JAL 123 lepas landas dari Bandara Haneda pada pukul 6:12 sore waktu setempat, dengan 12 menit lebih dari jadwal. 12 menit kemudian, saat lepas landas, ketika pesawat memasuki ketinggian jelajah di atas [[Teluk Sagami]], bagian penyekat buritan belakang pesawat pecah dan menghasilkan ledakan [[dekompresi]], yang merobek ekor pesawat. Terlepasnya bagian ekor ini merusak seluruh sistem hidraulikhidraulis pesawat secara keseluruhan, mengakibatkan pesawat kemudian melayang-layang tak terkendali selama sekitar 30 menit sebelum akhirnya jatuh menabrak gunung (dalam masa-masa ini banyak korban menulis surat perpisahan untuk keluarga mereka). Sebenarnya, pilot mencoba mencari tempat mendarat darurat, mula-mula kembali ke [[Bandara Haneda]] di Tokyo, tempat pesawat ini lepas landas. Ketika pesawat semakin tidak terkendali, pilot mencoba terbang menuju pangkalan [[Angkatan Udara Amerika Serikat]] di [[:en:Yokota Air Base|Yokota]]. Namun, semua usaha tersebut sia-sia. Pada pukul 6:56 waktu setempat, pesawat hilang kontak dengan radar. Pesawat tersebut menabrak punggung gunung dan kemudian menabrak gunung kedua kemudian terbalik dan menghantam tanah dengan punggung pesawat terlebih dahulu. Menurut penyelidikan yang dilakukan Komisi Penyelidik Kecelakaan Pesawat dan Kereta Api Jepang kemudian, ekor pesawat tersebut pernah tersenggol dalam sebuah pendaratan di [[Bandar Udara Internasional Osaka|Bandara Itami]] pada [[2 Juni]] [[1978]]. Ekor pesawat itu kemudian tidak diperbaiki dengan sempurna oleh teknisi [[Boeing]] dan [[Japan Airlines|JAL]] yang menyebabkan berkurangnya kemampuan penyekat bertekanan bagian belakang (''rear pressure bulkhead'') dalam menahan beban tekanan selama penerbangan sehingga mengakibatkan kelelahan logam dan kecelakaan tersebut terjadi. Pasca kecelakaan, Presiden JAL, Yasumoto Takagi, memutuskan untuk mengundurkan diri dari jabatannya. Di [[bandar Udara Internasional Tokyo|Haneda]], seorang manajer perawatan JAL memutuskan [[bunuh diri]] akibat tidak kuat menanggung rasa malu yang telah ditimbulkannya kepada perusahaan.
