Mestika menamatkan pendidikan D3 Pendidikan Sejarah di [[IKIP Padang]] (kini bernama Universitas Negeri Padang]]).<ref>https://antaranews.com/berita/1039384/sejarawan-unp-mestika-zed-meninggal-dunia</ref> Lalu, ia memperoleh gelar kesarjanaan di Jurusan Sejarah [[Universitas Gadjah Mada]] pada tahun 1980. Kemudian, ia melanjutkan ke Vrije Universiteit, [[Amsterdam]] dan meraih gelar MA pada tahun 1983. Setahun kemudian dia mengikuti program penyetaraan S2 di Jurusan Sejarah [[Universitas Indonesia]]. Pada tahun 1991 dia mendapatkan gelar Ph.D dalam bidang sejarah di Vrije Universiteit.<ref>Syofiardi Bachyul, Mestika Zed: Meluruskan dan Mengingatkan Sejarah, Padanngkini.com</ref>
