Gua ini ditemukan pada tahun 1802 oleh seorang petani bernama Jayamenawi yang memiliki lahan pertanian di atas gua tersebut. Pada suatu ketika Jayamenawi sedang mengambil rumput, kemudian jatuh kesebuah lubang yang ternyata lobanglubang itu adalah sebuah ventilasi yang ada di langit-langit gua tersebut. LobangLubang ini mempunyai garis tengah 4 meter dan tinggi dari tanah yang berada dibawahnya 24 meter. Setelah Jayamenawi menemukan gua, tak lama kemudian Bupati Ambal, salah satu penguasa Kebumen waktu itu, meninjau lokasi tersebut. Saat mendatangi goa, dia menjumpai dua pohon jati tumbuh berdampingan dan sejajar pada tepi mulut gua. Dari kisah itulah asal-muasal penamaan Gua Jatijajar. Pada mulanya pintu-pintu Gua masih tertutup oleh tanah. Maka setelah tanah yang menutupi dibongkar dan dibuang, ditemukanlah pintu gua yang sekarang menjadi pintu masuk.<ref name="Gemintang, diakses 13 Feb 2015">[http://gemintang.com/kisah-sukses-motivasi-inspirasi/legenda-raden-kamandaka-di-gua-jatijajar-2/ Gemintang, diakses 13 Feb 2015]</ref><ref>[http://gemintang.com/kisah-sukses-motivasi-inspirasi/legenda-raden-kamandaka-di-gua-jatijajar-2/ name="Gemintang, diakses 13 Feb 2015]<"/ref>
