Jumlah komplemen protein yang ada pada suatu waktu dalam sel atau jenis sel dikenal sebagai [[proteoma]], dan studi tentang kumpulan data berskala besar tersebut yaitu [[proteomika]], yang dinamai sesuai dengan analoginya dalam genom yaitu [[genomika]]. Teknik eksperimental utama dalam proteomika meliputi [[Elektroforesis dua dimensi|elektroforesis 2D]]<ref name="Gorg2008">{{cite journal|date=December 2004|title=Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics|journal=Proteomics|volume=4|issue=12|pages=3665–85|doi=10.1002/pmic.200401031|pmid=15543535|vauthors=Görg A, Weiss W, Dunn MJ|s2cid=28594824}}</ref> yang memungkinkan pemisahan banyak protein, [[spektrometri massa]]<ref name="Conrotto2008">{{cite journal|date=September 2008|title=Proteomic approaches in biological and medical sciences: principles and applications|journal=Experimental Oncology|volume=30|issue=3|pages=171–80|pmid=18806738|vauthors=Conrotto P, Souchelnytskyi S}}</ref> yang memungkinkan identifikasi protein dengan kecepatan tinggi dan pengurutan peptida dengan cepat (paling sering setelah [[pencernaan dalam gel]]), [[Microarray protein|protein mikroarraysusunan-mikro]] yang memungkinkan deteksi jumlah berbagai protein yang ada dalam sel secara relatif, dan [[Penyaringan dua hibrida|penapisan dua-hibrid]] yang memungkinkan eksplorasi sistematis [[interaksi protein-protein]].<ref name="Koegl2007">{{cite journal|date=December 2007|title=Improving yeast two-hybrid screening systems|url=https://academic.oup.com/bib/article/9/4/276/266900/Protein-structure-databases-with-new-web-services|journal=Briefings in Functional Genomics & Proteomics|volume=6|issue=4|pages=302–12|doi=10.1093/bfgp/elm035|pmid=18218650|archive-url=https://web.archive.org/web/20170911102958/https://academic.oup.com/bib/article/9/4/276/266900/Protein-structure-databases-with-new-web-services|archive-date=2017-09-11|access-date=2017-07-23|vauthors=Koegl M, Uetz P|url-status=live|doi-access=free}}</ref> Jumlah komplemen yang mungkin secara biologis dari interaksi-interaksi semacam itu dikenal sebagai [[Interactome|interaksioma]]. Upaya sistematis untuk menentukan struktur protein yang mewakili setiap kemungkinan lipatan dikenal sebagai [[Genomik struktural|genomika struktural]].<ref name="Zhang2003">{{cite journal|date=February 2003|title=Overview of structural genomics: from structure to function|url=https://zenodo.org/record/1260238|journal=Current Opinion in Chemical Biology|volume=7|issue=1|pages=28–32|doi=10.1016/S1367-5931(02)00015-7|pmid=12547423|archive-url=https://web.archive.org/web/20181119001908/https://zenodo.org/record/1260238|archive-date=2018-11-19|access-date=2019-06-29|vauthors=Zhang C, Kim SH|url-status=live}}</ref>
