Ayu menikah tiga kali. Dari semua pernikahannya, ia melahirkan enam anak, yakni Axel Gondokusumo (dari pernikahan dengan [[Djody Gondokusumo]]); Sean Azad, Mariam Nur Al Iman, dan Sulaiman Atiq (dari pernikahan dengan Teemu Yusuf Ibrahim); serta Isabelle Tramp dan Lennon Tramp (dari pernikahan dengan [[Mike Tramp]] pada tanggal 25 September 2004).
Pada [[4 Desember]][[2010]], putra pertamanya, Axel Gondokusumo, melaporkan ibunya sendiri, Ayu dengan tuduhan pengambilan hak waris tanpa persetujuan mantan suaminya, Djody Gondokusumo.<ref>{{Cite news|url=https://www.jpnn.com/news/ayu-azhari-dilaporkan-anak |title=Ayu Azhari Dilaporkan Anak |date=4 Desember 2010|work=[[Jawa Pos|JPNN.com]] }}</ref> Belum usai kasusnya dengan putra sulungnyatersebut, Ayu kembali dilaporkan dan disomasi putra pertama dan keduanya, Sean. Mereka melaporkan ibunya ke pihak berwajib lantaran mereka tidak tahan dengan perlakuan yang mereka alami selama beberapa tahun, yaitu tindakan kekerasan fisik dan mental.<ref>{{Cite news|url=https://celebrity.okezone.com/read/2010/12/10/33/401928/kasus-axel-belum-usai-ayu-azhari-disomasi-anak-kedua |title=Kasus Axel Belum Usai, Ayu Azhari Disomasi Anak Kedua |date=10 Desember 2010|last=Mahfiroh |work=[[Okezone.com]] }}</ref><ref>{{Cite news|url=https://nasional.kompas.com/read/2010/12/10/13180190/ayu.azhari.disomasi.dua.putranya |title=Ayu Azhari Disomasi Dua Putranya |date=10 Desember 2010|editor-last=Kamil |editor-first=Ati |work=[[Kompas.com]] }}</ref>
