Tarif batas bawah kereta api Baturraden Ekspres untuk rute Purwokerto–Bandung dan sebaliknya ditetapkan sebesar Rp220Rp165.000,00-Rp340Rp225.000,00 untuk kelas bisnis dan Rp290Rp260.000,00-Rp410Rp320.000,00 untuk kelas eksekutif.<ref>{{Cite web|last=Santia|first=Tira|date=2021-06-13|title=Tarif dan Jadwal Kereta Api Baru KA Baturraden Ekspres dan KA Nusa Tembini|url=https://www.liputan6.com/bisnis/read/4580603/tarif-dan-jadwal-kereta-api-baru-ka-baturraden-ekspres-dan-ka-nusa-tembini|website=liputan6.com|language=id|access-date=2021-06-15}}</ref> Tarif tiket kereta api dapat berbeda, tergantung pada jarak tempuh, subkelas/posisi tempat duduk dalam rangkaian kereta, serta hari keberangkatan. Selain itu, terdapat tarif khusus yang berlaku dua jam sebelum keberangkatan untuk rute tertentu.<ref>{{Cite web|last=Pradana|first=Rio Sandy|date=2021-06-13|title=Baru! Segini Tarif Khusus KA Baturraden Ekspres & KA Nusa Tembini {{!}} Ekonomi|url=https://ekonomi.bisnis.com/read/20210613/98/1404743/baru-segini-tarif-khusus-ka-baturraden-ekspres-ka-nusa-tembini|website=Bisnis.com|access-date=2021-06-13}}</ref>
