Jika keadaan lingkungan tidak menguntungkan seperti suhu tinggi, kekeringan atau zat-zat kimia tertentu, beberapa spesies dari ''Bacillus'' yang [[aerob]] dan beberapa spesies dari ''Clostridium'' yang [[anaerob]] dapat mempertahankan diri dengan [[spora]]. Spora tersebut dibentuk dalam sel yang disebut endospora. Endospora dibentuk oleh penggumpalan protoplasma yang sedikit sekali mengandung air. Oleh karena itu endospora lebih tahan terhadap keadaan lingkungan yang tidak menguntungkan dibandingkan dengan bakteri aktif. Apabila keadaan lingkungan membaik kembali, endospora dapat tumbuh menjadi satu sel bakteri biasa. Letak endospora di tengah-tengah sel bakteri atau pada salah satu ujungnya.
== Peranan Bakteri ==
=== Bakteri menguntungkan ===
==== Bakteri pengurai ====
Bakteri saprofit menguraikan tumbuhan atau hewan yang mati, serta sisa-sisa atau kotoran organisme. Bakteri tersebut menguraikan [[protein]], [[karbohidrat]] dan senyawa organik lain menjadi CO<sub>2</sub>, gas amoniak, dan senyawa-senyawa lain yang lebih sederhana. Oleh karena itu keberadaan bakteri ini sangat berperan dalam mineralisasi di alam dan dengan cara ini bakteri membersihkan dunia dari sampah-sampah organik.
==== Bakteri nitrifikasi ====
Bakteri nitrifikasi adalah bakteri-bakteri tertentu yang mampu menyusun senyawa nitrat dari amoniak yang berlangsung secara aerob di dalam tanah.
Nitrifikasi terdiri atas dua tahap yaitu:
* Oksidasi amoniak menjadi nitrit oleh bakteri nitrit. Proses ini dinamakan nitritasi.
[[Berkas:nitritasi.png|thumb|400px|center|Reaksi nitritasi]]
* Oksidasi senyawa nitrit menjadi nitrat oleh bakteri nitrat. Prosesnya dinamakan nitratasi.
[[Berkas:nitratasi.png|thumb|400px|center|Reaksi nitratasi]]
Dalam bidang pertanian, nitrifikasi sangat menguntungkan karena menghasilkan senyawa yang diperlukan oleh tanaman yaitu nitrat. Tetapi sebaliknya di dalam air yang disediakan untuk sumber air minum, nitrat yang berlebihan tidak baik karena akan menyebabkan pertumbuhan [[ganggang]] di permukaan air menjadi berlimpah.
==== Bakteri nitrogen ====
Bakteri nitrogen adalah bakteri yang mampu mengikat [[nitrogen]] bebas dari udara dan mengubahnya menjadi suatu senyawa yang dapat diserap oleh tumbuhan. Karena kemampuannya mengikat nitrogen di udara, bakteri-bakteri tersebut berpengaruh terhadap nilai ekonomi tanah pertanian.
Kelompok bakteri ini ada yang hidup bebas maupun simbiosis. Bakteri nitrogen yang hidup bebas yaitu ''[[Azotobacter chroococcum]]'', ''[[Clostridium pasteurianum]]'', dan ''[[Rhodospirillum rubrum]]''. Bakteri nitrogen yang hidup bersimbiosis dengan tanaman polong-polongan yaitu ''[[Rhizobium leguminosarum]]'', yang hidup dalam akar membentuk nodul atau bintil-bintil akar.
Tumbuhan yang bersimbiosis dengan ''Rhizobium'' banyak digunakan sebagai pupuk hijau seperti ''Crotalaria'', ''Tephrosia'', dan ''Indigofera''. Akar tanaman polong-polongan tersebut menyediakan karbohidrat dan senyawa lain bagi bakteri melalui kemampuannya mengikat nitrogen bagi akar. Jika bakteri dipisahkan dari inangnya (akar), maka tidak dapat mengikat nitrogen sama sekali atau hanya dapat mengikat nitrogen sedikit sekali. Bintil-bintil akar melepaskan senyawa nitrogen organik ke dalam tanah tempat tanaman polong hidup. Dengan demikian terjadi penambahan nitrogen yang dapat menambah kesuburan tanah.
==== Bakteri usus ====
Bakteri ''[[Entamoeba coli]]'' hidup di kolon ([[usus besar]]) manusia, berfungsi membantu membusukkan sisa pencernaan juga menghasilkan vitamin B<sub>12</sub>, dan [[vitamin]] K yang penting dalam proses pembekuan [[darah]]. Dalam organ pencernaan berbagai hewan ternak dan kuda, bakteri anaerobik membantu mencernakan [[selusosa]] rumput menjadi zat yang lebih sederhana sehingga dapat diserap oleh dinding usus.
==== Bakteri fermentasi ====
Beberapa makanan hasil fermentasi dan mikroorganisme yang berperan:
<br />
{| align=center border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:1px solid #aaa; border-collapse:collapse"
|- bgcolor="#ECECEC"
! No.
