Pendidikan beliau sejak kecil di lingkungan yang islami. Mulai dari tingkat MI samapisampai Mts. Setelah Tsanawiyah beliau melanjutkan studinya ke [[Gontor]], Pondok pesantren [[Darussalam gontor|Darussalam]] Ponorogo, [[Jawa Timur|Jawa Timur,]] disanalah beliau memperdalam ilmu bahasa Arab dan Inggris. Setelah lulus dari Gontor beliau ingin memperdalam ilmu lagi, selanjutnya beliau nyantri di PP. [[Pondok Pesantren Langitan|Langitan]] Widang Tuban, yang pada saat itu diasuh oleh KH. Abdul Hadi dan [[Abdullah Faqih|KH. Abdullah Faqih]]. Di sana beliau memperdalam ilmu kitab kuning, mulai dari Fiqh, Nahwu, Shorof, tauhid, sampai tasawwuf. Proses penggembalaan ilmu di PP. Langitan cukup lama, sekitar 17 tahun belaiu nyantri di sana. Diceritakan bahwasannya sosok KH. Masbuhin Faqih muda adalah pemuda yang giat dan tekun belajar, suka bekerja keras, dan optimis dalam suatu keadaan apapun. Waktu di PP. Langitan beliau banyak melakukan tirakat, seperti memasak sendiri, melakukan ibadah puasa sunnah dan lain-lain. Di sana belaiu juga sempat menjadi khadam (pembantu dalem) kyai. Hal ini sampai menjadi jargon beliau dalam menasehati santri MBS (Mamba’us Sholihin), yakni “nek mondok ojo belajar tok, tapi nyambio ngabdi nang pondok iku”. Dengan penuh keihlasan dan kesabaran, beliau jalani semua kehidupan diatas demi mendapatkan ilmu yang manfaat dan barakah.
Ditengah-tengah menimba ilmu di [[Pondok Pesantren Langitan|Langitan]], tepatnya pada tahun 1976 M atau pada saat beliau berumur 29 th, [[Abdullah Faqih|KH. Abdullah Faqih]] [[Pondok Pesantren Langitan|langitan]] menyuruh kyai Masbuhin untuk berjuang di tengah masyarakat Suci bersama-sama dengan abahnya. KH. Faqih langitan sudah yakin bahwasahnya santrinya ini sudah cukup ilmunya untuk berda’wah dan mengajar di masyarakat. Waktu demi waktu berlalu, proses berda’wah terus berjalan dan berkembang pesat. Dengan perkembangan itu KH. Abdullah Faqih disuruh untuk membuat pesantren oleh beberapa guru beliau agar proses berda’wah tersebut lancar. Bersama-sama dengan Anak-anaknya mereka mendirikan suatu pondok yang diberi nama PP. At-Thohiriyyah, yang mana dengan filosofi berada di desa Suci.
