggap infeksi. Perbedaan antara infeksi dan kolonisasi sering kali hanya masalah keadaan. Organisme nonpatogenik dapat menjadi patogenik dalam kondisi spesifik, dan bahkan organisme yang paling virulen (ganas) membutuhkan kondisi tertentu untuk menimbulkan infeksi yang membahayakan. Di dalam tubuh, beberapa bakteri seperti ''[[Corynebacteria]]'' sp. dan ''[[streptococci viridans]]'', mencegah adhesi dan kolonisasi bakteri patogenik sehingga mereka memiliki hubungan simbiosis dengan inang, mencegah infeksi, dan mempercepat [[penyembuhan luka]].
[[Berkas:Pathogenic Infection.png|jmpl|250px|kiri|Gambaran langkah-langkah infeksi oleh patogen.<ref>{{Cite journal|last=Duerkop|first=Breck A|last2=Hooper|first2=Lora V|date=2013-07-01|title=Resident viruses and their interactions with the immune system|journal=Nature Immunology|language=en|volume=14|issue=7|pages=654–59|doi=10.1038/ni.2614|pmc=3760236|pmid=23778792}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://www.studyblue.com/notes/note/n/bacterial-pathogenesis/deck/11094651|title=Bacterial Pathogenesis at Washington University |location= St. Louis|website=StudyBlue|access-date=2016-12-02}}</ref><ref>{{Cite web|url=http://www.lifeextension.com/magazine/2014/6/the-dangers-of-using-antibiotics-to-prevent-urinary-tract-infections/page-01?p=1|title=Print Friendly|website=www.lifeextension.com|access-date=2016-12-02|archive-url=https://web.archive.org/web/20161202235200/http://www.lifeextension.com/magazine/2014/6/the-dangers-of-using-antibiotics-to-prevent-urinary-tract-infections/page-01?p=1|archive-date=2016-12-02|url-status=dead}}</ref>]]
Variabel yang terlibat dan memengaruhi hasil akhir infeksi meliputi rute masuknya patogen, akses yang diperolehnya untuk memasuki bagian tubuh tertentu inang, virulensi intrinsik patogen, jumlah patogen di awal inokulasi, dan status kekebalan inang. Sebagai contoh, beberapa spesies [[stafilokokus]] tidak berbahaya pada kulit, tetapi ketika mereka berada dalam tempat yang biasanya [[steril]], misalnya di dalam kapsul [[sendi]] atau [[peritoneum]], mereka akan berkembang biak tanpa perlawanan dan menyebabkan kerusakan.
Dalam beberapa dekade terakhir, [[kromatografi gas–spektrometri massa]], analisis [[RNA ribosomal 16S]], [[omik]], dan teknologi canggih lainnya telah menjelaskan bahwa kolonisasi mikrob sangat umum, bahkan dalam lingkungan yang manusia anggap hampir steril. Karena kolonisasi bakteri merupakan hal yang normal, sulit untuk mengetahui luka kronis mana yang dapat dikategorikan terinfeksi dan seberapa besar risiko perkembangannya. Meskipun sejumlah besar luka ditemukan dalam praktik klinis, evaluasi tanda dan gejala dengan data yang berkualitas masih terbatas. Sebuah tinjauan luka kronis mengkuantifikasi pentingnya peningkatan rasa nyeri sebagai indikator infeksi.<ref>{{cite journal |vauthors=Reddy M, Gill SS, Wu W | date = Feb 2012 | title = Does this patient have an infection of a chronic wound? | url = | journal = JAMA | volume = 307 | issue = 6| pages = 605–11 | doi = 10.1001/jama.2012.98 | pmid = 22318282 |display-authors=etal}}</ref> Tinjauan tersebut menunjukkan bahwa temuan yang paling berguna adalah peningkatan rasa nyeri, tetapi tidak adanya rasa nyeri tidak otomatis menghilangkan kemungkinan infeksi.
=== Penyakit ===
Penyakit dapat muncul jika mekanisme pertahanan inang terganggu dan agen penginfeksi menyebabkan kerusakan pada inang. Mikroorganisme dapat menyebabkan kerusakan jaringan dengan melepaskan berbagai racun atau enzim yang merusak. Sebagai contoh, ''[[Clostridium tetani]]'' melepaskan racun yang melumpuhkan otot, dan ''[[Staphylococcus]]'' melepaskan racun yang menghasilkan [[syok]] dan [[sepsis]]. Tidak semua agen infeksi menyebabkan penyakit pada semua inang, misalnya, kurang dari 5% orang yang terinfeksi [[virus polio]] akan menderita penyakit [[polio]].<ref>http://www.immunize.org/catg.d/p4215.pdf</ref> Di sisi lain, beberapa agen infeksi bersifat sangat ganas. Prion yang menyebabkan [[penyakit sapi gila]] dan [[penyakit Creutzfeldt-Jakob]] selalu membunuh semua hewan dan orang yang terinfeksi.
Infeksi persisten terjadi karena tubuh tidak dapat membersihkan patogen setelah infeksi awal. Infeksi persisten ditandai oleh adanya agen penginfeksi secara terus-menerus, sering kali sebagai infeksi laten yang berulang kali kambuh sebagai infeksi aktif. Ada beberapa virus yang mengakibatkan infeksi persisten dengan menginfeksi sel-sel tubuh yang berbeda. Beberapa virus yang sekali masuk tidak pernah meninggalkan tubuh. Contoh yang khas adalah [[virus herpes]], yang cenderung bersembunyi di saraf dan menjadi aktif kembali dalam keadaan tertentu.
Infeksi persisten menyebabkan jutaan kematian secara global setiap tahun.<ref>[http://www.persistentinfection.net/ Chronic Infection Information] Retrieved on 2010-01-14 {{webarchive |url=https://web.archive.org/web/20150722065612/http://www.persistentinfection.net/ |date=July 22, 2015 }}</ref> Infeksi kronis oleh parasit merupakan penyebab morbiditas dan mortalitas yang tinggi di banyak negara terbelakang.
=== Penularan ===
{{main|penularan penyakit}}
[[Berkas:CulexNil.jpg|jmpl|220px|ka|Nyamuk ''[[Culex quinquefasciatus]]'' adalah vektor yang mentransmisikan patogen yang menyebabkan [[demam Nil Barat]] dan [[malaria burung]].]]
Agar agen penginfeksi dapat bertahan dan mengulangi siklus infeksi pada inang lain, mereka (atau keturunannya) harus meninggalkan inang atau reservoir yang ditempatinya dan menyebabkan infeksi di tempat lain. Penularan infeksi dapat terjadi melalui banyak rute:
* Kontak tetesan atau percikan, yang juga dikenal sebagai rute pernapasan, dan infeksi yang diakibatkannya dapat disebut [[penyakit bawaan udara]]. Jika orang yang terinfeksi batuk atau bersin dan partikelnya sampai ke orang lain, mikroorganisme, yang tersuspensi dalam tetesan yang hangat dan lembab, dapat masuk ke dalam tubuh melalui permukaan hidung, mulut atau mata.
* [[Penularan fekal–oral]], yaitu ketika bahan makanan atau air menjadi terkontaminasi partikel feses (oleh orang-orang yang tidak mencuci tangan sebelum menyiapkan makanan atau limbah yang tidak diolah dilepaskan ke dalam air minum) sehingga orang-orang yang makan dan minum menjadi terinfeksi. Patogen yang ditularkan melalui metode ini di antaranya ''[[Vibrio cholerae]]'', spesies ''[[Giardia]]'', ''[[Rotavirus]]'', ''[[Entamoeba histolytica]]'', ''[[Escherichia coli]]'', dan [[cacing pita]].<ref>[http://www.fungusfocus.com/html/flukes.htm Intestinal Parasites and Infection] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20101028013944/http://fungusfocus.com/html/flukes.htm |date=2010-10-28 }} fungusfocus.com – Retrieved on 2010-01-21</ref> Sebagian besar patogen ini menyebabkan [[gastroenteritis]].
* Penularan seksual, dengan penyakit yang dihasilkan disebut [[penyakit menular seksual]].
* Penularan melalui mulut. Penyakit yang ditularkan terutama melalui kontak oral langsung seperti ciuman, atau melalui kontak tidak langsung seperti dengan berbagi gelas minum atau rokok.
* Penularan melalui kontak langsung, Beberapa penyakit yang dapat ditularkan melalui kontak atau sentuhan langsung termasuk [[tinea pedis]], [[impetigo]], dan [[kutil]].
