Di pulau ini juga terdapat dua buah danau kecil sebagai daerah wisata yaitu [[Danau Sidihoni]] dan [[Danau Aek Natonang]] yang mendapat julukan "danau di atas danau".
== Tujuan Wisata di Pulau Samosir ==
Menuju ke Pulau Samosir dapat dilakukan dengan berbagai cara dan alternatif. Ada penyeberangan kapal penumpang wisata atau kapal penumpang penduduk lokal. Kemudian ada jalur penyeberangan ferry untuk kendaraan bermotor dari Pelabuhan Ajibata, Parapat. Pelabuhan yang dituju adalah pelabuhan di Tomok, Simanindo dan ada juga jalur baru yang ke Ambarita. Dengan kapal perlu waktu satu jam perjalanan.
Beberapa tujuan wisata yang ada di Pulau Samosir , seperti :<ref>{{Cite web|last=Indonesia|first=C. N. N.|title=6 Objek Wisata di Sekeliling Pulau Samosir|url=https://www.cnnindonesia.com/gaya-hidup/20190731162619-269-417132/6-objek-wisata-di-sekeliling-pulau-samosir|website=gaya hidup|language=id-ID|access-date=2020-10-10}}</ref>
1. Desa Tomok
Terletak di pintu gerbang Pulau Samosir, bila penyebarangan melalui kapal ferry maupun kapal penumpang. Desa Tomok merupakan desa tradisional dengan tradisi dan budaya Suku Batak yang kental.
Jika bertandang ke desa ini, turis akan disambut dengan rumah-rumah tradisional lengkap dengan boneka Sigale-gale. Terkadang warga setempat juga akan melakukan Tari Tor-tor untuk menyambut tamu yang datang.
Terdapat juga Museum Batak dan pemakaman raja-raja bagi yang ingin memahami kebudayaan Batak lebih dalam lagi.
