Naiknya Hamengkubuwana VII menggantikan ayahnya [[Hamengkubuwana VI]] sebagai raja Yogyakarta yang baru mendapat tentangan dari permaisuri Almarhum [[Hamengkubuwana V|Sultan Hamengkubuwana V]], Gusti Kanjeng Ratu Sekar Kedhaton, karena seharusnya yang naik takhta adalah [[Timur Muhammad|Gusti Raden Mas Timur Muhammad]] putra [[Hamengkubuwana V]]. Keduanya lalu ditangkap dengan tudingan telah melakukan pembangkangan terhadap raja dan istana. Hukuman pun dijatuhkan, sekaligus untuk menghapus trah Sultan Hamengkubuwana V dan demi melanggengkan kekuasaan Sultan Hamengkubuwana VII beserta keturunannya nanti. Gusti Kanjeng Ratu Sekar Kedhaton dan [[Timur Muhammad|Gusti Raden Mas Timur Muhammad]] harus menjalani hukuman buang ke [[Manado]], [[Sulawesi Utara]], hingga keduanya meninggal dunia di sana.<ref name="tragedi"/>
==Keluarga==
Secara keseluruhan, Hamengkubuwana VI memiliki 2 [[permaisuri]] dan 9 [[selir]].
===Permaisuri===
# Raden Ayu Sepuh/Gusti Kanjeng Ratu Sultan/Ageng, [[puteri]] Ki Ageng Prawirayasa, yang melahirkan:
## Gusti Raden Mas Murtejo ([[Hamengkubuwana VII]])
## Gusti Pangeran Haryo Suryomentaram, menikah dengan Bendoro Raden Ajeng Kusniyah.
## Kanjeng Gusti Pangeran Haryo Mangkubumi, antara lain menikah dengan [[sepupu]]nya Bendoro Raden Ayu Mangkubumi, puteri [[Hamengkubuwono V]] dan BRAy. Retno Sriwulan, dan memiliki [[anak]]:
### Raden Ajeng Siti Katinah, menikah dengan sepupu 2 kalinya [[Hamengkubuwana VIII]].
## GPH. Buminoto, mayor staf jenderal KNIL, yang memiliki putera:
### Raden Mas Subari/Raden Bekel Mangkunadi/Raden Penewu Mangkudimojo/Raden Panji Haryodipuro/Kanjeng Raden Tumenggung Haryokusumo, yang kelak bergelar [[Danureja VIII]], patih terakhir Yogyakarta.
## GPH. Puger, mayor staf jenderal KNIL.
## GPH. Suryaputra, mayor staf jenderal KNIL.
## GPH. Anom, kapten dan ajudan staf jenderal KNIL.
## GKR. Angger, menikah dengan Kanjeng Pangeran Haryo Yudhonegoro II.
## GKR. Pembayun, menikah dengan [[Danureja IV]], patih Yogyakarta.
## GKR. Anom, menikah dengan KRT. Danuningrat.
## GKR. Hayu, menikah dengan [[Paku Alam IV]], yang setelah kemangkatannya di tahun [[1878]], menikah lagi dengan Raden Mas Adipati Haryodiningrat, yang kelak menjabat [[Daftar Bupati Demak|Bupati Demak]].
## GKR. Bendoro, menikah dengan KRT. Wijil.
# GKR. Kencana/Hamengkubuwana, puteri sulung [[Pakubuwana VIII]] dari [[Kasunanan Surakarta]], yang melahirkan:
## Gusti Raden Ajeng Kusdilah, mati muda.
## GRAj. Sekarkedaton/Gusti Raden Ratu Sasi, menikah pertama kali dengan sepupunya [[Timur Muhammad]], putera [[Hamengkubuwana V]] dan GKR. Kedaton, dan yang kedua dengan KRT. Suryodirjo/Joyowinoto.
===Selir===
# BRAy. Gusti Hangabehi, puteri [[Hamengkubuwana V]] dan BRAy. Dewaningsih ([[keponakan]]nya). Setelah bercerai, BRAy. Hangabehi menikah lagi dengan Raden Tumenggung Gondokusumo.
# BRAy. Tejaningsih, yang melahirkan:
## Bendoro Raden Ajeng Samilah, mati muda.
# BRAy. Puryaratna, yang melahirkan:
## Bendoro Raden Mas Sulaeman, mati muda.
# BRAy. Retnaningdiya, yang melahirkan:
## Bendoro Pangeran Haryo Purboyo
# BRAy. Sasmitoningrum, yang melahirkan:
## BRAy. Purwodiningrat, menikah dengan KRT. Purwodiningrat.
# BRAy. Puspitoningrum, yang melahirkan:
## BPH. Hadiwinoto, mayor staf jenderal KNIL. Ia menikah dengan BRAy. Hadiwinoto, puteri [[Hamengkubuwono V]]. Salah satu cicitnya Raden Ayu Soedarjatin menikah dengan [[Soeprapto (gubernur Bengkulu)|Soeprapto]], [[Daftar gubernur Bengkulu|Gubernur Bengkulu]] tahun [[1978]]-[[1989]].
# BRAy. Murtiningrum, yang melahirkan:
## BRAy. Notoyudho, menikah dengan KRT. Notoyudho.
# BRAy. Retnoadiningrum, yang melahirkan:
## BPH. Hadiwijoyo
## BRAy. Mangkuyudho, menikah dengan KRT. Mangkuyudho.
# BRAy. Dewiningrum, yang melahirkan:
## BRAy. Suryomurcito, menikah dengan KRT. Suryomurcito.
== Galeri foto ==
<gallery>
Berkas:COLLECTIE TROPENMUSEUM Portret van de Sultan van Djogjakarta Hamengkoe Boewono VI (1855-1877). TMnr 60009393.jpg|Sri Sultan Hamengkubuwana VI
|