berdasarkan hasil penelusuran yang dilakukan oleh panisepuh, sejarah desa wonoayu nampaktampak pada masa tahun 1825 s/d 1830 pada masa perang [[Diponegoro]] oleh Belanda di Magelang. Tahun 1830 banyak para pengikutnya yang melarikan diri ke arah timur, diantaranya [[Ki Manggolo]] dan [[Ki Sulaiman]] beserta para istri prajurit. Kemudian para prajurit kembali perang dan wanita ditinggalkan dihutan, sambil menunggu para prajurit kembali dari medan peperangan, Para istri tersebut juga berjuang membuka hutan belantara menjadi sebuah Wiliyah. Setelah perang usai kembalilah para prajurit yang masih selamat mencari para istri yang ditinggalkannya, kemudian wilayah tersebut dibagi menjadi dua yaitu, Sambiroto (Dusun Biroto Desa Kedungrejo) Sedangkan di barat sungai dinamakan Juwetan Pohon juwet didekat DAM Kedungrejo sebagai asal Desa Wonoayu