! Nama produk atau makanan
! Bahan baku
! Bakteri yang berperan
|-
| 1.
| Yoghurt
| susu
| ''[[Lactobacillus bulgaricus]]'' dan ''[[Streptococcus thermophilus]]''
|-
| 2.
| Mentega
| susu
| ''[[Streptococcus lactis]]''
|-
| 3.
| Terasi
| ikan
| ''[[Lactobacillus sp.]]''
|-
| 4.
| Asinan buah-buahan
| buah-buahan
| ''[[Lactobacillus sp.]]''
|-
| 5.
| Sosis
| daging
| ''[[Pediococcus cerevisiae]]''
|-
| 6.
| Kefin
| susu
| ''[[Lactobacillus bulgaricus]]'' dan ''[[Srteptococcus lactis]]''
|-
|}<br />
==== Bakteri penghasil antibiotik ====
[[Antibiotik]] merupakan zat yang dihasilkan oleh mikroorganisme dan mempunyai daya hambat terhadap kegiatan mikroorganisme lain. Beberapa bakteri yang menghasilkan antibiotik adalah:
* ''[[Bacillus brevis]]'', menghasilkan [[terotrisin]]
* ''[[Bacillus subtilis]]'', menghasilkan [[basitrasin]]
* ''[[Bacillus polymyxa]]'', menghasilkan [[polimixin]]
=== Bakteri merugikan ===
==== Bakteri perusak makanan ====
Beberapa spesies pengurai tumbuh di dalam makanan. Mereka mengubah makanan dan mengeluarkan hasil [[metabolisme]] yang berupa toksin (racun). Racun tersebut berbahaya bagi kesehatan manusia.
Contohnya:
* ''[[Clostridium botulinum]]'', menghasilkan racun botulinin, seringkali terdapat pada makanan kalengan
* ''[[Pseudomonas cocovenenans]]'', menghasilkan asam bongkrek, terdapat pada tempe bongkrek
* ''[[Leuconostoc mesenteroides]]'', penyebab pelendiran makanan
==== Bakteri denitrifikasi ====
Jika [[oksigen]] dalam tanah kurang maka akan berlangsung denitrifikasi, yaitu nitrat direduksi sehingga terbentuk nitrit dan akhirnya menjadi amoniak yang tidak dapat dimanfaatkan oleh tumbuhan.
Contoh bakteri yang menyebabkan denitrifikasi adalah ''[[Micrococcus denitrificans]]'' dan ''[[Pseudomonas denitrificans]]''.
==== Bakteri patogen ====
Merupakan kelompok bakteri parasit yang menimbulkan penyakit pada [[manusia]], [[hewan]] dan [[tumbuhan]].
Bakteri penyebab penyakit pada manusia:
<br />
{| align=center border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:1px solid #aaa; border-collapse:collapse"
|- bgcolor="#ECECEC"
! No.
! Nama bakteri
! Penyakit yang ditimbulkan
|-
| 1.
| ''[[Salmonella typhosa]]''
| Tifus
|-
| 2.
| ''[[Shigella dysenteriae]]''
| Disentri basiler
|-
| 3.
| ''[[Vibrio comma]]''
| Kolera
|-
| 4.
| ''[[Haemophilus influenza]]''
| Influensa
|-
| 5.
| ''[[Diplococcus pneumoniae]]''
| Pneumonia (radang paru-paru)
|-
| 6.
| ''[[Mycobacterium tuberculosis]]''
| TBC paru-paru
|-
| 7.
| ''[[Clostridium tetani]]''
| Tetanus
|-
| 8.
| ''[[Neiseria meningitis]]''
| Meningitis (radang selaput otak)
|-
| 9.
| ''[[Neiseria gonorrhoeae]]''
| Gonorrhaeae (kencing nanah)
|-
| 10.
| ''[[Treponema pallidum]]''
| Sifilis atau Lues atau raja singa
|-
| 11.
| ''[[Mycobacterium leprae]]''
| Lepra (kusta)
|-
| 12.
| ''[[Treponema pertenue]]''
| Puru atau patek
|-
|}<br />
Bakteri penyebab penyakit pada hewan:
<br />
{| align=center border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:1px solid #aaa; border-collapse:collapse"
|- bgcolor="#ECECEC"
! No.
! Nama bakteri
! Penyakit yang ditimbulkan
|-
| 1.
| ''[[Brucella abortus]]''
| Brucellosis pada sapi
|-
| 2.
| ''[[Streptococcus agalactia]]''
| Mastitis pada sapi (radang payudara)
|-
| 3.
| ''[[Bacillus anthracis]]''
| Antraks
|-
| 4.
| ''[[Actinomyces bovis]]''
| Bengkak rahang pada sapi
|-
| 5.
| ''[[Cytophaga columnaris]]''
| Penyakit pada ikan
|-
|}<br />
Bakteri penyebab penyakit pada tumbuhan:
<br />
{| align=center border="1" cellpadding="4" cellspacing="0" style="border:1px solid #aaa; border-collapse:collapse"
|- bgcolor="#ECECEC"
! No.
! Nama bakteri
! Penyakit yang ditimbulkan
|-
| 1.
| ''[[Xanthomonas oryzae]]''
| Menyerang pucuk batang padi
|-
| 2.
| ''[[Xanthomonas campestris]]''
| Menyerang tanaman kubis
|-
| 3.
| ''[[Pseudomonas solanacaerum]]''
| Penyakit layu pada famili terung-terungan
|-
| 4.
| ''[[Erwinia amylovora]]''
| Penyakit bonyok pada buah-buahan
|-
|}<br />
== Dekomposisi ==
|