Protein: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
→Pemurnian protein: Hasil terjemahan dari en.wp |
→Lokalisasi seluler: Hasil terjemahan dari en.wp |
||
Baris 124:
=== Lokalisasi seluler ===
[[Berkas:Localisations02eng.jpg|pra=https://wiki-indonesia.club/wiki/Berkas:Localisations02eng.jpg|ka|jmpl|Protein dalam [[Kompartemen seluler|kompartemen]] dan struktur seluler yang berbeda ditandai dengan [[protein berpendar hijau]] (di gambar ini berwarna putih)]]
Studi tentang protein ''in vivo'' sering kali berkaitan dengan sintesis dan lokalisasi protein di dalam sel. Meskipun banyak protein intraseluler disintesis dalam [[sitoplasma]] dan protein-terikat-membran atau protein-tersekresi di [[retikulum endoplasma]] (RE), cara spesifik tentang bagaimana protein [[Penargetan protein|ditargetkan]] ke organel atau struktur seluler tertentu sering kali tidak jelas. Teknik yang berguna untuk menilai lokalisasi seluler adalah menggunakan rekayasa genetika untuk mengekspresikan di dalam sel, suatu [[protein fusi]] atau [[
Metode lain untuk menjelaskan lokasi seluler dari protein memerlukan penggunaan penanda kompartemen untuk daerah seperti RE, badan Golgi, lisosom atau vakuola, mitokondria, kloroplas, membran plasma, dan lainnya. Dengan penggunaan penanda berpendar (fluoresen) atau antibodi terhadap penanda, identifikasi lokalisasi protein yang diinginkan akan menjadi lebih mudah. Misalnya, [[Imunofluoresen|imunofluoresensi tidak langsung]] akan memungkinkan kolokalisasi fluoresensi dan demonstrasi lokasi. Pewarna fluoresen digunakan untuk memberi label pada kompartemen seluler untuk tujuan yang sama.<ref name="Margolin2000">{{cite journal|date=January 2000|title=Green fluorescent protein as a reporter for macromolecular localization in bacterial cells|journal=Methods|volume=20|issue=1|pages=62–72|doi=10.1006/meth.1999.0906|pmid=10610805|vauthors=Margolin W}}</ref>
Kemungkinan lain juga ada. Misalnya [[imunohistokimia]] biasanya menggunakan antibodi terhadap satu protein yang diinginkan atau lebih, yang dikonjugasikan ke enzim yang menghasilkan sinyal bercahaya atau kromogenik yang dapat dibandingkan antarsampel, sehingga memungkinkan informasi lokalisasi. Teknik lain yang dapat diterapkan adalah kofraksionasi dalam gradien sukrosa (atau bahan lain) menggunakan [[sentrifugasi isopiknik]].<ref name="Walker2000">{{cite book|vauthors=Walker JH, Wilson K|year=2000|title=Principles and Techniques of Practical Biochemistry|location=Cambridge, UK|publisher=Cambridge University Press|isbn=978-0-521-65873-7|pages=287–89}}</ref> Meskipun teknik ini tidak membuktikan kolokalisasi kompartemen dengan kepadatan yang diketahui dan protein yang diinginkan, teknik ini meningkatkan kemungkinan, dan lebih dapat diterima untuk penelitian skala besar.
