Saccharomyces cerevisiae: Perbedaan antara revisi

Konten dihapus Konten ditambahkan
Tidak ada ringkasan suntingan
Tidak ada ringkasan suntingan
Baris 134:
Pada tahun 2010, model interaksi genetik yang paling komprehensif mulai dibangun, berisi "profil interaksi untuk ~ 75% dari semua gen dalam ragi bertunas ''(Budding yeast)''". Model ini dibuat dari 5,4 juta ''two-gene comparisons'' dengan melakukan ''gene knockout'' ganda untuk setiap kombinasi gen yang dipelajari. Pengaruh ''knockout'' ganda terhadap ''fitness'' sel dibandingkan dengan ''fitness'' yang diharapkan. ''Fitness'' yang diharapkan ditentukan dari jumlah hasil ''fitness'' ''knockout'' gen tunggal untuk setiap gen yang dibandingkan. Ketika ada perubahan ''fitness'' dari yang diharapkan, gen dianggap berinteraksi satu sama lain. Hal ini diuji dengan membandingkan hasil dengan apa yang diketahui sebelumnya. Misalnya, gen Par32, Ecm30, dan Ubp15 memiliki profil interaksi yang serupa dengan gen yang terlibat dalam ''Gap1-sorting module processes''. gen-gen ini ketika di-''knockout'' memiliki hasil yang konsisten, yakni terganggunya proses tersebut, yang menegaskan bahwa gen-gen tersebut adalah terlibat dalam ''Gap1-sorting module processes''.
 
Dari sinihal ini, 170.000 interaksi gen ditemukan dan gen dengan pola interaksi serupa dikelompokkan bersama. Gen dengan profil interaksi genetik yang serupa cenderung menjadi bagian dari jalur metabolisme atau proses biologis yang sama. Informasi ini digunakan untuk membangun jaringan global mengenai interaksi gen yang diaturdikelompokkan olehberdasakan fungsifungsinya. Jaringan ini dapat digunakan untuk memprediksi fungsi dari gen yang tidak berkarakterterkarakterisasi berdasarkan fungsi daripengelompokkan gen yang dikelompokkanberdasarkan pada fungsi.
 
=== Fungsi lain di bidang riset ===
Pendekatan yang dapat diterapkan di berbagai bidang ilmu biologi dan pengobatan telah dikembangkan oleh para ilmuwan menggunakan ragi. IniPendekatan termasuktersebut ragidiantaranya hibrida''yeast duatwo-hybrid'' untuk mempelajari interaksi protein dan analisis tetrad. Sumber dayaFungsi lainnya, termasuk perpustakaan''gene penghapusandeletion genlibrary'' termasuk ~ 4.700 strain penghapusan''single gengene tunggaldeletion'' haploid yang layakviabel. Pustaka''GFP reganganfusion fusistrain GFP yanglibrary'' digunakan untuk mempelajari pelokalanlokallisasi protein, dan pustakasedangkan ''tag TAP yanglibrary'' digunakan untuk memurnikan protein dari ekstrak sel ragi.
 
ProyekSebuah penghapusan''yeast jamurdeletion project'' dari Universitas Stanford menciptakanmenghasilkan mutasi knockout ''(knockout mutation)'' pada setiap gen dalam genom ''S. cerevisiae'' untuk menentukanpenentuan fungsinya.
 
=== Projek genomGenom ragiRagi sintetikSintetis ===
Proyek Genom Ragi Sintetis internasional (Sc2.0 atau ''Saccharomyces cerevisiae'' versi 2.0) bertujuan untuk membangun genom ''S. cerevisiae'' secara sintetis yang sepenuhnya dirancang dan dapat disesuaikan dari awal yang lebih stabil daripada jenisgenom ragi liar. Dalam genom sintetis, semua transposon, elemen berulang ''(repetitive elements)'', dan banyak intron dihilangkan, semua kodon stop UAG diganti dengan UAA, dan gen transfer RNA dipindahkan ke neokromosom baru. Pada Maret 2017, 6 dari 16 kromosom telah disintesis dan diuji. Tidak ditemukan cacat kebugaran yang signifikan.
 
=== Astrobiologi ===
Di antara mikroorganisme lainnya, sampel ''S. cerevisiae'' yang hidup termasuk dalam Eksperimen''Living PenerbanganInterplanetary AntarplanetFlight HidupExperiment'', yang akan menyelesaikan perjalanan antarluar planetangkasa selama tiga tahun di dalam kapsul kecil di atas pesawat ruang angkasa Fobos-Grunt Rusia, yang diluncurkan pada akhir 2011. The Tujuannya adalah untuk menguji apakah organisme yang dipilih dapat bertahan hidup beberapa tahun di luar angkasa dengan menerbangkannya melalui ruang antarplanet. Eksperimen tersebut akan menguji satu aspek transpermia, yakni sebuah hipotesis bahwa kehidupan dapat bertahan dalam perjalanan ruang angkasa, jika dilindungi di dalam bebatuan yang diledakkan oleh benturanberasal dari satu planet ke planet lain. Misi Fobos-Grunt berakhir tidak berhasil, namunkarena gagal melarikanmeloloskan diri dari orbit Bumi yang rendah. Pesawat ruang angkasa beserta instrumennyatersebut jatuh ke Samudera Pasifik dalam entri ulang yang tidak terkendali pada tanggal 15 Januari 2012. Misi eksposurluar yang direncanakanangkasa berikutnya diyang luar angkasadirencakan menggunakan ''S. cerevisiae'' adalah BioSentinel.
 
== Fungsi komersial ==
Baris 177:
Dalam keadaan tertentu, seperti kekebalan yang menurun, Saccharomyces cerevisiae dapat menyebabkan infeksi pada manusia. Studi menunjukkan bahwa itu menyebabkan 0,45-1,06% kasus vaginitis yang diinduksi ragi. Dalam beberapa kasus, wanita yang menderita infeksi vagina akibat S. cerevisiae adalah pasangan intim pembuat roti, dan ketegangannya ditemukan sama dengan yang digunakan pasangan mereka untuk memanggang. Pada 1999, tidak ada kasus vaginitis yang diinduksi S. cerevisiae pada wanita, yang bekerja di toko roti sendiri, dilaporkan dalam literatur ilmiah. Beberapa kasus dikaitkan oleh para peneliti dengan penggunaan ragi dalam pembuatan kue rumahan. Kasus infeksi rongga mulut dan faring yang disebabkan oleh S. cerevisiae juga diketahui.
 
=== InfeksisInfeksi sistmiksistemik dan invasif ===
Kadang-kadang Saccharomyces cerevisiae menyebabkan infeksi invasif (mis. Masuk ke aliran darah atau cairan tubuh yang biasanya steril atau ke jaringan dalam, seperti paru-paru, hati atau limpa) yang dapat menjadi sistemik (melibatkan banyak organ). Kondisi seperti itu mengancam jiwa. Lebih dari 30% kasus infeksi invasif S. cerevisiae menyebabkan kematian bahkan jika diobati. Infeksi invasif S. cerevisiae, bagaimanapun, jauh lebih jarang daripada infeksi invasif yang disebabkan oleh Candida albicans bahkan pada pasien yang melemah karena kanker. S. cerevisiae menyebabkan 1% sampai 3,6% kasus nosokomial fungemia. Tinjauan komprehensif terhadap kasus infeksi invasif S. cerevisiae menemukan semua pasien memiliki setidaknya satu kondisi predisposisi.