SelepasPada menyelesaikan pendidikan doktornya di Mesir2018, Huzaemah menjadi Pembantu Dekan I di Fakultas Syariah dah Hukum, Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta dan menjabat direktur Program Pascasarjana Institut Ilmu al-Quran (IIQ) dan sekaligus Rektor Institut Ilmu Alquran periode 2014-2018 dan berlanjut 2018-2022.<ref name=":0" /> Huzaemah mengajar di tiga universtas, yaitu UIN Syarif Hidayatullah, Universitas Muhammadiyah Jakarta, dan Universitas Indonesia. Selain aktif di dunia akademik, Huzaemah juga pernah menjadi anggota dewan pengawas syariah di Bank Niaga Syariah pada 2000.<ref name=":0" />
