Di antara berbagai [[mikroorganisme]], hanya relatif sedikit yang mengakibatkan penyakit pada orang yang sehat.<ref name=Baron>This section incorporates [16https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=mmed public domain] materials included in the text: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=mmed.TOC&depth=10 Medical Microbiology] Fourth Edition: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=mmed.chapter.594 Chapter 8] (1996). Baron, Samuel MD. The University of Texas Medical Branch at Galveston. {{cite book|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=mmed |title=Medical Microbiology |accessdate=2013-11-27 |url-status=bot: unknown |archiveurl=https://web.archive.org/web/20090629132331/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=mmed |archivedate=June 29, 2009 |isbn=9780963117212 |publisher=University of Texas Medical Branch at Galveston |year=1996 }}</ref> Penyakit infeksi dihasilkan dari interaksi antara sejumlah patogen dan sistem pertahanan inang yang mereka infeksi. Tampilan dan tingkat keparahan penyakit yang dihasilkan patogen tergantung pada kemampuan patogen tersebut untuk merusak inang dan juga kemampuan inang untuk melawan patogen. Akan tetapi, sistem kekebalan inang juga dapat mengakibatkan kerusakan pada inang itu sendiri dalam upaya untuk mengendalikan infeksi. Oleh karena itu, dokter mengklasifikasikan mikroorganisme atau mikrob infeksius berdasarkan status pertahanan inang, baik sebagai ''patogen primer'' atau sebagai ''[[infeksi oportunistik|patogen oportunistik]]'':
