Status [[waria]], [[transeksual]] atau [[transgender]] lainnya di Indonesia sangat kompleks. ''Cross-dressing'' terkadang tidak dapat diterima, ilegal dan beberapa toleransi publik diberikan kepada beberapa orang transgender yang bekerja di salon kecantikan atau di industri hiburan, terutama selebriti acara bincang-bincang [[Dorce Gamalama]]. Namun, hukum tidak melindungi orang-orang transgender dari diskriminasi atau pelecehan dan juga tidak menyediakan untuk operasi ganti kelamin atau membiarkan kaum transgender untuk mendapatkan dokumen hukum baru setelah mereka telah membuat perubahan.<ref name="365gay">[http://365gay.com/Newscon06/10/100306indonesia.htm 365gay.com:]</ref>
Diskriminasi, pelecehan, bahkan kekerasan yang ditujukan pada orang-orang transgender tidak jarang terjadi. Orang transgender yang tidak menyembunyikan identitas gender mereka sering merasa sulit untuk mempertahankan pekerjaan yang sah dan dengan demikian sering dipaksa menjadi pelacur dan melakukan kegiatan ilegal lainnya untuk bertahan hidup.
[[Majelis Ulama Indonesia]] memutuskan bahwa kaum transgender harus tetap pada jenis kelamin pada saat mereka dilahirkan. "Jika mereka tidak mau menyembuhkan diri secara medis dan agama," kata anggota Majelis, mereka harus rela "untuk menerima nasib mereka untuk ditertawakan dan dilecehkan."<ref>[http://news.yahoo.com/ap-exclusive-obamas-transgender-ex-nanny-outcast-070907242.html AP Exclusive: Obama's transgender ex-nanny outcast]</ref>
<!--
Pada tahun 2012, Yuli Retoblaut, seorang transgender berusia lima puluh tahun, secara terbuka mencalonkan diri untuk menjadi anggota [[Komisi Nasional Hak Asasi Manusia]] mewakili komunitas waria. -->
