Ada sejumlah cerita yang menjelaskan insiden kerusuhan tahun 2001. Satu versi mengklaim bahwa ini disebabkan oleh serangan [[pembakaran (kejahatan)|pembakaran]] sebuah rumah Dayak. Rumor mengatakan bahwa kebakaran ini disebabkan oleh warga Madura dan kemudian sekelompok anggota suku Dayak mulai membakar rumah-rumah di permukiman Madura.<ref name="hrw" />
[[K.M.A. Usop|Profesor Usop]] dari Asosiasi Clarissa Masyarakat Dayak mengklaim bahwa pembantaian oleh suku Dayak dilakukan demi mempertahankan diri setelah beberapa anggota mereka diserang.<ref name=cnn>{{cite news|url=http://edition.cnn.com/SPECIALS/2001/kalimantan/feature.html|publisher=CNN|accessdate=2008-08-13|title= Kalimantan's Agony: The failure of Transmigrasi|archiveurl = http://web.archive.org/web/20080531082101/http://edition.cnn.com/SPECIALS/2001/kalimantan/feature.html <!-- Bot retrieved archive -->|archivedate = 2008-05-31}}</ref> Selain itu, juga dikatakan bahwa seorang warga Dayak disiksa dan dibunuh oleh sekelompok warga Madura setelah sengketa judi di desa Kerengpangi pada 17 Desember 2000.<ref>{{cite news|publisher=Time|accessdate=2008-08-13|url=http://www.time.com/time/world/article/0,8599,101389,00.html|title=The Darkest Season|date=March 5, 2001|author=Elegant, Simon}}</ref>
Versi lain mengklaim bahwa konflik ini berawal dari percekcokan antara murid dari berbagai ras di sekolah yang sama.<ref>{{cite web|url=http://www.infid.org/newinfid/newsdet.php?pci=612|title=