Metode standar emas untuk lokalisasi seluler adalah [[Mikroskop elektron|mikroskop imunoelektron]]. Teknik ini juga menggunakan antibodi terhadap protein yang diinginkan, yang menggunakan teknik mikroskop elektron klasik. Sampel disiapkan untuk pemeriksaan mikroskopis elektron normal dan kemudian diberi antibodi terhadap protein yang diinginkan yang dikonjugasikan ke bahan yang sangat padat-elektro, biasanya emas. Hal ini memungkinkan untuk lokalisasi, baik detail ultrastruktur maupun protein yang diinginkan.<ref name="Mayhew2008">{{cite journal|date=August 2008|title=Developments in cell biology for quantitative immunoelectron microscopy based on thin sections: a review|journal=Histochemistry and Cell Biology|volume=130|issue=2|pages=299–313|doi=10.1007/s00418-008-0451-6|pmc=2491712|pmid=18553098|vauthors=Mayhew TM, Lucocq JM}}</ref>
Melalui penerapan rekayasa genetika lain yang dikenal sebagai [[mutagenesis-terarah-situs]], para peneliti dapat mengubah urutan protein dan strukturnya, lokalisasi seluler, serta kerentanannya terhadap regulasi. Teknik ini bahkan memungkinkan penggabungan asam amino yang tidak alami ke dalam protein menggunakan tRNA yang dimodifikasi,<ref name="Hohsaka2002">{{cite journal|date=December 2002|title=Incorporation of non-natural amino acids into proteins|journal=Current Opinion in Chemical Biology|volume=6|issue=6|pages=809–15|doi=10.1016/S1367-5931(02)00376-9|pmid=12470735|vauthors=Hohsaka T, Sisido M}}</ref> dan memungkinkan [[Desain protein|desain]] rasional protein baru dengan sifat baru. <ref name="Cedrone2000">{{cite journal|date=August 2000|title=Tailoring new enzyme functions by rational redesign|journal=Current Opinion in Structural Biology|volume=10|issue=4|pages=405–10|doi=10.1016/S0959-440X(00)00106-8|pmid=10981626|vauthors=Cedrone F, Ménez A, Quéméneur E}}</ref>
=== Proteomika ===
{{Main|Proteomika}}
Jumlah komplemen protein yang ada pada suatu waktu dalam sel atau jenis sel dikenal sebagai [[proteoma]], dan studi tentang kumpulan data berskala besar tersebut yaitu [[proteomika]], yang dinamai sesuai dengan analoginya dalam genom yaitu [[genomika]]. Teknik eksperimental utama dalam proteomika meliputi [[Elektroforesis dua dimensi|elektroforesis 2D]]<ref name="Gorg2008">{{cite journal|date=December 2004|title=Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics|journal=Proteomics|volume=4|issue=12|pages=3665–85|doi=10.1002/pmic.200401031|pmid=15543535|vauthors=Görg A, Weiss W, Dunn MJ|s2cid=28594824}}</ref> yang memungkinkan pemisahan banyak protein, [[spektrometri massa]]<ref name="Conrotto2008">{{cite journal|date=September 2008|title=Proteomic approaches in biological and medical sciences: principles and applications|journal=Experimental Oncology|volume=30|issue=3|pages=171–80|pmid=18806738|vauthors=Conrotto P, Souchelnytskyi S}}</ref> yang memungkinkan identifikasi protein dengan kecepatan tinggi dan pengurutan peptida dengan cepat (paling sering setelah [[pencernaan dalam gel]]), [[Microarray protein|protein mikroarray]] yang memungkinkan deteksi jumlah berbagai protein yang ada dalam sel secara relatif, dan [[Penyaringan dua hibrida|penapisan dua-hibrid]] yang memungkinkan eksplorasi sistematis [[interaksi protein-protein]].<ref name="Koegl2007">{{cite journal|date=December 2007|title=Improving yeast two-hybrid screening systems|url=https://academic.oup.com/bib/article/9/4/276/266900/Protein-structure-databases-with-new-web-services|journal=Briefings in Functional Genomics & Proteomics|volume=6|issue=4|pages=302–12|doi=10.1093/bfgp/elm035|pmid=18218650|archive-url=https://web.archive.org/web/20170911102958/https://academic.oup.com/bib/article/9/4/276/266900/Protein-structure-databases-with-new-web-services|archive-date=2017-09-11|access-date=2017-07-23|vauthors=Koegl M, Uetz P|url-status=live|doi-access=free}}</ref> Jumlah komplemen yang mungkin secara biologis dari interaksi-interaksi semacam itu dikenal sebagai [[Interactome|interaksioma]]. Upaya sistematis untuk menentukan struktur protein yang mewakili setiap kemungkinan lipatan dikenal sebagai [[Genomik struktural|genomika struktural]].<ref name="Zhang2003">{{cite journal|date=February 2003|title=Overview of structural genomics: from structure to function|url=https://zenodo.org/record/1260238|journal=Current Opinion in Chemical Biology|volume=7|issue=1|pages=28–32|doi=10.1016/S1367-5931(02)00015-7|pmid=12547423|archive-url=https://web.archive.org/web/20181119001908/https://zenodo.org/record/1260238|archive-date=2018-11-19|access-date=2019-06-29|vauthors=Zhang C, Kim SH|url-status=live}}</ref>
== Nutrisi ==
| |||