Tahun 1992, [[Republik Federal Sosialis Yugoslavia]] pecah dan [[Perang Yugoslavia]] dimulai. sebagai maskapai penerbangan nasional dari Yugoslavia, dan dipecah oleh perang sipil, JAT dipaksa untuk menghentikan semua operasi domestiknya. Resolusi No. 757 yang disetujui oleh [[Dewan Keamanan PBB]] pada 20 Mei 1992 memberikan sangsisanksi ekonomi kepada [[Serbia dan Montenegro]]. Untuk pertama kali seja Perang Dunia II, penerbangan internasional dipaksa untuk berhenti. Hal ini diikuti oleh keputusan [[Italia]] dan [[Jerman]] untuk menghentikan setiap perjalanan dengan Yugoslavia: pada 21 Desember 1991 - Jerman (pasar terbesar untuk JAT di Eropa dengan 7 penerbangan harian dan 40 juta [[Mark Jerman]] keuntungan tiap tahun), diikuti oleh Italia pada 10 Januari 1992. [[Amerika Serikat]] memulai [[embargo]] perjalanan udara dengan Yugoslavia pada 2 Mei 1992: Penerbangan terakhir JAT ke Amerika adalah menuju [[Chicago]] dan [[New York City]]. Hari tersebut, manajemen JAT memutuskan untuk mengubah rute penerbangan jarak jauh menuju [[Kanada]]. Namun, Kanada segera mengikuti langkah Amerika, dan operasi penerbangan di Amerika Utara akhirnya dihentikan.
