Pada masa pendudukan belanda[[Belanda]] bangunan ini dulunya adalah gudang yang berfungsi untuk menyimpan, memilih dan mengepak hasil bumi, seperti rempah-rempah yang merupakan komoditi utama [[VOC]] yang sangat laris di pasaran [[Eropa]]. Bangunan yang berdiri persis di samping muara [[Ci Liwung]] ini memiliki dua sisi, sisi barat dikenal dengan sebutan [[Westzijdsche Pakhuizen]] atau Gudang Barat (dibangun secara bertahap mulai tahun [[1652]]-[[1771]]) dan sisi timur, disebut [[Oostzijdsche Pakhuizen]] atau Gudang Timur. Gudang barat terdiri dari empat unit bangunan, dan tiga unit di antaranya yang sekarang digunakan sebagai Museum Bahari. Gedung ini awalnya digunakan untuk menyimpan barang dagangan utama VOC di [[Nusantara]], yaitu rempah, kopi, teh, tembaga, timah, dan tekstil.
Pada masa pendudukan [[Jepang]], gedung-gedung ini dipakai sebagai tempat menyimpan barang logistik tentara Jepang. Setelah Indonesia Merdeka, bangunan ini dipakai oleh [[PLN]] dan [[PTT]] untuk gudang. Tahun [[1976]], bangunan cagar budaya ini dipugar kembali, dan kemudian pada [[7 Juli]] [[1977]] diresmikan sebagai Museum Bahari.
