[[Kerusuhan]] pada [[Mei 1998]] telah menyeret beberapa nama aktivis kedalam daftar pencarian aparat Kopassus Mawar.<ref name="Tempo"/>. DiDiantara antaraparapara aktivis itu adalah aktivis dari [[Partai Rakyat Demokratik]], [[Partai Demokrasi Indonesia]], [[Partai Persatuan Pembangunan]], JAKKER, [[pengusaha]], [[mahasiswa]], dan [[pelajar]] yang menghilang terhitung sejak bulan April hingga [[Mei 1998]].<ref name="Tempo"/>. Semenjak bulan Juli 1996, Thukul sudah berpindah-pindah keluar masuk daerah dari kota satu ke kota yang lain untuk bersembunyi dari kejaran aparat.<ref name="Tempo"/>. Dalam pelariannya itu Thukul tetap menulis puisi-puisi pro-[[demokrasi]] yang salah satu di antaranya berjudul Para Jendral Marah-Marah.<ref name=Tempo/>. Pada tahun 2000, Sipon melaporkan hilangnya Thukul pada [[KONTRAS]] (Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan), namun Thukul belum ditemukan hingga kini.<ref name="Tempo"/>
