|pages=}}</ref> Kemakmuran dari perdagangan pada akhirnya membentuk organisasi-organisasi dagang kelautan (''jiaoshang'') di Fujian. Organisasi seperti ini telah ada sebelum Dinasti Ming. Namun demikian, [[Pelarangan Maritim]] mempengaruhimemengaruhi aktivitas mereka karena Ming melarang semua perdagangan yang dilakukan secara privat namun pada akhirnya menciptakan sistem [[penyelundupan]].<ref name="chang-fujian-taiwan"/> Penyelundupan serta perdagangan ilegal dengan orang asing terjadi amat marak di pesisir Fujian.<ref name="chang-fujian-taiwan"/> Para pedagang gelap dan rakyat Fujian di pesisir dianggap penguasa Ming sebagai kriminal dan daerah Fujian sering dijuluki sebagai sarang penyamun dan pedagang gelap (karena melanggar aturan Pelarangan Maritim).<ref name="sealordoffujian">[https://escholarship.org/content/qt3pk3t096/qt3pk3t096.pdf Sealords live in vain : Fujian and the making of a maritime frontier in seventeenth-century China], 28-11-2018</ref> Pelarangan berdagang keluar oleh Ming menumbuhkan bibit pemberontakan.
Selanjutnya pada Masamasa transisi Ming ke Qing pada abad ke-17 yang merupakan salah satu kekacauan terbesar dalam sejarah Tiongkok yang berlangsung setidaknya 100 tahun. Konflik meletus antara penguasa Qing dengan [[Klan Zheng]] yang berbasis di Fujian. Daerah ini menjadi latar dari pertempuran antara Pasukan Qing dan prajurit [[Koxinga]] (Zheng Chenggong).<ref name="chang-fujian-taiwan"/> Pada tahun 1661 Koxinga mengusir Belanda dari Taiwan lalu berlindung di sana. Perpindahannya diikuti pula oleh orang-orang dari Fujian. Hal ini menandai migrasi besar pertama bangsa Tionghoa ke Taiwan.<ref name="chang-fujian-taiwan"/>
Klan Koxinga mendominasi daerah pesisir yang akhirnya membuat pemerintah Qing membuat kebijakan ''qianjie'', Pengusiran masyarakat dari pesisir atau [[Depopulasi Pesisir]].<ref name="sealordoffujian"/> Hal ini berlangsung antara tahun 1661-1683. Kebijakan ini diperintahkan oleh Qing untuk mengosongkan daerah-daerah di pesisir sejauh 25 km. Daerah pesisir dianggap menguntungkan bagi pemberontak yang melawan Qing. Daerah-daerah pesisir Fujian dan Guangdong yang menjadi target mengalami kemunduran dan kehancuran paling parah karena dianggap sebagai basis sumber daya Koxinga.<ref name="sealordoffujian"/> Kebijakan mengusir penduduk dari pesisir membuat Qing kehilangan kendali atas perdagangan maritim. Klan Zheng menguasai jalur perdagangan antara Taiwan dengan Jepang dan Asia Tenggara.<ref name="chang-fujian-taiwan"/>