* Penularan melalui benda mati, misalnya makanan, air, dan tanah yang terkontaminasi.<ref>{{Cite web|url=http://www.microbiologybook.org/Infectious%20Disease/Infectious%20Disease%20Introduction.htm|title=Clinical Infectious Disease – Introduction|website=www.microbiologybook.org|access-date=2017-04-19}}</ref>
* [[Penularan vertikal]], yaitu penularan langsung dari ibu ke embrio, janin, atau bayi selama kehamilan atau persalinan. Hal ini bisa terjadi ketika ibu mendapat infeksi sebagai penyakit penyerta dalam kehamilan.
* Penularan [[iatrogenik]], karena prosedur medis seperti injeksi atau transplantasi bahan yang terinfeksi.
* Penularan melalui vektor, yaitu organisme yang tidak menderita penyakit tetapi ikut menularkan infeksi dengan membawa patogen dari satu inang ke inang lainnya.<ref>[http://www.metapathogen.com/ Pathogens and vectors] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20171005150918/http://www.metapathogen.com/ |date=2017-10-05 }}. ''MetaPathogen.com''.</ref>
Hubungan antara virulensi dan penularan sangat kompleks; jika suatu penyakit bersifat fatal, inang dapat mati sebelum patogen dapat ditularkan ke inang lain.
==
Diagnosis penyakit infeksi terkadang melibatkan identifikasi agen infeksi baik secara langsung maupun tidak langsung. Dalam praktiknya, sebagian besar penyakit infeksi minor seperti [[kutil]], [[abses]] kulit, infeksi [[sistem pernapasan]], dan [[diare]] didiagnosis berdasarkan manifestasi klinisnya dan diobati tanpa mengetahui agen penyebabnya secara spesifik. Kesimpulan tentang penyebab penyakit ini didasarkan pada kemungkinan penderitanya melakukan kontak dengan agen tertentu, keberadaan mikroorganisme dalam suatu komunitas, dan pertimbangan epidemiologis lainnya. Dengan upaya yang memadai, semua agen infeksi dapat diidentifikasi secara spesifik. Namun, manfaat identifikasi sering kali lebih kecil dibandingkan biaya yang perlu dikeluarkan untuk identifikasi, karena sering kali tidak ada perawatan khusus untuk penyakit tersebut, penyebabnya jelas, atau hasil infeksinya tidak berbahaya.
Diagnosis penyakit infeksi hampir selalu dimulai oleh [[riwayat kesehatan]] dan pemeriksaan fisik. Teknik identifikasi yang lebih terperinci melibatkan kultur agen infeksi yang diisolasi dari penderitanya. Kultur memungkinkan identifikasi organisme penginfeksi dengan memeriksa karakteristik mikroskopis mereka, dengan mendeteksi keberadaan zat yang dihasilkan oleh patogen, dan dengan secara langsung mengidentifikasi organisme dengan genotipnya. Teknik lain (seperti [[sinar-X]], pemindaian [[tomografi terkomputasi]] (CT), pemindaian [[Tomografi emisi positron|PET]] atau [[Resonansi magnet inti|MRI]]) digunakan untuk menghasilkan gambar kelainan internal yang dihasilkan dari pertumbuhan agen infeksi. Gambar tersebut berguna dalam mendeteksi, misalnya, abses tulang atau [[ensefalopati spongiformis]] yang ditimbulkan oleh prion.
===
Diagnosis dibantu oleh gejala yang muncul pada setiap individu yang menderita penyakit infeksi, tetapi metode ini biasanya membutuhkan teknik diagnostik tambahan untuk mengonfirmasi kecurigaan tersebut. Beberapa tanda klinis tertentu, yang disebut tanda patognomonik, merupakan karakteristik khusus yang menjadi indikasi suatu penyakit; tetapi hal ini jarang terjadi. Tidak semua infeksi bersifat simtomatik.<ref name=Sternak>{{cite journal|last1=Ljubin-Sternak|first1=Suncanica|last2=Mestrovic|first2=Tomislav|title=Review: Clamydia trachonmatis and Genital Mycoplasmias: Pathogens with an Impact on Human Reproductive Health|journal=Journal of Pathogens|page=3 |date=2014|volume=2014|issue=183167|doi=10.1155/2014/183167|pmid=25614838|pmc=4295611}}</ref> Pada anak-anak, adanya [[sianosis]], pernapasan cepat, perfusi perifer yang buruk, atau ruam petekie meningkatkan risiko infeksi serius hingga lebih dari 5 kali lipat.<ref name=Lancet10>{{cite journal |vauthors=Van den Bruel A, Haj-Hassan T, Thompson M, Buntinx F, Mant D | title = Diagnostic value of clinical features at presentation to identify serious infection in children in developed countries: a systematic review | journal = Lancet | volume = 375 | issue = 9717 | pages = 834–45 | date = March 2010 | pmid = 20132979 | doi = 10.1016/S0140-6736(09)62000-6 | url = }}</ref><!-- Indikator penting lainnya termasuk kekhawatiran orang tua, insting klinis, dan suhu lebih dari 40 °C.<ref name=Lancet10/>-->
=== Kultur mikrob ===
[[Berkas:K pneumoniae M morganii providencia styphimuriuma.JPG|jmpl|250px|Empat plat [[agar nutrien]] yang menumbuhkan koloni bakteri [[Gram negatif]] secara umum.]]
[[Kultur mikrobiologi]] adalah metode utama yang digunakan untuk mendiagnosis penyakit infeksi. Dalam kultur mikrob, media pertumbuhan digunakan untuk memfasilitasi pertumbuhan agen tertentu. Spesimen dari jaringan atau cairan yang diduga berpenyakit diambil untuk kemudian dikultur untuk mendeteksi keberadaan agen infeksi. Kebanyakan bakteri patogenik mudah tumbuh pada [[agar-agar|agar]] nutrien, suatu media padat yang mengandung karbohidrat dan protein yang diperlukan untuk pertumbuhan bakteri. Satu bakteri akan memperbanyak diri membentuk sebuah koloni berupa gundukan yang terlihat di permukaan agar. Koloni ini dapat tumbuh terpisah dari koloni lain atau menyatu dengan koloni lain pada agar tersebut. Variasi ukuran, warna, bentuk dan bentuk koloni merupakan hasil dari karakteristik spesies maupun [[galur]] bakteri, serta lingkungan yang mendukung pertumbuhannya. Bahan-bahan lain sering ditambahkan ke plat agar untuk membantu identifikasi. Zat tambahan tersebut memungkinkan pertumbuhan beberapa bakteri dan mencegah pertumbuhan bakteri lainnya, atau mengalami perubahan warna sebagai respons terhadap bakteri tertentu dan bukan bakteri yang lain. Plat bakteriologis seperti ini biasanya digunakan dalam identifikasi klinis bakteri infeksius. Biakan mikrob juga dapat digunakan dalam identifikasi virus. Media yang digunakan untuk menumbuhkan virus adalah sel hidup yang dapat diinfeksi oleh virus yang dimaksud. Dalam proses identifikasi virus, akan tercipta suatu zona kematian sel, yang diakibatkan oleh pertumbuhan virus, yang disebut "plak". Parasit [[eukariot]]ik juga dapat ditumbuhkan dalam kultur.
Apabila tidak ada teknik kultur plat yang sesuai, beberapa mikroorganisme membutuhkan hewan hidup sebagai media pertumbuhan. Bakteri seperti ''[[Mycobacterium leprae]]'' dan ''[[Treponema pallidum]]'' dapat tumbuh pada hewan, meskipun teknik serologis dan mikroskopis membuat penggunaan hewan hidup tidak diperlukan lagi. Virus juga biasanya diidentifikasi menggunakan media lain selain hewan hidup. Beberapa virus dapat tumbuh dalam telur berembrio. Metode identifikasi lain yang bermanfaat adalah [[xenodiagnosis]], atau penggunaan vektor untuk mendukung pertumbuhan agen infeksi. [[Penyakit Chagas]] tidak mudah didiagnosis karena sulit untuk menunjukkan keberadaan agen penyebab penyakit ini, yaitu ''[[Trypanosoma cruzi]]'', pada penderitanya. Oleh karena itu, diagnosis definitif sulit ditegakkan. Dalam kasus ini, xenodiagnosis melibatkan penggunaan vektor ''T. cruzi'', yaitu ''[[Triatominae]]'', serangga yang tidak terinfeksi, yang mengisap darah seseorang yang diduga terinfeksi. Serangga tersebut kemudian diperiksa untuk mendeteksi keberadaan ''T. cruzi'' dalam ususnya.
