Wilopo mengenyam pendidikan tingkat ''[[Algemeene Middelbare School|Algemene Middelbare School]]'' (AMS) [[SMA Negeri 3 Yogyakarta|B di Yogyakarta]] pada tahun 1927 dengan menerima beasiswa dari Pemerintah Hindia Belanda.<ref name=":0">{{Cite web|title=Tjipto hingga Leimena: Penerima Beasiswa yang Membangkang Belanda|url=https://tirto.id/tjipto-hingga-leimena-penerima-beasiswa-yang-membangkang-belanda-fXS7|website=tirto.id|language=id|access-date=2020-08-20}}</ref> Ia sempat menjadi anggota ''[[Jong Java|]]''Jong Java'']] dan ditawari masuk [[Pemuda Indonesia]] tetapi Ia menahan diri untuk tidak aktif karena diancam oleh direktur sekolah dan takut beasiswanya dicabut oleh pemerintah kolonial.<ref name=":0" /> Lulus dari [[SMA Negeri 3 Yogyakarta|AMS B]], ia sempat melanjutkan pendidikan ke [[Technische Hoogeschool te Bandoeng|''Technische Hoogeschool (TH Bandung)'']] pada tahun 1931, namun tidak selesai dan pindah kuliah hukum di ''[[Rechtshoogeschool te Batavia|Rechtshogeschool (RHS) te Batavia]]'' .<ref name=":0" /><ref>{{Cite book|last=Mohamad|first=Goenawan|last2=Publishing|first2=TEMPO|date=2012|url=https://books.google.co.id/books?id=zcZdDwAAQBAJ&pg=PT210&lpg=PT210&dq=Wilopo+AMS+B&source=bl&ots=ZLBK69o_mn&sig=ACfU3U1FiEaSb13gvEuyZ8-6TPZl1zDerw&hl=id&sa=X&ved=2ahUKEwiT7p7Z3NrwAhWn8XMBHe_IB50Q6AEwEXoECB4QAw#v=onepage&q=Wilopo%20AMS%20B&f=false|title=Catatan pinggir 2: Kumpulan esai pendek di majalah Tempo September 1981 sampai Desember 1985|publisher=Tempo Publishing|isbn=978-979-9065-52-0|language=en}}</ref>
Setelah lulus, ia menjadi guru di sekolah [[Muhammadiyah]].<ref name=":0" />
