Pada 17 November 1961, Rockefeller dan [[antropolog]] [[Belanda]], René Wassing berada di [[sampan]] selebar 12 meter, yang jaraknya sekitar 5 kilometer dari tepian ketika sampan mereka bocor dan terbalik.<ref>[http://www.agamemnon.com/rockefeller.html The Search for Michael Rockefeller] {{webarchive |url=https://web.archive.org/web/20090714052105/http://www.agamemnon.com/rockefeller.html |date=July 14, 2009 }}</ref> Dua pemandu lokal yang menemani mereka meminta bantuan, tetapi terlambat datang. Setelah hanyut selama beberapa waktu, pada 19 November,<ref name="SI">{{Cite news|last=Hoffmann|first=Carl|title=What Really Happened to Michael Rockefeller|url=http://www.smithsonianmag.com/history/What-Really-Happened-to-Michael-Rockefeller-180949813/?all|access-date=February 25, 2014|work=Smithsonian Magazine|date=March 2014}}</ref> Rockefeller berkata kepada Wassing; "Saya pikir saya bisa melakukannya dan berenang ke pantai." Kapal itu diperkirakan sejauh 19 km dari pantai ketika dia berusaha berenang ke tempat yang aman, mendukung salah satu teori bahwa dia mati karena kelelahan, atau tenggelam.<ref>[http://www.ocs.fas.harvard.edu/students/fellowships/rockefeller.htm The Michael C. Rockefeller Memorial Fellowship] {{Webarchivewebarchive|url=https://web.archive.org/web/20101205051905/http://www.ocs.fas.harvard.edu/students/fellowships/rockefeller.htm |date=2010-12-05 }}</ref> Wassing diselamatkan pada hari berikutnya, sementara Rockefeller tidak pernah terlihat lagi, meskipun ada upaya untuk pencarian lebih lanjut. Pada saat itu, hilangnya Rockefeller menjadi topik berita utama di berbagai belahan dunia. Mayatnya tidak pernah ditemukan.<ref>{{Cite web|url=http://deathaday.blogspot.com/2007/11/november-19-michael-rockefeller.html|title=A Death a Day|last=franca|date=2007-11-19|website=deathaday.blogspot.com|access-date=29 June 2015}}</ref> Rockefeller dinyatakan mati secara hukum pada tahun 1964.<ref>{{Cite web|url=http://www.airport1.de/blog/archives/422-1961-Michael-Rockefeller-Sohn-des-Vize-Praesidenten-verschwindet-im-Kannibalen-Terroritorium-Papua-NeuGuinea.html|title=1961: Michael Rockefeller (Sohn des Vize-Praesidenten) verschwindet im Kannibalen-Terroritorium Papua-NeuGuinea - Airport1 Blog|website=airport1.de|access-date=29 June 2015}}</ref><ref>[https://books.google.com/books?id=AVQEAAAAMBAJ&pg=PA42&lpg=PA42&dq=Arafura+Sea+near+the+mouth+of+the+Eilanden+River&source=bl&ots=0nWxxcCC_q&sig=Bt1zD_9PLGiFxKmX447HUrsaN68&hl=en&ei=GdusS4H6DYSBlAfNpojUDQ&sa=X&oi=book_result&ct=result&resnum=3&ved=0CAwQ6AEwAg#v=onepage&q=Arafura%20Sea%20near%20the%20mouth%20of%20the%20Eilanden%20River&f=false 1961 Life Magazine online] retrieved March 26, 2010</ref>