=== Mikroskopi ===
Alat utama lain untuk mendiagnosis penyakit infeksi adalah [[mikroskop]]. Hampir semua teknik kultur yang dibahas di atas bergantung, pada titik tertentu, pada pemeriksaan mikroskopis untuk mengidentifikasi agen infeksi secara definitif. Pemeriksaan mikroskopis dapat dilakukan dengan instrumen sederhana, seperti [[mikroskop cahaya]] majemuk, atau dengan instrumen serumit [[mikroskop elektron]]. Spesimen yang diperoleh dari penderita penyakit dapat dilihat langsung di bawah mikroskop cahaya, dan sering kali dapat membantu identifikasi dengan cepat. Mikroskop juga sering digunakan bersama dengan teknik [[pewarnaan]] [[biokimia]], dan dapat bersifat sangat spesifik ketika dikombinasikan dengan teknik berbasis [[antibodi]]. Suatu antibodi dapat dilabel dengan teknik [[fluoresens]] sehingga dapat diarahkan untuk mengikat dan mengidentifikasi [[antigen]] spesifik yang ada pada patogen. [[Mikroskop fluoresens]] kemudian digunakan untuk mendeteksi antibodi tersebut, yang telah berikatan dengan antigen di dalam sampel klinis atau sel yang dikultur. Teknik ini sangat berguna untuk mendiagnosis penyakit virus, yang tidak mampu diidentifikasi oleh mikroskop cahaya.
Prosedur mikroskopis lainnya juga dapat membantu mengidentifikasi agen infeksi. Hampir semua sel mudah diwarnai dengan sejumlah [[bahan pewarna]] dasar akibat tarikan [[elektrostatik]] antara molekul seluler bermuatan negatif dengan muatan positif pada pewarna. Pada mikroskop, sel biasanya terlihat transparan dan pemberian warna akan meningkatkan kontras antara sel dengan latar belakangnya. Pewarnaan sel dengan zat warna seperti [[Giemsa]] atau [[kristal ungu]] memungkinkan seorang pengguna mikroskop untuk menggambarkan ukuran, bentuk, komponen internal dan eksternal sel, serta hubungannya dengan sel-sel lain. Perbedaan respons bakteri terhadap pewarnaan dapat dimanfaatkan untuk mengelompokkan mikroorganisme. Dua metode pewarnaan, yaitu [[pewarnaan Gram]] dan [[pewarnaan tahan asam]], merupakan pendekatan standar yang digunakan untuk mengklasifikasikan bakteri dan untuk mendiagnosis penyakit. Pewarnaan Gram dapat mengidentifikasi kelompok bakteri ''[[Firmicutes]]'' dan ''[[Actinobacteria]]'', yang berisi banyak bakteri patogenik penting. Sementara itu, prosedur pewarnaan asam-cepat dapat mengidentifikasi genus ''[[Mycobacterium]]'' dan ''[[Nocardia]]''.
=== Uji biokimia ===
Identifikasi agen infeksi juga bisa menggunakan uji biokimia untuk mengetahui karakter produk [[metabolik]] atau [[enzimatik]] dari agen infeksi tertentu. Karena bakteri memfermentasi karbohidrat dengan pola tertentu sesuai dengan karakteristik genus dan spesiesnya, deteksi produk [[fermentasi]] biasanya untuk mengidentifikasi bakteri. [[Asam]], [[alkohol]], dan [[gas]] juga biasanya dideteksi dalam uji ini ketika bakteri ditumbuhkan dalam media cair atau padat.
Isolasi [[enzim]] dari jaringan yang terinfeksi juga membantu diagnosis penyakit infeksi. Sebagai contoh, manusia tidak dapat membuat enzim [[replikase RNA]] atau [[transkriptase balik]], dan keberadaan enzim-enzim ini merupakan tanda infeksi virus tertentu. Kemampuan protein [[hemaglutinin]] yang dimiliki virus untuk mengikat sel-[[sel darah merah]] hingga dapat dideteksi juga merupakan uji biokimia untuk mengetahui infeksi virus, walaupun hemaglutinin bukanlah suatu enzim dan tidak memiliki fungsi metabolik.
Uji [[serologis]] merupakan metode pengujian yang sangat sensitif, spesifik, dan sering kali sangat cepat untuk mengidentifikasi mikroorganisme tertentu. Pengujian ini didasarkan pada kemampuan suatu antibodi untuk berikatan secara khusus pada suatu antigen. Antigen ini biasanya berupa protein atau karbohidrat yang dihasilkan atau dimiliki oleh agen infeksi. Ikatan ini kemudian memicu serangkaian peristiwa yang dapat diamati dengan jelas dalam berbagai cara, tergantung pada jenis pengujiannya. Misalnya, "[[Faringitis streptokokus|sakit tenggorokan]]" biasanya didiagnosis dalam beberapa menit, dengan mendeteksi antigen yang dibuat oleh bakteri penyebabnya, ''[[Streptococcus pyogenes]]'', yang diambil dari tenggorokan pasien dengan kapas. Uji serologis, jika tersedia, biasanya merupakan rute identifikasi yang disukai. Meskipun demikian, uji serologis butuh biaya pengembangan yang mahal dan reagen yang digunakan dalam tes sering kali harus disimpan dalam kondisi dingin. Beberapa uji serologis bisa berbiaya sangat mahal, meskipun ketika digunakan secara luas, misalnya dengan "[[Rapid strep test|uji cepat]]", metode ini bisa menjadi murah.<ref name=Sherris/>
Teknik serologis telah dikembangkan secara kompleks menjadi [[imunoasai]]. Imunoasai dapat menggunakan ikatan antibodi–antigen sebagai dasar untuk menghasilkan sinyal radiasi partikel atau elektromagnetik, yang dapat dideteksi oleh beberapa instrumen. Sinyal yang sebelumnya tidak diketahui dapat dibandingkan dengan standar yang memungkinkan penghitungan jumlah antigen target. Imunoasai dapat mendeteksi atau mengukur antigen milik agen infeksi atau protein yang dihasilkan oleh inang terinfeksi sebagai respons terhadap agen asing. Sebagai contoh, imunoasai A dapat mendeteksi keberadaan protein permukaan dari partikel virus, sedangkan imunoasai B dapat mendeteksi atau mengukur antibodi yang dihasilkan oleh sistem imun organisme yang dibuat untuk menetralisir dan menghancurkan virus.
Suatu instrumen dapat digunakan untuk membaca sinyal yang sangat kecil yang dihasilkan oleh reaksi sekunder dari ikatan antigen–antibodi. Instrumen tersebut dapat mengontrol pengambilan sampel, penggunaan reagen, waktu reaksi, deteksi sinyal, penghitungan hasil, dan manajemen data untuk menghasilkan proses otomatis yang hemat biaya untuk mendiagnosis penyakit infeksi.
=== Diagnosis berbasis PCR ===
[[Reaksi berantai polimerase]] (PCR) merupakan metote yang mendeteksi keberadaan segmen [[asam nukleat]] dalam spesimen yang diuji. Teknologi yang didasarkan pada metode ini akan menjadi [[standar emas (pengujian)|standar emas]] untuk berbagai diagnosis penyakit karena beberapa alasan. Pertama, pendataan agen infeksi telah berkembang sehingga hampir semua agen infeksi penting telah diidentifikasi. Kedua, agen infeksi harus memperbanyak diri (melipatgandakan asam nukleatnya) di dalam tubuh manusia untuk menimbulkan penyakit. Amplifikasi asam nukleat dalam jaringan yang terinfeksi ini memungkinkan deteksi agen infeksi dengan menggunakan PCR. Ketiga, unsur penting untuk melakukan PCR, yaitu [[primer DNA|primer]], berasal dari [[genom]] agen infeksi, dan seiring waktu genom tersebut akan diketahui.
Dengan demikian, teknologi saat ini telah mampu mendeteksi agen infeksi dengan cepat dan spesifik. Satu-satunya kesulitan untuk menjadikan PCR sebagai alat diagnosis standar adalah biaya yang cukup tinggi dan penerapannya yang tidak mudah. Beberapa penyakit juga tidak cocok didiagnosis dengan PCR, contohnya adalah penyakit [[Clostridia|klostridial]] ([[tetanus]] dan [[botulisme]]). Penyakit-penyakit ini pada dasarnya adalah keracunan biologis oleh sejumlah kecil bakteri infeksius yang menghasilkan neurotoksin yang sangat kuat. Tidak terjadi perbanyakan agen infeksi yang signifikan, yang akan membatasi kemampuan PCR untuk mendeteksi keberadaan bakteri-bakteri tersebut.
