Amplifikasi Acak Polimorfisme DNA: Perbedaan antara revisi

'''Amplifikasi Acak Polimorfisme DNA'''' merupakan satu jenis [[penanda genetik|penanda molekular]] yang banyak dipakai dalam [[penelitian]] dan diagnostik [[biologi molekular]]. Penanda ini lebih dikenal sebagai '''RAPD''' (biasa dipanggil "rapid"), singkatan dari '''''Random Amplification of Polymorphic DNA'''''. Sebagai penanda genetik, RAPD dikenal sebagai penanda yang relatif murah dan tidak memerlukan keterampilan teknis yang tinggi. Penanda ini bersifat ''[[tindak genetik|dominan]]'', dalam arti, ia dapat membedakan kelas genotipe [[tindak genetik|resesif]] dari kelas-kelas genotipe yang lain. RAPD memerlukan teknik [[PCR]] dan [[elektroforesis gel]] dalam penerapannya. Kelemahan RAPD yang sangat dikenal adalah mudah memberikan hasil yang berbeda-beda apabila diulang, sehingga dianggap kurang ''reliable'', khususnya bagi keperluan diagnostik, seperti [[sidik jari DNA]].

 

{{stub}}

RAPD memerlukan pasangan [[primer]], biasanya berukuran antara 8-mer hingga 12-mer (lihat [[oligo]]), karena menggunakan teknik PCR. Setiap pasangan primer akan menghasilkan sejumlah pita (''band'') yang akan tampak pada hasil elektroforesis gel. Pasangan [[primer (genetika)|primer]] yang dipilih (bisa sudah diketahui atau dipilih beberapa secara acak) diberikan pada sampel-sampel [[DNA]] (disebut '' DNA templat'') yang sudah dipersiapkan. Selanjutnya PCR dijalankan. Sewaktu proses PCR, primer akan menempel pada urutan-urutan basa yang komplemen pada DNA templat. Di akhir PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi. Apabila terdapat [[delesi]] untuk suatu lokasi templat, akan terjadi polimorfisme. Dengan elektroforesis gel, akan terlihat pita yang terputus-putus apabila terdapat polimorfisme (oleh karena itu bersifat dominan).

Berkas DNA hasil RAPD berukuran besar sehingga elektroforesis gel [[agarosa]] yang bisa digunakan, sedangkan [[PAGE]] terlalu sensitif.

 

*[[Penanda genetik]]

*[[AFLP]]