Setelah berhasil promosi dengan Crotone, ia mendapat tawaran untuk menggantikan mentornya, Gasperini, untuk melatih mantan klubnya [[Genoa C.F.C.|Genoa]] pada bulan Juni 2016. Ia menerima tawaran tersebut, dan menjadi pelatih baru untuk ''Grifone''.
Ia dipecat pada tanggal 19 February 2017 setelah kekalahan 0–5 dari tim posisi terbawah [[Delfino Pescara 1936|Pescara]].<ref>{{cite web|url=http://genoacfc.it/notizie/genoa-cfc-comunicato-stampa-16/|title=GENOA CFC – COMUNICATO STAMPA|language=Italian|accessdate=20 Februari 2017|date=19 Februari 2017|publisher=Genoa CFC|archive-date=2017-09-06|archive-url=https://web.archive.org/web/20170906224821/http://genoacfc.it/notizie/genoa-cfc-comunicato-stampa-16/|dead-url=yes}}</ref> Ia kembali menjadi pelatih Genoa pada tanggal 10 April 2017 menyusul pemecatan terhadap [[Andrea Mandorlini]]. Pada tanggal 9 Oktober 2018, ia kembali ditunjuk sebagai pelatih Genoa untuk ketiga kalinya. Pada tanggal 6 Desember 2018, ia kembali dipecat setelah kalah dari tim kompetisi tingkat ketiga Virtus Entella lewat adu penalti di kompetisi Piala Italia (Coppa Italia).<ref>{{cite web|url=https://www.football-italia.net/129100/official-ballardini-out-juric|title=Official: Ballardini out, Juric in|publisher=Football Italia|date=9 Oktober 2018}}</ref>