=== Pengurutan metagenomika ===
Mengingat banyaknya bakteri, virus, dan patogen lain yang menyebabkan penyakit ganas dan mengancam jiwa, kemampuan untuk mengidentifikasi penyebab infeksi dengan cepat merupakan hal penting meskipun sering kali dijumpai tantangan. Sebagai contoh, lebih dari setengah kasus [[ensefalitis]], penyakit berat yang memengaruhi otak, tidak terdiagnosis, meskipun telah dilakukan pengujian ekstensif menggunakan metode laboratorium klinis yang canggih. [[Metagenomika]] pun dikembangkan untuk penggunaan klinis untuk mendiagnosis infeksi dengan sensitif dan cepat menggunakan pengujian tunggal. Pengujian ini mirip dengan PCR; namun, amplifikasi materi genetik dilakukan dengan tidak bias dan tidak menggunakan primer untuk agen infeksi tertentu. Langkah amplifikasi ini diikuti oleh [[Pengurutan DNA|pengurutan]] dan [[penjajaran urutan|penjajaran]] menggunakan basis data besar dari ribuan genom organisme dan virus.
Pengurutan metagenomika terbukti sangat berguna untuk mendiagnosis penderita yang mengalami [[imunodefisiensi]]. Lebih banyak lagi agen infeksi yang dapat mengakibatkan penyakit serius pada individu dengan [[imunosupresi]], sehingga penapisan klinis harus dilakukan lebih luas. Selain itu, ekspresi gejala sering kali tidak khas sehingga diagnosis klinis yang didasarkan pada manifestasi klinis menjadi lebih sulit. Ditambah lagi, metode diagnostik yang mengandalkan deteksi antibodi cenderung tidak dapat diandalkan. Pengujian yang luas dan sensitif untuk mendeteksi keberadaan materi infeksius lebih diinginkan dibandingkan deteksi antibodi.
=== Indikasi pengujian ===
Identifikasi agen infeksi spesifik biasanya dilakukan ketika ia bisa membantu pengobatan atau pencegahan penyakit, atau untuk menambah pengetahuan tentang proses penyakit sebelum langkah-langkah terapi atau pencegahan yang efektif dikembangkan. Sebagai contoh, pada awal 1980-an, sebelum kemunculan [[zidovudin]] untuk pengobatan AIDS, perkembangan penyakit ini diikuti dengan memantau komposisi sampel darah penderitanya, walaupun hasilnya tidak menawarkan pilihan pengobatan lebih lanjut. Beberapa studi tentang kemunculan HIV di komunitas-komunitas tertentu memungkinkan pengembangan hipotesis mengenai jalur penularan virus. Dengan memahami bagaimana penyakit ini ditularkan, sumber daya dapat ditargetkan ke masyarakat dengan risiko terbesar untuk mengurangi jumlah infeksi baru. Identifikasi serologis, dan kemudian identifikasi [[genotipe|genotipik]] atau molekuler, dari HIV juga memungkinkan pengembangan hipotesis mengenai asal-usul waktu dan lokasi virus, serta segudang hipotesis lainnya. [17] Perkembangan alat diagnostik molekuler telah memungkinkan dokter dan peneliti untuk memantau kemanjuran pengobatan dengan [[Penanganan HIV/AIDS|obat antiretrovirus]]. Diagnosis molekuler sekarang telah banyak digunakan untuk mengidentifikasi HIV pada orang sehat, jauh sebelum timbulnya penyakit, dan telah digunakan untuk menunjukkan adanya orang yang secara genetik kebal terhadap infeksi HIV. Meskipun untuk sementara masih belum ada obat untuk menyembuhkan AIDS, ada manfaat terapeutik dan prediktif yang besar untuk mengidentifikasi HIV dan memantau tingkat virus dalam darah orang yang terinfeksi, baik untuk penderita maupun masyarakat luas.
== Pencegahan ==
[[Berkas:OCD handwash.jpg|jmpl|ka|Mencuci tangan, salah satu bentuk [[higiene]], merupakan cara efektif untuk mencegah penyebaran penyakit infeksi.<ref name=handhygiene>{{cite journal|vauthors=Bloomfield SF, Aiello AE, Cookson B, O'Boyle C, Larson EL|url=http://www.ajicjournal.org/article/S0196-6553(07)00595-0/fulltext|title=The effectiveness of hand hygiene procedures including hand-washing and alcohol-based hand sanitizers in reducing the risks of infections in home and community settings|journal=American Journal of Infection Control|year=2007|volume=35|issue=10|pages=S27–S64|doi=10.1016/j.ajic.2007.07.001|pmc=7115270}}</ref>]]
{{main|kesehatan masyarakat|pencegahan dan pengendalian infeksi}}
Beberapa metode seperti [[mencuci tangan]] dan mengenakan [[alat pelindung diri]] seperti [[masker medis|masker]] dapat membantu mencegah infeksi dari satu orang ke orang lain. Teknik [[aseptik]] diperkenalkan dalam kedokteran pada akhir abad ke-19 dan sangat mengurangi [[Insiden (epidemiologi)|insiden]] infeksi yang disebabkan oleh [[pembedahan]]. Sering mencuci tangan tetap menjadi cara paling penting untuk mencegah penyebaran organisme yang tidak diinginkan.<ref>{{cite web|url=http://science.education.nih.gov/supplements/nih1/diseases/guide/fig4-longdesc.htm|title="Generalized Infectious Cycle" Diagram Illustration|website=science.education.nih.gov|accessdate=2010-01-21|archiveurl=https://web.archive.org/web/20090924155114/https://science.education.nih.gov/supplements/nih1/diseases/guide/fig4-longdesc.htm|archivedate=2009-09-24}}</ref> Beberapa bentuk pencegahan lain seperti menerapkan pola hidup [[higiene|higienis]], menjaga [[sanitasi]], berolahraga dengan teratur, mengonsumsi [[diet]] seimbang, dan serta memasak makanan dengan baik juga penting untuk mencegah infeksi.
Zat [[antimikrob]] yang digunakan untuk mencegah penularan infeksi meliputi:
* [[antiseptik]], yang diaplikasikan pada jaringan hidup, misalnya kulit.
* [[disinfektan]], yang menghancurkan mikroorganisme pada benda mati.
* [[antibiotik]], dalam konteks [[profilaksis]] bila diberikan sebagai pencegahan dan bukan sebagai pengobatan infeksi. Namun, penggunaan antibiotik jangka panjang mengakibatkan [[resistansi antibiotik|resistansi]]. Pemakaian antibiotik lebih banyak dari yang diperlukan, memungkinkan bakteri bermutasi sehingga menjadi kebal.
Salah satu cara untuk mencegah atau memperlambat penularan penyakit infeksi adalah mengenali perbedaan sifat berbagai penyakit.<ref name=Watts>{{cite book |author=Watts, Duncan |title=Six degrees: the science of a connected age |publisher=William Heinemann |location=London |year=2003 |pages= |isbn=978-0-393-04142-2 |url-access=registration |url=https://archive.org/details/sixdegrees00dunc }}</ref> Beberapa karakteristik penting yang harus diperhatikan di antaranya [[virulensi]] patogen, jarak yang ditempuh oleh penderitanya, dan tingkat penularan. [[Galur]] [[virus Ebola]] pada manusia, misalnya, membunuh penderitanya dengan cepat. Akibatnya, para penderita penyakit ini tidak punya kesempatan untuk bepergian jauh dari zona infeksi awal.<ref>{{cite book |author=Preston, Richard |title=The hot zone |url=https://archive.org/details/hotzone1995pres |publisher=Anchor Books |location=Garden City, N.Y. |year=1995 |pages= |isbn=978-0-385-49522-6 }}</ref> Selain itu, virus ini harus menyebar melalui lesi kulit atau membran permeabel seperti mata. Dengan demikian, tahap awal penyakit Ebola tidak terlalu menular karena korbannya hanya mengalami pendarahan internal. Sebagai hasil dari karakteristik di atas, penyebaran penyakit Ebola sangat cepat dan biasanya tetap dalam area geografis yang relatif terbatas. Sebaliknya, HIV membunuh korbannya dengan sangat lambat dengan menyerang sistem kekebalan tubuh mereka.<ref name=Sherris/> Akibatnya, banyak dari korbannya menularkan virus ke orang lain bahkan sebelum menyadari bahwa mereka membawa penyakit itu. Selain itu, virulensi yang relatif rendah memungkinkan para penderitanya untuk melakukan perjalanan jarak jauh, yang meningkatkan kemungkinan terjadinya [[epidemi]].
