Moerdani meninggal dunia sekitar pukul 01.00 WIB, Minggu 29 Agustus 2004 di [[RSPAD Gatot Subroto]], Moerdani sudah dirawat di rumah sakit tersebut sejak 7 Juli 2004 karena [[stroke]] dan [[radang paru-paru|infeksi paru-paru]].<ref>{{Cite web news|url=http://www.suaramerdeka.com/harian/0408/30/nas05.htm |title=In Memoriam Benny Moerdani — Sosok Intelijen yang Misterius |access-date=2014-06-15 |archive-date=2014-01-24 |archive-url=https://web.archive.org/web/20140124172231/http://www.suaramerdeka.com/harian/0408/30/nas05.htm |dead-url=yes |work=[[Suara Merdeka|Suara Merdeka Online]] }}</ref> Dia meninggalkan seorang istri, satu putri, dan lima cucu. Jenazahnya disemayamkan rumah duka Jalan Terusan Hang Lekir IV/43, Jakarta Selatan dan kemudian di Markas Besar TNI Angkatan Darat. Upacara penghormatan jenazah di Mabes AD dipimpin oleh [[Kepala Staf Angkatan Darat]], Jenderal TNI [[Ryamizard Ryacudu]]. Ia dimakamkan hari itu pula pukul 13.45 WIB di [[Taman Makam Pahlawan Kalibata]], dengan inspektur upacara [[Panglima TNI]], Jenderal TNI [[Endriartono Sutarto]].<ref>[http://news.liputan6.com/read/85046/hari-ini-lb-moerdani-dimakamkan Hari Ini L.B. Moerdani Dimakamkan]</ref>
