Nurdin terpilih sebagai Ketua PSSI pada tahun 2003. Ia dikenal sebagai ketua PSSI yang kontroversial. Dia menjalankan organisasi dari balik terali besi penjara, mengumumkan ide menaturalisasikan pemain asing, menambah jumlah peserta Liga Indonesia tiap tahun sehingga tidak ada klub yang terdegradasi, menentang penghentian pengucuran dana [[APBD]] untuk klub, dan mengurangi sanksi Persebaya yang sebelumnya terlibat kerusuhan pertandingan secara besar-besaran (dari larangan main di kandang selama dua tahun menjadi hanya larangan sebanyak 3 kali pertandingan kandang).