Metode umum untuk mencegah penularan patogen yang ditularkan melalui [[vektor (biologi)|vektor]] adalah pengendalian vektor tersebut. Pemutusan siklus hidup vektor akan memutus penyebaran agen infeksi yang dibawanya.
Jika infeksi hanya dicurigai dan belum dapat dipastikan, seorang individu dapat di[[karantina]] sampai [[masa inkubasi]] selesai untuk menunggu manifestasi penyakit muncul atau memastikan orang yang dikarantina tetap sehat. Selain terhadap individu, karantina juga dapat diterapkan terhadap kelompok atau populasi. Dalam suatu komunitas, ''[[cordon sanitaire]]'' dapat dikenakan untuk mencegah infeksi menyebar di luar komunitas tersebut, atau [[sekuestrasi protektif]] untuk mencegah infeksi masuk ke dalam komunitas. Otoritas kesehatan masyarakat dapat menerapkan bentuk-bentuk pencegahan lain seperti [[pembatasan sosial]] dalam bentuk penutupan sekolah, untuk mengendalikan epidemi.
== Imunitas ==
Sebagian besar patogen yang menginfeksi tidak mengakibatkan kematian inang dan patogen tersebut pada akhirnya akan hilang setelah gejala penyakit berkurang.<ref name= Baron/> Proses ini membutuhkan [[sistem imun]] untuk membunuh atau menonaktifkan patogen. [[Sistem imun adaptif|Kekebalan spesifik yang didapat]] dari penyakit infeksi dapat dimediasi oleh antibodi dan/atau [[sel T|limfosit T]]. Kekebalan yang dimediasi oleh dua faktor ini dapat dimanifestasikan oleh:
* efek langsung pada patogen, seperti bakteriolisis yang bergantung pada [[sistem komplemen|komplemen]] yang diprakarsai oleh antibodi, [[opsonin|opsonisasi]], [[fagositosis]], dan pembunuhan, yang terjadi pada beberapa bakteri,
* netralisasi virus sehingga mereka ini tidak bisa memasuki sel, atau
* kinerja limfosit T, yang akan membunuh sel yang dimasuki oleh mikroorganisme.
Respons sistem imun terhadap mikroorganisme sering kali menyebabkan gejala seperti [[demam]] tinggi dan [[peradangan]]. Efek ini berpotensi lebih merusak dibandingkan kerusakan langsung yang disebabkan oleh mikrob.<ref name=Sherris/>
Seseorang dapat menjadi resistan atau kebal terhadap suatu penyakit dengan [[pembawa asimtomatik|membawa patogen secara asimtomatik]], membawa organisme yang strukturnya serupa (reaksi silang), atau melalui [[vaksinasi]]. Patogen primer memberi pengetahuan tentang antigen pelindung dan [[Sistem imun adaptif|kekebalan adaptif]] yang lebih lengkap dibandingkan patogen oportunistik. Fenomena [[kekebalan kelompok]] juga bisa tercipta untuk melindungi mereka yang rentan ketika sebagian besar populasi telah kebal dari infeksi tertentu.
Sistem imun mampu melawan patogen apabila jumlah antibodi yang spesifik terhadap antigen dan/atau sel T mencapai tingkat tertentu. Sejumlah individu mengembangkan antibodi alami dalam [[serum darah|serumnya]] meskipun mereka hanya sedikit terpapar atau bahkan sama sekali tidak terpapar antigen. Antibodi alami ini memberikan perlindungan khusus kepada individu dewasa dan secara pasif [[imunitas pasif|diturunkan]] ke bayinya yang baru lahir.
=== Faktor genetik inang ===
Organisme yang menjadi target infeksi disebut inang. Dalam [[parasitologi]], mereka yang membawa patogen (khususnya parasit) dalam fase dewasa dan bereproduksi secara seksual disebut ''inang definitif''. Sementara itu, ''inang perantara'' merupakan sebutan bagi inang yang menjadi tempat parasit hidup dalam fase larva atau bereproduksi secara aseksual.<ref>{{cite journal|vauthors=Barreto ML, Teixeira MG, Carmo EH|year=2006|title=Infectious diseases epidemiology|journal=Journal of Epidemiology and Community Health|volume=60|issue=3|pages=192–95|doi=10.1136/jech.2003.011593|pmc=2465549|pmid=16476746}}</ref> Pembersihan patogen, baik akibat pengobatan atau terjadi secara spontan, dapat dipengaruhi oleh variasi genetik inang secara individual. Misalnya, infeksi [[virus hepatitis C]] genotipe 1 yang diobati dengan [[peginterferon alfa-2a]] atau [[peginterferon alfa-2b]] yang dikombinasikan dengan [[ribavirin]] menunjukkan bahwa [[Polimorfisme (biologi)|polimorfisme]] genetik di dekat [[gen IL28B]] manusia, yang mengode [[interferon lambda 3]], dikaitkan dengan perbedaan yang signifikan dalam pembersihan virus oleh pengobatan. Temuan ini, awalnya menunjukkan bahwa penderita hepatitis C genotipe 1 yang membawa [[alel]] varian genetik tertentu di dekat gen IL28B cenderung lebih merespons pengobatan virus dibandingkan orang lain.<ref>{{cite journal |vauthors=Ge D, Fellay J, Thompson AJ, Simon JS, Shianna KV, Urban TJ, Heinzen EL, Qiu P, Bertelsen AH, Muir AJ, Sulkowski M, McHutchison JG, Goldstein DB | title = Genetic variation in IL28B predicts hepatitis C treatment-induced viral clearance | journal = Nature | volume = 461 | issue = 7262 | pages = 399–401 | year = 2009 | pmid = 19684573 | doi = 10.1038/nature08309 | bibcode = 2009Natur.461..399G }}</ref> Laporan berikutnya menunjukkan bahwa varian genetik yang sama juga dikaitkan dengan pembersihan alami untuk virus hepatitis C genotipe 1.<ref>{{cite journal |vauthors=Thomas DL, Thio CL, Martin MP, Qi Y, Ge D, O'Huigin C, Kidd J, Kidd K, Khakoo SI, Alexander G, Goedert JJ, Kirk GD, Donfield SM, Rosen HR, Tobler LH, Busch MP, McHutchison JG, Goldstein DB, Carrington M | title = Genetic variation in IL28B and spontaneous clearance of hepatitis C virus | journal = Nature | volume = 461 | issue = 7265 | pages = 798–801 | year = 2009 | pmid = 19759533 | pmc = 3172006 | doi = 10.1038/nature08463 | bibcode = 2009Natur.461..798T }}</ref>
== Pengobatan ==
Obat antiinfeksi dapat menekan infeksi yang menyerang tubuh. Ada beberapa jenis obat antiinfeksi yang luas, tergantung pada jenis organisme yang ditargetkan; obat-obat ini meliputi antibakteri ([[antibiotik]]), [[Obat antivirus|antivirus]], [[antijamur]], dan [[antiparasitik]] (termasuk [[antiprotozoal]] dan [[antelmintik]]). Antibiotik dapat diberikan melalui mulut, injeksi, atau dioleskan, tergantung pada tingkat keparahan dan jenis infeksi. Infeksi berat pada otak biasanya diobati dengan antibiotik intravena. Kadang-kadang, sejumlah antibiotik digunakan bersamaan jika ada resistansi terhadap satu antibiotik. Antibiotik hanya bekerja melawan bakteri dan tidak berefek pada virus. Cara kerja antibiotik yaitu memperlambat multiplikasi bakteri atau membunuh bakteri.
