Nani Wartanobe adalah putra dari Zakaria WataboneWartabone, seorang aparatketurunan raja Suwawa yang akhirnya bekerja untuksebagai aparat Pemerintah Hindia Belanda. Ibunya adalah keturunan ningrat. Meskipun ayahnya bekerja untuk Belanda, Ia memiliki pandangan yang berbeda pada penjajah. Ia tak betah bersekolah karena menurutnya guru-gurunya yang berkebangsaan Belanda terlalu mengagung-agungkan bangsa Barat dan merendahkan Bangsa Indonesia. Ia bahkan pernah membebaskan tahanan orangtuanya karena tak sampai hati melihat rakyat dihukum.<ref name="merdeka"/>
