Asal mula nama Winduhaji diambil dari nama seekor kuda milik Sanghiyang Adipati Ewangga yang terkenal dengan julukan kecil-kecil kuda Kuningan yaitu yang bernama si Windu.
Winduhaji berasal dari kata ''windu'' dan ''haji'', windu adalah ukuran waktu dalam rentang delapan tahun (satu windu sama dengan delapan tahun), sedangkan haji adalah sebutan bagi orang yang telah menunaikan rukun [[Islam]] ke lima berangkat ke Baitullah di [[Mekah]]. Jadi kemungkinan diberi nama Winduhaji karena dahulu kala setiap satu windu barua ada orang yang berangkat ke haji dari desa ini. Tapi sekarang tiap tahun juga banyak penduduk Winduhaji yang berangkat ke tanah suci.