Tidak semua infeksi memerlukan pengobatan. Untuk infeksi yang sembuh sendiri, pengobatan dapat menimbulkan lebih banyak efek samping dibandingkan manfaatnya. [[Penatalayanan antimikrob]] merupakan konsep bahwa penyedia layanan kesehatan harus mengobati infeksi dengan antimikrob yang bekerja dengan baik untuk patogen spesifik dalam waktu sesingkat mungkin dan hanya akan mengobati ketika patogen diketahui atau kemungkinan besar terpengaruh oleh pengobatan tersebut.<ref>{{cite journal|last1=O'Brien|first1=Deirdre J.|last2=Gould|first2=Ian M.|title=Maximizing the impact of antimicrobial stewardship|journal=Current Opinion in Infectious Diseases|date=August 2013|volume=26|issue=4|pages=352–58|doi=10.1097/QCO.0b013e3283631046|pmid=23806898}}</ref>
== Epidemiologi ==
[[Berkas:Infectious and parasitic diseases world map-Deaths per million persons-WHO2012.svg|upright=1.3|jmpl|Kematian akibat penyakit infeksi dan parasitik per juta penduduk pada tahun 2012. {{refbegin|3}}{{legend|#ffff20|28-81}}{{legend|#ffe820|82-114}}{{legend|#ffd820|115-171}}{{legend|#ffc020|172-212}}{{legend|#ffa020|213-283}}{{legend|#ff9a20|284-516}}{{legend|#f08015|517-1,193}}{{legend|#e06815|1,194-2,476}}{{legend|#d85010|2,477-3,954}}{{legend|#d02010|3,955-6812}}{{refend}}]]
[[Berkas:Infectious and parasitic diseases world map - DALY - WHO2004.svg|jmpl|upright=1.3|[[Tahun kehidupan disabilitas tersesuaikan]] (DALY) untuk penyakit infeksi dan parasitik per 100.000 penduduk pada tahun 2004.<ref>{{cite web |url=http://www.who.int/entity/healthinfo/global_burden_disease/gbddeathdalycountryestimates2004.xls |title=Age-standardized DALYs per 100,000 by cause, and Member State, 2004 |author=World Health Organization |authorlink=World Health Organization |date=February 2009}}
</ref>{{refbegin|2}}
{{legend|#b3b3b3|no data}}
{{legend|#ffff65|≤250}}
{{legend|#fff200|250–500}}
{{legend|#ffdc00|500–1000}}
{{legend|#ffc600|1000–2000}}
{{legend|#ffb000|2000–3000}}
{{legend|#ff9a00|3000–4000}}
{{legend|#ff8400|4000–5000}}
{{legend|#ff6e00|5000–6250}}
{{legend|#ff5800|6250–12,500}}
{{legend|#ff4200|12,500–25,000}}
{{legend|#ff2c00|25,000–50,000}}
{{legend|#cb0000|≥50,000}}
{{refend}}]]
Pada 2010, sekitar 10 juta orang meninggal karena penyakit menular.<ref>{{cite news |url=http://www.cbc.ca/news/1.2802071 |title=Could Ebola rank among the deadliest communicable diseases? |publisher=CBC News |date=20 October 2014}}</ref> [[Organisasi Kesehatan Dunia]] (WHO) mengumpulkan informasi kematian global berdasarkan kategori kode [[ICD]]. Tabel berikut mencantumkan penyakit infeksi teratas berdasarkan jumlah kematian pada tahun 2002. Data tahun 1993 juga ditampilkan sebagai perbandingan.
{| class="wikitable sortable" style="font-size:80%; "
|+ '''Kematian di seluruh dunia akibat penyakit infeksi'''<ref>{{cite web | title=The World Health Report (Annex Table 2) | url=http://www.who.int/whr/2004/annex/topic/en/annex_2_en.pdf | year=2004}}</ref><ref>{{cite web | url=http://www.who.int/whr/1995/en/whr95_ch1_en.pdf | year=1995 | title=Table 5 }}</ref>
! Urutan|| Penyebab kematian || Kematian pada 2002<br /> (dalam juta) || Persentase dari<br /> seluruh kematian || Kematian pada 1993<br /> (dalam juta)|| Urutan pada 1993
|- style="background:#ffdead;"
||N/A|| style="background:#ffdead;"| Semua penyakit infeksi || style="background:#ffdead;"|14.7 || style="background:#ffdead; text-align:center;"|25.9% || style="background:#ffdead;"| 16.4 || style="background:#ffdead; text-align:center;"|32.2%
|-
| 1 ||[[Infeksi saluran pernapasan bawah]]<ref>Infeksi saluran pernapasan bawah meliputi berbagai [[pneumonia]], [[influenza]], dan [[bronkitis]] akut.</ref>
||3,9 || style="text-align:center;"|6,9%||4,1||1
|-
| 2 |||[[HIV]]/[[AIDS]] ||2,8 || style="text-align:center;"|4,9% || 0,7||7
|-
| 3 ||[[Gastroenteritis]]<ref>Gastroenteritis atau diare diakibatkan oleh berbagai organisme yang berbeda, seperti [[kolera]], [[botulisme]], dan ''[[Escherichia coli|E. coli]]''.<!-- THIS APPEARS TO BE A LIST OF TWO DISEASES and ONE ORGANISM. Lihat pula: [[ICD-10 Bab I: Penyakit Infeksi dan parasit|Penyakit infeksi dan parasit lainnya]]--></ref>||1.8 || style="text-align:center;"|3.2% ||3.0||2
|-
| 4 ||[[Tuberkulosis]] (TB)|| 1,6 || style="text-align:center;"|2,7% ||2,7 ||3
|-
| 5 ||[[Malaria]] ||1,3 || style="text-align:center;"|2,2% ||2,0 ||4
|-
| 6 || [[Campak]] ||0,6 || style="text-align:center;"|1,1% ||1,1 ||5
|-
| 7 ||[[Batuk rejan]] ||0,29|| style="text-align:center;"|0,5% ||0,36 ||7
|-
| 8 ||[[Tetanus]] ||0,21 || style="text-align:center;"|0,4% ||0,15 ||12
|-
| 9 ||[[Meningitis]]||0,17 || style="text-align:center;"|0,3% ||0,25 ||8
|-
| 10 ||[[Sifilis]]||0,16 || style="text-align:center;"|0,3% ||0,19 || 11
|-
| 11 ||[[Hepatitis B]] ||0.10 || style="text-align:center;"|0,2% ||0,93 || 6
|-
| 12-17 ||[[Penyakit tropis]] (6)<ref>Penyakit tropis di antaranya [[penyakit Chagas]], [[demam berdarah]], [[filariasis|filariasis limfatik]], [[leismaniasis]], [[onchocerciasis]], [[schistosomiasis]] dan [[tripanosomiasis]].</ref> ||0.13 || style="text-align:center;"|0.2% ||0.53 ||9, 10, 16–18
|-
| style="text-align:left;" colspan=6| {{small|''Catatan: Penyebab kematian lainnya termasuk kondisi ibu dan perinatal (5,2%), kekurangan nutrisi (0,9%), kondisi tidak menular (58,8%), dan cedera (9,1%).''}}
|}
Tiga pembunuh teratas adalah HIV/AIDS, tuberkulosis, dan malaria. Meskipun jumlah kematian akibat hampir semua penyakit lain menurun, kematian karena HIV/AIDS telah meningkat empat kali lipat. Penyakit anak-anak termasuk batuk rejan, [[poliomielitis]], [[difteri]], campak, dan tetanus. Anak-anak juga menjadi bagian besar dari kematian saluran pernapasan bawah dan diare. Pada tahun 2012, sekitar 3,1 juta orang telah meninggal karena infeksi saluran pernapasan bawah, menjadikannya penyebab kematian nomor 4 di dunia.<ref>{{Cite web|title = WHO {{!}} The top 10 causes of death|url = http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs310/en/ |publisher=WHO |accessdate = 2015-09-24}}</ref>
=== Riwayat pandemi ===
[[Pandemi]] (atau [[epidemi]] global) adalah penyakit yang menyerang orang di wilayah geografis yang luas. Beberapa pandemi penting sepanjang sejarah di antaranya:
* [[Wabah Yustinianus]], dari tahun 541 hingga 542, yang menewaskan antara 50–60% populasi Eropa.<ref>[http://eee.uci.edu/clients/bjbecker/PlaguesandPeople/lecture3.html "Infectious and Epidemic Disease in History"] {{webarchive |url=https://archive.today/20120712145547/http://eee.uci.edu/clients/bjbecker/PlaguesandPeople/lecture3.html |date=July 12, 2012 }}</ref>
* [[Maut hitam]], antara tahun 1347 hingga 1352 yang menewaskan 25 juta penduduk di Eropa selama 5 tahun. Pandemi ini mengurangi populasi [[dunia lama]] dari sekitar 450 juta menjadi antara 350–375 juta pada abad ke-14.
