Kombinasi rabeprazol, klaritromisin, dan amoksisilin digunakan sebagai resimen obat untuk eradikasi bakteri ''Helicobacter pylori.'' Pemberian rabeprazol bersamaan dengan antasida tidak mempengaruhi konsentrasi rabeprazol di dalam darah. Begitu juga dengan pemberiannya dengan obat-obat lain yang dimetabolisme oleh sistem [[sitokrom P450]] seperti [[teofilin]] ([[sitokrom P450 1A2]] atau CYP1A2), [[diazepam]] ([[sitokrom P450 2C9]] atau CYP2C9 dan [[sitokrom P450 3A4]] CYP3A4), dan [[fenitoin]] (sitokrom P450 2C9 atau CYP2C9 dan [[sitokrom P450 2C19]] atau CYP2C19).<ref name=":1" /><ref name=":7" /><ref name=":5" /><ref name=":12" /><ref name=":13">{{Cite web|url=https://www.everydayhealth.com/drugs/aciphex|title=Aciphex (Rabeprazole) - Side Effects, Dosage, Interactions - Drugs|last=|first=|date=|website=EverydayHealth.com|language=|access-date=23 Maret 2020}}</ref>
Pemberian rabeprazol bersamaan dengan [[klopidogrel]]<ref>{{Cite web|url=https://www.drugs.com/drug-interactions/clopidogrel-with-rabeprazole-705-0-1983-0.html?professional=1|title=Clopidogrel and rabeprazole Drug Interactions|last=|first=|date=|website=Drugs.com|language=en|access-date=2020-03-25 Maret 2020}}</ref> akan menurunkan metabolit aktif klopidogrel sekitar 12% (klopidogrel dimetabolisme menjadi metabolit aktif oleh CYP2C19), dengan [[ketokonazol]] juga akan menurunkan konsentrasi maksimum ketokonazol 31%, dengan [[digoksin]] akan meningkatkan konsentrasi maksimalnya sekitar 29%. Rabeprazol, seperti juga [[omeprazol]], menghambat metabolisme [[siklosporina]], menyebabkan peningkatan kadarnya hingga 50 kali lebih tinggi dibandingkan pada orang sehat.<ref name=":1" /><ref name=":2" /><ref name=":5" /><ref name=":12" /><ref name=":13" />
Penggunaan rabeprazol bersamaan dengan obat antiretrovirus memberikan reaksi yang berbeda-beda. Pemberiannya bersama dengan saquinavir akan meningkatkan toksisitasnya. Namun pemberiannya dengan antiretroviral yang lain (rilpivirin,<ref>{{Cite web|url=https://www.drugs.com/drug-interactions/rabeprazole-with-rilpivirine-1983-0-3327-0.html?professional=1|title=Rabeprazole and rilpivirine Drug Interactions|last=|first=|date=|website=Drugs.com|language=en|access-date=2020-03-25 Maret 2020}}</ref> atazanavir,<ref>{{Cite web|url=https://www.drugs.com/drug-interactions/atazanavir-with-rabeprazole-272-0-1983-0.html?professional=1|title=Atazanavir and rabeprazole Drug Interactions|last=|first=|date=|website=Drugs.com|language=en|access-date=2020-03-25 Maret 2020}}</ref> dan nelfinavir<ref>{{Cite web|url=https://www.drugs.com/drug-interactions/atazanavir-with-rabeprazole-272-0-1983-0.html?professional=1|title=Atazanavir and rabeprazole Drug Interactions|last=|first=|date=|website=Drugs.com|language=en|access-date=2020-03-25 Maret 2020}}</ref>) akan menurunkan efek antivirus ketiga obat tersebut dan menyebabkan resistensi. Rabeprazol yang dikonsumsi dengan [[warfarin]] akan meningkatkan [[waktu protrombin]] yang akan menyebabkan gangguan pembekuan darah. [[Metotreksat]]<ref>{{Cite web|url=https://www.drugs.com/drug-interactions/methotrexate-with-rabeprazole-1590-0-1983-0.html?professional=1|title=Methotrexate and rabeprazole Drug Interactions|last=|first=|date=|website=Drugs.com|language=en|access-date=2020-03-25 Maret 2020}}</ref> yang dikombinasikan dengan rabeprazol akan menyebabkan perpanjangan kadar metotreksat dan atau metabolitnya, hidroksimetotreksat, di dalam darah. Obat-obat yang penyerapannya tergantung kepada pH lambung seperti erlotinib,<ref>{{Cite web|url=https://www.drugs.com/drug-interactions/erlotinib-with-rabeprazole-1007-0-1983-0.html?professional=1|title=Erlotinib and rabeprazole Drug Interactions|last=|first=|date=|website=Drugs.com|language=en|access-date=2020-03-25 Maret 2020}}</ref> dasatinib<ref>{{Cite web|url=https://www.drugs.com/drug-interactions/pazopanib-with-rabeprazole-3180-0-1983-0.html?professional=1|title=Pazopanib and rabeprazole Drug Interactions|last=|first=|date=|website=Drugs.com|language=en|access-date=2020-03-25 Maret 2020}}</ref>, neratinib,<ref>{{Cite web|url=https://www.drugs.com/drug-interactions/neratinib-with-rabeprazole-3827-0-1983-0.html?professional=1|title=Neratinib and rabeprazole Drug Interactions|last=|first=|date=|website=Drugs.com|language=en|access-date=2020-03-25 Maret 2020}}</ref> pazopanib,<ref>{{Cite web|url=https://www.drugs.com/drug-interactions/pazopanib-with-rabeprazole-3180-0-1983-0.html?professional=1|title=Pazopanib and rabeprazole Drug Interactions|last=|first=|date=|website=Drugs.com|language=en|access-date=2020-03-25 Maret 2020}}</ref> peksidartinib,<ref>{{Cite web|url=https://www.drugs.com/drug-interactions/pexidartinib-with-rabeprazole-4032-0-1983-0.html?professional=1|title=Pexidartinib and rabeprazole Drug Interactions|last=|first=|date=|website=Drugs.com|language=en|access-date=2020-03-25 Maret 2020}}</ref> akalabrutinib,<ref>{{Cite web|url=https://www.drugs.com/drug-interactions/acalabrutinib-with-rabeprazole-3871-0-1983-0.html?professional=1|title=Acalabrutinib and rabeprazole Drug Interactions|last=|first=|date=|website=Drugs.com|language=en|access-date=2020-03-25 Maret 2020}}</ref> dakomitinib,<ref>{{Cite web|url=https://www.drugs.com/drug-interactions/dacomitinib-with-rabeprazole-3962-0-1983-0.html?professional=1|title=Dacomitinib and rabeprazole Drug Interactions|last=|first=|date=|website=Drugs.com|language=en|access-date=2020-03-25 Maret 2020}}</ref> nilotinib, mikofenolat mofetil, dan itrakonazol akan menurun absorbsinya. Rabeprazol juga dapat menyebabkan hasil positif palsu untuk diagnosis [[tumor neuroendokrin]] dengan cara meningkatkan kadar serum CgA (kromogranin A).<ref name=":1" /><ref name=":2" /><ref name=":5" /><ref name=":12" />
