Orang Eropa pertama yang melihat Danau Utah adalah Pastor [[Silvestre Vélez de Escalante]] pada tahun 1776. Ia tinggal bersama kelompok Timpanogots dari Suku Ute selama tiga hari. Timpanogot kemudian dipindahkan atau diintegrasikan dengan para pemukim Mormon antara tahun 1850-an dan 1870-an. Ikan danau asli danau itu diambil secara berlebihan oleh pemukim dan diisi kembali dengan spesies non-asli.
Meskipun tiga belas spesies ikan asli keada di danau ini, hanya spesies ''Catostomus ardens'' dan '''Chasmistes liorus''' yang terancam punah.<ref>{{Cite journal|last=COLE|first=D. D.|last2=MOCK|first2=K. E.|last3=CARDALL|first3=B. L.|last4=CROWL|first4=T. A.|date=December 2008|title=Morphological and genetic structuring in the Utah Lake sucker complex|url=http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-294x.2008.03990.x|journal=Molecular Ecology|volume=17|issue=24|pages=5189–5204|doi=10.1111/j.1365-294x.2008.03990.x|issn=0962-1083}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Strohm|first=Deanna D.|last2=Budy|first2=Phaedra|last3=Crowl|first3=Todd A.|date=2017-05-22|title=Matching Watershed and Otolith Chemistry to Establish Natal Origin of an Endangered Desert Lake Sucker|url=http://dx.doi.org/10.1080/00028487.2017.1301994|journal=Transactions of the American Fisheries Society|volume=146|issue=4|pages=732–743|doi=10.1080/00028487.2017.1301994|issn=0002-8487}}</ref> Spesies dominan di danau adalah [[ikan mas]] biasa, diperkenalkan pada tahun 1883 sebagai alternatif dari ikan asli yang dipanen. Ikan mas sekarang diperkirakan mencapai 90% dari biomassa danau dan berkontribusi terhadap penurunan populasi ikan asli dengan sangat mengubah ekosistem. Polusi juga menyebabkan masalah dengan ekosistem danau. Limbah mentah dibuang ke danau hingga akhir 1967. Masalah polusi masih ada; tingkat fosfor dan garam mineral danau itu melampaui batas yang ditetapkan Undang-Undang Air Bersih. Dalam beberapa tahun terakhir, danau ini rentan terhadap ganggang atau HABs yang berbahaya.<ref>http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0212238</ref><ref>{{Cite web|url=https://deq.utah.gov/communication/state-of-the-environment-report/utah-lake-study-2018-state-of-the-environment-report-wq|title=Utah Lake Study 2018 State of the Environment Report (WQ)|date=2019-01-02|website=Utah Department of Environmental Quality|language=en-US|access-date=2020-03-25}}</ref>
Danau Utah dikelola secara kooperatif oleh Divisi Kehutanan, Kebakaran & Tanah Negara Utah dan Komisi Danau Utah. Divisi ini mengelola penggunaan publik dan mengeluarkan izin untuk pengguna komersial danau dan garis perairan sementara Komisi memfasilitasi pengembangan. Garis perairan danau dan sekitarnya terdiri dari Tanah Negara yang Berdaulat. Danau Utah adalah salah satu dari tiga danau di negara bagian yang dianggap "dapat dilayari" di negara bagian dan diberikan kepada Negara Bagian Utah. Tanah berdaulat dikelola di bawah doktrin kepercayaan publik.<ref>{{Cite web|url=https://le.utah.gov/xcode/Title65A/Chapter1/65A-1-S4.html?v=C65A-1-S4_1800010118000101|title=Utah State Code}}</ref>