* Masuknya [[variola]] (cacar), campak, dan [[Penyakit Rickettsia|tifus]] ke wilayah Amerika Tengah dan Selatan yang dibawa oleh para penjelajah Eropa sepanjang abad ke-15 dan ke-16 yang membunuh penduduk asli. Antara tahun 1518 hingga 1568, pandemi ini menyebabkan populasi Meksiko turun dari 20 juta menjadi 3 juta.<ref name= Dobson>{{cite journal | vauthors = Dobson AP, Carter ER| year = 1996| url = http://www.erin.utoronto.ca/~w3gwynne/BIO418/Dobson1996.pdf | title = Infectious Diseases and Human Population History | journal = BioScience| volume = 46 | issue = 2| doi = 10.2307/1312814 | pages=115–26| jstor = 1312814}}</ref>
* Epidemi [[influenza]] Eropa pertama yang terjadi antara 1556 hingga 1560, dengan perkiraan tingkat kematian 20%.<ref name= Dobson/>
* Variola menewaskan sekitar 60 juta penduduk Eropa selama abad ke-18<ref>[http://www.learnnc.org/lp/editions/nchist-twoworlds/1696 "Smallpox"]. ''North Carolina Digital History.''</ref> (sekitar 400.000 per tahun).<ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=vacc.chapter.3 Smallpox and Vaccinia]. ''National Center for Biotechnology Information.'' {{webarchive |url=https://web.archive.org/web/20090601172056/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=vacc.chapter.3 |date=June 1, 2009 }}</ref> Hingga 30% orang yang terinfeksi (80% di antaranya anak-anak berusia di bawah 5 tahun) akan meninggal karena penyakit ini, dan sepertiga dari yang selamat menjadi buta.<ref>{{cite journal |title=Smallpox: The Triumph over the Most Terrible of the Ministers of Death|first=Nicolau|last=Barquet|date=15 October 1997 |journal=Annals of Internal Medicine|volume=127|issue=8_Part_1|pages=635–42|doi=10.7326/0003-4819-127-8_Part_1-199710150-00010|pmid=9341063}}</ref>
* Pada abad ke-19, tuberkulosis menewaskan sekitar seperempat dari populasi orang dewasa di Eropa;<ref>[https://www.cdc.gov/TB/pubs/mdrtb/default.htm Multidrug-Resistant "Tuberculosis"]. ''Centers for Disease Control and Prevention.'' {{webarchive |url=https://web.archive.org/web/20100309043219/http://www.cdc.gov/TB/pubs/mdrtb/default.htm |date=March 9, 2010 }}</ref> pada tahun 1918, satu dari enam kematian di Prancis masih disebabkan oleh tuberkulosis.
* [[Pandemi influenza 1918]] (flu Spanyol) yang menewaskan 25-50 juta orang (sekitar 2% dari populasi dunia 1,7 miliar).<ref>{{cite web|url=http://www.history.navy.mil/library/online/influenza_main.htm|archive-url=https://web.archive.org/web/20060220113240/http://www.history.navy.mil/library/online/influenza_main.htm|url-status=dead|archive-date=20 February 2006|title=Influenza of 1918 (Spanish Flu) and the US Navy|author=|date=20 February 2006}}</ref> Saat ini, influenza masih membunuh sekitar 250.000 hingga 500.000 di seluruh dunia setiap tahun.
* [[Pandemi koronavirus 2019–2020]] yang masih berlangsung di seluruh dunia.
=== Penyakit infeksi baru ===
{{main|Penyakit infeksi baru}}
Pada kebanyakan kasus, mikroorganisme hidup dalam harmoni bersama inangnya dengan hubungan timbal balik atau komensal. Penyakit dapat muncul ketika entitas biologi yang telah lama ada berubah menjadi patogenik atau ketika agen patogenik baru memasuki inang baru. Hal ini diakibatkan oleh dua hal: (1) [[koevolusi]] antara parasit dan inang sehingga inang menjadi resistan terhadap parasit atau parasit mengalami peningkatan virulensi yang mengarah ke penyakit imunopatologis, atau (2) pengaruh aktivitas manusia yang memicu perubahan lingkungan dan memunculkan [[penyakit infeksi baru]] sehingga patogen menempati [[Relung (ekologi)|relung]] yang baru. Ketika ini terjadi, jangkauan distribusi patogen yang sebelumnya terbatas akan menjadi semakin luas dan mungkin dapat menginfeksi jenis inang yang baru.<ref name= Krauss>{{cite book |author=Krauss H |title=Zoonoses: Infectious Diseases Transmissible from Animals to Humans |url=https://archive.org/details/zoonosesinfectio0000unse |publisher=ASM Press |location=Washington, D.C. |year=2003 |edition=3rd |isbn=978-1-55581-236-2 |name-list-format=vanc|author2=Weber A |author3=Appel M }}</ref>
Patogen yang berpindah dari hewan vertebrata ke manusia menimbulkan [[zoonosis]]. Sejumlah kegiatan manusia memungkinkan menyebarnya penyakit zoonotik[61] dan penyakit yang ditularkan melalui vektor.<ref name= Krauss /> Kegiatan tersebut meliputi:
* Perambahan di habitat satwa liar. Pembangunan desa-desa baru dan perumahan di daerah pedesaan memaksa hewan untuk hidup dalam populasi yang padat, dan menciptakan peluang bagi mikrob untuk bermutasi dan muncul di tengah populasi manusia.<ref>{{cite journal |author=Peter Daszak |author2=Andrew A. Cunningham |author3=Alex D. Hyatt |title=Emerging Infectious Diseases of Wildlife—Threats to Biodiversity and Human Health |journal=Science |volume=287 |issue=5452 |date=27 January 2000 |pages=443–49 |pmid= 10642539 |doi=10.1126/science.287.5452.443 |bibcode=2000Sci...287..443D }}</ref>
* Perubahan dalam pertanian. Pemasukan tumbuhan baru ke suatu wilayah akan menarik [[Hama dan penyakit tanaman|hama penyakit]] baru dan mikrob yang mereka bawa ke komunitas pertanian membuat orang terkena penyakit asing.
* Perusakan [[hutan hujan]]. Ketika suatu negara memanfaatkan hutan hujannya dengan membangun jalan melintasi hutan dan membuka lahan untuk permukiman atau usaha komersial, orang-orang bertemu dengan serangga dan hewan lain yang membaawa mikroorganisme yang sebelumnya tidak dikenal.
* [[Urbanisasi]] yang tidak terkendali. Pesatnya pertumbuhan kota di banyak negara berkembang cenderung memusatkan sejumlah besar orang ke daerah padat dengan sanitasi yang buruk. Kondisi ini mendorong penularan penyakit infeksi.
* Transportasi modern. Kapal pemumpang dan kapal pengangkut barang sering kali membawa patogen yang tidak diinginkan, yang dapat menyebarkan penyakit ke lokasi yang jauh. Sementara itu, pesawat jet internasional dapat mengantarkan orang yang terinfeksi penyakit ke tempat yang jauh, atau pulang kembali ke rumah mereka, sebelum munculnya gejala penyakit untuk pertama kali.
== Teori kuman penyakit ==
{{main|Teori kuman penyakit}}
Pada [[Zaman Klasik]], sejarawan [[Yunani]] [[Thukidides]] (c. 460 - c. 400 SM) adalah orang pertama yang menulis tentang [[wabah Athena]], bahwa penyakit dapat menyebar dari orang yang terinfeksi ke orang lain.<ref>Singer, Charles and Dorothea (1917) "The scientific position of Girolamo Fracastoro [1478?–1553] with especial reference to the source, character and influence of his theory of infection," ''Annals of Medical History'', '''1''' : 1–34; [https://babel.hathitrust.org/cgi/pt?id=mdp.39015016778261;view=1up;seq=28 see p. 14.]</ref><ref>Thucydides with Richard Crawley, trans., ''History of the Peloponnesian War'' (London, England: J.M. Dent & Sons, Ltd., 1910), Book III, § 51, [https://archive.org/stream/pelocrawleyr00thucuoft#page/130/mode/2up pp. 131–32.] From pp. 131–32.</ref> Dalam bukunya ''On the Different Types of Fever'' (c. 175 M), tabib Yunani-Romawi [[Galen]] berspekulasi bahwa wabah disebarkan oleh "benih wabah tertentu", yang ada di udara.<ref>Nutton, Vivian (1983) "The seeds of disease: an explanation of contagion and infection from the Greeks to the Renaissance," ''Medical History'', '''27''' (1) : 1–34; see p. 10. Available at: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1139262/?page=23 U.S. National Library of Medicine, National Institutes of Health]</ref> Dalam teks ''Sushruta Samhita'', dokter India kuno [[Sushruta]] berteori: "Kusta, demam, konsumsi, penyakit mata, dan penyakit menular lainnya menyebar dari satu orang ke orang lain melalui penyatuan seksual, kontak fisik, makan bersama, tidur bersama, duduk bersama, dan menggunakan pakaian, karangan bunga, dan pasta yang sama."<ref>{{Cite journal|last=Rastogi|first=Nalin|last2=Rastogi|first2=R|date=1985-01-01|title=Leprosy in ancient India|url=https://www.researchgate.net/publication/16797371_Leprosy_in_ancient_India|journal=International journal of leprosy and other mycobacterial diseases : official organ of the International Leprosy Association|volume=52|pages=541–3}}</ref><ref>{{Cite book|last=Susruta|url=http://archive.org/details/englishtranslati00susruoft|title=An English translation of the Sushruta samhita, based on original Sanskrit text. Edited and published by Kaviraj Kunja Lal Bhishagratna. With a full and comprehensive introd., translation of different readings, notes, comperative views, index, glossary and plates|last2=Bhishagratna|first2=Kunja Lal|date=1907-1916|publisher=Calcutta|others=Gerstein - University of Toronto}}</ref> Buku ini ditulis pada sekitar abad keenam SM.<ref>{{Cite book|last=Hoernle|first=A. F. Rudolf (August Friedrich Rudolf)|url=http://archive.org/details/studiesinmedicin01hoeruoft|title=Studies in the medicine of ancient India|date=1907|publisher=Oxford : At the Clarendon Press|others=Gerstein - University of Toronto}}</ref>
Teori dasar penularan penyakit diajukan oleh dokter [[Persia]] [[Ibnu Sina]] (dikenal sebagai Avicenna di Eropa) dalam [[Qanun Kedokteran]] (1025), yang kemudian menjadi buku teks medis paling otoritatif di Eropa hingga abad ke-16. Dalam Buku IV Qanun tersebut, Ibnu Sina membahas epidemi, menguraikan [[teori miasma]] klasik dan berusaha mencampurnya dengan teori penularan awal miliknya sendiri. Ia menyebutkan bahwa seseorang dapat menularkan penyakit kepada orang lain melalui napas, setelah mencatat penularan tuberkulosis, dan menjelaskan metode penularan penyakit melalui air dan debu.<ref>{{cite book |last1=Byrne |first1=Joseph Patrick |title=Encyclopedia of the Black Death |date=2012 |publisher=[[ABC-CLIO]] |isbn=9781598842531 |page=29 |url=https://books.google.com/books?id=5KtDfvlSrDAC&pg=PA29}}</ref> Konsep penularan tak kasatmata kemudian dibahas oleh beberapa [[Kedokteran Islam abad pertengahan|cendekiawan Islam]] pada [[Dinasti Ayyubiyah]] yang menyebutnya sebagai [[najis]] ("zat tidak murni"). Sarjana [[fikih]] [[Ibnu al-Haj al-Abdari]] (c. 1250–1336), saat membahas [[Hukum makanan dalam Islam|makanan]] dan [[Najis hukmi|kebersihan Islam]], memberi peringatan tentang bagaimana penyakit dapat mencemari air, makanan, dan pakaian, dan dapat menyebar melalui pasokan air, dan menyiratkan bahwa mungkin penularan diakibatkan oleh partikel yang tak terlihat.<ref>{{cite book |last1=Reid |first1=Megan H. |title=Law and Piety in Medieval Islam |date=2013 |publisher=[[Cambridge University Press]] |isbn=9781107067110 |pages=106, 114, 189–190 |url=https://books.google.com/books?id=5fJ4AAAAQBAJ}}</ref>
Ketika [[Maut Hitam]] mencapai [[Al-Andalus]] pada abad ke-14, tabib Arab [[Ibnu Khatima]] (c. 1369) dan [[Ibnu al-Khatib]] (1313–1374) berhipotesis bahwa penyakit menular disebabkan oleh "tubuh kecil" dan menjelaskan bagaimana mereka dapat ditularkan melalui pakaian, bejana, dan anting-anting.<ref>{{cite journal |last1=Majeed |first1=Azeem |title=How Islam changed medicine |journal=[[BMJ]] |date=22 December 2005 |volume=331 |issue=7531 |pages=1486–1487 |doi=10.1136/bmj.331.7531.1486 |pmid=16373721 |pmc=1322233 |url=https://www.bmj.com/content/331/7531/1486/rapid-responses |issn=0959-8138}}</ref> Gagasan penularan menjadi lebih populer di Eropa selama [[Abad Renaisans|Renaisans]], terutama melalui tulisan dokter Italia [[Girolamo Fracastoro]].<ref>{{cite journal | author = Beretta M | title = The revival of Lucretian atomism and contagious diseases during the renaissance | journal = Medicina Nei Secoli | volume = 15 | issue = 2 | pages = 129–54 | year = 2003 | pmid = 15309812 }}</ref> [[Antony van Leeuwenhoek]] (1632–1723) memajukan ilmu mikroskop dengan menjadi orang pertama yang mengamati mikroorganisme dan memungkinkan visualisasi bakteri dengan mudah.
Pada pertengahan abad ke-19, [[John Snow]] dan [[William Budd]] melakukan pekerjaan penting, yaitu menunjukkan penularan tipus dan kolera melalui air yang terkontaminasi. Keduanya mendapat nama seiring dengan menurunnya epidemi kolera di kota-kota mereka setelah menerapkan langkah-langkah pencegahan kontaminasi air.<ref>{{cite journal | author = Moorhead Robert | date = November 2002 | title = William Budd and typhoid fever | journal = J R Soc Med | volume = 95 | issue = 11| pages = 561–64 | pmc=1279260 | pmid=12411628 | doi=10.1258/jrsm.95.11.561}}</ref> [[Louis Pasteur]] membuktikan tanpa keraguan bahwa penyakit tertentu disebabkan oleh agen infeksi, dan mengembangkan vaksin untuk [[rabies]]. [[Robert Koch]] menyajikan studi ilmiah tentang penyakit menular dengan dasar ilmiah yang dikenal sebagai [[postulat Koch]]. [[Edward Jenner]], [[Jonas Salk]], dan [[Albert Sabin]] mengembangkan vaksin yang efektif untuk cacar dan polio. [[Alexander Fleming]] menemukan antibiotik pertama di dunia, [[penisilin]], yang kemudian dikembangkan oleh Florey dan Chain. [[Gerhard Domagk]] mengembangkan [[Sulfonamida (obat)|sulfonamida]], obat antibakteri sintetis berspektrum luas yang pertama.
== Referensi ==
{{reflist|30em}}
== Pranala luar ==
{{Medical resources
| DiseasesDB =28832
| ICD10 = {{ICD10|A|00||a|00}}-{{ICD10|B|99||b|99}}
| ICD9 = {{ICD9|001-139}}
| ICDO =
| OMIM =
| OMIM_mult =
| MedlinePlus =
| eMedicineSubj =
| eMedicineTopic =
| eMedicine_mult =
| MeshID = D003141
}}
{{commons category|Infectious diseases and disorders|Penyakit infeksi}}
* [http://ecdc.europa.eu/ European Center for Disease Prevention and Control]
* [https://www.cdc.gov/ U.S. Centers for Disease Control and Prevention],
* [http://www.idsociety.org/ Infectious Disease Society of America] (IDSA)
* [http://www.msdsonline.com/resources/msds-resources/free-safety-data-sheet-index/ Infectious Disease Index] of the Public Health Agency of Canada (PHAC)
* [https://web.archive.org/web/20070817112159/http://www.vrc.nih.gov/ Vaccine Research Center] Information concerning vaccine research clinical trials for Emerging and re-Emerging Infectious Diseases.
* [https://web.archive.org/web/20180830220529/http://www.infectionwatch.info/ Infection] Information Resource
* ''[http://www.journals.elsevier.com/microbes-and-infection/ Microbes & Infection]'' (journal)
* [http://www.woundsite.info/ Knowledge source for Health Care Professionals involved in Wound management]{{Pranala mati|date=September 2021 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }} www.woundsite.info
* [http://www.cbc.ca/news/1.2802071 Table: Global deaths from communicable diseases, 2010] – Canadian Broadcasting Corp.
{{Penyakit}}
{{Konsep dalam penyakit infeksius}}
[[Kategori:Kedokteran]]
| |||